Advanced functionality for radio analysis in the Offline software framework of the Pierre Auger Observatory

The advent of the Auger Engineering Radio Array (AERA) necessitates the development of a powerful framework for the analysis of radio measurements of cosmic ray air showers. As AERA performs ""radio-hybrid"" measurements of air shower radio emission in coincidence with the surface particle detectors and fluorescence telescopes of the Pierre Auger Observatory, the radio analysis functionality had to be incorporated in the existing hybrid analysis solutions for fluorescence and surface detector data. This goal has been achieved in a natural way by extending the existing Auger Offline software framework with radio functionality. In this article, we lay out the design, highlights and features of the radio extension implemented in the Auger Offline framework. Its functionality has achieved a high degree of sophistication and offers advanced features such as vectorial reconstruction of the electric field, advanced signal processing algorithms, a transparent and efficient handling of FFTs, a very detailed simulation of detector effects, and the read-in of multiple data formats including data from various radio simulation codes. The source code of this radio functionality can be made available to interested parties on request. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Self-perception and malocclusion and their relation to oral appearance and function

The aim of this study was to evaluate the relationship between malocclusion and self-perception of oral appearance/function, in 12/15-year-old Brazilian adolescents. The cluster sample consisted of 717 teenagers attending 24 urban public (n=611) and 5 rural public (n=107) schools in Maringá/PR. Malocclusion was measured using the Dental Aesthetic Index (DAI), in accordance with WHO recommendations. A parental questionnaire was applied to collect information on esthetic perception level and oral variables related to oral health. Univariate and multiple logistic regression analyses were performed. Multiple logistic regression confirmed that for 12-year-old, missing teeth (OR=2.865) and presence of openbite (open occlusal relationship) (OR=2.865) were risk indicators for speech capability. With regard to 15-year-old, presence of mandibular overjet (horizontal overlap) (OR=4.016) was a risk indicator for speech capability and molar relationship (OR=1.661) was a risk indicator for chewing capability. The impact of malocclusion on adolescents' life was confirmed in this study. Speech and chewing capability were associated with orthodontic deviations, which should be taken into consideration in oral health planning, to identify risk groups and improve community health services.

Risk indicators for aggressive periodontitis in an untreated isolated young population from Brazil

This study aimed to assess the prevalence of aggressive periodontitis (AgP), and to investigate the association between demographic, socioeconomic and behavioral risk indicators with AgP in an untreated and isolated young population in Southeastern Brazil. For this cross-sectional survey, 134 subjects aged 12-29 years were selected by a census. Of those eligible, 101 subjects received a full-mouth clinical examination, and were interviewed using a structured written questionnaire. Cases were defined as individuals with 4 or more teeth with attachment loss > 4 mm or > 5 mm in the age groups 12-19 and 20-29, respectively. Overall, 9.9% of the subjects presented AgP (10.3% of the 12-19-year-olds and 9.7% of the 20-29-year-olds). The only risk indicator significantly associated with AgP in this isolated population was a high proportion of sites (> 30%) presenting supragingival calculus [OR = 23.2]. Having experienced an urgency dental treatment was a protective factor for AgP [OR = 0.1]. The authors concluded that this isolated and untreated population from Brazil presented a high prevalence of AgP. Local plaque-retaining factors played a major role in the prevalence of AgP in this isolated population, and should be included in further studies evaluating this destructive periodontal disease form.

Morfologia e funcionalidade do pneumócito tipo II e sua relação e variação com a idade gestacional em bovinos

Este estudo objetivou caracterizar a presença de pneumócitos tipo II e o início da produção de lipoproteína surfactante em bovinos, correlacionando a idade gestacional com a síntese de surfactante durante o desenvolvimento fetal. Pulmões de fetos com quatro meses de idade gestacional estavam na fase canalicular de desenvolvimento, sem a presença de pneumócitos tipo II ou bandas eletroforéticas compatíveis com a presença de proteínas surfactante. No 5° mês gestacional, os pulmões dos fetos encontravam-se em fase de saculação terminal, com a presença de alvéolos por epitélio cúbico, com áreas formadas por pneumócitos I e II. Nesse período ainda não foi possível identificar proteína surfactante nos pulmões. Esses órgãos em fetos com seis meses de idade gestacional estavam em fase de saco terminal, com presença de pneumócitos tipo I e II. Nessa fase a análise para determinação protéica do surfactante de feto bovino (SDS - PAGE) demonstrou presença de bandas entre 26 e 36kDa, confirmando produção de SP - A, proteína surfactante encontrada em maior quantidade. A partir do 7° mês gestacional, a fase de saco terminal é mais evidente e complexa, com desenvolvimento de intensa vascularização. O pneumócito tipo I apresentava aspecto mais pavimentoso, e o tipo II apresentava aspecto mais globoso. Na análise SDS - PAGE do lavado bronco - alveolar, bandas de proteína surfactante com aspecto similar ao de animais recém-nascidos foram encontradas. Em recém-nascidos, pulmões na fase alveolar foram observados com pneumócitos tipo I e II característicos. O perfil das bandas do lavado bronco-alveolar dos recém-nascidos foi igual ao de animais adultos. Esses achados sugerem que um animal nascido precocemente, a partir dos sete meses de gestação, teria sua sobrevivência garantida devido a uma possível funcionalidade do sistema respiratório do feto, pois o pulmão possuiria as características necessárias para a síntese de proteínas surfactantes. Entretanto, mais estudos clínicos sobre a funcionalidade do sistema respiratório abrem novas fronteiras de experimentos sobre fisiologia respiratória em recém-nascidos bovinos.

