Detection of Brucella ovis in ovine from Paraíba State, in the Northeast region of Brazil

To determine the presence of Brucella ovis in ovine from Paraíba State, in the Northeast region of Brazil, 80 animals slaughtered in the public slaughterhouse of Patos city were used. Before slaughter, blood samples were collected by jugular venopuncture from each animal, and after slaughter, testicles, epidydimus and uterus were aseptically collected. For the serological diagnosis of B. ovis and B. abortus infections, the agar gel immunodiffusion (AGID) and Rose Bengal (RBT) tests were carried out, respectively. In addition, microbiological culture and polymerase chain reaction (PCR) were performed on testicle, epidydimus and uterus samples. Six animals (7.5%) tested positive for the presence of B. ovis antibodies and all animals tested negative for the presence of B. abortus antibodies. One AGID-positive animal tested positive at uterine swab culture. PCR was able to amplify DNA of Brucella spp. from the pool of testicle, epidydimus and uterus samples from AGID-positive animals. This is the first report of isolation and detection of B. ovis DNA by PCR in ovine from the Northeast region of Brazil.

Evaluation of DNA extraction protocols for Brucella abortus pcr detection in aborted fetuses or calves born from cows experimentally infected with strain 2308

The objective of the present study was to improve the detection of B. abortus by PCR in organs of aborted fetuses from infected cows, an important mechanism to find infected herds on the eradication phase of the program. So, different DNA extraction protocols were compared, focusing the PCR detection of B. abortus in clinical samples collected from aborted fetuses or calves born from cows challenged with the 2308 B. abortus strain. Therefore, two gold standard groups were built based on classical bacteriology, formed from: 32 lungs (17 positives), 26 spleens (11 positives), 23 livers (8 positives) and 22 bronchial lymph nodes (7 positives). All samples were submitted to three DNA extraction protocols, followed by the same amplification process with the primers B4 and B5. From the accumulated results for organ, the proportion of positives for the lungs was higher than the livers (p=0.04) or bronchial lymph nodes (p=0.004) and equal to the spleens (p=0.18). From the accumulated results for DNA extraction protocol, the proportion of positives for the Boom protocol was bigger than the PK (p<0.0001) and GT (p=0.0004). There was no difference between the PK and GT protocols (p=0.5). Some positive samples from the classical bacteriology were negative to the PCR and viceversa. Therefore, the best strategy for B. abortus detection in the organs of aborted fetuses or calves born from infected cows is the use, in parallel, of isolation by classical bacteriology and the PCR, with the DNA extraction performed by the Boom protocol.

Isotopic view of vegetation and carbon and nitrogen cycles in a cerrado ecosystem, southeastern Brazil

Carbon and nitrogen biogeochemical cycles in savannas are strongly regulated by the seasonal distribution of precipitation and pulses of nutrients released during the wetting of the dry soil and are critical to the dynamics of microorganisms and vegetation. The objective of this study was to investigate the spatial and temporal variability of C and N isotope ratios as indicators of the cycling of these elements in a cerrado sensu stricto area, within a protected area in a State Park in the state of São Paulo, Brazil. The foliar δ13C and δ15N values varied from -33.6 to -24.4 ‰ and -2.5 to 4.5 ‰, respectively. The δ13C values showed a consistent relationship with canopy height, revealing the importance of structure of the canopy over the C isotopic signature of the vegetation. Carbon isotopic variations associated with the length of the dry season indicated the importance of recent fixed C to the integrated isotopic signature of the leaf organic C. The studied Cerrado species showed a depleted foliar δ15N, but a wide range of foliar Nitrogen with no difference among canopy heights. However, seasonal variability was observed, with foliar δ15N values being higher in the transition period between dry and rainy seasons. The variation of the foliar C and N isotope ratios presented here was consistent with highly diverse vegetation with high energy available but low availability of water and N.

Análise de um ciclone semi-estacionário na costa sul do Brasil associado a bloqueio atmosférico

