Rapid detection of bovine coronavirus by a semi-nested RT-PCR

Bovine coronavirus (BCoV) is a member of the group 2 of the Coronavirus (Nidovirales: Coronaviridae) and the causative agent of enteritis in both calves and adult bovine, as well as respiratory disease in calves. The present study aimed to develop a semi-nested RT-PCR for the detection of BCoV based on representative up-to-date sequences of the nucleocapsid gene, a conserved region of coronavirus genome. Three primers were designed, the first round with a 463bp and the second (semi-nested) with a 306bp predicted fragment. The analytical sensitivity was determined by 10-fold serial dilutions of the BCoV Kakegawa strain (HA titre: 256) in DEPC treated ultra-pure water, in fetal bovine serum (FBS) and in a BCoV-free fecal suspension, when positive results were found up to the 10-2, 10-3 and 10-7 dilutions, respectively, which suggests that the total amount of RNA in the sample influence the precipitation of pellets by the method of extraction used. When fecal samples was used, a large quantity of total RNA serves as carrier of BCoV RNA, demonstrating a high analytical sensitivity and lack of possible substances inhibiting the PCR. The final semi-nested RT-PCR protocol was applied to 25 fecal samples from adult cows, previously tested by a nested RT-PCR RdRp used as a reference test, resulting in 20 and 17 positives for the first and second tests, respectively, and a substantial agreement was found by kappa statistics (0.694). The high sensitivity and specificity of the new proposed method and the fact that primers were designed based on current BCoV sequences give basis to a more accurate diagnosis of BCoV-caused diseases, as well as to further insights on protocols for the detection of other Coronavirus representatives of both Animal and Public Health importance.

A influência do protocolo de extração de dois pré-molares superiores na estabilidade oclusal do tratamento da Classe II

OBJETIVO: com o propósito de avaliar a influência da extração de dois pré-molares superiores na estabilidade oclusal do tratamento da má oclusão de Classe II completa, foi realizada uma comparação com o protocolo de tratamento sem extrações. MÉTODOS: selecionou-se, a partir das documentações do arquivo da Disciplina de Ortodontia da Faculdade de Odontologia de Bauru, uma amostra composta pelas documentações de 59 pacientes com má oclusão de Classe II completa. Em seguida, dividiu-se essa amostra em dois grupos, apresentando as seguintes características: Grupo 1, constituído por 29 pacientes, tratados sem extrações; e Grupo 2, composto por 30 pacientes, tratados com extrações de dois pré-molares superiores. Os modelos ao início do tratamento, ao final do tratamento e em um período mínimo de 2,4 anos após o tratamento foram medidos e avaliados por meio dos índices oclusais IPT e PAR. As condições oclusais ao final do tratamento e no estágio pós-tratamento, o percentual de recidiva e as alterações oclusais pós-tratamento foram comparados por meio do teste t. RESULTADOS: os resultados demonstraram que os protocolos de tratamento sem extração e com extrações de dois pré-molares superiores não apresentaram, em nenhuma das variáveis avaliadas, diferenças estatisticamente significativas em relação à estabilidade oclusal do tratamento da má oclusão de Classe II completa. CONCLUSÃO: a extração de dois pré-molares superiores no tratamento da má oclusão de Classe II completa não influenciou a estabilidade dos resultados oclusais alcançados ao final da correção ortodôntica. Portanto, terminar o tratamento com uma relação molar em Classe II ou em Classe I proporciona estabilidade semelhante.

Má oclusão Classe I de Angle, com mordida aberta anterior, tratada com extração de dentes permanentes

A mordida aberta é uma anomalia com características distintas que, além da complexidade dos múltiplos fatores etiológicos, traz consequências estéticas e funcionais. Muitas alternativas têm sido utilizadas em seu tratamento, entre elas a grade palatina, forças ortopédicas, ajuste oclusal, camuflagem com ou sem exodontias, mini-implantes ou miniplacas e cirurgia ortognática. O diagnóstico preciso e a determinação da etiologia permitem estabelecer os objetivos e o plano de tratamento ideal para essa má oclusão. O presente relato descreve o tratamento de uma má oclusão Classe I de Angle, com padrão esquelético de Classe II e mordida aberta anterior, realizado em duas fases e que foi apresentado à diretoria do Board Brasileiro de Ortodontia e Ortopedia Facial (BBO), representando a categoria 2, como parte dos requisitos para a obtenção do título de Diplomado pelo BBO.

