Galerkin finite element method for incompressible thermofluid flows framed within the bond graph theory

In this paper a bond graph methodology is used to model incompressible fluid flows with viscous and thermal effects. The distinctive characteristic of these flows is the role of pressure, which does not behave as a state variable but as a function that must act in such a way that the resulting velocity field has divergence zero. Velocity and entropy per unit volume are used as independent variables for a single-phase, single-component flow. Time-dependent nodal values and interpolation functions are introduced to represent the flow field, from which nodal vectors of velocity and entropy are defined as state variables. The system for momentum and continuity equations is coincident with the one obtained by using the Galerkin method for the weak formulation of the problem in finite elements. The integral incompressibility constraint is derived based on the integral conservation of mechanical energy. The weak formulation for thermal energy equation is modeled with true bond graph elements in terms of nodal vectors of temperature and entropy rates, resulting a Petrov-Galerkin method. The resulting bond graph shows the coupling between mechanical and thermal energy domains through the viscous dissipation term. All kind of boundary conditions are handled consistently and can be represented as generalized effort or flow sources. A procedure for causality assignment is derived for the resulting graph, satisfying the Second principle of Thermodynamics. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

Optimization and Complexity Reduction of Switch-Reconfigured Antennas Using Graph Models

This letter addresses the optimization and complexity reduction of switch-reconfigured antennas. A new optimization technique based on graph models is investigated. This technique is used to minimize the redundancy in a reconfigurable antenna structure and reduce its complexity. A graph modeling rule for switch-reconfigured antennas is proposed, and examples are presented.

Characterization of rat behavior in the elevated plus-maze using a directed graph

The elevated plus-maze is a device widely used to assess rodent anxiety under the effect of several treatments, including pharmacological agents. The animal is placed at the center of the apparatus, which consists of two open arms and two arms enclosed by walls, and the number of entries and duration of stay in each arm are measured for a 5-min exposure period. The effect of an anxiolytic drug is to increase the percentage of time spent and number of entries into the open arms. In this work, we propose a new measure of anxiety levels in the rat submitted to the elevated plus-maze. We represented the spatial structure of the elevated plus-maze in terms of a directed graph and studied the statistics of the rat`s transitions between the nodes of the graph. By counting the number of times each transition is made and ordering them in descending frequency we represented the rat`s behavior in a rank-frequency plot. Our results suggest that the curves obtained under different pharmacological conditions can be well fitted by a power law with an exponent sensitive to both the drug type and the dose used. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Update in Gynecology and Obstetrics: reviews and databases

There is a considerable body of new information on Gynecology and Obstetrics. To aid in keeping gynecologists updated, renowned periodicals publish review articles. Review articles enable the reader to obtain the best evidence for clinical or research issues from several individual articles. This enables the professional to make clinical decisions in the light of current knowledge. The different types of reviews and database that may be used for the elaboration of reviews are discussed in the present article. It is suggested that future reviews on Gynecology and Obstetrics include articles published in other idioms apart from English and that a larger number of database is researched. Thus, reviews will be not only more inclusive but more representative of the international literature.

Sequence-specific reconstruction from fragmentary databases using seed sequences: implementation and validation on SAGE, proteome and generic sequencing data

Motivation: DNA assembly programs classically perform an all-against-all comparison of reads to identify overlaps, followed by a multiple sequence alignment and generation of a consensus sequence. If the aim is to assemble a particular segment, instead of a whole genome or transcriptome, a target-specific assembly is a more sensible approach. GenSeed is a Perl program that implements a seed-driven recursive assembly consisting of cycles comprising a similarity search, read selection and assembly. The iterative process results in a progressive extension of the original seed sequence. GenSeed was tested and validated on many applications, including the reconstruction of nuclear genes or segments, full-length transcripts, and extrachromosomal genomes. The robustness of the method was confirmed through the use of a variety of DNA and protein seeds, including short sequences derived from SAGE and proteome projects.

