Development of new approaches for the synthesis and decoding of one-bead one-compound cyclic peptide libraries

La plupart des processus cellulaires et biologiques reposent, à un certain niveau, sur des interactions protéine-protéine (IPP). Leur manipulation avec des composés chimiques démontre un grand potentiel pour la découverte de nouveaux médicaments. Malgré la demande toujours croissante en molécules capables d’interrompre sélectivement des IPP, le développement d’inhibiteurs d’IPP est fortement limité par la grande taille de la surface d’interaction. En considérant la nature de cette surface, la capacité à mimer des structures secondaires de protéines est très importante pour lier une protéine et inhiber une IPP. Avec leurs grandes capacités peptidomimétiques et leurs propriétés pharmacologiques intéressan-tes, les peptides cycliques sont des prototypes moléculaires de choix pour découvrir des ligands de protéines et développer de nouveaux inhibiteurs d’IPP. Afin d’exploiter pleinement la grande diversité accessible avec les peptides cycliques, l’approche combinatoire «one-bead-one-compound» (OBOC) est l’approche la plus accessible et puissante. Cependant, l’utilisation des peptides cycliques dans les chimiothèques OBOC est limitée par les difficultés à séquencer les composés actifs après le criblage. Sans amine libre en N-terminal, la dégradation d’Edman et la spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) ne peuvent pas être utilisées. À cet égard, nous avons développé de nouvelles approches par ouverture de cycle pour préparer et décoder des chimiothèques OBOC de peptides cycliques. Notre stratégie était d’introduire un résidu sensible dans le macrocycle et comme ancrage pour permettre la linéarisation des peptides et leur largage des billes pour le séquençage par MS/MS. Tout d’abord, des résidus sensibles aux nucléophiles, aux ultraviolets ou au bromure de cyanogène ont été introduits dans un peptide cyclique et leurs rendements de clivage évalués. Ensuite, les résidus les plus prometteurs ont été utilisés dans la conception et le développement d’approches en tandem ouverture de cycle / clivage pour le décodage de chimiothèques OBOC de peptides cycliques. Dans la première approche, une méthionine a été introduite dans le macrocycle comme ancrage pour simultanément permettre l’ouverture du cycle et le clivage des billes par traitement au bromure de cyanogène. Dans la seconde approche, un résidu photosensible a été utilisé dans le macrocycle comme ancrage pour permettre l’ouverture du cycle et le clivage suite à une irradiation aux ultraviolets. Le peptide linéaire généré par ces approches peut alors être efficacement séquencé par MS/MS. Enfin, une chimiothèque OBOC a été préparée et criblée la protéine HIV-1 Nef pour identifier des ligands sélectifs. Le développement de ces méthodologies permttra l’utilisation de composés macrocycliques dans les chimiothèques OBOC et constitue une contribution importante en chimie médicinale pour la découverte de ligands de protéines et le développement d’inhibiteurs d’IPP.

Paire stéréoscopique Panomorphe pour la reconstruction 3D d’objets d’intérêt dans une scène

Il existe désormais une grande variété de lentilles panoramiques disponibles sur le marché dont certaines présentant des caractéristiques étonnantes. Faisant partie de cette dernière catégorie, les lentilles Panomorphes sont des lentilles panoramiques anamorphiques dont le profil de distorsion est fortement non-uniforme, ce qui cause la présence de zones de grandissement augmenté dans le champ de vue. Dans un contexte de robotique mobile, ces particularités peuvent être exploitées dans des systèmes stéréoscopiques pour la reconstruction 3D d’objets d’intérêt qui permettent à la fois une bonne connaissance de l’environnement, mais également l’accès à des détails plus fins en raison des zones de grandissement augmenté. Cependant, à cause de leur complexité, ces lentilles sont difficiles à calibrer et, à notre connaissance, aucune étude n’a réellement été menée à ce propos. L’objectif principal de cette thèse est la conception, l’élaboration et l’évaluation des performances de systèmes stéréoscopiques Panomorphes. Le calibrage a été effectué à l’aide d’une technique établie utilisant des cibles planes et d’une boîte à outils de calibrage dont l’usage est répandu. De plus, des techniques mathématiques nouvelles visant à rétablir la symétrie de révolution dans l’image (cercle) et à uniformiser la longueur focale (cercle uniforme) ont été développées pour voir s’il était possible d’ainsi faciliter le calibrage. Dans un premier temps, le champ de vue a été divisé en zones à l’intérieur desquelles la longueur focale instantanée varie peu et le calibrage a été effectué pour chacune d’entre elles. Puis, le calibrage général des systèmes a aussi été réalisé pour tout le champ de vue simultanément. Les résultats ont montré que la technique de calibrage par zone ne produit pas de gain significatif quant à la qualité des reconstructions 3D d’objet d’intérêt par rapport au calibrage général. Cependant, l’étude de cette nouvelle approche a permis de réaliser une évaluation des performances des systèmes stéréoscopiques Panomorphes sur tout le champ de vue et de montrer qu’il est possible d’effectuer des reconstructions 3D de qualité dans toutes les zones. De plus, la technique mathématique du cercle a produit des résultats de reconstructions 3D en général équivalents à l’utilisation des coordonnées originales. Puisqu’il existe des outils de calibrage qui, contrairement à celui utilisé dans ce travail, ne disposent que d’un seul degré de liberté sur la longueur focale, cette technique pourrait rendre possible le calibrage de lentilles Panomorphes à l’aide de ceux-ci. Finalement, certaines conclusions ont pu être dégagées quant aux facteurs déterminants influençant la qualité de la reconstruction 3D à l’aide de systèmes stéréoscopiques Panomorphes et aux caractéristiques à privilégier dans le choix des lentilles. La difficulté à calibrer les optiques Panomorphes en laboratoire a mené à l’élaboration d’une technique de calibrage virtuel utilisant un logiciel de conception optique et une boîte à outils de calibrage. Cette approche a permis d’effectuer des simulations en lien avec l’impact des conditions d’opération sur les paramètres de calibrage et avec l’effet des conditions de calibrage sur la qualité de la reconstruction. Des expérimentations de ce type sont pratiquement impossibles à réaliser en laboratoire mais représentent un intérêt certain pour les utilisateurs. Le calibrage virtuel d’une lentille traditionnelle a aussi montré que l’erreur de reprojection moyenne, couramment utilisée comme façon d’évaluer la qualité d’un calibrage, n’est pas nécessairement un indicateur fiable de la qualité de la reconstruction 3D. Il est alors nécessaire de disposer de données supplémentaires pour juger adéquatement de la qualité d’un calibrage.

