Validation of stress indicators for the assessment of animal welfare and prediction of pork meat quality variation at commercial level

Les procédures appliquées avant l’abattage des animaux influencent directement la qualité de la viande en modulant l’état physiologique des porcs; ainsi, l’augmentation de la température corporelle, les taux élevés de lactate sanguin et l’épuisement des réserves de glycogène entre autres, occasionnent la majorité des baisses de qualité. L’objectif de cette thèse était de valider des outils indicateurs de stress porcin pour les fermes et les abattoirs. Ceux-ci seraient appliqués à la surveillance du bien-être animal et à la prédiction de variation de qualité de la viande porcine au niveau commercial. Premierement, les résultats de la thèse ont permis de conclure qu’un des outils développés (analyseur portatif de lactate) mesure la variation du niveau de lactate sanguin associé à l’état physiologique des porcs dans la phase péri-mortem et aide à expliquer la variation de la qualité de la viande chez le porc à l’abattoir, en particulier dans les muscles du jambon. Deuxièmement, les résultats des audits du bien-être animal appliqués de la ferme à l’abattoir ont démontré que la qualité du système d’élevage à la ferme d’origine et les compétences du chauffeur de camion sont d’importants critères affectant la réponse comportementale des porcs à la manipulation avant l’abattage. Ces résultats ont également démontré que les conditions de logement à la ferme (la faible densité et l’enrichissement dans les enclos), le comportement des porcs en période pré-abattage (glissade), ainsi que les interventions du manipulateur (utilisation du bâton électrique) dans la zone d’étourdissement de l’abattoir affectent négativement la variation de la qualité de la viande. L’application des protocoles d’audits dans la filière porcine a également démontré que le respect des critères de bien-être animal fixés par un outil de vérification est primordiale et permet de contrôler les conditions de bien-être des porcs à chaque étape de la période pré-abattage, de produire une viande de qualité supérieure et de réduire les pertes. Les audits de bien-être animal sont donc un outil qui apporte des resultats très pertinents pour aider a éviter les variations de la qualité de la viande chez le porc. Troisièmement, la thermographie infrarouge s’est avéré être une technique prometteuse permettant d’évaluer la variation de température corporelle de l’animal pendant et après un stress physique, en particulier lorsque cette mesure est prise derrière les oreilles. En conclusion, les outils validés à travers cette thèse représentent des méthodologies non invasives et potentiellement complémentaires à d’autres approches d’évaluation de l’état physiologique et du bien-être animal par rapport au stress, permettant de réduire les pertes de qualité de viande (par exemple en utilisation conjointe avec le niveau de lactate sanguin et les indicateurs de stress comportemental, entre autres).

Development and application of sensitive genome-wide platforms to study the genetic and epigenetic (DNA methylation) makeup of gametes and early bovine embryos

Pour ce projet, nous avons développé une plateforme pour l’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN chez le bovin qui est compatible avec des échantillons de petites tailles. Cet outil est utilisé pour étudier les caractéristiques génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN) des gamètes soumis aux procédures de procréation médicalement assisitée et des embryons précoces. Dans un premier temps, une plateforme d’analyse de biopuces spécifiques pour l’étude de la méthylation de l’ADN chez l’espèce bovine a été développée. Cette plateforme a ensuite été optimisée pour produire des analyses pangénomiques de méthylation de l’ADN fiables et reproductibles à partir d’échantillons de très petites tailles telle que les embryons précoces (≥ 10 ng d’ADN a été utilisé, ce qui correspond à 10 blastocystes en expansion). En outre, cet outil a permis d’évaluer de façon simultanée la méthylation de l’ADN et le transcriptome dans le même échantillon, fournissant ainsi une image complète des profils génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN). Comme preuve de concept, les profils comparatifs de méthylation de l’ADN spermatique et de blastocystes bovins ont été analysés au niveau de l’ensemble du génome. Dans un deuxième temps, grâce à cette plateforme, les profils globaux de méthylation de l’ADN de taureaux jumeaux monozygotes (MZ) ont été analysés. Malgré qu’ils sont génétiquement identiques, les taureaux jumeaux MZ ont des descendants avec des performances différentes. Par conséquent, l’hypothèse que le profil de méthylation de l’ADN spermatique de taureaux jumeaux MZ est différent a été émise. Dans notre étude, des différences significatives entre les jumeaux MZ au niveau des caractéristiques de la semence ainsi que de la méthylation de l’ADN ont été trouvées, chacune pouvant contribuer à l’obtention de performances divergentes incongrues des filles engendrées par ces jumeaux MZ. Dans la troisième partie de ce projet, la même plateforme a été utilisée pour découvrir les impacts d’une supplémentation à forte concentration en donneur de méthyle universel sur les embryons précoces bovins. La supplémentation avec de grandes quantités d’acide folique (AF) a été largement utilisée et recommandée chez les femmes enceintes pour sa capacité bien établie à prévenir les malformations du tube neural chez les enfants. Cependant, plus récemment, plusieurs études ont rapporté des effets indésirables de l’AF utilisé à des concentrations élevées, non seulement sur le développement de l’embryon, mais aussi chez les adultes. Au niveau cellulaire, l’AF entre dans le métabolisme monocarboné, la seule voie de production de S-adénosyl méthionine (SAM), un donneur universel de groupements méthyles pour une grande variété de biomolécules, y compris l’ADN. Par conséquent, pour résoudre cette controverse, une forte dose de SAM a été utilisée pour traiter des embryons produits in vitro chez le bovin. Ceci a non seulement permis d’influencer le phénotype des embryons précoces, mais aussi d’avoir un impact sur le transcriptome et le méthylome de l’ADN. En somme, le projet en cours a permis le développement d’une plateforme d’analyse de la méthylation de l’ADN à l’échelle du génome entier chez le bovin à coût raisonnable et facile à utiliser qui est compatible avec les embryons précoces. De plus, puisque c’est l’une des premières études de ce genre en biologie de la reproduction bovine, ce projet avait trois objectifs qui a donné plusieurs nouveaux résultats, incluant les profils comparatifs de méthylation de l’ADN au niveau : i) blastocystes versus spermatozoïdes ; ii) semence de taureaux jumeaux MZ et iii) embryons précoces traités à de fortes doses de SAM versus des embryons précoces non traités.

