Influence des conditions climatiques sur la croissance du sapin baumier et de l'épinette noire

L’effet du climat sur la croissance de la végétation est depuis longtemps un fait acquis. Les changements climatiques globaux ont entrainé une augmentation des efforts de recherche sur l’impact de ces changements en milieux naturels, à la fois en termes de distribution et d’abondance des espèces, mais également à travers l’étude des rendements des espèces commerciales. La présente étude vise à déterminer, à travers l’utilisation de relevés dendrochronologiques, les effets de variables climatiques sur la croissance de l’épinette noire et du sapin baumier à l’échelle de la forêt boréale du Québec. Le but est d’identifier les principaux modificateurs climatiques responsables de la croissance des peuplements boréaux en fonction de leur âge et de leur localisation. Se focalisant sur un modèle non-linéaire des moindres carrés incorporant les modificateurs climatiques et un modificateur d’âge, la modélisation de la croissance en surface terrière en fonction de ces critères a permis de détecter des différences entre le sapin baumier et l’épinette noire. Les résultats montrent que les deux espèces réagissent surtout à la longueur de la saison de croissance et aux températures estivales maximales. L’épinette noire semble également plus sensible aux conditions de sécheresse. Les modèles basés sur l’âge ainsi que sur la localisation le long d’un gradient nord-sud révèlent quelques différences, notamment concernant la réaction plus prononcée des jeunes peuplements au climat, en particulier aux températures, tandis que les vieux peuplements sont sensibles au rayonnement solaire. L’étude démontre tout de même une relative indépendance de l’épinette vis-à-vis du gradient latitudinal, à l’inverse du sapin. Les résultats permettent de discuter des modifications de productivité de ces espèces liées à l’allongement de la saison de croissance (gain pour les deux essences) et aux températures croissantes en conjonction avec les précipitations (perte due à la sécheresse pour l’épinette), dans un contexte de changements climatiques.

Development and application of sensitive genome-wide platforms to study the genetic and epigenetic (DNA methylation) makeup of gametes and early bovine embryos

Pour ce projet, nous avons développé une plateforme pour l’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN chez le bovin qui est compatible avec des échantillons de petites tailles. Cet outil est utilisé pour étudier les caractéristiques génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN) des gamètes soumis aux procédures de procréation médicalement assisitée et des embryons précoces. Dans un premier temps, une plateforme d’analyse de biopuces spécifiques pour l’étude de la méthylation de l’ADN chez l’espèce bovine a été développée. Cette plateforme a ensuite été optimisée pour produire des analyses pangénomiques de méthylation de l’ADN fiables et reproductibles à partir d’échantillons de très petites tailles telle que les embryons précoces (≥ 10 ng d’ADN a été utilisé, ce qui correspond à 10 blastocystes en expansion). En outre, cet outil a permis d’évaluer de façon simultanée la méthylation de l’ADN et le transcriptome dans le même échantillon, fournissant ainsi une image complète des profils génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN). Comme preuve de concept, les profils comparatifs de méthylation de l’ADN spermatique et de blastocystes bovins ont été analysés au niveau de l’ensemble du génome. Dans un deuxième temps, grâce à cette plateforme, les profils globaux de méthylation de l’ADN de taureaux jumeaux monozygotes (MZ) ont été analysés. Malgré qu’ils sont génétiquement identiques, les taureaux jumeaux MZ ont des descendants avec des performances différentes. Par conséquent, l’hypothèse que le profil de méthylation de l’ADN spermatique de taureaux jumeaux MZ est différent a été émise. Dans notre étude, des différences significatives entre les jumeaux MZ au niveau des caractéristiques de la semence ainsi que de la méthylation de l’ADN ont été trouvées, chacune pouvant contribuer à l’obtention de performances divergentes incongrues des filles engendrées par ces jumeaux MZ. Dans la troisième partie de ce projet, la même plateforme a été utilisée pour découvrir les impacts d’une supplémentation à forte concentration en donneur de méthyle universel sur les embryons précoces bovins. La supplémentation avec de grandes quantités d’acide folique (AF) a été largement utilisée et recommandée chez les femmes enceintes pour sa capacité bien établie à prévenir les malformations du tube neural chez les enfants. Cependant, plus récemment, plusieurs études ont rapporté des effets indésirables de l’AF utilisé à des concentrations élevées, non seulement sur le développement de l’embryon, mais aussi chez les adultes. Au niveau cellulaire, l’AF entre dans le métabolisme monocarboné, la seule voie de production de S-adénosyl méthionine (SAM), un donneur universel de groupements méthyles pour une grande variété de biomolécules, y compris l’ADN. Par conséquent, pour résoudre cette controverse, une forte dose de SAM a été utilisée pour traiter des embryons produits in vitro chez le bovin. Ceci a non seulement permis d’influencer le phénotype des embryons précoces, mais aussi d’avoir un impact sur le transcriptome et le méthylome de l’ADN. En somme, le projet en cours a permis le développement d’une plateforme d’analyse de la méthylation de l’ADN à l’échelle du génome entier chez le bovin à coût raisonnable et facile à utiliser qui est compatible avec les embryons précoces. De plus, puisque c’est l’une des premières études de ce genre en biologie de la reproduction bovine, ce projet avait trois objectifs qui a donné plusieurs nouveaux résultats, incluant les profils comparatifs de méthylation de l’ADN au niveau : i) blastocystes versus spermatozoïdes ; ii) semence de taureaux jumeaux MZ et iii) embryons précoces traités à de fortes doses de SAM versus des embryons précoces non traités.

