Production and body composition traits of broilers in relation to breast weight evaluated by path analysis

Breast weight has great economic importance in poultry industry, and may be associated with other variables. This work aimed to estimate phenotypic correlations between performance (live body weight at 7 and 28 days, and at slaughter, and depth of the breast muscle measured by ultrasonography), carcass (eviscerated body weight and leg weight) and body composition (heart, liver and abdominal fat weight) traits in a broiler line, and quantify the direct and indirect influence of these traits on breast weight. Path analysis was used by expanding the matrix of partial correlation in coefficients which give the direct influence of one trait on another, regardless the effect of the other traits. The simultaneous maintenance of live body weight at slaughter and eviscerated body weight in the matrix of correlations might be harmful for statistical analysis involving systems of normal equations, like path analysis, due to the observed multicollinearity. The live body weight at slaughter and the depth of the breast muscle as measured by ultrasonography directly affected breast weight and were identified as the most responsible factors for the magnitude of the correlation coefficients obtained between the studied traits and breast weight. Individual pre-selection for these traits could favor an increased breast weight in the future reproducer candidates of this line if the broilers' environmental conditions and housing are maintained, since the live body weight at slaughter and the depth of breast muscle measured by ultrasonography were directly related to breast weight.

PENCALC: a program for penetrance estimation in autosomal dominant diseases

We present a computer program developed for estimating penetrance rates in autosomal dominant diseases by means of family kinship and phenotype information contained within the pedigrees. The program also determines the exact 95% credibility interval for the penetrance estimate. Both executable (PenCalc for Windows) and web versions (PenCalcWeb) of the software are available. The web version enables further calculations, such as heterozygosity probabilities and assessment of offspring risks for all individuals in the pedigrees. Both programs can be accessed and down-loaded freely at the home-page address http://www.ib.usp.br/~otto/software.htm.

Neural networks and statistical analysis for classification of corneal videokeratography maps based on Zernike coefficients: a quantitative comparison

PURPOSE: The main goal of this study was to develop and compare two different techniques for classification of specific types of corneal shapes when Zernike coefficients are used as inputs. A feed-forward artificial Neural Network (NN) and discriminant analysis (DA) techniques were used. METHODS: The inputs both for the NN and DA were the first 15 standard Zernike coefficients for 80 previously classified corneal elevation data files from an Eyesys System 2000 Videokeratograph (VK), installed at the Departamento de Oftalmologia of the Escola Paulista de Medicina, São Paulo. The NN had 5 output neurons which were associated with 5 typical corneal shapes: keratoconus, with-the-rule astigmatism, against-the-rule astigmatism, "regular" or "normal" shape and post-PRK. RESULTS: The NN and DA responses were statistically analyzed in terms of precision ([true positive+true negative]/total number of cases). Mean overall results for all cases for the NN and DA techniques were, respectively, 94% and 84.8%. CONCLUSION: Although we used a relatively small database, results obtained in the present study indicate that Zernike polynomials as descriptors of corneal shape may be a reliable parameter as input data for diagnostic automation of VK maps, using either NN or DA.

Dose de exposição radiométrica de granitos do estado de Rondônia, Brasil

Este trabalho avaliou a concentração dos radioelementos K, eU e eTh em amostras de granitos do Estado de Rondônia, Brasil. A análise estatística dos dados obtidos indicou que eles seguem distribuições lognormais. Os valores modais encontrados correspondem a cerca de 11% para K, 29 ppm para eU e 85 ppm para eTh. Correlações diretas significativas foram determinadas entre as concentrações dos três radioelementos, isto é, r = 0,71 (entre K e eU), r = 0,72 (entre K e eTh)e r = 0,72 (entre eU e eTh), sugerindo que são congruentes os processos de seu acúmulo nos minerais das rochas analisadas. Os dados de concentração permitiram estimar a taxa de dose absorvida de radiação no ar acima de 1 m do nível do terreno, a qual também segue uma distribuição lognormal, com valor modal de 2,7 mSv/ano, que é ligeiramente superior à média global de 2,4 mSv/ano. Os resultados obtidos também permitiram avaliar, do ponto de vista radiométrico, se os granitos analisados são adequados para emprego como revestimento em construção civil.