Recherche d’alternatives aux nitrates et nitrites dans les produits carnés

L’objectif principal de cette maîtrise était de développer des formulations d’épices capables de remplacer les nitrites et nitrates dans les produits carnés tout en gardant la même durée de conservation que ces derniers ainsi que leurs propriétés organoleptiques, antibactériennes et antioxydantes. Un criblage qualitatif puis quantitatif des épices a été réalisé et trois épices ont été sélectionnées, les clous de girofle, le cumin et la cannelle. Puis, des poudres de fruits ont été testées pour approcher la couleur rosée que donnent les échantillons contenant les nitrites. L’analyse sensorielle effectuée par la suite a fait ressortir le caractère sucré de la poudre de fruit et des propriétés très intéressantes de certaines formulations par rapport à l’ajout des nitrites. Enfin, une analyse technico-économique a été réalisée et a montré une très faible augmentation du coût de production des produits carnés en utilisant nos formulations d’épices et de poudre de fruit.

Elaboration et analyse de molécules inhibitrices de protéines de la réparation de l’ADN par recombinaison homologue

Les cellules humaines sont soumises à des stress induisant des cassures double-brin de l’ADN (CDB). Ces CDB sont réparées notamment par la recombinaison homologue, impliquant les protéines RAD51 et RAD52. Une stratégie thérapeutique émergente est de développer des molécules inhibant RAD51 ou RAD52 afin d’accentuer l’instabilité génétique et la mort de la cellule cancéreuse. En effet, dans certains cancers, l’activité de RAD51 est dérégulée promouvant la prolifération tumorale. Il existe plusieurs molécules inhibitrices de RAD51 et nous nous sommes intéressés au DIDS dont le mode d’action n’a pas encore été déterminé. Concernant RAD52, une létalité synthétique a été montrée lorsque celle-ci est inactivée dans des cellules déficientes en BRCA1, BRCA2 ou PALB2, trois gènes mutés dans de nombreux cancers. Récemment, trois types de molécules inhibitrices de RAD52 ont été mis en évidence. Nous avons tout d’abord étudié l’impact du DIDS ainsi que des molécules dérivées afin de comprendre le mécanisme mis en jeu. Nous avons montré que le DIDS, ainsi que ses dérivés inhibent la liaison de RAD51 à l’ADN. Ces molécules empêchent la formation du nucléofilament entrainant une diminution du nombre de foyers RAD51. Nous avons développé une méthode de criblage par fluorescence pour évaluer l’effet d’une banque de 696 molécules sur la capacité de RAD52 à hybrider deux ADNsb. Deux molécules capables d’inhiber la fonction d’hybridation de RAD52 ont été mises au jour. In vivo, elles entrainent une diminution de la survie de cellules déficientes en PALB2. La recherche et le développement de nouveaux inhibiteurs de RAD51 et RAD52 constituent des stratégies thérapeutiques d’avenir.