Extração de incisivo inferior: uma opção de tratamento ortodôntico

A exodontia de um incisivo inferior pode ser considerada uma opção valiosa na busca de excelência nos resultados ortodônticos para obtenção de máxima função, estética e estabilidade. O objetivo deste estudo foi reunir informações referentes às indicações, contraindicações, vantagens, desvantagens e estabilidade dos resultados obtidos nos tratamentos realizados com extração de um incisivo inferior. Essa opção de tratamento pode ser indicada em más oclusões com discrepância de volume dentário anterior devido a incisivos superiores estreitos e/ou incisivos inferiores largos. É contraindicada em más oclusões sem discrepância anterior ou com discrepâncias ocasionadas por incisivos superiores largos e/ou incisivos inferiores estreitos. A literatura sugere maior estabilidade pós-tratamento quando comparada com a opção de extrações de pré-molares. Além do diagnóstico cuidadoso, obtido com a colaboração do set-up, a habilidade e a experiência clínica do profissional são importantes para o sucesso dos resultados ortodônticos alcançados com essa opção de tratamento

Bone quality associated with daily intake of coffee: a biochemical, radiographic and histometric study

Caffeine induces loss of calcium and influences the normal development of bone. This study investigated the effects of coffee on bone metabolism in rats by biochemical measurement of calcium, bone densitometry and histometry. Male rats, born of female treated daily with coffee and with coffee intake since born, were anesthetized, subjected to extraction of the upper right incisor, and sacrificed 7, 21 and 42 days after surgery. Blood and urine samples were taken, and their maxilla radiographed and processed to obtain 5-µm-thick semi-serial sections stained with hematoxylin and eosin. The volume and bone quality were estimated using an image-analysis software. The results showed significantly greater amount of calcium in the plasma (9.40 ± 1.73 versus 9.80 ± 2.05 mg%) and urine (1.00 ± 0.50 versus 1.25 ± 0.70 mg/24 h) and significantly less amount in bone (90.0 ± 1.94 versus 86.0 ± 2.12 mg/mg bone), reduced bone mineral density (1.05 ± 0.11 versus 0.65 ± 0.15 mmAL), and lower amount of bone (76.19 ± 1.6 versus 53.41 ± 2.1 %) (ANOVA; p≤0.01) in animals treated with coffee sacrificed after 42 days. It may be concluded that coffee/caffeine intake caused serious adverse effects on calcium metabolism in rats, including increased levels of calcium in the urine and plasma, decreased bone mineral density and lower volume of bone, thus delaying the bone repair process.

Análise de um ciclone semi-estacionário na costa sul do Brasil associado a bloqueio atmosférico

Na primeira semana de maio de 2008, durante quatro dias, um ciclone em superfície permaneceu semi-estacionário na costa da região sul do Brasil. Este sistema foi responsável por chuvas e ventos fortes no Rio Grande do Sul e Santa Catarina, os quais causaram muitos danos (queda de árvores, enchentes e desabamentos). O objetivo deste trabalho é avaliar o processo de formação e entender os mecanismos responsáveis pelo lento deslocamento do ciclone, já que a maioria dos ciclones nesta região possui deslocamento mais rápido. A equação de desenvolvimento de Sutcliffe mostrou que a advecção de vorticidade absoluta ciclônica na média troposfera e a advecção de ar quente na camada entre 1000-500 hPa foram mecanismos importantes para a ciclogênese. Neste período, o intenso aquecimento diabático também contribuiu para a ciclogênese, à medida que se contrapôs ao intenso resfriamento adiabático devido aos movimentos verticais ascendentes. A advecção de vorticidade absoluta ciclônica que favoreceu a ciclogênese esteve associada a um Vórtice Ciclônico em Altos Níveis (VCAN), que se formou numa região de anomalia de vorticidade potencial. O VCAN se manteve semi-estacionário e compôs o setor norte de um bloqueio do tipo dipolo. Tal bloqueio intensificou um anticiclone em superfície, situado a sul/leste do ciclone, o que contribuiu para o ciclone se manter semi-estacionário. O movimento atípico e lento do ciclone para sul, e em alguns períodos para sudoeste, esteve associado com advecções de vorticidade absoluta ciclônica na média troposfera e de ar quente no seu setor sul. Somente quando o bloqueio em níveis médios e a anomalia de vorticidade potencial em níveis médios/altos se enfraqueceram, o ciclone em superfície se afastou da costa sul do Brasil.

