LATENT RANK CHANGE DETECTION FOR ANALYSIS OF SPLICE-JUNCTION MICROARRAYS WITH NONLINEAR EFFECTS

Alternative splicing of gene transcripts greatly expands the functional capacity of the genome, and certain splice isoforms may indicate specific disease states such as cancer. Splice junction microarrays interrogate thousands of splice junctions, but data analysis is difficult and error prone because of the increased complexity compared to differential gene expression analysis. We present Rank Change Detection (RCD) as a method to identify differential splicing events based upon a straightforward probabilistic model comparing the over-or underrepresentation of two or more competing isoforms. RCD has advantages over commonly used methods because it is robust to false positive errors due to nonlinear trends in microarray measurements. Further, RCD does not depend on prior knowledge of splice isoforms, yet it takes advantage of the inherent structure of mutually exclusive junctions, and it is conceptually generalizable to other types of splicing arrays or RNA-Seq. RCD specifically identifies the biologically important cases when a splice junction becomes more or less prevalent compared to other mutually exclusive junctions. The example data is from different cell lines of glioblastoma tumors assayed with Agilent microarrays.

Environments for nursing scholarship and journal impact factor in five countries

Background: Universities worldwide are seeking objective measures for the assessment of their faculties` research products to evaluate them and to attain prestige. Despite concerns, the impact factors (IF) of journals where faculties publish have been adopted. Research objective: The study aims to explore conditions created within five countries as a result of policies requiring or not requiring faculty to publish in high IF journals, and the extent to which these facilitated or hindered the development of nursing science. Design: The design was a multiple case study of Brazil, Taiwan, Thailand (with IF policies, Group A), United Kingdom and the United States (no IF policies, Group B). Key informants from each country were identified to assist in subject recruitment. Methods: A questionnaire was developed for data collection. The study was approved by a human subject review committee. Five faculty members of senior rank from each country participated. All communication occurred electronically. Findings: Groups A and B countries differed on who used the policy and the purposes for which it was used. There were both similarities and differences across the five countries with respect to hurdles, scholar behaviour, publishing locally vs. internationally, views of their science, steps taken to internationalize their journals. Conclusions: In group A countries, Taiwan seemed most successful in developing its scholarship. Group B countries have continued their scientific progress without such policies. IF policies were not necessary motivators of scholarship; factors such as qualified nurse scientists, the resource base in the country, may be critical factors in supporting science development.

Liver transplantation at a University Hospital, Faculty of the Medicine of Ribeirao Preto, University of Sao Paulo: Results for the first 60 recipients

The purpose of the present article was to present the series operated by a Liver Transplant Group of the interior of the State of Sao Paulo, Brazil. Sixty patients were transplanted from May 2001 to May 2007. Thirty percent of the patients had alcoholic cirrhosis. 18.3% had C virus-induced cirrhosis, 10% had C virus- and alcohol-induced cirrhosis, 6% had B virus-induced cirrhosis, 13.3% had cryptogenic cirrhosis, 8.3% autoimmune cirrhosis, 13.3% had familial amyloidotic polyneuropathy (FAP), and 13.3% had hepatocellular carcinomas. The series was divided by a chronological criterion into two periods: A (n = 42) and B (n = 18) with the latter group operated based upon the Model for End-stage Liver Disease (MELD) criterion. Sixty-nine percent were men. Age ranged from 14 to 66 years. Period A included 12% Child A: 59.2%, Child B; 24%, Child C; and 4.8%, FAR Period B comprises 22.2% Child A: 11.1%, Child B: 33.3%, Child C: and 33.3%, FAP. MELD scores ranged from 8 to 35 for period A and from 14 to 31 for period B. Intraoperative mortality was 2/42 patients for period A and 0/18 for period B, overall postoperative mortality was 40% including for period A, 35% among Child B and C patients, and 5 % among FAP and Child A patients (P <.05) and 16.6% for period B among 11. 1 % Child B patients and 5.5 % FAP patients; 3.3 % of patients required retransplantation due to hepatic artery thrombosis. Real postoperative survival was 60% during period A and 83.3% during period B, with an overall survival rate of 67% for the two periods. The present results show levels of postoperative mortality, (especially during period B), and survival rates similar to those reported by several other centers in Brazil.