Designing Novel Antitrypanosomal Agents from a Mixed Graph-Theoretical Substructural Approach

Chagas disease is nowadays the most serious parasitic health problem. This disease is caused by Trypanosoma cruzi. The great number of deaths and the insufficient effectiveness of drugs against this parasite have alarmed the scientific community worldwide. In an attempt to overcome this problem, a model for the design and prediction of new antitrypanosomal agents was obtained. This used a mixed approach, containing simple descriptors based on fragments and topological substructural molecular design descriptors. A data set was made up of 188 compounds, 99 of them characterized an antitrypanosomal activity and 88 compounds that belong to other pharmaceutical categories. The model showed sensitivity, specificity and accuracy values above 85%. Quantitative fragmental contributions were also calculated. Then, and to confirm the quality of the model, 15 structures of molecules tested as antitrypanosomal compounds (that we did not include in this study) were predicted, taking into account the information on the abovementioned calculated fragmental contributions. The model showed an accuracy of 100% which means that the ""in silico"" methodology developed by our team is promising for the rational design of new antitrypanosomal drugs. (C) 2009 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 31: 882-894. 2010

Design of novel antituberculosis compounds using graph-theoretical and substructural approaches

The increasing resistance of Mycobacterium tuberculosis to the existing drugs has alarmed the worldwide scientific community. In an attempt to overcome this problem, two models for the design and prediction of new antituberculosis agents were obtained. The first used a mixed approach, containing descriptors based on fragments and the topological substructural molecular design approach (TOPS-MODE) descriptors. The other model used a combination of two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) descriptors. A data set of 167 compounds with great structural variability, 72 of them antituberculosis agents and 95 compounds belonging to other pharmaceutical categories, was analyzed. The first model showed sensitivity, specificity, and accuracy values above 80% and the second one showed values higher than 75% for these statistical indices. Subsequently, 12 structures of imidazoles not included in this study were designed, taking into account the two models. In both cases accuracy was 100%, showing that the methodology in silico developed by us is promising for the rational design of antituberculosis drugs.

Importância do fonoaudiólogo no acompanhamento de indivíduos com hipotireoidismo congênito

TEMA: o hipotireoidismo congênito é uma alteração metabólica que traz conseqüência graves para indivíduos não tratados e mesmo as crianças que realizam o tratamento podem apresentar distúrbios do desenvolvimento. O Programa Nacional de Triagem Neonatal, instituído pelo Ministério da Saúde, prevê o acompanhamento longitudinal de indivíduos com equipe multidisciplinar. Entretanto, a Fonoaudiologia não é incluída nesta equipe. Deste modo, considerando a ocorrência de distúrbios da comunicação nestes indivíduos, realizou-se levantamento bibliográfico nas bases de dados Lilacs, MedLine e PubMed, no período de 1987 a 2007, referente às alterações em habilidades do desenvolvimento decorrentes do hipotireoidismo congênito. OBJETIVO: verificar, na literatura científica, presença de alterações do desenvolvimento em indivíduos com hipotireoidismo congênito e refletir sobre a importância da atuação fonoaudiológica, em conjunto com equipe multidisciplinar especializada, no acompanhamento dos mesmos. CONCLUSÃO: a literatura relata alterações nas habilidades do desenvolvimento (motoras, cognitivas, lingüísticas e de autocuidados) e destaca que crianças com hipotireoidismo congênito são de risco para alterações no desenvolvimento lingüístico e, portanto, necessitam do acompanhamento longitudinal do desenvolvimento comunicativo. Torna-se evidente a importância da atuação do fonoaudiólogo nos Programas de Triagem Neonatal credenciados pelo Ministério da Saúde. Ressalta-se ainda a necessidade de investigações referentes às outras alterações metabólicas contempladas nestes programas, nas quais o fonoaudiólogo pode atuar de modo a prevenir, habilitar e reabilitar os distúrbios da comunicação, contribuindo para o trabalho em equipe, promovendo saúde nesta população.

Medidas lineares dos estágios de desenvolvimento da dentição permanente humana usando Tomografia Computadorizada de Feixe Cônico: um estudo preliminar

OBJETIVO: determinar as medidas lineares dos estágios de desenvolvimento da dentição permanente humana, usando tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC). MÉTODOS: este estudo foi desenvolvido a partir de bancos de dados de clínicas radiológicas privadas, envolvendo 18 pacientes (13 do sexo masculino, 5 do sexo feminino, com idades variando entre 3 e 20 anos). As imagens das TCFC foram obtidas por meio do sistema i-CAT e medidas com uma função específica do programa desse mesmo sistema. Duzentos e trinta e oito dentes foram analisados, em diferentes estágios de desenvolvimento, nos planos coronal e sagital. O método foi baseado na delimitação e mensuração das distâncias entre pontos anatômicos correspondentes ao desenvolvimento das coroas e raízes dentárias. A partir dos valores obtidos, pôde-se desenvolver um modelo quantitativo para se avaliar os estágios inicial e final de desenvolvimento para todos os grupos dentários. RESULTADOS E CONCLUSÕES: as medidas obtidas dos diferentes grupos dentários estão de acordo com as estimativas das investigações publicadas previamente. As imagens por TCFC dos diferentes estágios de desenvolvimento podem contribuir no diagnóstico, planejamento e resultado dos tratamentos em diversas especialidades odontológicas. As dimensões das coroas e das raízes dentárias podem ter importantes aplicações clínicas e em pesquisas, constituindo uma técnica não invasiva que contribui com estudos in vivo. Entretanto, mais estudos são recomendados a fim de minimizar possíveis variáveis metodológicas.

