Développement d'une méthode de prédiction de l'orientation et de l'insertion des protéines dans une membrane modèle

Les protéines membranaires intégrales jouent un rôle indispensable dans la survie des cellules et 20 à 30% des cadres de lectures ouverts codent pour cette classe de protéines. La majorité des protéines membranaires se trouvant sur la Protein Data Bank n’ont pas une orientation et une insertion connue. L’orientation, l’insertion et la conformation que les protéines membranaires ont lorsqu’elles interagissent avec une bicouche lipidique sont importantes pour la compréhension de leur fonction, mais ce sont des caractéristiques difficiles à obtenir par des méthodes expérimentales. Des méthodes computationnelles peuvent réduire le temps et le coût de l’identification des caractéristiques des protéines membranaires. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, nous proposons une nouvelle méthode computationnelle qui prédit l’orientation et l’insertion d’une protéine dans une membrane. La méthode est basée sur les potentiels de force moyenne de l’insertion membranaire des chaînes latérales des acides aminés dans une membrane modèle composèe de dioléoylphosphatidylcholine.

L’innovation de modèle d’affaires exploitant les technologies de l’information et de la communication -contribution à la compréhension du lien entre TIC et performance

Les entreprises qui se servent des technologies de l’information et de la communication (TIC) pour innover mesurent des impacts très inégaux sur leurs performances. Cela dépend principalement de l’intensité, l’ampleur et la cohérence de l’innovation systémique auxquelles elles procèdent. En l’état de la connaissance, la littérature identifie le besoin de mieux comprendre cette notion d’alignement systémique. Cette thèse propose d’aborder cette question à l’aide de la notion d’innovation du modèle d’affaires. Une revue systématique de la littérature a été réalisée. D’un point de vue conceptuel, elle contribue à mieux définir le concept de modèle d’affaires, et a permis de réaliser une typologie des différents cadres de modélisation d’affaires. Le cadre conceptuel qui en est issu aborde le sujet de l’innovation du modèle d’affaires à trois niveaux : (1) stratégique à travers la proposition d’une matrice de positionnement de l’innovation de modèle d’affaires et l’identification de trajectoires d’innovation ; (2) configuration du modèle d’affaires à l’aide du cadre de modélisation tétraédrique de Caisse et Montreuil ; et (3) opérationnel-tactique par l’analyse des facteurs clés de succès et des chaines structurantes. Du fait du caractère émergeant de la littérature sur le sujet, la méthodologie choisie est une étude de cas comparés. Trois études de cas d’entreprises québécoises ont été réalisées. Elles oeuvrent dans des secteurs variés, et ont procédé à une innovation significative de leur modèle d’affaires en s’appuyant sur des TIC,. La recherche conclut à la pertinence de l’utilisation du concept de modèle d’affaires en ce qui concerne l’analyse de l’alignement systémique dans un contexte d’innovation appuyée sur les TIC. Neuf propositions de recherche sont énoncées et ouvrent la voie à de futures recherches

Modèle de gestion des stocks dans le cas de deux à trois entrepôts

Cette recherche est motivée par un cas d’étude ou on doit déterminer le nombre de pièces à tenir en stock à chaque base (noeud du réseau) pour répondre à la demande au niveau de chaque noeud. Si le niveau du stock par mois est suffisant, la demande est satisfaite directement par son stock local, sinon on fait appel au transfert latéral. D’ailleurs, nos expériences numériques indiquent que l’inclusion des transbordements latéraux dans des décisions d’inventaire est avantageuse. Cet effet est plus grand pour des taux de demandes et des coûts latéraux, élevés. Les résultats d’une étude de cas théorique basée sur les travaux de (Tagaras 1989) confirment nos résultats.