As técnicas NASVD e MNF e sua aplicação na redução de ruídos em dados gamaespectrométricos

A desintegração radioativa é um processo aleatório e a estimativa de todas as medidas associadas é governada por leis estatísticas. Os perfis de taxas de contagem são sempre "ruidosos" quando utilizados períodos curtos como um segundo para cada medida. Os filtros utilizados e posteriormente as correções feitas no processamento atual de dados gamaespectrométricos não são suficientes para remover ou diminuir, consideravelmente, o ruído oriundo do espectro. Dois métodos estatísticos que atuam diretamente nos dados coletados, isto é, nos espectros, vêm sendo sugeridos na literatura para remover e minimizar estes ruídos remanescentes o Noise-Adjusted Singular Value Decomposition - NASVD e Maximum Noise Fraction - MNF. Estes métodos produzem uma redução no ruído de forma significativa. Neste trabalho eles foram implementados dentro do ambiente de processamento do software Oasis Montaj e aplicados na área compreendida pelos blocos I e II do levantamento aerogeofísico que recobre a porção oeste da Província Mineral do Tapajós, entre os Estados do Pará e Amazonas. Os dados filtrados e não-filtrados com as técnicas de NASVD e MNF foram processados com os parâmetros e constantes fornecidos pela empresa Lasa Engenharia e Prospecções S.A., sendo estes comparados. Os resultados da comparação entre perfis e mapas apresentaram-se de forma promissora, pois houve um ganho na resolução dos produtos.

Spatial analysis of urban violence based on emergency room data

OBJECTIVE: To estimate the spatial intensity of urban violence events using wavelet-based methods and emergency room data. METHODS: Information on victims attended at the emergency room of a public hospital in the city of São Paulo, Southeastern Brazil, from January 1, 2002 to January 11, 2003 were obtained from hospital records. The spatial distribution of 3,540 events was recorded and a uniform random procedure was used to allocate records with incomplete addresses. Point processes and wavelet analysis technique were used to estimate the spatial intensity, defined as the expected number of events by unit area. RESULTS: Of all georeferenced points, 59% were accidents and 40% were assaults. There is a non-homogeneous spatial distribution of the events with high concentration in two districts and three large avenues in the southern area of the city of São Paulo. CONCLUSIONS: Hospital records combined with methodological tools to estimate intensity of events are useful to study urban violence. The wavelet analysis is useful in the computation of the expected number of events and their respective confidence bands for any sub-region and, consequently, in the specification of risk estimates that could be used in decision-making processes for public policies.

Envelhecimento e deficiência auditiva referida: um estudo de base populacional

O objetivo do estudo foi estimar a prevalência da deficiência auditiva referida por idosos do Município de São Paulo, Brasil, segundo características sociodemográficas e descrever características atribuídas a esta deficiência. Os dados são provenientes do Inquérito de Saúde do Município de São Paulo (ISA-Capital/2003), com análise do subgrupo dos idosos (n = 872). Realizaram-se o teste do χ2 e a análise de regressão de Poisson. A prevalência da deficiência auditiva referida pelos idosos foi 11,2% e foi maior entre os homens (RP = 1,86; IC95%: 1,19-2,92). Observou-se grande desconhecimento dos idosos quanto às causas da deficiência auditiva referida (42,5%), 25,5% relataram ter dificuldades em atividades de lazer, 11,4% necessitavam de ajuda para atividades cotidianas e 63,3% relataram não necessitar de assistência em decorrência deste déficit. A alta prevalência de deficiência auditiva referida pelos idosos, principalmente do sexo masculino, remete à relevância deste problema para a saúde pública, já que o envelhecimento populacional é uma realidade nova e vem acompanhada de exigências ainda desconhecidas por profissionais e pelo poder público.

