Precisão experimental em ensaios com a cultura do feijão

A avaliação do coeficiente de variação (CV) como medida da precisão dos experimentos tem sido feita com diversas culturas, espécies animais e forrageiras por meio de trabalhos sugerindo faixas de classificação dos valores, considerando-se a média, o desvio padrão e a distribuição dos valores de CV das diversas variáveis respostas envolvidas nos experimentos. Neste trabalho, objetivouse estudar a distribuição dos valores de CV de experimentos com a cultura do feijão, propondo faixas que orientem os pesquisadores na avaliação de seus estudos com cada variável. Os dados utilizados foram obtidos de revisão em revistas que publicam artigos científicos com a cultura do feijão. Foram consideradas as variáveis: rendimento, número de vagens por planta, número de grãos por vagem, peso de 100 grãos, estande final, altura de plantas e índice de colheita. Foram obtidas faixas de valores de CV para cada variável tomando como base a distribuição normal, utilizando-se também a distribuição dos quantis amostrais e a mediana e o pseudo-sigma, classificando-os como baixo, médio, alto e muito alto. Os cálculos estatísticos para verificação da normalidade dos dados foram implementados por meio de uma função no software estatístico livre R. Os resultados obtidos indicaram que faixas de valores de CV diferiram entre as diversas variáveis apresentando ampla variação justificando a necessidade de utilizar faixa de avaliação específica para cada variável.

Descriptor-and fragment-based QSAR models for a series of Schistosoma mansoni purine nucleoside inhibitors

The enzyme purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni (SmPNP) is an attractive molecular target for the treatment of major parasitic infectious diseases, with special emphasis on its role in the discovery of new drugs against schistosomiasis, a tropical disease that affects millions of people worldwide. In the present work, we have determined the inhibitory potency and developed descriptor- and fragment-based quantitative structure-activity relationships (QSAR) for a series of 9-deazaguanine analogs as inhibitors of SmPNP. Significant statistical parameters (descriptor-based model: r² = 0.79, q² = 0.62, r²pred = 0.52; and fragment-based model: r² = 0.95, q² = 0.81, r²pred = 0.80) were obtained, indicating the potential of the models for untested compounds. The fragment-based model was then used to predict the inhibitory potency of a test set of compounds, and the predicted values are in good agreement with the experimental results

Neural networks and statistical analysis for classification of corneal videokeratography maps based on Zernike coefficients: a quantitative comparison

PURPOSE: The main goal of this study was to develop and compare two different techniques for classification of specific types of corneal shapes when Zernike coefficients are used as inputs. A feed-forward artificial Neural Network (NN) and discriminant analysis (DA) techniques were used. METHODS: The inputs both for the NN and DA were the first 15 standard Zernike coefficients for 80 previously classified corneal elevation data files from an Eyesys System 2000 Videokeratograph (VK), installed at the Departamento de Oftalmologia of the Escola Paulista de Medicina, São Paulo. The NN had 5 output neurons which were associated with 5 typical corneal shapes: keratoconus, with-the-rule astigmatism, against-the-rule astigmatism, "regular" or "normal" shape and post-PRK. RESULTS: The NN and DA responses were statistically analyzed in terms of precision ([true positive+true negative]/total number of cases). Mean overall results for all cases for the NN and DA techniques were, respectively, 94% and 84.8%. CONCLUSION: Although we used a relatively small database, results obtained in the present study indicate that Zernike polynomials as descriptors of corneal shape may be a reliable parameter as input data for diagnostic automation of VK maps, using either NN or DA.

Determination of 5-aminosalicylic acid in pharmaceutical formulations by square wave voltammetry at pencil graphite electrodes

An analytical method for the determination of the anti-inflammatory drug 5-aminosalicylic acid (5-ASA) in pharmaceutical formulations using square wave voltammetry at pencil graphite electrodes was developed. After the optimization of the experimental conditions, calibration curves were obtained in the linear concentration range from 9.78 × 10-7 to 7.25 × 10-5 mol L-1 resulting in a limit of detection of 2.12 ± 0.05 x 10-8 mol L-1. Statistical tests showed that the concentrations of 5-ASA in commercial tablets and enemas obtained with the proposed voltammetric method agreed with HPLC values at a 95% confidence level.

Dose de exposição radiométrica de granitos do estado de Rondônia, Brasil

Este trabalho avaliou a concentração dos radioelementos K, eU e eTh em amostras de granitos do Estado de Rondônia, Brasil. A análise estatística dos dados obtidos indicou que eles seguem distribuições lognormais. Os valores modais encontrados correspondem a cerca de 11% para K, 29 ppm para eU e 85 ppm para eTh. Correlações diretas significativas foram determinadas entre as concentrações dos três radioelementos, isto é, r = 0,71 (entre K e eU), r = 0,72 (entre K e eTh)e r = 0,72 (entre eU e eTh), sugerindo que são congruentes os processos de seu acúmulo nos minerais das rochas analisadas. Os dados de concentração permitiram estimar a taxa de dose absorvida de radiação no ar acima de 1 m do nível do terreno, a qual também segue uma distribuição lognormal, com valor modal de 2,7 mSv/ano, que é ligeiramente superior à média global de 2,4 mSv/ano. Os resultados obtidos também permitiram avaliar, do ponto de vista radiométrico, se os granitos analisados são adequados para emprego como revestimento em construção civil.