Étude des projections axonales sérotoninergiques dans un modèle murin de la maladie de Parkinson et des dyskinésies induites par la lévodopa

OBJECTIFS: La libération de dopamine par les afférences à sérotonine (5-HT) du striatum constitue un déterminant pré-synaptique important des dyskinésies induites par la L-Dopa (DILs), un effet délétère du traitement pharmacologique de la maladie de Parkinson. En effet, les axones 5-HT seraient en mesure de libérer de façon non-physiologique de la dopamine lorsque la L-Dopa est administrée au patient, contribuant ainsi à l’expression des DILs. Certaines afférences striatales 5-HT contiennent un transporteur vésiculaire du glutamate (VGluT3) et nous croyons que sa présence puisse avoir un effet synergique sur la libération de dopamine. L’objectif général de ce mémoire est donc d’évaluer la quantité de VGluT3 présent au sein des axones 5-HT et de mesurer son implication dans l’expression des DILs. MÉTHODES : Dix-huit souris C57/Bl6 ont été séparées en trois groupes expérimentaux. Douze souris ont reçu une injection intracérébrale de 6- hydroxydopamine (6-OHDA) dans le faisceau prosencéphalique médian afin de léser les afférences dopaminergiques du striatum. Six souris lésées ont reçu des injections systémiques de L-Dopa (12 jours, 1 fois/jour). Six autres souris ont reçu une injection intracérébrale du véhicule afin de servir de contrôle. La sévérité des mouvements involontaires anormaux induits par la L-Dopa (équivalent des dyskinésies) a été quantifiée selon une échelle reconnue. Un double marquage en immunofluorescence pour le transporteur membranaire de la 5-HT (SERT) et le VGluT3 a permis d’évaluer la densité des varicosités SERT+ et SERT+/VGluT3+ dans le striatum dorsal et de comparer ces données entre les trois groupes expérimentaux. RÉSULTATS: Chez les trois groupes de souris, un faible pourcentage des varicosités axonales 5-HT sont également VGluT3+. Ces varicosités doublement marquées sont souvent retrouvées sur une même branche axonale. Aucune différence significative n’a été observée entre les trois groupes expérimentaux en ce qui a trait à la proportion de varicosités SERT+ qui contiennent le VGluT3+. CONCLUSION: Nos données expérimentales ne nous permettent pas de conclure que la densité des varicosités axonales SERT+ ou SERT+/VGluT3+ au sein du striatum dorsal varie en fonction de la sévérité des mouvements involontaires anormaux induits par l’administration de L-Dopa.

Mise en évidence de dysfonctions liées au développement de l'endométriose péritonérale Contributions angio-inflammatoires des cytokines et prostaglandines

L’endométriose est une maladie gynécologique, touchant les femmes en âge de procréer. Cette pathologie est caractérisée par la présence de tissu endométrial ectopique, c’est-à-dire en dehors de la cavité utérine. Des dysfonctions du système immunitaire sont de plus en plus souvent suspectées comme étant un des éléments responsables de la pathogenèse de cette maladie. L’objectif général de ce projet a donc été d’étudier les mécanismes cellulaires de molécules pro-inflammatoires aux propriétés variées et à l’expression anormalement élevée dans cette pathologie, que sont MIF et les prostaglandines PGE2 et PGF2α, dans les anomalies inflammatoires et invasives en cause dans cette pathologie. La première partie de nos travaux a porté sur l’étude d’un modèle murin de l’endométriose déficient du gène MIF. Le nombre et le volume des lésions collectées à partir des souris déficientes pour le gène MIF sont significativement inférieurs à ceux mesurés dans des souris sauvages utilisées comme contrôle. L’analyse par PCR des cellules isolées des lésions de souris déficientes du gène MIF a révélé une expression réprimée des protéines d’adhésion, d’inflammation et d’angiogenèse. Ces données démontrent pour la première fois que le MIF agit directement sur la croissance et la progression de lésions d’endométriose in vivo. Une partie de nos travaux a porté sur les molécules nécessaires au métabolisme de PGE2 et PGF2α dans l’endomètre eutopique des femmes normales et l’endomètre eutopique et ectopique des femmes atteintes d’endométriose. Selon nos données, l’expression de certains de ces facteurs est perturbée durant cette maladie, ce qui peut avoir des effets délétères sur la physiologie de la procréation. La stimulation des cellules ectopiques par PGF2α entraîne une libération accrue de VEGF et CXCL-8, ceci via l’induction de COX-2 et des deux variants d’épissage du récepteur FP. De plus, la PKC joue un rôle dans ce phénomène, dépendamment et indépendamment de la PLC. Par son effet inducteur sur la libération de VEGF et CXCL-8, PGF2α pourrait favoriser l’aspect inflammatoire et le développement ectopique des lésions d’endométriose, notamment par des phénomènes d’angiogenèse et de prolifération cellulaire accrus. L’effet de PGF2α sur la libération de VEGF et CXCL-8 par les cellules endométriales ectopiques pourrait également expliquer les quantités élevées de ces cytokines dans le liquide péritonéal des femmes atteintes d’endométriose, un phénomène suspecté dans l’infertilité et les douleurs associées à cette maladie. Nos derniers résultats obtenus à partir du liquide péritonéal montrent un profil cytokinique en faveur de l’angiogenèse et la prolifération des lésions d’endométriose, avec une forte augmentation des facteurs suivants : EGF, FGF-2, IL-1α, MIP-1β, TGFα, PDGF-AA, PDGF-BB, MCP-3, sCD40L, Gro Pan, IL-17α, MDC et Rantes, confortant nos observations préalables redéfinissant la maladie comme étant d’origine angio-inflammatoire. L’endométriose et ses symptômes sont des phénomènes complexes ayant probablement plus qu’une seule origine. Parmi les nombreux facteurs à l’expression altérée dans l’endométriose, notre étude montre que MIF, PGE2 et PGF2α, ainsi qu’une pléthore de facteurs pro-angiogéniques pourraient être de ceux jouant un rôle dans l’infertilité et les douleurs reliées à cette maladie.