Medidas de associação em estudo transversal com delineamento complexo: razão de chances e razão de prevalência

O objetivo deste estudo foi apresentar e discutir a utilização das medidas de associação: razão de chances e razão de prevalências, em dados obtidos de estudo transversal realizado em 2001-2002, utilizando-se amostra estratificada por conglomerados em dois estágios (n=1.958). As razões de chances e razões de prevalências foram estimadas por meio de regressão logística não condicional e regressão de Poisson, respectivamente, utilizando-se o pacote estatístico Stata 7.0. Intervalos de confiança e efeitos do desenho foram considerados na avaliação da precisão das estimativas. Dois desfechos do estudo transversal com diferentes níveis de prevalência foram avaliados: vacinação contra influenza (66,1%) e doença pulmonar referida (6,9%). Na situação em que a prevalência foi alta, as estimativas das razões de prevalência foram mais conservadoras com intervalos de confiança menores. Na avaliação do desfecho de baixa prevalência, não se observaram grandes diferenças numéricas entre as estimações das razões de chances e razões de prevalência e erros-padrão obtidos por uma ou outra técnica. O efeito do desenho maior que a unidade indicou que a amostragem complexa, em ambos os casos, aumentou da variância das estimativas. Cabe ao pesquisador a escolha da técnica e do estimador mais adequado ao seu objeto de estudo, permanecendo a escolha no âmbito epidemiológico.

Within- and between-person variations as determinant factors to calculate the number of observations to estimate usual dietary intake of adolescents

This cross-sectional study describes the variation in the dietary intake of energy and macronutrients based on estimated coefficients of within- and between-person variation and intends to calculate the number of days required to evaluate the dietary intake of adolescents in Piracicaba, Brazil. The sample was made up by ninety-two adolescents aged between eleven and sixteen years. Interviews were performed to assess demographic, anthropometric and dietary variables, which were evaluated by the answers obtained through two 24-hour recalls. Descriptive analyses were performed and variances and Coefficients of variation within- and between-person were obtained by results of one-way ANOVA. The mean energy intake observed was 2,326.2 kilocalories; mean macronutrient intake came to 89.0 grams of fatty acids, 305.3 grams of carbohydrates and 82.2 grams of proteins. Coefficients of within-person variation ranged from 36% to 45%, while between-person coefficients varied from 26% to 31%. Variance ratios ranged from 1.35 (carbohydrate) to 2.62 (protein). The lowest number of observations required to correctly evaluate the usual diet calculated (r = 0.90) was six days, for carbohydrates while the highest was eleven, for proteins. Coefficients of variation were similar to those observed in international studies. We conclude that, in this study, two observations were sufficient to obtain reasonable correlations. However, six evaluations are necessary for these adolescents in order to obtain excellent correlations.

Causas de variação nos preços de bovinos nelore elite no Brasil

Este trabalho teve por objetivo estudar as causas de variação nos preços de bovinos da raça nelore pertencentes a rebanhos de seleção, os quais foram comercializados em leilões, para verificar as influências das avaliações genéticas e dos julgamentos de exterior sobre esses preços. Para tanto, foram computados os preços de venda de 426 bovinos da referida raça em 12 leilões ocorridos em diversas localidades brasileiras (regiões Centro-Oeste, Norte e Sudeste), entre os anos de 2002 e 2005. O valor médio foi de R$ 3.325,49, sendo o mínimo de R$ 1.400,00 e o máximo de R$ 10.500,00. Esses dados foram digitados juntamente com outras informações que eram apresentadas nos catálogos dos leilões. As informações registradas incluíram o sexo de cada animal, o nome do leilão e as DEPs informadas nos catálogos. Além da avaliação da influência das informações dos catálogos, também foi avaliada a influência das informações dos reprodutores, pais dos animais vendidos nos leilões, envolvendo suas DEPs publicadas em um sumário de reprodutores da raça e as pontuações de suas progênies em julgamentos. Os métodos estatísticos aplicados foram análises de variâncias e análises de agrupamento (método K-médias). Como resultado, foi observado que animais com superioridade genética em características relacionadas a desempenho ponderal, considerando-se os efeitos diretos e maternos, foram valorizados ao serem comercializados nos leilões. Em contra-partida, a pontuação dos reprodutores nos julgamentos não teve influência significativa sobre os preços médios de venda de suas progênies nos leilões.