Tratamento farmacológico da DPOC

Aproximadamente sete milhões de brasileiros acima de 40 anos são acometidos pela DPOC. Nos últimos anos, importantes avanços foram registrados no campo do tratamento medicamentoso dessa condição. Foi realizada uma revisão sistemática incluindo artigos originais sobre tratamento farmacológico da DPOC publicados entre 2005 e 2009, indexados em bases de dados nacionais e internacionais e escritos em inglês, espanhol ou português. Artigos com tamanho amostral menor de 100 indivíduos foram excluídos. Os desfechos sintomas, função pulmonar, qualidade de vida, exacerbações, mortalidade e efeitos adversos foram pesquisados. Os artigos foram classificados segundo o critério da Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease para nível de evidência científica (grau de recomendação A, B e C). Dos 84 artigos selecionados, 40 (47,6%), 18 (21,4%) e 26 (31,0%) foram classificados com graus A, B e C, respectivamente. Das 420 análises oriundas desses artigos, 236 referiam-se à comparação de fármacos contra placebo nos diversos desfechos estudados. Dessas 236 análises, os fármacos mais frequentemente estudados foram anticolinérgicos de longa duração, a combinação β2-agonistas de longa duração + corticosteroides inalatórios e corticosteroides inalatórios isolados em 66, 48 e 42 análises, respectivamente. Nas mesmas análises, os desfechos função pulmonar, efeitos adversos e sintomas geraram 58, 54 e 35 análises, respectivamente. A maioria dos estudos mostrou que os medicamentos aliviaram os sintomas, melhoraram a qualidade de vida, a função pulmonar e preveniram as exacerbações. Poucos estudos contemplaram o desfecho mortalidade, e o papel do tratamento medicamentoso nesse desfecho ainda não está completamente definido. Os fármacos estudados são seguros no manejo da DPOC, com poucos efeitos adversos.

Pode a atividade física materna modular a programação fetal induzida pela nutrição?

Existe considerável evidência para a indução de diferentes fenótipos em reposta às variações no ambiente fetal e neonatal. O aporte inadequado de nutrientes no período crítico do desenvolvimento está associado ao risco alto de doenças metabólicas na vida adulta, este fenômeno biológico é chamado de programação. A atividade física durante a gestação resulta em adaptações fisiológicas da mãe e no aumento da disponibilidade de nutrientes e oxigênio no espaço feto-placentário. Este trabalho tem como objetivo discutir os mecanismos da indução de programação fetal pela nutrição e o provável efeito modulador da atividade física durante a gestação. Foram utilizadas as bases de dados do Medline Pubmed, Lilacs e Bireme, com publicações entre 1990 até 2008. Os termos de indexação utilizados foram: nutrition, fetal programming, gestation, physical activity, physical exercise, metabolism. Em conclusão, o aporte inadequado de nutrientes programa o aparecimento de doenças metabólicas na vida adulta, enquanto que a atividade física durante a gestação aumenta a disponibilidade de nutrientes e oxigênio, repercutindo positivamente no crescimento fetal e no peso ao nascer.

Emprego de regras de associação para extração de padrões mercadológicos de touros Nelore com avaliação genética

Objetivou-se com este trabalho utilizar regras de associação para identificar forças de mercado que regem a comercialização de touros com avaliação genética pelo programa Nelore Brasil. Essas regras permitem evidenciar padrões implícitos nas transações de grandes bases de dados, indicando causas e efeitos determinantes da oferta e comercialização de touros. Na análise foram considerados 19.736 registros de touros comercializados, 17 fazendas e 15 atributos referentes às diferenças esperadas nas progênies dos reprodutores, local e época da venda. Utilizou-se um sistema com interface gráfica usuário-dirigido que permite geração e seleção interativa de regras de associação. Análise de Pareto foi aplicada para as três medidas objetivas (suporte, confiança e lift) que acompanham cada uma das regras de associação, para validação das mesmas. Foram geradas 2.667 regras de associação, 164 consideradas úteis pelo usuário e 107 válidas para lift ≥ 1,0505. As fazendas participantes do programa Nelore Brasil apresentam especializações na oferta de touros, segundo características para habilidade materna, ganho de peso, fertilidade, precocidade sexual, longevidade, rendimento e terminação de carcaça. Os perfis genéticos dos touros são diferentes para as variedades padrão e mocho. Algumas regiões brasileiras são nichos de mercado para touros sem registro genealógico. A análise de evolução de mercado sugere que o mérito genético total, índice oficial do programa Nelore Brasil, tornou-se um importante índice para comercialização dos touros. Com o uso das regras de associação, foi possível descobrir forças do mercado e identificar combinações de atributos genéticos, geográficos e temporais que determinam a comercialização de touros no programa Nelore Brasil.