Effet des différents apports alimentaires de phosphore et de calcium sur les performances de croissance, la minéralisation osseuse et l’ostéochondrose chez le porc

L’objectif principal de ce mémoire était de déterminer les apports optimaux en phosphore (P) en termes de performance de croissance, de minéralisation osseuse, d’excrétion de P et de fréquence d’ostéochondrose chez le porc (25 à 120 kg). L’expérience s’est échelonnée sur trois phases de 28 jours chacune où les porcs ont été alimentés avec des nourrisseurs automatiques. Deux aliments, soit un riche en nutriments (A) qui satisfait les besoins d’un porc de 25 kg en plus d’apporter 140 % des besoins en P digestible et en calcium (Ca) et un autre pauvre en nutriments (B) satisfaisant les besoins d’un porc de 120 kg en plus d’apporter 60 % des besoins en P digestible et en Ca ont été utilisés pour fabriquer 5 des traitements alimentaires, et le 6e traitement constituait le témoin positif. Pendant la première phase, 80 porcs ont reçu un des 5 traitements alimentaires, soit 60, 80, 100, 120 et 140 % des besoins en P avec un rapport Ca :P fixe. De faibles différences au niveau des performances de croissance ont été observées entre les traitements. La minéralisation osseuse a pour sa part augmenté linéairement avec l’augmentation des apports phosphocalciques. Aux phases 2 et 3, une erreur expérimentale s’est glissée dans la composition des aliments A et B, faisant en sorte que les quantités de Ca de chacun des deux aliments ont été inversées, soit des apports de P toujours de 60, 80, 100, 120 et 140 % des besoins, mais conjointement avec des apports de Ca de 140, 115, 100, 85 et 70 % des besoins respectivement. Ainsi, l’objectif de l’essai a été revu en tenant compte de cette erreur pour étudier l’effet de déséquilibres phosphocalciques sur les mêmes critères que ceux de la phase 1. Les résultats montrent l’importance de maintenir un équilibre entre les apports de P et de Ca afin de favoriser l’utilisation de chacun des deux éléments.