Effect of experimental heat treatment on mechanical properties of resin composites

The aim of this study was to verify the influence of an experimental heat treatment (170ºC/10 min) using a casting furnace on the mechanical properties (hardness and flexural strength) of 2 commercial direct resin composites (TPH Spectrum and Filtek P60) compared to a commercial indirect resin system (BelleGlass). Heat treatment temperature was determined after thermal characterization by thermogravimetry (TG) and differential scanning calorimetry (DSC). Data was analyzed by ANOVA and Tukey's test at 5% significance level. There was statistical significance for the main factor heat treatment (p=0.03) and composite (p=0.02), for flexural strength. For Knoop hardness, only the main factor composite was statistically significant (p=0.00). P60 presented higher hardness than TPH. No statistically significant correlation between mechanical properties tested was detected. Based on these results, it was possible to conclude that heat treatment influenced flexural strength of direct composites, while it was not observed for hardness. The association of direct composites with a simple post-cure heat treatment may be an alternative for current indirect composite systems, although more studies are needed to verify other properties of the composites for this application.

Desenvolvimento dos ovários da lagosta Panulirus echinatus (Crustacea: Palinuridae) baseados nas análises macroscópica, microscópica e relação gonadossomática (RGS)

Os estádios de desenvolvimento dos ovários da lagosta Panulirus echinatus Smith, 1869 foram caracterizados com base nos aspectos macroscópicos, microscópicos e na relação gonadossomática (RGS). Através de amostragem mensal (novembro/1999 a outubro/2000) foram capturadas 711 fêmeas, empregando-se redes de espera de fundo. Retirou-se a região dorsal da carapaça para avaliação dos ovários. Estes foram dissecados, pesados, fixados em solução de Bouin e submetidos aos procedimentos histológicos. A análise microscópica dos ovários foi avaliada pela presença de células germinativas nas diferentes fases de desenvolvimento. Esta análise quando associada a macroscopia (mudança de cor e volume das gônadas no cefalotórax) e a relação gonadossomática (RGS) possibilitou a caracterização de cinco estádios de desenvolvimento: imaturo (I), em desenvolvimento (II), pré-maturação (III), maduro (IV) e pós-desova (V). As análises estatísticas confirmaram que a RGS pode ser utilizada como indicadora dos estádios de maturidade.

Rediscovery of the syntypes of Corydoras meridionalis R. von Ihering, 1911 (Teleostei, Siluriformes, Callichthyidae) and designation of lectotype

Os síntipos de Corydoras meridionalis Rodolpho von Ihering, 1911, tidos como desaparecidos da coleção de peixes do Museu de Zoologia da USP, foram encontrados; os exemplares tinham sido identificados como C. ehrhardti Steindachner, 1910, espécie atualmente considerada sinônimo sênior da primeira. O exame desses sintipos permite confirmar a sinonímia proposta. Dados sobre os síntipos são apresentados e comparados com os dados das descrições originais de C. ehrhardti e C. meridionalis, sendo comentadas as poucas diferenças encontradas entre eles. É designado o lectótipo de C. meridionalis e uma fotografia deste é apresentada.

Prevalência de asma e fatores de risco em escolares da cidade de São Paulo

OBJETIVO: Analisar a prevalência de asma e possíveis fatores de risco associados. MÉTODOS: Estudo transversal, integrante do International Study of Asthma and Allergies in Childhood. Participaram 561 escolares de seis a sete anos de idade, provenientes de 35 escolas públicas da cidade de São Paulo, escolhidas por sorteio, em 2002. A amostra incluiu 168 asmáticos e 393 não asmáticos, que responderam questionário constituído por 33 questões referentes a dados pessoais, familiares e ambientais. A associação entre asma e fatores de risco foi avaliada pela análise de regressão logística, considerando-se nível de significância estatística de 5%. RESULTADOS: Entre os escolares, 31,2% referiam sibilos nos 12 meses anteriores à entrevista. Os fatores de risco significativamente associados à asma foram: sexo masculino (OR=2,4;IC 95%: 1,4;4,2), mãe fumante no primeiro ano de vida (OR=2,0; IC 95%: 1,1;3,8), presença de eczema em locais característicos (OR=3,0; IC 95%:1,2; 7,6) e rinoconjuntivite (OR=2,4;IC 95%: 1,2; 4,8). CONCLUSÕES: A prevalência de asma na região estudada foi elevada e os fatores de risco relacionados foram: sexo masculino, sintomas de rinoconjuntivite no último ano, mãe fumante no primeiro ano de vida e presença de eczema em locais característicos.