Building peace by supporting post-conflict electoral processes

Les élections post-conflit ou élections de sortie de crise organisées sous l’égide de la communauté internationale en vue de rétablir la paix dans les pays sortant de violents conflits armés ont un bilan mixte caractérisé par le succès ou l’échec selon les cas. Ce bilan mitigé représente le problème principal auquel cette recherche tente de répondre à travers les questions suivantes : l’assistance électorale étrangère est-elle efficace comme outil de rétablissement de la paix dans les sociétés post-conflit? Qu’est ce qui détermine le succès ou l’échec des élections post-conflit à contribuer efficacement au rétablissement de la paix dans les sociétés déchirées par la guerre? Pour résoudre cette problématique, cette thèse développe une théorie de l’assistance électorale en période post-conflit centrée sur les parties prenantes à la fois du conflit armé et du processus électoral. Cette théorie affirme que l’élément clé pour le succès des élections post-conflit dans le rétablissement de la paix est le renforcement de la capacité de négociation des parties prenantes à la fois dans le processus de paix et dans le processus électoral post-conflit. Dans les situations post-conflit, une assistance électorale qui se voudrait complète et efficace devra combiner à la fois le processus électoral et le processus de paix. L’assistance électorale sera inefficace si elle se concentre uniquement sur les aspects techniques du processus électoral visant à garantir des élections libres, transparentes et équitables. Pour être efficace, l’accent devra également être mis sur les facteurs supplémentaires qui peuvent empêcher la récurrence de la guerre, tels que l’habilité des individus et des groupes à négocier et à faire des compromis sur les grandes questions qui peuvent menacer le processus de paix. De fait, même des élections transparentes comme celles de 1997 au Liberia saluées par la communauté internationale n’avaient pas réussi à établir des conditions suffisantes pour éviter la reprise des hostilités. C’est pourquoi, pour être efficace, l’assistance électorale dans les situations de post-conflit doit prendre une approche globale qui priorise l’éducation civique, la sensibilisation sur les droits et responsabilités des citoyens dans une société démocratique, le débat public sur les questions qui divisent, la participation politique, la formation au dialogue politique, et toute autre activité qui pourrait aider les différentes parties à renforcer leur capacité de négociation et de compromis. Une telle assistance électorale fera une contribution à la consolidation de la paix, même dans le contexte des élections imparfaites, comme celles qui se sont détenues en Sierra Leone en 2002 ou au Libéria en 2005. Bien que la littérature sur l’assistance électorale n’ignore guère l’importance des parties prenantes aux processus électoraux post-conflit (K. Kumar, 1998, 2005), elle a fortement mis l’accent sur les mécanismes institutionnels. En effet, la recherche académique et professionnelle est abondante sur la réforme des lois électorales, la reforme constitutionnelle, et le développement des administrations électorales tels que les commissions électorales, ainsi que l’observation électorale et autres mécanismes de prévention de la fraude électorale, etc. (Carothers & Gloppen, 2007). En d’autres termes, les décideurs et les chercheurs ont attribué jusqu’à présent plus d’importance à la conception et au fonctionnement du cadre institutionnel et des procédures électorales. Cette thèse affirme qu’il est désormais temps de prendre en compte les participants eux-mêmes au processus électoral à travers des types d’assistance électorale qui favoriseraient leur capacité à participer à un débat pacifique et à trouver des compromis aux questions litigieuses. Cette approche plus globale de l’assistance électorale qui replace l’élection post-conflit dans le contexte plus englobant du processus de paix a l’avantage de transformer le processus électoral non pas seulement en une expérience d’élection de dirigeants légitimes, mais aussi, et surtout, en un processus au cours duquel les participants apprennent à régler leurs points de vue contradictoires à travers le débat politique dans un cadre institutionnel avec des moyens légaux et légitimes. Car, si le cadre institutionnel électoral est important, il reste que le résultat du processus électoral dépendra essentiellement de la volonté des participants à se conformer au cadre institutionnel et aux règles électorales.