Convecção linearmente organizada na área de Petrolina, semi-árido do Nordeste do Brasil: aspectos em meso e grande escala

É apresentado um estudo sobre sistemas convectivos linearmente organizados e observados por um radar meteorológico banda-C na região semi-árida do Nordeste do Brasil. São analisados três dias (27 a 29) de março de 1985, com ênfase na investigação do papel desempenhado por fatores locais e de grande escala no desenvolvimento dos sistemas. No cenário de grande escala, a área de cobertura do radar foi influenciada por um cavado de ar superior austral no dia 27 e por um vórtice ciclônico de altos níveis no dia 29. A convergência de umidade próxima à superfície favoreceu a atividade convectiva nos dias 27 e 29, enquanto que divergência de umidade próxima à superfície inibiu a atividade convectiva no dia 28. No cenário de mesoescala, foi observado que o aquecimento diurno é um fator importante para a formação de células convectivas, somando-se a ele o papel determinante da orografia na localização dos ecos. De maneira geral, as imagens de radar mostram os sistemas convectivos linearmente organizados em áreas elevadas e núcleos convectivos intensos envolvidos por uma área de precipitação estratiforme. Os resultados indicam que convergência do fluxo de umidade em grande escala e aquecimento radiativo, são fatores determinantes na evolução e desenvolvimento dos ecos na área de estudo.

Emprego de regras de associação para extração de padrões mercadológicos de touros Nelore com avaliação genética

Objetivou-se com este trabalho utilizar regras de associação para identificar forças de mercado que regem a comercialização de touros com avaliação genética pelo programa Nelore Brasil. Essas regras permitem evidenciar padrões implícitos nas transações de grandes bases de dados, indicando causas e efeitos determinantes da oferta e comercialização de touros. Na análise foram considerados 19.736 registros de touros comercializados, 17 fazendas e 15 atributos referentes às diferenças esperadas nas progênies dos reprodutores, local e época da venda. Utilizou-se um sistema com interface gráfica usuário-dirigido que permite geração e seleção interativa de regras de associação. Análise de Pareto foi aplicada para as três medidas objetivas (suporte, confiança e lift) que acompanham cada uma das regras de associação, para validação das mesmas. Foram geradas 2.667 regras de associação, 164 consideradas úteis pelo usuário e 107 válidas para lift ≥ 1,0505. As fazendas participantes do programa Nelore Brasil apresentam especializações na oferta de touros, segundo características para habilidade materna, ganho de peso, fertilidade, precocidade sexual, longevidade, rendimento e terminação de carcaça. Os perfis genéticos dos touros são diferentes para as variedades padrão e mocho. Algumas regiões brasileiras são nichos de mercado para touros sem registro genealógico. A análise de evolução de mercado sugere que o mérito genético total, índice oficial do programa Nelore Brasil, tornou-se um importante índice para comercialização dos touros. Com o uso das regras de associação, foi possível descobrir forças do mercado e identificar combinações de atributos genéticos, geográficos e temporais que determinam a comercialização de touros no programa Nelore Brasil.

Avaliação de solventes de extração por ultrassom usando-se cromatografia líquida de alta eficiência para a determinação de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos em solos contaminados

A method using ultrasonication extraction for the determination of 17 polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), selected by the USEPA and NIOSH as "consent decree" priority pollutants, in soil by High Performance Liquid Chromatography (HPLC) was studied. Separation and detection were completed in 20 min with a C18 columm, acetonitrile-water gradient elution and ultraviolet absorption and fluorescence detections. The detection limits, for a 10 µL of solution injection, were less than 9,917 ng/g in UV detection and less than 1,866 ng/g in fluorescence detection. Several organic solvents were tested for extraction of the 17 PAHs from soils. Acetone was the best solvent among the three solvents tested, and the order of the extraction efficiencies was: acetone>methanol>acetonitrile. Ultrasonication using acetone as solvent extraction was used to evaluate the biodegradation of those compounds in contaminated soil during a vermicomposting process.

Extração de β-caroteno de cenouras: uma proposta para disciplinas experimentais de química

This paper reports on the development of a simple and fast procedure for β-carotene extraction from carrots and its quantification by UV/Vis spectroscopy. Carotenoids extracted from carrots may also be used as alternative reagents for TLC (thin layer chromatography) detection of natural compounds with antioxidant properties, replacing the commercial p.a. grade β-carotene. Although this reagent had around 10% b-carotene, it proved to be as efficient for TLC analysis as the commercial p.a. grade β-carotene. This practice is a useful alternative for teaching undergraduate organic chemistry laboratory classes.