Composition, functional properties and sensory characteristics of Mozzarella cheese manufactured from different somatic cell counts in milk

In the present study, composition, functional properties and sensory characteristics of Mozzarella cheese produced from milk with somatic cell counts (SCC) at low (<200,000 cells/mL), intermediate (≈400,000 cells/mL) and high (>800,000 cells/mL) levels were investigated. Three batches of cheese were produced for each SCC category. The cheeses were vacuum packed in plastic bags and analysed after 2, 9, 16, 23 and 30 days of storage at 4ºC. SCC level did not affect the moisture, fat, total protein and ash content, mesophilic and psychrotrophic bacteria, and sensory parameters of Mozzarella cheese. However, meltability increased in cheese manufactured from high SCC milk. Results indicated that raw milk used to produce Mozzarella cheese should not contain high SCC (>800,000 cells/mL) in order to avoid changes in the functional properties of the Mozzarella cheese.

Avaliação da proliferação celular como indicador prognóstico para mastocitomas cutâneos caninos

Este estudo teve como objetivo avaliar o valor prognóstico de marcadores de proliferação celular em casos de mastocitomas cutâneos caninos. Vinte e três casos foram analisados quanto à expressão imuno-histoquímica de Ki67 e do Antígeno Nuclear de Proliferação Celular (PCNA), sendo subsequentemente acompanhados clinicamente. Observou-se que a expressão de Ki67 mantém relação negativa com a tradicional graduação histopatológica (p= 0,0418; p<0,05 entre os graus I e III), sendo um indicador confiável para o tempo de sobrevida pós-cirúrgica (p=0,0089). A imunoexpressão de PCNA, apesar de estar correlacionada à marcação por Ki67, não apresentou valores estatisticamente significantes na predição da mortalidade em função da doença e do tempo de sobrevida pós-cirúrgico. Os resultados obtidos confirmam que informações sobre a atividade proliferativa tumoral pela detecção imuno-histoquímica de Ki67 podem incrementar a classificação de mastocitomas cutâneos caninos quanto à malignidade.

Estádio sucessional e fatores geográficos como determinantes da similaridade florística entre comunidades florestais no Planalto Atlântico, Estado de São Paulo, Brasil

A análise das relações de similaridade florística entre comunidades geralmente conduz ao estabelecimento de padrões, condicionados por fatores diversos que determinam a ocorrência ou não das espécies em diferentes locais. Em busca de tais padrões, foram analisadas as relações de similaridade florística entre comunidades florestais localizadas na região do Planalto de Ibiúna, estado de São Paulo, Brasil. Incluíram-se na análise 21 fragmentos florestais e seis sítios em uma Reserva Florestal contínua, sendo que a composição florística e a estrutura da comunidade arbórea (DAP mínimo 5 cm) em cada local foram amostradas pelo método de quadrantes. Aplicaram-se dois métodos de análises multivariadas: 1) Análise de Correspondência Destendenciada (DCA), com base no índice de similaridade de Sørensen; e 2) Divisão Hierárquica Dicotômica (TWINSPAN). A similaridade florística foi mais elevada entre comunidades em estádios sucessionais semelhantes, especialmente se estivessem geograficamente próximas. Há um gradiente florístico associado à latitude, indicando tratar-se de uma região de transição entre biomas. Nos sítios situados na face norte da região de estudo estão presentes espécies que também ocorrem no cerradão e em floresta estacional semidecidual, enquanto nos sítios situados na face sul prevalecem espécies características da floresta ombrófila densa.