L'échantillonnage équilibré par la méthode du cube et la méthode rejective

Au cours de ces dernières années, les techniques d’échantillonnage équilibré ont connu un regain d’intérêt. En effet, ces techniques permettent de reproduire la structure de la population dans des échantillons afin d’améliorer l’efficacité des estimations. La reproduction de cette structure est effectuée par l’introduction des contraintes aux plans de sondage. Encore récemment, des nouvelles procédures d’échantillonnage équilibré ont été proposées. Il s’agit notamment de la méthode du cube présentée par Deville et Tillé (2004) et de l’algorithme réjectif de Fuller (2009). Alors que la première est une méthode exacte de sélection, la seconde est une approche approximative qui admet une certaine tolérance dans la sélection. Alors, après une brève présentation de ces deux méthodes dans le cadre d’un inventaire de pêcheurs, nous comparons à l’aide de simulations Monte Carlo, les plans de sondage produits par ces deux méthodes. Aussi, cela a été l’occasion pour nous de vérifier si ces méthodes modifient les probabilités de sélection des unités.

An experiment on the parameter uncertainty of hydrological models with different levels of complexity in a climate change context

La possibilité d’estimer l’impact du changement climatique en cours sur le comportement hydrologique des hydro-systèmes est une nécessité pour anticiper les adaptations inévitables et nécessaires que doivent envisager nos sociétés. Dans ce contexte, ce projet doctoral présente une étude sur l’évaluation de la sensibilité des projections hydrologiques futures à : (i) La non-robustesse de l’identification des paramètres des modèles hydrologiques, (ii) l’utilisation de plusieurs jeux de paramètres équifinaux et (iii) l’utilisation de différentes structures de modèles hydrologiques. Pour quantifier l’impact de la première source d’incertitude sur les sorties des modèles, quatre sous-périodes climatiquement contrastées sont tout d’abord identifiées au sein des chroniques observées. Les modèles sont calés sur chacune de ces quatre périodes et les sorties engendrées sont analysées en calage et en validation en suivant les quatre configurations du Different Splitsample Tests (Klemeš, 1986;Wilby, 2005; Seiller et al. (2012);Refsgaard et al. (2014)). Afin d’étudier la seconde source d’incertitude liée à la structure du modèle, l’équifinalité des jeux de paramètres est ensuite prise en compte en considérant pour chaque type de calage les sorties associées à des jeux de paramètres équifinaux. Enfin, pour évaluer la troisième source d’incertitude, cinq modèles hydrologiques de différents niveaux de complexité sont appliqués (GR4J, MORDOR, HSAMI, SWAT et HYDROTEL) sur le bassin versant québécois de la rivière Au Saumon. Les trois sources d’incertitude sont évaluées à la fois dans conditions climatiques observées passées et dans les conditions climatiques futures. Les résultats montrent que, en tenant compte de la méthode d’évaluation suivie dans ce doctorat, l’utilisation de différents niveaux de complexité des modèles hydrologiques est la principale source de variabilité dans les projections de débits dans des conditions climatiques futures. Ceci est suivi par le manque de robustesse de l’identification des paramètres. Les projections hydrologiques générées par un ensemble de jeux de paramètres équifinaux sont proches de celles associées au jeu de paramètres optimal. Par conséquent, plus d’efforts devraient être investis dans l’amélioration de la robustesse des modèles pour les études d’impact sur le changement climatique, notamment en développant les structures des modèles plus appropriés et en proposant des procédures de calage qui augmentent leur robustesse. Ces travaux permettent d’apporter une réponse détaillée sur notre capacité à réaliser un diagnostic des impacts des changements climatiques sur les ressources hydriques du bassin Au Saumon et de proposer une démarche méthodologique originale d’analyse pouvant être directement appliquée ou adaptée à d’autres contextes hydro-climatiques.