Fluorescence Microscopy Imaging Denoising with Log-Euclidean Priors and Photobleaching Compensation

Fluorescent protein microscopy imaging is nowadays one of the most important tools in biomedical research. However, the resulting images present a low signal to noise ratio and a time intensity decay due to the photobleaching effect. This phenomenon is a consequence of the decreasing on the radiation emission efficiency of the tagging protein. This occurs because the fluorophore permanently loses its ability to fluoresce, due to photochemical reactions induced by the incident light. The Poisson multiplicative noise that corrupts these images, in addition with its quality degradation due to photobleaching, make long time biological observation processes very difficult. In this paper a denoising algorithm for Poisson data, where the photobleaching effect is explicitly taken into account, is described. The algorithm is designed in a Bayesian framework where the data fidelity term models the Poisson noise generation process as well as the exponential intensity decay caused by the photobleaching. The prior term is conceived with Gibbs priors and log-Euclidean potential functions, suitable to cope with the positivity constrained nature of the parameters to be estimated. Monte Carlo tests with synthetic data are presented to characterize the performance of the algorithm. One example with real data is included to illustrate its application.

Estudo comparativo de procedimentos experimentais e computacionais para cálculo da lipofilia molecular

Introdução – A lipofilia é uma das propriedades físico-químicas que mais influencia a capacidade de uma molécula se movimentar através de compartimentos biológicos. O coeficiente de partição octanol/água (log P) permite, assim, obter uma estimativa da absorção dos fármacos no organismo. A existência de métodos indirectos para um cálculo rápido do log P pode revelar-se de grande importância na análise de listas de compostos com potencial acção farmacológica, reduzindo-as àqueles que se prevêem ter um melhor comportamento biológico. Objectivos – O propósito deste estudo é dar a conhecer um método cromatográfico de RP-HPLC desenvolvido para a determinação indirecta da lipofilia molecular e avaliar a performance de vários programas de cálculo computacional desse mesmo parâmetro. Metodologias – Seleccionaram-se 25 compostos químicos, avaliou-se o log P de cada um deles por RP-HPLC e confrontaram-se os resultados obtidos com os de sete programas computacionais. Resultados – O método RP-HPLC testado demonstrou ser vantajoso em comparação com o convencional shake flask. O programa de cálculo indirecto que proporcionou resultados mais próximos dos experimentais foi o ALOGPS© 2.1. Conclusões – A escolha ideal para a determinação da lipofilia de compostos cujo log P estimado esteja entre 0 e 6 é, sobretudo no que diz respeito à rapidez e simplicidade do processo, o método experimental indirecto RP-HPLC. Quanto aos métodos computacionais concluiu-se que nenhum dos programas, incluindo o ALOGPS© 2.1, demonstrou ser eficaz na avaliação de isómeros pelo que, para estes compostos, será sempre necessário recorrer ao método shake flask ou RP-HPLC.

An electro-rheological study of the nematic liquid crystal 4-n-heptyl-4'-cyanobiphenyl

An experimental and theoretical study of the electro-rheological effects observed in the nematic phase of 4-n-heptyl-4'-cyanobiphenyl has been conducted. This liquid crystal appears to be a model system, in which the observed rheological behaviour can be interpreted by the Leslie-Ericksen continuum theory for low molecular weight liquid crystals. Flow curves are illustrated at different temperatures and under the influence of an external electric field ranging from 0 to 3 kV mm-1, applied perpendicular to the direction of flow. Also presented is the apparent viscosity as a function of temperature, over similar values of electric field, obtained at different shear rates. A master flow curve has been constructed for each temperature by dividing the shear rate by the square of the electric field and multiplying by the square of a reference value of electric field. In a log-log plot, two Newtonian plateaux are found to appear at low and high shear rates, connected by a shear-thinning region. We have applied the Leslie-Ericksen continuum theory, in which the director alignment angle is a function of the electric field and the flow field boundary conditions are neglected, to determine viscoelastic parameters and the dielectric anisotropy.

Desenvolvimento de quelantes macrocíclicos para complexação de iões metálicos de transição e lantanídeos com interesse em aplicações médicas