Effets des contraintes psychosociales au travail sur la détresse psychologique et les absences médicalement certifiées pour problèmes de santé mentale: une étude prospective de 5 ans

Contexte : Les effets cumulés des contraintes psychosociales du modèle déséquilibre efforts-reconnaissance (DER) sur la santé mentale sont peu connus. Aussi, peu d’études ont évalué les effets du DER sur des indicateurs objectifs de problèmes de santé mentale (PSM). Enfin, aucune étude prospective antérieure n’a évalué l’effet combiné des contraintes psychosociales du DER et du modèle demande-latitude (DL) et sur les PSM médicalement certifiés. La présente thèse vise à combler ces limites. Objectifs : 1) Mesurer l’effet de l’exposition cumulée au déséquilibre efforts-reconnaissance sur la prévalence de la détresse psychologique sur une période de cinq ans; 2) Mesurer l’effet du déséquilibre efforts-reconnaissance sur l’incidence des absences médicalement certifiées pour PSM sur une période de cinq ans; 3) Évaluer l’effet indépendant et l’effet combiné des contraintes psychosociales des modèles Demande-Latitude et Déséquilibre Efforts-Reconnaissance sur l’incidence des absences médicalement certifiées pour PSM sur une période de cinq ans. Méthodes : La cohorte était constituée de plus de 2000 hommes et femmes occupant des emplois de cols blancs. La collecte des données a été réalisée à trois reprises avec une moyenne de suivi de cinq ans. À chaque temps, les contraintes psychosociales et la détresse psychologique ont été mesurées à l’aide d’instruments validés. Les absences médicalement certifiées pour PSM ont été récoltées à partir des fichiers administratifs des employeurs. Les PSM ont été modélisés à l’aide des régressions log-binomiale et de Cox. Les analyses ont été réalisées séparément chez les hommes et les femmes, en ajustant pour les principaux facteurs de confusion. Résultats : Chez les hommes et les femmes, une exposition chronique au DER sur trois ans était associée à une prévalence plus élevée de la détresse psychologique. Les effets observés à trois ans ont persisté à cinq ans chez les hommes (Rapport de prévalence (RP)=1,91 (1,20–3,04)) et les femmes (RP=2,48 (1,97–3,11)). Ces effets étaient de plus grande amplitude que ceux observés en utilisant l’exposition initiale à l’entrée dans l’étude (de +0,30 à +0,94). Par ailleurs, les hommes et les femmes exposés au DER présentaient un risque plus élevé d’absences médicalement certifiées pour PSM (Risque relatif (RR)=1,38 (1,08–1,76)), comparés aux travailleurs non-exposés. La faible reconnaissance au travail était associée à un risque important d’absences pour PSM chez les hommes (RR=3,04 (1,46–6,33)) mais pas chez les femmes (RR=1,24 (0,90–1,72)). Chez les femmes uniquement, un effet indépendant du « job strain » (RR=1,50 (1,12–2,07)) et du DER (RR=1,34 (0,98–1,84)), ainsi qu’un effet de l’exposition combinée au « job strain » (demande psychologique élevée et faible latitude décisionnelle) et au DER (RR=1,97 (1,40–2,78)) sur le risque d’absences médicalement certifiées pour PSM ont également été observés. Conclusion : Les résultats de cette thèse supportent l’effet délétère de l’exposition au DER sur la prévalence de la détresse psychologique et sur le risque d’absences médicalement certifiées pour PSM chez les hommes et les femmes. Chez les hommes et les femmes, l’exposition cumulée au DER était associée à une prévalence élevée de la détresse psychologique à trois ans et à cinq ans. De plus, les contraintes psychosociales du DER ont été associées aux absences médicalement certifiés pour PSM. Chez les femmes particulièrement, un effet combiné du « job strain » et du DER était associé à un risque plus élevé d’absences médicalement certifiées pour PSM, que l’exposition à un seul des deux facteurs. Ces résultats suggèrent que la réduction des contraintes psychosociales au travail pourrait contribuer à réduire l’incidence des PSM, incluant les absences médicalement certifiées pour PSM.