Cannabidiol decreases bone resorption by inhibiting RANK/RANKL expression and pro-inflammatory cytokines during experimental periodontitis in rats

Cannabidiol (CBD) is a cannabinoid component from Cannabis sativa that does not induce psychotomimetic effects and possess anti-inflammatory properties. In the present study we tested the effects of CBD in a periodontitis experimental model in rats. We also investigated possible mechanisms underlying these effects. Periodontal disease was induced by a ligature placed around the mandible first molars of each animal. Male Wistar rats were divided into 3 groups: control animals; ligature-induced animals treated with vehicle and ligature-induced animals treated with CBD (5 mg/kg, daily). Thirty days after the induction of periodontal disease the animals were sacrificed and mandibles and gingival tissues removed for further analysis. Morphometrical analysis of alveolar bone loss demonstrated that CBD-treated animals presented a decreased alveolar bone loss and a lower expression of the activator of nuclear factor-kappa B ligand RANKL/RANK. Moreover, gingival tissues from the CBD-treated group showed decreased neutrophil migration (MPO assay) associated with lower interleukin (IL)-1 beta and tumor necrosis factor (TNF)-alpha production. These results indicate that CBD may be useful to control bone resorption during progression of experimental periodontitis in rats. Crown Copyright (C) 2008 Published by Elsevier B.V. All rights reserved.

Expression of bone resorption regulators (RANK, RANKL, and OPG) in odontogenic tumors

Objective. To investigate the expression of bone resorption regulators (receptor activator of nuclear factor kappa B [RANK], RANK ligand [RANKL], and osteoprotegerin [OPG]) in calcifying cystic odontogenic tumor (CCOT), adenomatoid odontogenic tumor (AOT), calcifying epithelial odontogenic tumor (CEOT), odontogenic myxoma (OM), and ameloblastic fibroma (AF). Study design. The expression of these mediators was evaluated by means of immunohistochemistry. Results. All specimens demonstrated positive immunoreactivity to RANK, RANKL, and OPG. The quantification of these mediators in epithelium revealed a similar pattern of expression for RANKL and OPG in CCOT, AOT, CEOT, and AF. With regard to stromal/mesenchymal cells, the majority of AOT and CCOT cases showed a higher content of OPG than RANKL, whereas CEOT, OM, and especially AF had a tendency to present a greater content of RANKL than OPG. Conclusion. Our data indicate that the CCOT, AOT, CEOT, OM, and AF cell constituents express key regulators of bone metabolism that might locally modulate tumor-associated bone resorption. (Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol Endod 2008;106:548-55)

Global analytic regularity for structures of co-rank one

We consider real analytic involutive structures V, of co-rank one, defined on a real analytic paracompact orientable manifold M. To each such structure we associate certain connected subsets of M which we call the level sets of V. We prove that analytic regularity propagates along them. With a further assumption on the level sets of V we characterize the global analytic hypoellipticity of a differential operator naturally associated to V. As an application we study a case of tube structures.

Evaluation of the maxillary premolar roots dissociation using radiographic holders with conventional and digital radiography