Causas de variação nos preços de bovinos nelore elite no Brasil

Este trabalho teve por objetivo estudar as causas de variação nos preços de bovinos da raça nelore pertencentes a rebanhos de seleção, os quais foram comercializados em leilões, para verificar as influências das avaliações genéticas e dos julgamentos de exterior sobre esses preços. Para tanto, foram computados os preços de venda de 426 bovinos da referida raça em 12 leilões ocorridos em diversas localidades brasileiras (regiões Centro-Oeste, Norte e Sudeste), entre os anos de 2002 e 2005. O valor médio foi de R$ 3.325,49, sendo o mínimo de R$ 1.400,00 e o máximo de R$ 10.500,00. Esses dados foram digitados juntamente com outras informações que eram apresentadas nos catálogos dos leilões. As informações registradas incluíram o sexo de cada animal, o nome do leilão e as DEPs informadas nos catálogos. Além da avaliação da influência das informações dos catálogos, também foi avaliada a influência das informações dos reprodutores, pais dos animais vendidos nos leilões, envolvendo suas DEPs publicadas em um sumário de reprodutores da raça e as pontuações de suas progênies em julgamentos. Os métodos estatísticos aplicados foram análises de variâncias e análises de agrupamento (método K-médias). Como resultado, foi observado que animais com superioridade genética em características relacionadas a desempenho ponderal, considerando-se os efeitos diretos e maternos, foram valorizados ao serem comercializados nos leilões. Em contra-partida, a pontuação dos reprodutores nos julgamentos não teve influência significativa sobre os preços médios de venda de suas progênies nos leilões.

Freqüência de anticorpos anti-Neospora caninum em soros de caprinos do estado de São Paulo e sua relação com o manejo dos animais

Com o objetivo de se avaliar a freqüência de caprinos leiteiros soropositivos para Neospora caninum, no estado de São Paulo, e se verificarem possíveis associações com idade, sexo e problemas reprodutivos, nos capris, e, também, presença de cães, nas propriedades, foram obtidos soros de 923 caprinos de ambos os sexos e idade acima de 3 meses. Os animais eram provenientes de 17 propriedades de diferentes municípios. Para o diagnóstico, foi utilizado o teste de aglutinação para Neospora (NATe"25), e, em todos os capris, aplicou-se um inquérito a partir do qual se obtiveram informações epidemiológicas e de esfera reprodutiva. Todos os resultados estatísticos foram discutidos no nível de 5% de significância. Assim, chegou-se à conclusão de que a freqüência percentual de positividade para N. caninum foi de 19,77%, e, em apenas uma propriedade, não houve registro de animal soropositivo, o que revela difusão do agente, no Estado. Não foram verificadas diferenças significativas entre freqüências de positividade quanto ao sexo, idade ou problemas reprodutivos. Porém, ressalta-se que a presença de cães, nos capris, foi associada a uma maior freqüência de caprinos soropositivos a N. caninum. A representação geográfica da distribuição de caprinos soropositivos para o protozoário, em mapa coroplético em hachuras, pode implicar em um ganho considerável para estudos da epidemiologia geográfica, na elaboração de um planejamento de controle da enfermidade.

Hematological profile of Chelonia mydas (Testudines, Cheloniidae) according to the severity of fibropapillomatosis or its absence

The green turtle Chelonia mydas feeds and nests in the Brazilian coastal area and is considered an endangered species by the World Conservation Union (IUCN 2009) and threatened by the Red List of Brazilian Fauna (Ministério do Meio Ambiente 2009). Fibropapillomatosis is a disease characterized by benign skin tumors (fibropapillomas), and it is one of the main threats to the survival of this species. Studies suggest the involvement of viruses as infectious agents associated with environmental and genetic factors. Blood samples were collected from 45 turtles captured in the coastal area of the state of Sao Paulo, Brazil. From these, 27 were affected by fibropapillomas and 18 were tumor free. Biometrical data on the turtles, size, location and quantity of tumors were recorded. The area occupied by fibropapillomas per animal was calculated and four groups were determined according to severity of the disease or its absence. The objective of the study was to compare hemogram results of the sea turtles classified in these four groups. The lowest hematocrit value was observed in severely affected animals. In the hemoglobin assay, the highest value was observed in the group of tumor free turtles and the lowest, in animals severely affected. Lymphocyte counts and curved carapace length were on the verge of statistical significance.