Impact on human health of particulate matter emitted from burnings in the Brazilian Amazon region

OBJECTIVE: To analyze the impact on human health of exposure to particulate matter emitted from burnings in the Brazilian Amazon region. METHODS: This was an ecological study using an environmental exposure indicator presented as the percentage of annual hours (AH%) of PM2.5 above 80 μg/m3. The outcome variables were the rates of hospitalization due to respiratory disease among children, the elderly and the intermediate age group, and due to childbirth. Data were obtained from the National Space Research Institute and the Ministry of Health for all of the microregions of the Brazilian Amazon region, for the years 2004 and 2005. Multiple regression models for the outcome variables in relation to the predictive variable AH% of PM2.5 above 80 μg/m3 were analyzed. The Human Development Index (HDI) and mean number of complete blood counts per 100 inhabitants in the Brazilian Amazon region were the control variables in the regression analyses. RESULTS: The association of the exposure indicator (AH%) was higher for the elderly than for other age groups (β = 0.10). For each 1% increase in the exposure indicator there was an increase of 8% in child hospitalization, 10% in hospitalization of the elderly, and 5% for the intermediate age group, even after controlling for HDI and mean number of complete blood counts. No association was found between the AH% and hospitalization due to childbirth. CONCLUSIONS: The indicator of atmospheric pollution showed an association with occurrences of respiratory diseases in the Brazilian Amazon region, especially in the more vulnerable age groups. This indicator may be used to assess the effects of forest burning on human health.

Multideterminação do comportamento alimentar em humanos: um estudo de caso

Tradicionalmente o estudo da anorexia nervosa vem sendo pautado nos critérios diagnósticos trazidos dos manuais como o DSM, que priorizam a descrição topográfica dos comportamentos-problema, em que pouca ou quase nenhuma atenção se dá a sua funcionalidade nos contextos em que ocorrem. Humanos podem parar de comer sob o controle dos mais variados eventos, de modo que uma caracterização nosológica de caráter nomotético pode não ser suficiente na análise do fenômeno. O estudo de caso de um paciente do sexo masculino de 12 anos ilustra e elucida o debate, por apresentar características diagnósticas diferentes das usualmente relatadas na literatura.

Non-coding RNAs in schistosomes: an unexplored world

Non-coding RNAs (ncRNAs) were recently given much higher attention due to technical advances in sequencing which expanded the characterization of transcriptomes in different organisms. ncRNAs have different lengths (22 nt to >1, 000 nt) and mechanisms of action that essentially comprise a sophisticated gene expression regulation network. Recent publication of schistosome genomes and transcriptomes has increased the description and characterization of a large number of parasite genes. Here we review the number of predicted genes and the coverage of genomic bases in face of the public ESTs dataset available, including a critical appraisal of the evidence and characterization of ncRNAs in schistosomes. We show expression data for ncRNAs in Schistosoma mansoni. We analyze three different microarray experiment datasets: (1) adult worms' large-scale expression measurements; (2) differentially expressed S. mansoni genes regulated by a human cytokine (TNF-α) in a parasite culture; and (3) a stage-specific expression of ncRNAs. All these data point to ncRNAs involved in different biological processes and physiological responses that suggest functionality of these new players in the parasite's biology. Exploring this world is a challenge for the scientists under a new molecular perspective of host-parasite interactions and parasite development.

Desenvolvimento dos ovários da lagosta Panulirus echinatus (Crustacea: Palinuridae) baseados nas análises macroscópica, microscópica e relação gonadossomática (RGS)

Os estádios de desenvolvimento dos ovários da lagosta Panulirus echinatus Smith, 1869 foram caracterizados com base nos aspectos macroscópicos, microscópicos e na relação gonadossomática (RGS). Através de amostragem mensal (novembro/1999 a outubro/2000) foram capturadas 711 fêmeas, empregando-se redes de espera de fundo. Retirou-se a região dorsal da carapaça para avaliação dos ovários. Estes foram dissecados, pesados, fixados em solução de Bouin e submetidos aos procedimentos histológicos. A análise microscópica dos ovários foi avaliada pela presença de células germinativas nas diferentes fases de desenvolvimento. Esta análise quando associada a macroscopia (mudança de cor e volume das gônadas no cefalotórax) e a relação gonadossomática (RGS) possibilitou a caracterização de cinco estádios de desenvolvimento: imaturo (I), em desenvolvimento (II), pré-maturação (III), maduro (IV) e pós-desova (V). As análises estatísticas confirmaram que a RGS pode ser utilizada como indicadora dos estádios de maturidade.