This in vivo study evaluated the dissociation quality of maxillary premolar roots combining variations of vertical and horizontal angulations by using X-ray holders (Rinn -XCP), and made a comparison between two types of intraoral radiography systems - conventional film (Kodak Insight, Rochester, USA) and digital radiography (Kodak RVG 6100, Kodak, Rochester, USA). The study sample was comprised of 20 patients with a total of 20 maxillary premolars that were radiographed, using the paralleling angle technique (GP), with a 20º variation of the horizontal angle (GM) and 25º variation of the horizontal angle combined with 15º vertical angle (GMV). Each image was independently analyzed by two experienced examiners. These examiners assigned a score to the diagnostic capability of root dissociation and the measurement of the distance between the apexes. Statistical data was derived using the Wilcoxon Signed Rank test, Friedman and T test. The means of the measured distances between buccal and lingual root apexes were greater for the GMV, which ranged from 2.3 mm to 3.3 mm. A statistically significant difference was found between GM and GMV when compared to GP with p < 0.01. An established best diagnostic dissociation roots image was found in the GMV. These results support the use of the anterior X-ray holders which offer a better combined deviation (GMV) to dissociate maxillary premolar roots in both radiography systems.

Mentors, students, and the undergraduate medical course: a virtuous circle

BACKGROUND: Mentoring Programs have been developed in several medical schools, but few studies have investigated the mentors'perspective. PURPOSES: To explore mentors'perceptions regarding their experience. METHODS: Mentors at a medical school were invited to participate in an in-depth interview including questions on satisfaction, difficulties, and perception of changes resulting from the program. RESULTS: Mentors' satisfaction and difficulties are strongly associated with students'involvement in the activity. Mentors believe changes observed in students were more related to life issues; for some mentors, there is no recognition or awareness of the program. However, most of the mentors acknowledged important changes in relation to themselves: as teachers, faculty members, and individuals. CONCLUSION: Attendance is crucial for both the mentoring relationship and strengthening of the program. Students involved in the activity motivate mentors in teaching and curriculum development, thereby creating a virtuous circle and benefiting undergraduate medical education as a whole.

Alameda Glette, 463, sede do Curso de Química da Universidade de São Paulo no período 1939-1965

As the foundation of the University of São Paulo completes 75 years, this article describes the history of a mansion at 463 Glette Boulevard, in São Paulo city, where several undergraduate courses of the University's Philosophy, Sciences and Letters Faculty operated until 1969. The first building of the school of Chemistry was erected there, 70 years ago. A brief retrospective of the Department of Chemistry at that place is given. The mansion was torn down by the middle of the 1970s, but it remained as a symbol of the school identity in the memory of all those who studied there.

Índice h de docentes em Saúde Coletiva no Brasil

OBJETIVO: Estimar valores de referência e função de hierarquia de docentes em Saúde Coletiva do Brasil por meio de análise da distribuição do índice h. MÉTODOS: A partir do portal da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, 934 docentes foram identificados em 2008, dos quais 819 foram analisados. O índice h de cada docente foi obtido na Web of Science mediante algoritmos de busca com controle para homonímias e alternativas de grafia de nome. Para cada região e para o Brasil como um todo ajustou-se função densidade de probabilidade exponencial aos parâmetros média e taxa de decréscimo por região. Foram identificadas medidas de posição e, com o complemento da função probabilidade acumulada, função de hierarquia entre autores conforme o índice h por região. RESULTADOS: Dos docentes, 29,8% não tinham qualquer registro de citação (h = 0). A média de h para o País foi 3,1, com maior média na região Sul (4,7). A mediana de h para o País foi 2,1, também com maior mediana na Sul (3,2). Para uma padronização de população de autores em cem, os primeiros colocados para o País devem ter h = 16; na estratificação por região, a primeira posição demanda valores mais altos no Nordeste, Sudeste e Sul, sendo nesta última h = 24. CONCLUSÕES: Avaliados pelos índices h da Web of Science, a maioria dos autores em Saúde Coletiva não supera h = 5. Há diferenças entres as regiões, com melhor desempenho para a Sul e valores semelhantes entre Sudeste e Nordeste.