Turbulence in collisionless plasmas: statistical analysis from numerical simulations with pressure anisotropy

In recent years, we have experienced increasing interest in the understanding of the physical properties of collisionless plasmas, mostly because of the large number of astrophysical environments (e. g. the intracluster medium (ICM)) containing magnetic fields that are strong enough to be coupled with the ionized gas and characterized by densities sufficiently low to prevent the pressure isotropization with respect to the magnetic line direction. Under these conditions, a new class of kinetic instabilities arises, such as firehose and mirror instabilities, which have been studied extensively in the literature. Their role in the turbulence evolution and cascade process in the presence of pressure anisotropy, however, is still unclear. In this work, we present the first statistical analysis of turbulence in collisionless plasmas using three-dimensional numerical simulations and solving double-isothermal magnetohydrodynamic equations with the Chew-Goldberger-Low laws closure (CGL-MHD). We study models with different initial conditions to account for the firehose and mirror instabilities and to obtain different turbulent regimes. We found that the CGL-MHD subsonic and supersonic turbulences show small differences compared to the MHD models in most cases. However, in the regimes of strong kinetic instabilities, the statistics, i.e. the probability distribution functions (PDFs) of density and velocity, are very different. In subsonic models, the instabilities cause an increase in the dispersion of density, while the dispersion of velocity is increased by a large factor in some cases. Moreover, the spectra of density and velocity show increased power at small scales explained by the high growth rate of the instabilities. Finally, we calculated the structure functions of velocity and density fluctuations in the local reference frame defined by the direction of magnetic lines. The results indicate that in some cases the instabilities significantly increase the anisotropy of fluctuations. These results, even though preliminary and restricted to very specific conditions, show that the physical properties of turbulence in collisionless plasmas, as those found in the ICM, may be very different from what has been largely believed.

Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries

Background: Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is one of the most common malignancies in humans. The average 5-year survival rate is one of the lowest among aggressive cancers, showing no significant improvement in recent years. When detected early, HNSCC has a good prognosis, but most patients present metastatic disease at the time of diagnosis, which significantly reduces survival rate. Despite extensive research, no molecular markers are currently available for diagnostic or prognostic purposes. Methods: Aiming to identify differentially-expressed genes involved in laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) development and progression, we generated individual Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) libraries from a metastatic and non-metastatic larynx carcinoma, as well as from a normal larynx mucosa sample. Approximately 54,000 unique tags were sequenced in three libraries. Results: Statistical data analysis identified a subset of 1,216 differentially expressed tags between tumor and normal libraries, and 894 differentially expressed tags between metastatic and non-metastatic carcinomas. Three genes displaying differential regulation, one down-regulated (KRT31) and two up-regulated (BST2, MFAP2), as well as one with a non-significant differential expression pattern (GNA15) in our SAGE data were selected for real-time polymerase chain reaction (PCR) in a set of HNSCC samples. Consistent with our statistical analysis, quantitative PCR confirmed the upregulation of BST2 and MFAP2 and the downregulation of KRT31 when samples of HNSCC were compared to tumor-free surgical margins. As expected, GNA15 presented a non-significant differential expression pattern when tumor samples were compared to normal tissues. Conclusion: To the best of our knowledge, this is the first study reporting SAGE data in head and neck squamous cell tumors. Statistical analysis was effective in identifying differentially expressed genes reportedly involved in cancer development. The differential expression of a subset of genes was confirmed in additional larynx carcinoma samples and in carcinomas from a distinct head and neck subsite. This result suggests the existence of potential common biomarkers for prognosis and targeted-therapy development in this heterogeneous type of tumor.

Identification of Neoplasias of Breast Tissues Using a Powder Diffractometer

An investigation was carried out to study the potential use of the angular distribution of scattered photons by human breast samples for a rapid identification of neoplasias of breast tissues. This technique has possible applications as diagnostic aid for breast cancer. In this work, a commercial powder diffractometer was used to obtain the scattering profiles from breast tissues histopathologically classified as normal breast tissues, fibroadenomas (benign breast diseases) and carcinomas (malignant breast diseases), in the interval 0.02 angstrom(-1) < x < 0.62 angstrom(-1). The experimental methods and data corrections are discussed in detail, and they included background subtraction, polarization, self-attenuation and geometric effects. The validation of the experimental procedure was achieved through an analysis of water sample. The results showed that the scattering profile is a unique impression of each type of tissue, being correlated with their microscopic morphological features. Multivariate analysis was applied to these profiles in order to verify if the information carried by these scattering profiles allow the differentiation between normal, benign and malignant breast tissues. The statistical analysis results showed that a correct identification of 75% of the analyzed samples is accomplished. The values of sensibility and specificity of this method in correctly differentiating between normal and neoplastic samples were 95.6% and 82.3%, respectively, while the values for differentiation between benign and malignant neoplasias were 78.6% and 62.5%. These initial results indicate the feasible use of commercial powder diffractometer to provide a rapid diagnostic with a high sensitivity.