Novel inhibitors of the tRNA-dependent amidotransferase of "Helicobacter pylori": Peptides generated by phage display and dipeptide-like compounds

Cette thèse présente la découverte de nouveaux inhibiteurs de l’amidotransférase ARNt-dépendante (AdT), et résume les connaissances récentes sur la biosynthèse du Gln-ARNtGln et de l’Asn-ARNtAsn par la voie indirecte chez la bactérie Helicobacter pylori. Dans le cytoplasme des eucaryotes, vingt acides aminés sont liés à leur ARNt correspondant par vingt aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs). Ces enzymes sont très spécifiques, et leur fonction est importante pour le décodage correct du code génétique. Cependant, la plupart des bactéries, dont H. pylori, sont dépourvues d’asparaginyl-ARNt synthétase et/ou de glutaminyl-ARNt synthétase. Pour former le Gln-ARNtGln, H. pylori utilise une GluRS noncanonique nommée GluRS2 qui glutamyle spécifiquement l’ARNtGln ; ensuite, une AdT trimérique, la GatCAB corrige le Glu-ARNtGln mésapparié en le transamidant pour former le Gln-ARNtGln, qui lira correctement les codons glutamine pendant la biosynthèse des protéines sur les ribosomes. La formation de l’Asn-ARNtAsn est similaire à celle du Gln-ARNtGln, et utilise la même GatCAB et une AspRS non-discriminatrice. Depuis des années 2000, la GatCAB est considérée comme une cible prometteuse pour le développement de nouveaux antibiotiques, puisqu’elle est absente du cytoplasme de l’être humain, et qu’elle est encodée dans le génome de plusieurs bactéries pathogènes. Dans le chapitre 3, nous présentons la découverte par la technique du « phage display » de peptides cycliques riches en tryptophane et en proline, et qui inhibent l’activité de la GatCAB de H. pylori. Les peptides P10 (CMPVWKPDC) et P9 (CSAHNWPNC) inhibent cette enzyme de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Leur constante d’inhibition (Ki) est 126 μM pour P10, et 392 μM pour P9. Des modèles moléculaires ont montré qu’ils lient le site actif de la réaction de transmidation catalysée par la GatCAB, grâce à la formation d’une interaction π-π entre le résidu Trp de ces peptides et le résidu Tyr81 de la sous-unité GatB, comme fait le A76 3’-terminal de l’ARNt. Dans une autre étude concernant des petits composés contenant un groupe sulfone, et qui mimiquent l’intermédiaire de la réaction de transamidation, nous avons identifié des composés qui inhibent la GatCAB de H. pylori de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Cinq fois plus petits que les peptides cycliques mentionnés plus haut, ces composés inhibent l’activité de la GatCAB avec des Ki de 139 μM pour le composé 7, et de 214 μM pour le composé 4. Ces inhibiteurs de GatCAB pourraient être utiles pour des études mécanistiques, et pourraient être des molécules de base pour le développement de nouvelles classes d’antibiotiques contre des infections causées par H. pylori.

Forma ecclesiae : Per un cattolicesimo di popolo oggi: “per tutti” anche se non “di tutti”

La radicalité du changement culturel provoque une crise de la forma ecclesiae et introduit la question relative à quelle est la forme de l’Église la plus appropriée à l’annonce de l’évangile. L’Église italienne, que le présent travail a l’intention d’assumer en qualité de point de référence particulier, en est également intéressée: contrairement au passé, même le plus récent, la foi chrétienne n’est plus un patrimoine «de tous». La question se pose puisque, au nom de l’évangile, l’action de l’Église ne peut pas disperser, pourtant, le caractère universel de la foi en soi même (son être «pour tous»). Dans un tel scénario, s’enclenche le but que cette thèse se pose de poursuivre sur le plan de la pensée théologique-pastorale: elle veut accompagner l’Église en son être à l’intérieur de cette tension entre l’instance théologique d’une foi qui est «pour tous» et le donné sociologique dont il émerge qu’elle n’est plus «de tous». Beaucoup de projets contemporaines de réforme pastorale ont l’intention de faire face aux transformations de la culture afin d’empêcher tout injustifiée domestication. Cependant, comme cette thèse essaie à le prouver, ils risquent souvent de suggérer une rupture avec le passé récent du corps ecclésial. Pour eux la référence polémique est représentée par cette figure de «catholicisme populaire» avec qui, dans le contexte de la «civilisation paroissiale», l’expérience chrétienne est réussie à s’enraciner dans le tissu social. Dans ces projets, il est – en effet – assimilé d’une manière restrictive à une sorte de «catholicisme de masse», basé seulement sur des processus religieux de socialisation et d’uniformisation de l’expérience. Au contraire, le but de ce travail consiste en un essai de compréhension renouvelée de cette figure de vie chrétienne. Elle n’est retenue seulement selon la particulière forme historique qu’elle a adoptée dans le demain passé, marqué par une situation d’homogénéité culturelle, d’une Église de peuple, mais aussi comme principe opératoire qui désigne la capacité du christianisme de se réaliser en tant qu’élévation et transfiguration des formes anthropologiques de base. Cette perspective dynamique permet de trouver dans le «catholicisme populaire» un principe écclesio-génétique qui exalte l’interaction entre l’initiative ecclésiale et la sensibilité des croyants, et qui, tout en défendant la qualité théologale de l’expérience chrétienne, ne méprise pas la valeur pédagogique de son enracinement religieux. La dynamique qui préside au «catholicisme populaire», grâce à la confrontation avec une étude sur le terrain, conduit à l’individuation de certaines provocations à propos de la structure du corps ecclésial, en ce qui concerne les représentations, les actions, les sujets et les limites qui le caractérisent. Elles sont transposées de manière à envisager une réforme de l’Église qui s’avère applicable pour le présent et qui cherche à garder le caractère universel-non formel de la foi, c’est à dire son «pour tous».

Commande prédictive non linéaire d’un séchoir à lit fluidisé pour granules pharmaceutiques

Avec la disponibilité de capteurs fiables de teneur en eau exploitant la spectroscopie proche infrarouge (NIR pour near-infrared) et les outils chimiométriques, il est maintenant possible d’appliquer des stratégies de commande en ligne sur plusieurs procédés de séchage dans l’industrie pharmaceutique. Dans cet ouvrage, le séchage de granules pharmaceutiques avec un séchoir à lit fluidisé discontinu (FBD pour fluidized bed dryer) de taille pilote est étudié à l’aide d’un capteur d’humidité spectroscopique. Des modifications électriques sont d’abord effectuées sur le séchoir instrumenté afin d’acheminer les signaux mesurés et manipulés à un périphérique d’acquisition. La conception d’une interface homme-machine permet ensuite de contrôler directement le séchoir à l’aide d’un ordinateur portable. Par la suite, un algorithme de commande prédictive (NMPC pour nonlinear model predictive control), basée sur un modèle phénoménologique consolidé du FBD, est exécuté en boucle sur ce même ordinateur. L’objectif est d’atteindre une consigne précise de teneur en eau en fin de séchage tout en contraignant la température des particules ainsi qu’en diminuant le temps de lot. De plus, la consommation énergétique du FBD est explicitement incluse dans la fonction objectif du NMPC. En comparant à une technique d’opération typique en industrie (principalement en boucle ouverte), il est démontré que le temps de séchage et la consommation énergétique peuvent être efficacement gérés sur le procédé pilote tout en limitant plusieurs problèmes d’opération comme le sous-séchage, le surséchage ou le surchauffage des granules.