Comparação de estimativas para o auto-relato de condições crônicas entre inquérito domiciliar e telefônico - Campinas (SP), Brasil

OBJETIVO: O objetivo do presente estudo foi comparar as estimativas obtidas por diferentes modalidades de inquérito para condições crônicas auto-referidas em adultos residentes em Campinas (SP) no ano de 2008. MÉTODOS: Foram utilizados os dados do ISACamp, inquérito domiciliar realizado pela Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Estadual de Campinas com apoio da Secretaria Municipal de Saúde, e do VIGITEL - Campinas (SP), inquérito telefônico realizado pelo Ministério da Saúde para Vigilância de Fatores de Risco e Proteção para Doenças Crônicas na população adulta (18 anos ou mais). Estimativas do auto-relato de hipertensão arterial, diabetes, osteoporose, asma/bronquite/enfisema, foram avaliadas e comparadas por meio do teste t de Student para duas amostras independentes. RESULTADOS: Para as estimativas globais, maior prevalência de hipertensão arterial e osteoporose foram verificadas pelo inquérito telefônico. Diabetes e asma/bronquite/enfisema não apresentaram diferenças estatísticas significantes. Na análise segundo variáveis sócio-demográficas, maior prevalência de hipertensão foi obtida pelo VIGITEL para os homens, entre as pessoas de 18 a 59 anos e nos que referiram 9 ou mais anos de estudo. Maior prevalência de osteoporose entre adultos (18 a 59 anos) foi verificada pelo VIGITEL. Em relação à asma/bronquite/enfisema nos idosos, maior prevalência foi observada pelo ISACamp. CONCLUSÃO: Exceto para hipertensão arterial, os dados obtidos do inquérito telefônico constituíram uma alternativa rápida para disponibilizar estimativas globais da prevalência das condições estudadas na população adulta residente em Campinas (SP).

Validação e reprodutibilidade da Escala de Evaluación de Insatisfación Corporal para Adolescentes

OBJETIVO:Validar escala de insatisfação corporal para adolescentes. MÉTODOS: Participaram do estudo 386 adolescentes, de ambos os sexos, entre dez e 17 anos de idade, de uma escola particular de ensino fundamental e médio, de São Bernardo do Campo, SP, em 2006. Foram realizadas tradução e adaptação cultural da "Escala de Evaluación de Insatisfación Corporal para Adolescentes" para o português. Foram avaliadas consistência interna por meio do coeficiente alfa de Cronbach, análise fatorial pelo método Varimax e validade discriminante pelas diferenças entre médias de estado nutricional, utilizando-se o teste de Kruskal-Wallis. Na validação concorrente, calculou-se o coeficiente de correlação de Spearman entre a escala e o índice de massa corporal, a razão circunferência quadril e a circunferência da cintura. Para reprodutibilidade, foram utilizados o teste de Wilcoxon, o coeficiente de correlação intra-classe. RESULTADOS: A escala traduzida não apresentou discordâncias significativas com a original. A escala apresentou consistência interna satisfatória para todos os subgrupos estudados (fases inicial e intermediária de adolescência, ambos os sexos) e foi capaz de discriminar os adolescentes segundo o estado nutricional. Na análise concorrente, as três medidas corporais foram correlacionadas, exceto adolescentes do sexo masculino em fase inicial, e sua reprodutibilidade foi confirmada. CONCLUSÕES: A Escala de Avaliação da Insatisfação Corporal para Adolescentes está traduzida e adaptada para o português e apresentou resultados satisfatórios, sendo recomendada para avaliação do aspecto atitudinal da imagem corporal de adolescentes.