A investigação de novos compostos macrocíclicos tetraaza tem sido intensificada ao longo das últimas décadas, uma vez que estes estão entre os melhores ligandos para complexação de iões metálicos. Desta forma, tanto a síntese destes compostos, como as propriedades dos seus complexos com iões metálicos provocaram o seu crescente interesse em variadíssimas áreas, das quais são exemplo a medicina, a biologia, a catálise, e a química analítica. Procuram-se ligandos específicos para determinados iões metálicos, mas que ao mesmo tempo se preparem por processos de síntese simples e eficazes que permitam uma maior utilização ao nível industrial. Com este trabalho procurou-se dar continuidade aos estudos desenvolvidos nesta área desde 1980 pelo grupo de investigação onde me encontro inserida e assim obter ligandos novos com vista à formação de complexos com iões metálicos estáveis e aplicáveis ao nível da medicina e da farmacologia, com destaque para as aplicações relacionadas com o diagnóstico e a terapia de tumores. Assim, foram sintetizados quatro novos ligandos derivados de macrociclos tetraaza com 12 átomos no anel, dois deles com ponte cruzada curta tipo etano. A síntes baseou-se na funcionalização destes macrociclos com braços pendentes metilnitrofenol ou metilfenol, originando assim os seguintes compostos: cb-do2nph, do2nph, cb-do2ph e do do2ph. Todos os compostos sintetizados foram caracterizados por diversas técnicas analíticas. Os compostos cb-do2nph e do2nph mostraram reduzida solubilidade em água e em metanol:água, pelo que não foi possível a determinação de constantes por potenciometria. Preparam-se alguns complexos que se estudaram em solução por espectroscopia electrónica e no estado sólido por difracção de raios X. O composto do2ph só se obteve em pequena quantidade sem revelar a pureza necessária e, a sua síntese ainda terá de ser optimizada. Finalmente, o composto cb-do2ph foi sintetizado em quantidade suficiente para se poderem determinar as suas constantes de protonação e as constantes de estabilidade dos seus complexos com Cu 2+ e Zn 2+, pelo método potenciomátrico, em solução aquosa, à temperatura de 298,2 K e à força iónica 0,10M em N(CH 3)4NO3. Determinaram-se ainda por potenciometria as constantes de protonação bem como as constantes de estabilidade dos complexos com Mg2+, Cu2+, Zn 2+, Fe3+, Ga3+, In3+, Gd3+, do composto cbdbf-do2a, igualmente em solução aquosa, à temperatura de 298,2K e à força iónica 0,10M em N(CH 3)4NO3. Para ambos os compostos, cb-do2ph e cbdbf-do2a, recorreu-se a titulações por espectroscopia de RMN de 1H para a determinação da primeira constante, por esta ter um valor muito elevado (log K1 ≥ 14), ou seja, estes compostos comportaram-se como “esponjas de protão”. Para obter informações estruturais dos complexos de alguns ligandos com cobre (II) realizaram-se estudos por espectroscopia de absorção de UV-Vis e de RPE, tendo-se ainda obtido cristais de tamanho suficiente para a determinação de estruturas por difracção de raios X de alguns compostos e complexos de cobre (II) e Zinco(II).

Programa estruturado de enriquecimento conceptual e lexical

Dissertação apresentada à Escola Superior de Educação de Lisboa para obtenção de grau de mestre em Ciências da Educação - Especialidade Educação Especial

Particle agglomeration study in rf silane plasmas: In situ study by polarization-sensitive laser light scattering

To determine self-consistently the time evolution of particle size and their number density in situ multi-angle polarization-sensitive laser light scattering was used. Cross-polarization intensities (incident and scattered light intensities with opposite polarization) measured at 135 degrees and ex situ transmission electronic microscopy analysis demonstrate the existence of nonspherical agglomerates during the early phase of agglomeration. Later in the particle time development both techniques reveal spherical particles again. The presence of strong cross-polarization intensities is accompanied by low-frequency instabilities detected on the scattered light intensities and plasma emission. It is found that the particle radius and particle number density during the agglomeration phase can be well described by the Brownian free molecule coagulation model. Application of this neutral particle coagulation model is justified by calculation of the particle charge whereby it is shown that particles of a few tens of nanometer can be considered as neutral under our experimental conditions. The measured particle dispersion can be well described by a Brownian free molecule coagulation model including a log-normal particle size distribution. (C) 1996 American Institute of Physics.

Gamma radiation effects on microbial inactivation of two medicinal plants

The consumption of natural products has become a public health problem, since these medicinal teas are prepared using natural plants without an effective hygienic and sanitary control. The aim of this study was to assess the effects of gamma radiation, on the microbial burden of two medicinal plants: Melissa officinalis and Lippia citriodora. Dried samples of the two plants were irradiated at a Co-60 experimental equipment. The applied gamma radiation doses were 1, 3, and 5 kGy at a dose rate of 1.34 kGy/h. Non-irradiated samples followed all the experiments. Bacterial and fungal counts were assessed before and after irradiation by membrane filtration method. Challenging tests with Escherichia coli were performed in order to evaluate the disinfection efficiency of gamma radiation treatment. Characterization of M. officinalis and L. citriadora microbiota indicated an average bioburden value of 102CFU/g. The inactivation studies of the bacterial mesophilic population of both dried plants pointed out to a one log reduction of microbial load after irradiation at 5 kGy. Regarding the fungal population, the initial load of 30 CFU/g was only reduced by 0.5 log by an irradiation dose of 5 kGy. The dynamics with radiation doses of plants microbial population’s phenotypes indicated the prevalence of gram-positive rods for M. officinalis before and after irradiation, and the increase of the frequency of gram-negative rods with irradiation for L. citriadora. Among fungal population of both plants, Mucor, Neoscytalidium, Aspergillus and Alternaria were the most isolated genera. The results obtained in the challenging tests with E. coli on plants pointed out to an inactivation efficiency of 99.5% and 99.9% to a dose of 2 kGy, for M.officinalis and L. citriadora, respectively. The gamma radiation treatment can be a significant tool for the microbial control in medicinal plants.

A Spatial Econometrics Analysis for Road Accidents in Lisbon

This paper presents a spatial econometrics analysis for the number of road accidents with victims in the smallest administrative divisions of Lisbon, considering as a baseline a log-Poisson model for environmental factors. Spatial correlation on data is investigated for data alone and for the residuals of the baseline model without and with spatial-autocorrelated and spatial-lagged terms. In all the cases no spatial autocorrelation was detected.