Na primeira semana de maio de 2008, durante quatro dias, um ciclone em superfície permaneceu semi-estacionário na costa da região sul do Brasil. Este sistema foi responsável por chuvas e ventos fortes no Rio Grande do Sul e Santa Catarina, os quais causaram muitos danos (queda de árvores, enchentes e desabamentos). O objetivo deste trabalho é avaliar o processo de formação e entender os mecanismos responsáveis pelo lento deslocamento do ciclone, já que a maioria dos ciclones nesta região possui deslocamento mais rápido. A equação de desenvolvimento de Sutcliffe mostrou que a advecção de vorticidade absoluta ciclônica na média troposfera e a advecção de ar quente na camada entre 1000-500 hPa foram mecanismos importantes para a ciclogênese. Neste período, o intenso aquecimento diabático também contribuiu para a ciclogênese, à medida que se contrapôs ao intenso resfriamento adiabático devido aos movimentos verticais ascendentes. A advecção de vorticidade absoluta ciclônica que favoreceu a ciclogênese esteve associada a um Vórtice Ciclônico em Altos Níveis (VCAN), que se formou numa região de anomalia de vorticidade potencial. O VCAN se manteve semi-estacionário e compôs o setor norte de um bloqueio do tipo dipolo. Tal bloqueio intensificou um anticiclone em superfície, situado a sul/leste do ciclone, o que contribuiu para o ciclone se manter semi-estacionário. O movimento atípico e lento do ciclone para sul, e em alguns períodos para sudoeste, esteve associado com advecções de vorticidade absoluta ciclônica na média troposfera e de ar quente no seu setor sul. Somente quando o bloqueio em níveis médios e a anomalia de vorticidade potencial em níveis médios/altos se enfraqueceram, o ciclone em superfície se afastou da costa sul do Brasil.

Relationship between the southern annular mode and southern hemisphere atmospheric systems

Seasonal relationship between the Southern Annular Mode (SAM) and the spatial distribution of the cyclone systems over Southern Hemisphere is investigated for the period 1980 to 1999. In addition, seasonal frontogenesis and rainfall distribution over South America and South Atlantic Ocean during different SAM phases were also analyzed. It is observed that during negative SAM phases the cyclone trajectories move northward when compared to the positive one, and in the South America and South Atlantic sector there is intense frontogenetic activity and positive anomaly precipitation over the Southeast of the South America. In general, SAM positive phase shows opposite signals.

Estimativa da probabilidade do evento extremo de precipitação de janeiro de 2000 no Vale do Paraíba, baseada na distribuição generalizada de pareto

Um evento extremo de precipitação ocorreu na primeira semana do ano 2000, de 1º a 5 de janeiro, no Vale do Paraíba, parte leste do Estado de São Paulo, Brasil, causando enorme impacto socioeconômico, com mortes e destruição. Este trabalho estudou este evento em 10 estações meteorológicas selecionadas que foram consideradas como aquelas tendo dados mais homogêneos do Que outras estações na região. O modelo de distribuição generalizada de Pareto (DGP) para valores extremos de precipitação de 5 dias foi desenvolvido, individualmente para cada uma dessas estações. Na modelagem da DGP, foi adotada abordagem não-estacionaria considerando o ciclo anual e tendência de longo prazo como co-variaveis. Uma conclusão desta investigação é que as quantidades de precipitação acumulada durante os 5 dias do evento estudado podem ser classificadas como extremamente raras para a região, com probabilidade de ocorrência menor do que 1% para maioria das estações, e menor do que 0,1% em três estações.

Albedo à superfície a partir de imagens Landsat 5 em áreas de cana-de-açúcar e cerrado

Propôs-se, neste trabalho, estimar dados de albedo à superfície terrestre usando-se o sensor Thematic Mapper (TM) do satélite LANDSAT 5 e compará-lo com dados de duas estações agrometeorológicas localizadas em região de Cerrado e a outra em cultivo da cana-de-açúcar. A região de estudo está localizada no município de Santa Rita do Passa Quatro, SP, Brasil. Para a realização do estudo obtiveram-se seis imagens orbitais do satélite Landsat 5 sensores TM, na órbita 220 e ponto 75, nas datas de 22/02, 11/04, 29/05, 01/08, 17/08 e 21/11, todas do ano de 2005, a que correspondem os dias juliano de 53, 101, 149, 213, 229 e 325, respectivamente. As correções geométricas para as imagens foram realizadas e geradas as cartas de albedo. O algoritmo SEBAL estimou satisfatoriamente os valores de albedo de superfícies sobre áreas de cerrado e de cana-de-açúcar, na região de Santa Rita do Passa Quatro, SP, consistentes com observações realizadas do albedo à superfície.

Fitossociologia de um Cerrado denso em área de influência de torre de fluxo de carbono, Pé-de-Gigante, Parque Estadual de Vassununga, SP