Caractérisation des effets de l’hyperglycémie chronique dans la choroïde d’yeux diabétiques

But: Le diabète est un problème important de santé publique et la complication oculaire la plus commune est la rétinopathie diabétique (RD). Certaines études indiquent que la choroïde des patients diabétiques est affectée sans signe apparent de RD. Notre hypothèse est que l’élévation du stress oxydant liée à l’hyperglycémie chronique affecte la fonction choroïdienne à un stade précoce de la RD. Nous proposons d’étudier la glycolyse, le métabolisme mitochondrial, le stress nitrosatif et la méthylation de l’ADN ainsi que de caractériser les modifications histologiques dans la choroïde diabétique. Méthodes: L’expression des gènes/protéines associés à la glycolyse, au métabolisme mitochondrial et à la production de l’oxyde nitrique a été comparée par profilage génique et immunobuvardage Western entre les choroïdes saines et diabétiques. Les niveaux globaux de méthylation et d’hydroxyméthylation de l’ADN ont été quantifiés par immunoslot blot et HPLC-MS/MS dans ces tissus. Enfin, des coupes tissulaires d’yeux de donneurs sains ou diabétiques avec RD non proliférante (RDNP) ou proliférante (RDP) ont été colorées au trichrome de Masson et au Weigert. L’épaisseur de la choroïde et de la membrane de Bruch, ainsi que la densité et le diamètre des vaisseaux sanguins choroïdiens ont été analysés. Résultats: Nos résultats montrent une dérégulation de l’expression de certains transcrits de la choroïde diabétique, mais peu de différences au niveau de l’expression protéique des cibles validées. Le niveau global de méthylation de l’ADN est similaire entre les donneurs sains et diabétiques. Nos analyses histologiques démontrent une diminution de l’épaisseur de la choroïde et une dégénérescence des choriocapillaires et des veines/veinules chez les donneurs diabétiques atteints de RDP. Conclusions: L’étude de la choroïde est importante, car l’atteinte de ce tissu a de graves répercussions sur la fonction rétinienne. L’identification de cibles dans la choroïde ouvre de nouvelles perspectives pour un traitement préventif de la RD.

Développement et pré-test d’un plan de soins de suivi pour des femmes atteintes du cancer de l’endomètre avec traitements adjuvants lors de la transition de la fin du traitement actif vers la survie au cancer

La fin du traitement actif et le début de la phase de survie correspondent à une période de transition qui présente de nombreux défis pour la personne survivante au cancer, les soignants et le système de santé. La phase de survie au cancer est une phase distincte mais négligée du continuum de soins. Pour faciliter la transition de la fin du traitement actif vers la survie et optimiser la coordination des soins de suivi, la mise en place d’un plan de soins de suivi (PSS) est proposée. Le but de cette recherche est de développer, de mettre en place et d’évaluer si un plan de soins de suivi (PSS) permet de répondre aux besoins globaux, de diminuer la détresse émotionnelle et de favoriser les comportements d’autogestion de santé de femmes atteintes du cancer de l’endomètre (FACE) lors de la transition de la fin du traitement actif vers la survie au cancer. Elle comprend deux phases distinctes. La première phase visait d’abord le développement d’un plan de soins de suivi (PSS) pour des femmes atteintes du cancer de l’endomètre avec traitements adjuvants. La sélection du contenu du PSS a été faite à partir de la recension des écrits et des données recueillies lors d’entrevues individuelles avec 19 FACE, 24 professionnels de la santé travaillant avec cette clientèle et quatre gestionnaires de proximité en oncologie. Cette première phase avait également pour but la validation du contenu du PSS auprès de dix professionnels de la santé impliqués dans l’étude. La seconde phase consistait à évaluer la faisabilité, l’acceptabilité du PSS et à en pré-tester l’utilité à répondre aux besoins globaux, à diminuer la détresse émotionnelle (peur de la récidive) et à favoriser l’autogestion de santé auprès d’un groupe de 18 femmes atteintes du cancer de l’endomètre avec traitements adjuvants à la fin du traitement actif vers la survie. Sur le plan de la faisabilité, les résultats suggèrent que la mise en place du PSS comporte des défis en termes de temps, de ressources et de coordination pour l’infirmière pivot en oncologie (IPO). Concernant l’acceptabilité du PSS, les FACE le perçoivent comme un outil d’information utile qui favorise la communication avec le médecin de famille ou d’autres professionnels de la santé. Les IPO soutiennent sa valeur ajoutée à la fin du traitement et soulignent que la discussion du contenu du PSS fait ressortir des éléments de surveillance et de suivi essentiels à prendre en compte pour la phase de survie et permet de mettre l’emphase sur l’autogestion de sa santé. Pour les médecins de famille, le PSS est un outil d’information pour les survivantes qui favorise la réassurance, la communication et la continuité des soins entre professionnels de la santé. Enfin, pour ce qui est de l’utilité du PSS à répondre aux besoins globaux, les résultats suggèrent que l’ensemble des besoins sont plus satisfaits trois mois après la fin des traitements pour le groupe ayant reçu un PSS. Bien que la peur de récidive du cancer (PRC) s’améliore au suivi de trois mois pour le groupe exposé au PSS, 55% des FACE conservent un score cliniquement significatif de 13 à la sous-échelle de sévérité de peur de récidive à la fin du traitement et 42% au suivi de trois mois. Les comportements d’autogestion de santé s’améliorent entre la fin du traitement et le suivi de trois mois pour le groupe exposé un PSS. Considérant ces résultats, la démarche soutient la pertinence de mettre en place un PSS à la fin du traitement actif pour les FACE pour répondre à des besoins d’information, favoriser la communication et la continuité des soins avec les professionnels de la santé et les comportements d’autogestion de santé dans la phase de survie. Cependant, des contraintes de temps, de ressources et de coordination doivent être prises en compte pour sa mise en place dans le milieu clinique. Mots-clés : Transition, fin du traitement actif, besoins, survie au cancer, plan de soins de suivi.