Isomérisation du lactose en lactulose en solution modèle de lactose et dans du perméat de lactosérum par électro-activation supportée par échange ionique sur résine

L’isomérisation alcaline du lactose en lactulose a été effectuée électro-chimiquement à l’aide d’un réacteur d’électro-activation en combinaison avec des résines échangeuses d’anions de polystyrène de trois types; à savoir Lewatit VP-OC-1065 faible-acide, Lewatit MP-64 moyenne-acide et Lewatit Monoplus M500 forte-acide. Les paramètres opératoires qui ont fait l’objet de cette étude ont été étudiés sur trois blocs expérimentaux pour optimiser le système. Dans le Premier bloc, les paramètres étudiés sont : (1) ratio lactose-5%(p/v) : résine échangeuse d’anions (1:0.5, 1:1 et 1:2), (2) intensité du champ électrique : 50 mA, 100 mA et 200 mA et (3) type de résines : faible, moyenne et forte. Dans le Deuxième bloc, les paramètres mis à l’étude comprenaient : (1) l’intensité du champ électrique : 300 mA, 450 mA et 550 mA, (2) le débit de la solution traitée : 25 ml / min, 50 ml/ min et 100 ml/min et (3) la surface active de la membrane adjacente au compartiment cathodique : 0.78 cm2, 7.06 cm2 et 18.1 cm2. Le Troisième bloc expérimental a été effectué sur la base de la distance entre la membrane et l’électrode : 3.1 cm, 5.6 cm et 9 cm. Le même modèle expérimental a était également réalisé avec du perméat du lactosérum d’une concentration de 7% (p/v). Les résultats obtenus ont révélé que le meilleur rendement de l’isomérisation du lactose en lactulose était obtenu après 30 minutes d’électroactivation en utilisant une solution modèle de lactose-5% avec une valeur d’environ 20.1%. Les conditions opératoires qui ont permis d’avoir ce taux de conversion sont une intensité du courant de 550 mA, un débit de la solution de 25 ml/min, une surface active de la membrane de 7.06 cm2 et une distance de 9 cm entre la cathode et la membrane qui lui y est adjacente. En utilisant le perméat de lactosérum-7%, un taux de conversion de lactose en lactulose de 8.34% a était obtenu avec une intensité du courant de 200 mA, un débit de 120 ml/min, une surface active de de 18.1cm2 et une distance de 9 cm entre la membrane et l’électrode dans le compartiment cathodique. Les analyses de variance ont indiqué un effet catalytique significatif du type de la résine. En effet, la résine-forte a permis d’avoir les plus hauts rendements de la réaction d’isomérisation par électro-activation. La résistance électrique globale du système d’électroactivation dépendait de la valeur de l’intensité du courant. Le produit final était d’une grande pureté, car il ne présentait que quelques traces de galactose (< 4%).