O domínio do Cerrado compreende uma área contínua nos estados centrais do Brasil e áreas disjuntas em outros estados, incluindo São Paulo. Essa vegetação ocupava originalmente 21% do território brasileiro, restando atualmente apenas 21,6% de sua extensão original. A área recoberta por essa vegetação em São Paulo cobria 14% de sua área total e seus remanescentes recobrem menos de 1% da ocorrência original dessa vegetação. Estudos recentes indicam que o valor da produtividade líquida no Cerrado Pé-de-Gigante (SP) constitui um pequeno dreno de carbono e indicou que a sazonalidade foi o fator determinante do valor observado. Os estudos dos fluxos de carbono em ecossistemas terrestres são raramente acompanhados de abordagens ecofisiológicas de modo a explorar a relação funcional das espécies que compõem o ecossistema e os valores líquidos obtidos para o mesmo. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar estruturalmente a vegetação presente na área de maior influência da torre de fluxo instalada no Cerrado Pé-de-Gigante, visando possibilitar estudos relacionados à quantificação em longo prazo da dinâmica dos fluxos de água, energia e CO2 na vegetação de Cerrado. Para isso foram levantadas 20 parcelas (10 x 10 m) em 0,2 ha de Cerrado, e amostraram-se todas as plantas com perímetro ao nível do solo >6 cm (exceto lianas e árvores mortas). A distribuição das classes de diâmetro e estrutura vertical, assim como os parâmetros fitossociológicos foram analisados. Encontramos 1451 indivíduos, distribuídos em 85 espécies, 52 gêneros e 31 famílias. A densidade absoluta e área basal foram de 7255 ind. ha-1 e de 7,9 m².ha-1, respectivamente. A família Leguminosae apresentou o maior número de espécies (13). O Índice de diversidade de Shannon (H') foi 3,27 nats.ind-1. A distribuição em classes de diâmetro mostrou uma curva de "J" invertido, estando a maioria dos indivíduos na primeira classe. Concluímos que a área deve ser classificada como Cerrado denso, devido principalmente à dominância pela espécie arbórea Anadenanthera falcata, cuja ocorrência no estado foi relatada apenas em locais com solos ricos em saturação de bases na região das Cuestas Basálticas, devido também à maior área basal dos indivíduos, comparando com outros fragmentos de Cerrado. Além da espécie citada, Myrcia lingua e Xylopia aromatica, apresentaram os maiores IVI (Valor de importância).

Previsões climáticas sazonais sobre o Brasil: avaliação do RegCM3 aninhado no modelo global CPTEC/COLA

Este trabalho avalia o desempenho de previsões sazonais do modelo climático regional RegCM3, aninhado ao modelo global CPTEC/COLA. As previsões com o RegCM3 utilizaram 60 km de resolução horizontal num domínio que inclui grande parte da América do Sul. As previsões do RegCM3 e CPTEC/COLA foram avaliadas utilizando as análises de chuva e temperatura do ar do Climate Prediction Center (CPC) e National Centers for Enviromental Prediction (NCEP), respectivamente. Entre maio de 2005 e julho de 2007, 27 previsões sazonais de chuva e temperatura do ar (exceto a temperatura do CPTEC/COLA, que possui 26 previsões) foram avaliadas em três regiões do Brasil: Nordeste (NDE), Sudeste (SDE) e Sul (SUL). As previsões do RegCM3 também foram comparadas com as climatologias das análises. De acordo com os índices estatísticos (bias, coeficiente de correlação, raiz quadrada do erro médio quadrático e coeficiente de eficiência), nas três regiões (NDE, SDE e SUL) a chuva sazonal prevista pelo RegCM3 é mais próxima da observada do que a prevista pelo CPTEC/COLA. Além disto, o RegCM3 também é melhor previsor da chuva sazonal do que da média das observações nas três regiões. Para temperatura, as previsões do RegCM3 são superiores às do CPTEC/COLA nas áreas NDE e SUL, enquanto o CPTEC/COLA é superior no SDE. Finalmente, as previsões de chuva e temperatura do RegCM3 são mais próximas das observações do que a climatologia observada. Estes resultados indicam o potencial de utilização do RegCM3 para previsão sazonal, que futuramente deverá ser explorado através de previsão por conjunto.

Regimes de precipitação na América do Sul: uma revisão bibliográfica

Como a América do Sul se estende por diferentes latitudes e possui formas de relevo variadas, proporciona a atuação e o desenvolvimento de diferentes sistemas atmosféricos, os quais contribuem para a não homogeneidade climática da região. Portanto o objetivo deste estudo é apresentar uma revisão dos sistemas atmosféricos que atuam nos diferentes setores do continente sul-americano e que contribuem para a precipitação.

Effect of Potato virus X on total phenol and alkaloid contents in Datura stramonium leaves

The present paper reports results of the effect of Potato virus X (PVX) on the contents of total phenols and alkaloids in leaves of Datura stramonium. A significant decrease in the contents of phenols and alkaloids was observed in leaves inoculated with PVX (X-I). However, there was an increase in the percentage of phenols in leaves rubbed with phosphate buffer (C1-I) and in leaves from the nodes immediately above, possibly induced by mechanical injury. Gas chromatography/mass spectroscopy revealed amounts of scopolamine in samples submitted to all treatments, except X-I, in which the amount of this alkaloid was low. High amounts of an unidentified compound (molecular ion m/z 302 and a prominent peak at m/z 129) were noted in extracts from leaves X-I, C1-I and leaves from the nodes immediately above the leaves inoculated with PVX. It is suggested that the synthesis and accumulation of the unidentified compound is a result of stress from mechanical injury and virus inoculation.