Eqüidade e provisão de serviços públicos odontológicos no estado do Paraná

OBJETIVO: Analisar a associação entre indicadores socioeconômicos, de provisão de serviços públicos odontológicos e de alocação de recursos financeiros em saúde, e identificar se o sentido das associações ocorre em favor da eqüidade vertical. MÉTODOS: Foi realizado um estudo transversal de abordagem ecológica, com dados do Ministério da Saúde referentes a 399 municípios do estado do Paraná, no período de 1998 a 2005. A condição socioeconômica foi aferida por meio do Índice de Desenvolvimento Humano dos municípios, além de indicadores de renda, educação e saneamento básico, os quais foram obtidos nas bases de dados do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística. Os dados foram submetidos a testes estatísticos não-paramétricos: coeficiente de correlação de Spearman, Friedman e Mann-Whitney. RESULTADOS: Houve tendência redistributiva dos recursos federais transferidos aos municípios para o custeio da atenção básica, intensificada a partir do lançamento da Estratégia Saúde da Família. Observou-se expansão das ações de saúde bucal no período analisado, bem como tendência pró-eqüidade na oferta e utilização dos serviços odontológicos em atenção básica. CONCLUSÕES: Houve tendência redistributiva, ou pró-eqüidade, na provisão de serviços odontológicos no estado do Paraná, com maior provisão per capita de recursos ou serviços para municípios com piores indicadores socioeconômicos. Esta tendência se mostrou compatível com as diretrizes programáticas recentes do Ministério da Saúde.

Gestores do SUS: apoio e resistências à Homeopatia

Este artigo apresenta parte dos resultados de pesquisa que investigou características do movimento de aproximação e afastamento entre homeopatas e médicos da Biomedicina, segundo o ponto de vista dos profissionais não homeopatas. Foram entrevistados 48 profissionais de saúde (docentes, gestores e médicos que trabalham na rede publica). Toma-se para análise apenas os resultados das entrevistas com gestores. Foram usadas como referências as concepções de: campo social e científico de Bourdieu; racionalidades médicas de Madel Luz; arranjos tecnológicos do trabalho em saúde de Mendes-Gonçalves e de identidade profissional de médico de Donnangelo e de Schraiber. Os resultados indicam que o apoio de gestores à presença da Homeopatia no SUS relaciona-se à percepção da demanda social, à defesa do direito de escolha dos usuários e à constatação de tratar-se de uma prática médica que resgata a dimensão humanista da medicina, contribuindo assim para a satisfação do usuário. As dificuldades e resistências apontadas pelos gestores ressaltam que a falta de informações sobre os procedimentos homeopáticos limita as possibilidades de utilização da Homeopatia porque gera insegurança sobre esta medicina.

Parâmetros genéticos para idade ao primeiro parto estimados por diferentes modelos para rebanhos da raça Nelore

Com objetivo de estimar parâmetros genéticos e estudar a utilização de diferentes efeitos em avaliações genéticas para idade ao primeiro parto (IPP) por diferentes modelos, foram utilizados registros de IPP de animais da raça Nelore, nascidos entre os anos de 1990 e 2005. Foram considerados os seguintes modelos (M): M1, incluindo o efeito fixo de GC1 (constituído pelos animais nascidos na mesma fazenda e ano), além da covariável, peso aos 365 dias de idade (efeito linear e quadrático), totalizando 24.263 registros de IPP; M2, considerando os efeitos fixos de GC1, ano e estação de parição, totalizando 59.792 registros de IPP e M3, incluindo os efeitos fixos de GC2 (agrupando os animais nascidos na mesma fazenda, ano e que conceberam no mesmo manejo reprodutivo), ano e estação de parição, totalizando 59.792 registros de IPP. As estimativas dos componentes de variância e herdabilidade e os valores genéticos (VG) foram obtidos pelo método da máxima verossimilhança restrita, com a inclusão da matriz de parentesco disponível. As diferenças esperadas na progênie (DEPs) foram obtidas dividindo os VG por dois. Após a obtenção desses resultados, foram realizadas correlações entre os VG e o ranqueamento das DEPs dos reprodutores para IPP, utilizando-se o procedimento PROC CORR (SAS, 2003). Ao se considerar o ano e a estação de parto nos modelos de análise (M2 e M3), esses produziram um maior R², indicando que tais modelos conseguiram explicar, em maior grau, as diferenças existentes entre os animais para IPP. As herdabilidades estimadas foram de baixa magnitude (0,14 e 0,15). As correlações entre os VG obtidas por diferentes modelos foram 0,73 (M1 x M2); 0,91 (M2 x M3) e 0,66 (M1 x M3).