Sequencing and functional analysis of the genome of a nematode egg-parasitic fungus, Pochonia chlamydosporia

Pochonia chlamydosporia is a worldwide-distributed soil fungus with a great capacity to infect and destroy the eggs and kill females of plant-parasitic nematodes. Additionally, it has the ability to colonize endophytically roots of economically-important crop plants, thereby promoting their growth and eliciting plant defenses. This multitrophic behavior makes P. chlamydosporia a potentially useful tool for sustainable agriculture approaches. We sequenced and assembled ∼41 Mb of P. chlamydosporia genomic DNA and predicted 12,122 gene models, of which many were homologous to genes of fungal pathogens of invertebrates and fungal plant pathogens. Predicted genes (65%) were functionally annotated according to Gene Ontology, and 16% of them found to share homology with genes in the Pathogen Host Interactions (PHI) database. The genome of this fungus is highly enriched in genes encoding hydrolytic enzymes, such as proteases, glycoside hydrolases and carbohydrate esterases. We used RNA-Seq technology in order to identify the genes expressed during endophytic behavior of P. chlamydosporia when colonizing barley roots. Functional annotation of these genes showed that hydrolytic enzymes and transporters are expressed during endophytism. This structural and functional analysis of the P. chlamydosporia genome provides a starting point for understanding the molecular mechanisms involved in the multitrophic lifestyle of this fungus. The genomic information provided here should also prove useful for enhancing the capabilities of this fungus as a biocontrol agent of plant-parasitic nematodes and as a plant growth-promoting organism.

Biología reproductiva de Polioptila lembeyei (Aves: Polioptilidae) en la Reserva Ecológica Siboney-Juticí, Santiago de Cuba, Cuba

Se estudió la biología reproductiva de Polioptila lembeyei en la Reserva Ecológica Siboney-Juticí, Santiago de Cuba, Cuba durante los años 2006 y 2007 en seis formaciones vegetales. Se describieron aspectos de su reproducción en términos de cronología reproductiva, tamaño de puesta, duración del período de incubación, permanencia de los polluelos en el nido, morfometría de nidos y huevos, y caracterización del sitio de nidificación en cuanto a la altura de los nidos y especie y altura de las plantas utilizadas como sitio de nidificación. Se localizaron 89 nidos durante las dos temporadas reproductivas, 43 en el año 2006 y 46 en el 2007. El período reproductivo se extendió desde finales de marzo hasta julio, abarcando 129 días en el año 2006 y 122 días durante el año 2007. Las nidadas tuvieron una duración de 36–56 días (construcción 8,6 ± 2,8 días, puesta 8,6 ± 2,7 días, incubación de 14,0 ± 1,2 días y permanencia de los pichones en el nido 14,5 ± 1,0 días). De los 45 nidos examinados el tamaño de puesta modal fue de tres huevos (88,9 %), encontrándose también nidadas de dos (6,7 %) y cuatro huevos (4,4 %). De 38 nidos con huevos para ambas temporadas, 15 nidos produjeron pichones (32 pichones en el 2006 y 20 pichones en el 2007) y solo tres nidos durante el 2006 (37,5 %) lograron producir volantones, los cuales salieron con éxito del nido. La planta más utilizada como sitio de nidificación fue Acacia macracantha (80 % de los nidos detectados), aunque también se hallaron nidos en otras ocho especies de plantas. Las alturas de ubicación del nido fue de 2,7 ± 1,5 m (n = 82; rango 0,3–6,4 m) y la distancia del nido al dosel de la planta utilizada como sustrato fue de 1,1 ± 0,9 m (n = 80; rango 0,1–5,4 m).