Antibacterial modified diketopiperazines from two ascidians of the genus Didemnum

The chemical investigation of the crude extract of an ascidian of the genus Didemnumled to the isolation of the modified diketopiperazine rodriguesines A (1) and (2) as a mixture of homologues, which could be identified by analysis of spectroscopic data including MS/MS experiments. The investigation of a second Didemnumsp. led to the isolation of N-acetyl-rodriguesine A (3) and N-acetyl-rodriguesine B (4). The absolute configuration of compounds 1and 2could be established by hydrolysis and Marfey's analysis and comparison with literature data reported for compound 3, previously obtained as a synthetic product. The mixture of 1and 2displayed moderate antibiotic activity against a clinical isolate of Streptococcus mutansand against S. mutansUA159 and Staphylococcus aureusATCC6538.

Review of the Brazilian Atlantic Rainforest harvestman Longiperna (Opiliones: Gonyleptidae: Mitobatinae)

Longiperna Roewer, 1929 is revised and new records of distribution are presented for the Brazilian Costal Atlantic Rain Forest (from Rio de Janeiro to Santa Catarina states). The following new synonymies are established: Longiperna concolor (Mello-Leitão, 1923) = L. zonata Mello-Leitão, 1935 and L. heliaca B. Soares, 1942; Longiperna coxalis (Roewer, 1943) = L. areolata B. Soares, 1944; Longiperna insperata (Soares & Soares, 1947) = L. paranensis Soares & Soares, 1947 and L. curitibana Kury, 2003. Two new species are described: Longiperna kuryi sp. nov. (type-locality: Brazil, Rio de Janeiro, Parati); Longiperna trembao sp. nov. (type-locality: Brazil, Minas Gerais, Belo Horizonte).

Systematic review and cladistic analysis of the Hernandariinae (Opiliones: Gonyleptidae)

The harvestmen subfamily Hernandariinae is reviewed and a new classification is proposed based on cladistic analysis using 67 morphological characters. The subfamily is composed of six genera and 23 species and occurs in south-southeastern Brazil, Paraguay, and northeastern Argentina. Fourteen new combinations are proposed: Hernandaria armatifrons (Roewer, 1917); H. una (Mello-Leitão, 1927); Acrogonyleptes granulatus (H. Soares, 1966); A. pectinifemur (Soares & Soares, 1947); Acanthogonyleptes alticola (Mello-Leitão, 1922); A. editus (Roewer, 1943); A. fallax (Mello-Leitão, 1932); A. fulvigranulatus (Mello-Leitão, 1922); A. marmoratus (Mello-Leitão, 1940); A. pictus (Piza, 1942); A. singularis (Mello-Leitão, 1935); A. soaresi (Mello-Leitão, 1944); A. variolosus (Mello-Leitão, 1944). Seven synonymies are proposed: Proweyhia Mello-Leitão, 1927 and Metaxundarava Mello-Leitão, 1927 = Hernandaria Sørensen, 1884; Apembolephaenus calcaratus Soares & Soares, 1945 = H. armatifrons (Roewer, 1917); Sphaerobunus Rower, 1917 and Paraproweyhia Soares & Soares, 1947 = Acrogonyleptes Roewer, 1917; Paraproweyhia curitibae Soares & Soares, 1947 = Acrogonyleptes exochus (Mello-Leitão, 1931); and Melloleitaniana curitibae B. Soares, 1943 = Acrogonyleptes spinifrons Roewer, 1917. Three species are revalidated: Acrogonyleptes granulatus (H. Soares, 1966), A. pectinifemur (Soares & Soares, 1947), and A. spinifrons Roewer, 1917. Seven new species are described: Hernandaria sundermannorum sp. nov. (São Paulo State, Brazil), Hernandaria anitagaribaldiae sp. nov. (Santa Catarina State, Brazil), Hernandaria zumbii sp. nov. (Santa Catarina State, Brazil), Hernandaria chicomendesi sp. nov. (Santa Catarina State, Brazil), Acrogonyleptes cheguevarai sp. nov. (Rio Grande do Sul State, Brazil), Pseudotrogulus pagu sp. nov. (São Paulo State, Brazil), Pseudotrogulus trotskyi sp. nov. (Paraná State, Brazil).