Características agronômicas do Panicum maximum cv. "Mombaça" submetido a níveis crescentes de fósforo

O objetivo deste experimento foi avaliar o efeito da adição de doses crescentes de P2O5 sobre a altura do dossel, o número de perfilhos e a produção de matéria seca de folhas e de colmos do capim-Mombaça, em diferentes idades. Foi conduzido um experimento implantado em um Nitossolo Vermelho Eutrófico. O delineamento experimental usado foi o de blocos completos casualizados, com quatro repetições, cinco doses de P2O5 (30, 60, 90, 120 e 150kg ha-1) e uma testemunha. Para a primeira e segunda coletas, observou-se o efeito linear do fósforo sobre o perfilhamento. Para a terceira e quarta coletas, os dados ajustaram-se ao modelo quadrático. A participação das lâminas foliares na matéria seca da parte aérea diminuiu com as doses de P2O5. Por outro lado, a participação de colmos aumentou com as doses de P2O5. A produção de matéria seca (MS) da parte aérea para primeira, segunda e terceira coletas respondeu de forma linear à aplicação de P2O5 observando-se um aumento estimado de 7, 15 e 19kg ha-1 de MS por kg ha-1 de P2O5, respectivamente. Para a quarta coleta, os dados ajustaram-se ao modelo quadrático de regressão, sendo a máxima produção, 8,3Mg ha-1 de MS, obtida com a aplicação de 103kg ha-1 de P2O5.

Influência da proteína de soja e dos exercícios com pesos sobre o gasto energético de repouso de mulheres na pós-menopausa

OBJETIVO: Analisar a influência da ingestão alimentar de proteína da soja e dos exercícios com pesos sobre o gasto energético de repouso (GER) de mulheres na pós-menopausa. MÉTODOS: Ensaio clínico, 16 semanas, envolvendo 60 mulheres, 59 (7) anos, distribuídas em quatro grupos: G1 (proteína da soja e exercício), G2 (placebo e exercício), G3 (proteína da soja e sem exercício) e G4 (placebo e sem exercício). A proteína da soja e o placebo (maltodextrina) foram distribuídos, aleatoriamente, sob a forma de pó, na porção de 25 gramas/dia. Foram 10 exercícios com pesos, realizados em três sessões semanais, com 3 séries de 8-12 repetições cada, carga de 60 por cento-80 por cento de uma repetição máxima (RM). O GER foi calculado a partir do O2 e CO2, obtidos por calorimetria indireta (Quinton-QMC®), durante 30 minutos, sob temperatura e umidade controladas. Na análise estatística foi utilizada ANOVA, teste T de Student e regressão múltipla, por meio do software Stata 9.2, α<0,05. RESULTADOS: As mulheres apresentaram homogeneidade em todas as variáveis do estudo. Houve aumento, significante, do GER (p<0,05) no G1 (158 kcal/dia) e G2 (110 kcal/dia), correspondente a 17 por cento e 9 por cento, respectivamente, enquanto, o G4, diminuição em 4 por cento (p<0,05). CONCLUSÃO: Exercícios com pesos são determinantes para o aumento do gasto energético de repouso, de mulheres na pós-menopausa, podendo ser potencializado pela ingestão de proteína da soja

Estimativa do consumo de energia e de macronutrientes no domicílio e na escola em pré-escolares

OBJETIVO: Estimar o consumo de energia e de macronutrientes no domicílio e na escola em tempo integral em crianças de 2 a 6 anos e pesquisar diferenças no consumo entre as crianças de escolas públicas e particulares. MÉTODOS: Estudo transversal realizado com 362 pré-escolares em Caxias do Sul (RS). O estado nutricional foi avaliado pela razão peso para estatura. O consumo na escola foi avaliado por meio do método de pesagem direta individual dos alimentos consumidos pelas crianças e, no domicílio, por meio do método de registro alimentar realizado pelos pais ou responsáveis. Para as análises estatísticas utilizou-se o teste U de Mann-Whitney (p < 0,05). RESULTADOS: Observou-se que 28 crianças (7,7 por cento) apresentaram excesso de peso, 92 (25,4 por cento), risco para excesso de peso e sete (1,9 por cento), baixo peso para a estatura. A avaliação da ingestão alimentar em 24 horas mostrou que 51,3 por cento da energia, 60,3 por cento dos lipídios e 51,6 por cento das proteínas foramconsumidos nos domicílios, apesar de as crianças permanecerem em período integral nas escolas. Observou-se maior ingestão de energia (p = 0,001), carboidratos (p < 0,001) e lipídios (p = 0,04) nos pré-escolares de escolas particulares em relação aos de escolas públicas, porém o consumo total diário se mostrou similar nas diferentes instituições. CONCLUSÕES: Os achados sugerem que as crianças consomem proporcionalmente mais energia, proteínas e lipídios nas refeições complementares dos domicílios em relação às refeições diárias nas escolas infantis. Apesar das diferenças de consumo entre as escolas públicas e particulares, a ingestão diária mostrou-se similar entre as crianças