Extração seletiva de metais pesados em sedimentos de fundo do Rio Tietê, São Paulo

Sediment samples from Tietê river were submitted to chemical and sequential extractions of heavy metals (Cd, Cr, Cu, Ni, Pb and Zn). It was followed a single extraction by using 0.1 mol L-1 hydrochloric acid and a sequential procedure to evaluate possible chemical associations described as exchangeable, carbonate, reducible oxides, sulfide, organic matter and residual fractions. High concentrations of heavy metals were determined at Pirapora reservoir, which is closer to the Metropolitan Area of São Paulo while for Barra Bonita reservoir, the results showed low concentrations for such elements. Acid volatile sulfides, grain size distribution and carbon contents were also determined.

Estudo da mobilização de metais e elementos traços em ambientes aquáticos do semi-árido brasileiro aplicando análises de componentes principais

The spatial and temporal retention of metals has been studied in water and sediments of the Gavião River, Anagé and Tremedal Reservoirs, located in the semi-arid region, Bahia - Brazil, in order to identify trends in the fluxes of metals from the sediments to the water column. The determination of metals was made by ICP OES and ET AAS. The application of statistical methods showed that this aquatic system presents suitable conditions to move Cd2+ and Pb2+ from the water column to the sediment.

Antileishmanial Activity of the Hydroalcoholic Extract of Miconia langsdorffii, Isolated Compounds, and Semi-Synthetic Derivatives

The in vitro activity of the crude hydroalcoholic extract of the aerial parts of Miconia langsdorffii Cogn. was evaluated against the promastigote forms of L. amazonensis, the causative agent of cutaneous leishmaniasis in humans. The bioassay-guided fractionation of this extract led to identification of the triterpenes ursolic acid and oleanolic acid as the major compounds in the fraction that displayed the highest activity. Several ursolic acid semi-synthetic derivatives were prepared, to find out whether more active compounds could be obtained. Among these ursolic acid-derived substances, the C-28 methyl ester derivative exhibited the best antileishmanial activity.

Quantitative constraints on the transport properties of hot partonic matter from semi-inclusive single high transverse momentum pion suppression in Au plus Au collisions at root S(NN)=200 GeV

The PHENIX experiment has measured the suppression of semi-inclusive single high-transverse-momentum pi(0)'s in Au+Au collisions at root s(NN) = 200 GeV. The present understanding of this suppression is in terms of energy loss of the parent (fragmenting) parton in a dense color-charge medium. We have performed a quantitative comparison between various parton energy-loss models and our experimental data. The statistical point-to-point uncorrelated as well as correlated systematic uncertainties are taken into account in the comparison. We detail this methodology and the resulting constraint on the model parameters, such as the initial color-charge density dN(g)/dy, the medium transport coefficient <(q) over cap >, or the initial energy-loss parameter epsilon(0). We find that high-transverse-momentum pi(0) suppression in Au+Au collisions has sufficient precision to constrain these model-dependent parameters at the +/- 20-25% (one standard deviation) level. These constraints include only the experimental uncertainties, and further studies are needed to compute the corresponding theoretical uncertainties.

A Semi-Tethered Test for Power Assessment in Running

We analyzed the usefulness of a semi-tethered field running test (STR) and the relationships between indices of anaerobic power, anaerobic capacity and running performance in 9 trained male sprinters (22.2 +/- 2.9 yrs, 176 +/- 1 cm, 68.0 +/- 9.4 kg). STR involved an all out 120 m run attached to an apparatus that enabled power calculation from force and velocity measures. Subjects also carried out a cycloergometer Win-gate Anaerobic Test (WT), an all out 300 m run and had accessed their maximal accumulated oxygen deficit (MAOD) on a treadmill. Peak and mean powers attained in STR (1 720 +/- 221 and 1 391 +/- 201 W) were greater but significantly related (r=0.82; P<0.01) to those in the WT (808 +/- 130 and 603 +/- 87 W). In addition, power measures derived from the STR were stronger related to running performance compared to those from the WT (r=0.81-0.94 vs. 0.68-0.84; P<0.05). Relationships between MAOD and most power indices were only weak to moderate. These results support the usefulness of STR for specific power assessment in field running and suggest that anaerobic power and capacity are not related entities, irrespective of having been evaluated using similar or dissimilar exercise modes.