Analyse de sensibilité d’un multimodèle hydrologique

Les enjeux hydrologiques modernes, de prévisions ou liés aux changements climatiques, forcent l’exploration de nouvelles approches en modélisation afin de combler les lacunes actuelles et d’améliorer l’évaluation des incertitudes. L’approche abordée dans ce mémoire est celle du multimodèle (MM). L’innovation se trouve dans la construction du multimodèle présenté dans cette étude : plutôt que de caler individuellement des modèles et d’utiliser leur combinaison, un calage collectif est réalisé sur la moyenne des 12 modèles globaux conceptuels sélectionnés. Un des défis soulevés par cette approche novatrice est le grand nombre de paramètres (82) qui complexifie le calage et l’utilisation, en plus d’entraîner des problèmes potentiels d’équifinalité. La solution proposée dans ce mémoire est une analyse de sensibilité qui permettra de fixer les paramètres peu influents et d’ainsi réduire le nombre de paramètres total à caler. Une procédure d’optimisation avec calage et validation permet ensuite d’évaluer les performances du multimodèle et de sa version réduite en plus d’en améliorer la compréhension. L’analyse de sensibilité est réalisée avec la méthode de Morris, qui permet de présenter une version du MM à 51 paramètres (MM51) tout aussi performante que le MM original à 82 paramètres et présentant une diminution des problèmes potentiels d’équifinalité. Les résultats du calage et de la validation avec le « Split-Sample Test » (SST) du MM sont comparés avec les 12 modèles calés individuellement. Il ressort de cette analyse que les modèles individuels, composant le MM, présentent de moins bonnes performances que ceux calés indépendamment. Cette baisse de performances individuelles, nécessaire pour obtenir de bonnes performances globales du MM, s’accompagne d’une hausse de la diversité des sorties des modèles du MM. Cette dernière est particulièrement requise pour les applications hydrologiques nécessitant une évaluation des incertitudes. Tous ces résultats mènent à une amélioration de la compréhension du multimodèle et à son optimisation, ce qui facilite non seulement son calage, mais également son utilisation potentielle en contexte opérationnel.