Turbulence in collisionless plasmas: statistical analysis from numerical simulations with pressure anisotropy

In recent years, we have experienced increasing interest in the understanding of the physical properties of collisionless plasmas, mostly because of the large number of astrophysical environments (e. g. the intracluster medium (ICM)) containing magnetic fields that are strong enough to be coupled with the ionized gas and characterized by densities sufficiently low to prevent the pressure isotropization with respect to the magnetic line direction. Under these conditions, a new class of kinetic instabilities arises, such as firehose and mirror instabilities, which have been studied extensively in the literature. Their role in the turbulence evolution and cascade process in the presence of pressure anisotropy, however, is still unclear. In this work, we present the first statistical analysis of turbulence in collisionless plasmas using three-dimensional numerical simulations and solving double-isothermal magnetohydrodynamic equations with the Chew-Goldberger-Low laws closure (CGL-MHD). We study models with different initial conditions to account for the firehose and mirror instabilities and to obtain different turbulent regimes. We found that the CGL-MHD subsonic and supersonic turbulences show small differences compared to the MHD models in most cases. However, in the regimes of strong kinetic instabilities, the statistics, i.e. the probability distribution functions (PDFs) of density and velocity, are very different. In subsonic models, the instabilities cause an increase in the dispersion of density, while the dispersion of velocity is increased by a large factor in some cases. Moreover, the spectra of density and velocity show increased power at small scales explained by the high growth rate of the instabilities. Finally, we calculated the structure functions of velocity and density fluctuations in the local reference frame defined by the direction of magnetic lines. The results indicate that in some cases the instabilities significantly increase the anisotropy of fluctuations. These results, even though preliminary and restricted to very specific conditions, show that the physical properties of turbulence in collisionless plasmas, as those found in the ICM, may be very different from what has been largely believed.

Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries

Background: Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is one of the most common malignancies in humans. The average 5-year survival rate is one of the lowest among aggressive cancers, showing no significant improvement in recent years. When detected early, HNSCC has a good prognosis, but most patients present metastatic disease at the time of diagnosis, which significantly reduces survival rate. Despite extensive research, no molecular markers are currently available for diagnostic or prognostic purposes. Methods: Aiming to identify differentially-expressed genes involved in laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) development and progression, we generated individual Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) libraries from a metastatic and non-metastatic larynx carcinoma, as well as from a normal larynx mucosa sample. Approximately 54,000 unique tags were sequenced in three libraries. Results: Statistical data analysis identified a subset of 1,216 differentially expressed tags between tumor and normal libraries, and 894 differentially expressed tags between metastatic and non-metastatic carcinomas. Three genes displaying differential regulation, one down-regulated (KRT31) and two up-regulated (BST2, MFAP2), as well as one with a non-significant differential expression pattern (GNA15) in our SAGE data were selected for real-time polymerase chain reaction (PCR) in a set of HNSCC samples. Consistent with our statistical analysis, quantitative PCR confirmed the upregulation of BST2 and MFAP2 and the downregulation of KRT31 when samples of HNSCC were compared to tumor-free surgical margins. As expected, GNA15 presented a non-significant differential expression pattern when tumor samples were compared to normal tissues. Conclusion: To the best of our knowledge, this is the first study reporting SAGE data in head and neck squamous cell tumors. Statistical analysis was effective in identifying differentially expressed genes reportedly involved in cancer development. The differential expression of a subset of genes was confirmed in additional larynx carcinoma samples and in carcinomas from a distinct head and neck subsite. This result suggests the existence of potential common biomarkers for prognosis and targeted-therapy development in this heterogeneous type of tumor.