ScriptLattes: an open-source knowledge extraction system from the Lattes platform

The Lattes platform is the major scientific information system maintained by the National Council for Scientific and Technological Development (CNPq). This platform allows to manage the curricular information of researchers and institutions working in Brazil based on the so called Lattes Curriculum. However, the public information is individually available for each researcher, not providing the automatic creation of reports of several scientific productions for research groups. It is thus difficult to extract and to summarize useful knowledge for medium to large size groups of researchers. This paper describes the design, implementation and experiences with scriptLattes: an open-source system to create academic reports of groups based on curricula of the Lattes Database. The scriptLattes system is composed by the following modules: (a) data selection, (b) data preprocessing, (c) redundancy treatment, (d) collaboration graph generation among group members, (e) research map generation based on geographical information, and (f) automatic report creation of bibliographical, technical and artistic production, and academic supervisions. The system has been extensively tested for a large variety of research groups of Brazilian institutions, and the generated reports have shown an alternative to easily extract knowledge from data in the context of Lattes platform. The source code, usage instructions and examples are available at http://scriptlattes.sourceforge.net/.

Casamento contemporâneo: revisão de literatura acerca da opção por não ter filhos

Em meio às diversas transformações sofridas pelo casamento e pela família ao longo da história, várias configurações familiares convivem na contemporaneidade: nuclear, monoparental, homoparental, recomposta, entre outras possibilidades. Nesse contexto, aumenta, em vários países, e mais recentemente no Brasil, o número de casais que escolhem não ter filhos. O objetivo deste trabalho foi realizar uma revisão bibliográfica sobre o tema, incluindo publicações nacionais e internacionais. A busca foi feita em bases de dados (Web of Science, PsycINFO, Medline, SciELO, Lilacs, Psicodoc, BVS-Psi, Dedalus), e foram levantados artigos completos em periódicos indexados e resumos de teses e dissertações produzidas nos últimos dez anos. Os resultados coletados abordam diversas facetas do fenômeno da escolha contemporânea por não ter filhos: motivações declaradas, associação entre esse tipo de escolha e a situação profissional, relação com fatores de história de vida e família de origem, satisfação de vida e conjugal, preconceito e estereótipos negativos.

O papel do polimorfismo funcional VNTR da região promotora do gene MAOA nos transtornos psiquiátricos

INTRODUÇÃO: Muitos estudos têm investigado a associação do polimorfismo VNTR (número variável de repetições em série) localizado na região promotora do gene da enzima monoamina oxidase A (MAOA) com alterações no comportamento humano e em diversos transtornos psiquiátricos. OBJETIVO: O objetivo do presente trabalho foi revisar a literatura sobre a participação desse polimorfismo funcional na modulação do comportamento humano para o desenvolvimento dos transtornos psiquiátricos. MÉTODO: A pesquisa foi realizada na literatura em inglês, de janeiro de 1998 a junho de 2009, disponível no Medline, Embase, Web of Science e na base de dados PsycInfo, utilizando os seguintes termos: "MAOA e comportamento humano" e "MAOA e psiquiatria". RESULTADOS: Foram encontrados 3.873 estudos. Desses, 109 foram selecionados e incluídos na revisão. Encontrou-se associação de alelos de baixa atividade do VNTR com transtorno de personalidade antissocial, transtorno de conduta, transtorno de déficit de atenção e hiperatividade, jogo patológico e dependência de substâncias. Alelos da alta atividade da MAOA foram associados a depressão, ansiedade, neuroticismo e anorexia nervosa. Não se encontrou associação entre polimorfismos da MAOA e esquizofrenia e transtorno bipolar. CONCLUSÃO: Os principais achados dão suporte ao papel do polimorfismo VNTR da região promotora do gene da MAOA em alguns transtornos psiquiátricos, apesar das divergências encontradas devidas às dificuldades metodológicas de estudos em genética. De modo geral, os estudos associam os alelos de baixa atividade da MAOA com comportamentos impulsivos e agressivos ("comportamentos hiperativos"), enquanto os alelos de alta atividade do gene são mais associados a "comportamentos hipoativos".