Estádios de desenvolvimento dos órgãos reprodutivos dos machos de Panulirus echinatus Smith (Decapoda: Palinuridae)

Esta pesquisa caracteriza os estádios de desenvolvimento dos testículos e canais deferentes da lagosta Panulirus echinatus Smith, 1869 a partir da relação entre seus aspectos macroscópicos, microscópicos e a relação gonadossomática (RGS). Através de amostragem mensal (novembro de 1999 a outubro de 2000) foram capturados 1716 machos, empregando-se redes de espera de fundo. Retirou-se a região dorsal da carapaça para avaliação dos órgãos reprodutivos. Os testículos e canais deferentes foram dissecados, pesados, fixados em solução de Bouin e submetidos aos procedimentos histológicos. A análise microscópica dos órgãos reprodutivos foi avaliada pela presença ou ausência de espermatozóides nos testículos e canais deferentes. Esta, quando associada a macroscopia (mudança de cor, tamanho, diâmetro e desenvolvimento de espermatóforo) e a relação gonadossomática (RGS), possibilitou a caracterização de três estádios de desenvolvimento: imaturo, intermediário e maturo. Ficou evidenciada que a maturidade dos testículos precedeu a maturidade dos canais deferentes. Para avaliar se a RGS é um bom indicador quantitativo dos estádios de maturidade, um teste t (alfa = 0,05) foi usado e constatou diferença significativa nas médias da RGS. A RGS pode ser utilizada como indicadora dos estádios de maturidade para P. echinatus.

Capacidade para o trabalho: revisão de literatura

O objetivo deste trabalho é apresentar uma revisão de literatura sobre a capacidade para o trabalho de trabalho e envelhecimento funcional. Foi realizada uma extensa busca de publicações do período de 1966 a 2006, usando as bases de dados MEDLINE, Lilacs e SciELO. São apresentados vários aspectos relativos à capacidade para o trabalho: o contexto histórico no qual o tema emergiu, o referencial teórico, os fatores determinantes, um modelo explicativo, a metodologia atual para avaliar e monitorar a capacidade para o trabalho e a importância de sua promoção. Também é destacada a situação atual da pesquisa, prática e perspectivas futuras relativas ao tema. No contexto do envelhecimento da força de trabalho, a capacidade para o trabalho tornou-se um indicador importante em função de suas consequências para a saúde, bem-estar e empregabilidade dos trabalhadores, com impactos para os indivíduos, organizações e sociedade. As questões sobre o tema, apesar de relevantes, ainda carecem de maior atenção.

Epidemiological and ecological aspects related to malaria in the area of influence of the lake at Porto Primavera dam, in western São Paulo State, Brazil

A study was carried out in the area of influence of the Porto Primavera Hydroelectric Power Station, in western São Paulo State, to investigate ecological and epidemiological aspects of malaria in the area and monitor the profile of the anopheline populations following the environmental changes brought about by the construction of the lake. Mosquitoes captured were analyzed by standardized indicator species analysis (ISA) before and during different flooding phases (253 m and 257 m elevations). The local human population was studied by means of parasitological (thin/thick blood smears), molecular (PCR) and serological tests. Serological tests consisted of Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) with synthetic peptides of the circumsporozoite protein (CSP) from classic Plasmodium vivax, P. vivax variants (VK247 and "vivax-like"), P. malariae and P. falciparum and Indirect Immunofluorescence Assay (IFA) with asexual forms of P. vivax, P. malariae and P. falciparum. The results of the entomological survey indicated that, although the Anopheles darlingi population increased after the flooding, the population density remained very low. No malaria, parasite infection or DNA was detected in the inhabitants of the study area. However, there was a low frequency of antibodies against asexual forms and a significant prevalence of antibodies against P. vivax, P. vivax variants, P. falciparum and P. malariae; the presence of these antibodies may result from recent or less recent contact with human or simian Plasmodium (a parallel study in the same area revealed the existence of a sylvatic cycle). Nevertheless, these results suggest that, as in other places where malaria is present and potential vectors circulate, the local epidemiological conditions observed could potentially support the transmission of malaria in Porto Primavera Lake if infected individuals are introduced in sufficient numbers. Further studies are required to elucidate the phenomena described in this paper.

Índice de Qualidade da Dieta Revisado para população brasileira

O Índice de Qualidade da Dieta Revisado é um indicador de qualidade da dieta desenvolvido consoante com as recomendações nutricionais vigentes. Os dados dietéticos foram provenientes do estudo de base-populacional, Inquérito de Saúde e Alimentação (ISA)-Capital-2003. O Índice contém 12 componentes, sendo nove fundamentados nos grupos de alimentos do Guia Alimentar Brasileiro de 2006, cujas porções diárias são expressas em densidade energética; dois nutrientes (sódio e gordura saturada); e Gord_AA (calorias provenientes de gordura sólida, álcool e açúcar de adição). O Índice de Qualidade da Dieta Revisado propicia mensurar variados fatores de riscos dietéticos para doenças crônicas, permitindo, simultaneamente, avaliar e monitorar a dieta em nível individual ou populacional.