Development and application of sensitive genome-wide platforms to study the genetic and epigenetic (DNA methylation) makeup of gametes and early bovine embryos

Pour ce projet, nous avons développé une plateforme pour l’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN chez le bovin qui est compatible avec des échantillons de petites tailles. Cet outil est utilisé pour étudier les caractéristiques génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN) des gamètes soumis aux procédures de procréation médicalement assisitée et des embryons précoces. Dans un premier temps, une plateforme d’analyse de biopuces spécifiques pour l’étude de la méthylation de l’ADN chez l’espèce bovine a été développée. Cette plateforme a ensuite été optimisée pour produire des analyses pangénomiques de méthylation de l’ADN fiables et reproductibles à partir d’échantillons de très petites tailles telle que les embryons précoces (≥ 10 ng d’ADN a été utilisé, ce qui correspond à 10 blastocystes en expansion). En outre, cet outil a permis d’évaluer de façon simultanée la méthylation de l’ADN et le transcriptome dans le même échantillon, fournissant ainsi une image complète des profils génétiques et épigénétiques (méthylation de l’ADN). Comme preuve de concept, les profils comparatifs de méthylation de l’ADN spermatique et de blastocystes bovins ont été analysés au niveau de l’ensemble du génome. Dans un deuxième temps, grâce à cette plateforme, les profils globaux de méthylation de l’ADN de taureaux jumeaux monozygotes (MZ) ont été analysés. Malgré qu’ils sont génétiquement identiques, les taureaux jumeaux MZ ont des descendants avec des performances différentes. Par conséquent, l’hypothèse que le profil de méthylation de l’ADN spermatique de taureaux jumeaux MZ est différent a été émise. Dans notre étude, des différences significatives entre les jumeaux MZ au niveau des caractéristiques de la semence ainsi que de la méthylation de l’ADN ont été trouvées, chacune pouvant contribuer à l’obtention de performances divergentes incongrues des filles engendrées par ces jumeaux MZ. Dans la troisième partie de ce projet, la même plateforme a été utilisée pour découvrir les impacts d’une supplémentation à forte concentration en donneur de méthyle universel sur les embryons précoces bovins. La supplémentation avec de grandes quantités d’acide folique (AF) a été largement utilisée et recommandée chez les femmes enceintes pour sa capacité bien établie à prévenir les malformations du tube neural chez les enfants. Cependant, plus récemment, plusieurs études ont rapporté des effets indésirables de l’AF utilisé à des concentrations élevées, non seulement sur le développement de l’embryon, mais aussi chez les adultes. Au niveau cellulaire, l’AF entre dans le métabolisme monocarboné, la seule voie de production de S-adénosyl méthionine (SAM), un donneur universel de groupements méthyles pour une grande variété de biomolécules, y compris l’ADN. Par conséquent, pour résoudre cette controverse, une forte dose de SAM a été utilisée pour traiter des embryons produits in vitro chez le bovin. Ceci a non seulement permis d’influencer le phénotype des embryons précoces, mais aussi d’avoir un impact sur le transcriptome et le méthylome de l’ADN. En somme, le projet en cours a permis le développement d’une plateforme d’analyse de la méthylation de l’ADN à l’échelle du génome entier chez le bovin à coût raisonnable et facile à utiliser qui est compatible avec les embryons précoces. De plus, puisque c’est l’une des premières études de ce genre en biologie de la reproduction bovine, ce projet avait trois objectifs qui a donné plusieurs nouveaux résultats, incluant les profils comparatifs de méthylation de l’ADN au niveau : i) blastocystes versus spermatozoïdes ; ii) semence de taureaux jumeaux MZ et iii) embryons précoces traités à de fortes doses de SAM versus des embryons précoces non traités.

Inscape, the inshape of the trinity: a genetic analysis of Gerard Manley Hopkins’ "God’s Grandeur" and "The Windhover"

Les théories poétiques de l’inscape et du sprung rhythm établies par le poète britannique Gerard Manley Hopkins (1844-1889) ont dérouté les critiques des années durant. La plupart d’entre eux se sont appuyés sur les poèmes publiés en quête d’indices quant à la signification de ses théories. Cette thèse approfondit l’analyse mise de l’avant en révélant que la genèse de la théorie de l’inscape provient des notes de Hopkins — alors étudiant de premier cycle — sur le philosophe présocratique Parménide, et est influencée par les commentaires sur l’oeuvre De la nature du philosophe. Un examen des lettres de Hopkins à ses collègues poètes Robert Bridges et Richard Watson Dixon révèle que le sprung rhythm découle de l’inscape, sa théorie de base. La technique du sprung rhythm consiste donc en l’application de l’inscape au schéma métrique de la poésie. Cette étude établit d’abord une définition opérationnelle de chacune de ces théories pour ensuite les appliquer aux manuscrits afin de déterminer dans quelle mesure Hopkins y adhérait et les exploitait lors de la rédaction de deux de ses poèmes canoniques, God’s Grandeur et The Windhover. L’étude s’inscrit ainsi dans le champ de la critique génétique, une approche mise au point en France, particulièrement à l’Institut des textes et manuscrits modernes (ITEM). Ce sont donc sur des oeuvres littéraires françaises ou sur des textes en prose qu’ont porté la majorité des analyses à ce sujet. Suppressions, ajouts, substitutions et constantes entre différentes versions témoignent de ce qu’étaient les priorités de Hopkins dans sa quête pour atteindre l’effet désiré. Par conséquent, cette thèse s’efforce de dévoiler la signification des théories poétiques de Hopkins en établissant leur genèse et leur application respectives dans deux de ses poèmes selon une perspective de critique génétique. Elle contribue également à enrichir la critique génétique en l’appliquant à des oeuvres littéraires écrites en anglais et sous forme de poésie plutôt que de prose. Enfin, son objectif ultime est de raviver l’intérêt pour le poète Hopkins en tant que sujet viable d’étude, et de favoriser l’appréciation de ses prouesses tant comme théoricien poétique que comme poète.