Las politicas educativas hacia la poblacion indigena y la construccion de las identidades étnicas y de género. El caso de la region de Cuetzalan, Puebla, México

Cette thèse se centre sur l’analyse des politiques éducatives, qui visent la population indigène au Mexique. Son objectif est de rechercher l’impact qu’elles ont sur les constructions identitaires, de genre et d’ethnie, chez les petites filles et les garçons mexicains náhuas. Il s’agit d’un travail de recherche depuis l’instrumentation des politiques éducatives (à partir des stratégies, des programmes et des actions) que réalise la Direction Générale d’Éducation Indigène (DGEI), une instance appartenant au Ministère d’Éducation Publique (SEP), pour analyser les processus générés dans les pratiques scolaires – et extrascolaires – et les signifiés construits par les sujets éducatifs. Pour accomplir cet objectif, nous avons réalisé un travail ethnographique fondé sur des concepts théoriques et méthodologiques de l’ethnographie institutionnelle et du féminisme. La recherche présentée est fondamentalement qualitative, générée à partir du point de vue de l’ethnographie institutionnelle sur les politiques publiques conçues et réalisées par la DGEI dans les entités fédératives. A cet égard, nous avons visité et analysé le cas de cinq écoles indigènes náhuas de la Sierra Norte, dans l’état de Puebla. La conception et la réalisation ont impliqué des considérations épistémologiques d’un type qualitatif, comme la participation des sujets par le biais de l’incorporation de leur voix, de leurs perceptions et apports, pour l’analyse ultérieure des textes et la composition des conclusions finales. Cette recherche tente de se positionner en pourvoyeuse de témoignages et de sens intersubjectifs construits sur la base de données empiriques, ensuite articulées avec les perceptions de celui qui analyse. Elle constitue une recherche féministe dans le sens où elle englobe et analyse l’implication du genre féminin à d’autres facteurs sociaux qui permettent d’expliquer la situation des sujets avec qui ces femmes interagissent. Il en va également de même pour les groupes sociaux qui vivent dans la périphérie comme la majorité d’entre elles, c’est-à-dire dans la marginalité et la subalternité; la présence masculine, quant à elle, est pleinement documentée. L’un des buts de cette recherche féministe est d’expliquer la relation entre exclusion et inégalité. L’exclusion semble s’étendre dans l’esprit de l’époque. Les processus de globalisation se caractérisent en effet par le fait d’approfondir et de multiplier les formes variées d’exclusion des majorités en faveur de l’hégémonie – politique, économique et culturelle – étendant son voile qui rend invisible toute diversité. Dans n’importe laquelle de ces modalités, le fait d’être différent amène à être recalé dans les marges, c’est-à-dire à vivre des formes spécifiques d’exclusion. À partir de ces idées, la thèse vise à caractériser les politiques éducatives comprises comme des processus politiques et idéologiques non neutres, en tant que phénomènes qui peuvent être considérés comme des mécanismes de classification et de construction des sujets: des professeurs, des indigènes, des étudiants… Et aussi, comme des codes de normes et valeurs qui articulent les principes organisant la société à travers des modèles qui conforment l’histoire et la culture de la société dans laquelle ils sont générés. La possibilité de combiner tous les niveaux d’appréciation du micro, du méso et du macro, de trouver et de documenter des processus nationaux et globaux de politiques publiques de la DGEI dans des espaces d’influence locaux et leurs effets dans la construction d’identités, constitue une des contributions principales de cette recherche. Considérer les politiques comme objet d’analyse permet d’examiner au moins trois dimensions : 1) Les perspectives idéologiques prédominantes dans les discours, 2) les pratiques des sujets destinataires de ces politiques, c’est-à-dire, – ceux qui assimilent les discours –, et 3) les systèmes alternatifs de résistance ou de complémentarité qui émergent localement (comme l’acceptation, la modification ou le rejet des discours). Partir de la conception selon laquelle la participation aux politiques (même au niveau des récepteurs de celles-ci) les rend publiques et permet, par ce seul fait, d’en dépasser le caractère gouvernemental. Une politique est réalisée uniquement quand le destinataire de celle-ci agit comme un élément réactif. En conséquence, il est fondamental que la recherche collecte les témoignages des sujets participants, c’est-à-dire des autorités éducatives et communautaires, des enseignants, des étudiants, des pères et des mères de famille, tout comme des acteurs sociaux. De cette manière, la politique peut être cohérente avec sa nature publique et répondre aux nécessités perçues localement, dépassant ainsi les buts abstraits des institutions. Les acteurs de l’éducation au niveau local et de l’État deviennent alors également des auteurs latents des politiques publiques.