La lecture deleuzienne de Spinoza: ou comment Deleuze inscrit sa philosophie de la différence dans l’histoire de la philosophie

Cette thèse propose de suivre la lecture deleuzienne de Spinoza afin de montrer comment Deleuze inscrit sa philosophie de la différence dans l’histoire de la philosophie et de la métaphysique. Loin d’être condescendant envers l’histoire de cette discipline, Deleuze légitime sa conception bi-univoque de la différence à l’aide du parallélisme entre la Nature naturante et la Nature naturée de Spinoza. La différenciation de l’actuel (les modes, l’événement) se fait dans la différentiation du virtuel et c’est en procédant de la sorte que Deleuze participe de plain-pied à la tradition immanentiste de la philosophie où l’être se dit seulement de la différence qu’il exprime. Plus encore, cette thèse explique comment Deleuze reprend les principes de cette métaphysique immanentiste pour établir sa conception de la subjectivité. Là aussi, sa lecture de Spinoza est essentielle, car en affirmant la non-substantialisation de l’âme comme le fait Spinoza, Deleuze peut attaquer, à la racine, les fondements épistémologiques des philosophies du sujet de son époque (existentialisme et phénoménologie en tête). Pour Deleuze, cette conception modale de l’âme et de la subjectivité appuie, métaphysiquement parlant, une épistémologie fondée sur la passivité du sujet. Loin d’être le fondement de la vérité des idées, la conscience d’un moi dans l’âme est, pour Deleuze, un résultat synthétisé, jamais une fonction synthétisante. En ce sens, l’ultime réduction de la philosophie n’est plus l’ego cogito cartésien, mais consiste à reconnaître la fêlure du Je. Deleuze construit ainsi, en envisageant la place de l’imagination dans la puissance de connaître l’âme, une autre épistémologie que celle du sujet fondateur transcendantal ou transcendant. Pour lui, le constat est clair : comment pouvons-nous croire que nous sommes responsables de l’idée que nous formons de nous-mêmes (et s’établir sur celle-ci pour fonder, épistémologiquement, nos idées sur les choses) si nous ne savons même pas ce que peut notre corps, ni comment celui-ci peut affecter et être affecté par notre âme ? Ce principe de « l’inconnu du corps » relativise l’éminence de l’âme et inscrit Deleuze à la fois dans l’une des plus importantes batailles philosophiques de la Modernité (celle de Spinoza contre Descartes) et dans la crise de la subjectivité qui caractérise la pensée française au moment des années soixante. Mots clés : Deleuze ; Spinoza ; Descartes ; histoire de la philosophie ; métaphysique ; épistémologie ; subjectivité ; différence ; actuel ; virtuel ; Je fêlé ; corps ; imagination ; éthologie.

Le jeu et l’amour de la sagesse

Nous assistons, aujourd’hui, à une crise inédite de l’éducation attaquant désormais l’expérience humaine à son niveau le plus profond. Une double ignorance affective sévit chez les personnes insuffisamment équipées pour affronter le nouveau monde virtuel envahissant, et le mode de vie qu’il engendre. Même l’expérience physique, organique et relationnelle s’avère en perte d’autonomie à l’ère de l’hypermodernité. Les expériences quotidiennes les plus significatives se font de plus en plus rares, ce qui cause chez l’individu hypermoderne une carence affective d’un nouveau type. Outre l’ignorance ignorée, ce qui entrave le désir naturel de connaître est dès lors une apathie devenue, en amont, la principale menace contre l’acquisition des connaissances et la culture. Or nous pensons que la richesse potentielle de l’expérience du jeu a tout pour y apporter un contrepoids efficace. Il importe de comprendre les dimensions plus profondes du jeu afin d’y voir plus clairement une solution de rechange face à l’indigence de l’expérience hypermoderne de la vie même ordinaire. Car l’indispensable étonnement qui éveille et stimule le désir de connaître en toutes matières est intimement lié à l’attitude ludique. L’éveil à la philosophie est plus urgent que jamais, mais il n’est pas possible sans cet étonnement. Aussi tentons-nous ici de mettre en lumière la place et le rôle du jeu, dans le dessein de faire ressortir sa grande portée dans le développement des conditions de base de la culture et, plus précisément encore, de la philosophie entendue d’abord en son sens étymologique d’amour de la sagesse.

Genomics to elucidate the molecular basis of calcific aortic valve disease

Le rétrécissement valvulaire aortique (RVA) est causé par une calcification et une fibrose progressive de la valve aortique. Le risque de développer la maladie augmente avec l’âge. À cause de l’augmentation de l’espérance de vie, le RVA est devenu un problème de santé publique. Le RVA est fatal en absence de traitement médical. Actuellement, la chirurgie est le seul traitement pour le stade sévère de la maladie, mais près de 50% des individus avec RVA n’y sont pas éligibles, principalement due à la présence de comorbidités. Plusieurs processus biologiques ont été associés à la maladie, mais les voies moléculaires spécifiques et les gènes impliqués dans le développement et la progression du RVA ne sont pas connus. Il est donc urgent de découvrir les gènes de susceptibilité pour le RVA afin d’identifier les personnes à risque ainsi que les biomarqueurs et les cibles thérapeutiques pouvant mener au développement de médicaments pour inverser ou limiter la progression de la maladie. L’objectif de cette thèse de doctorat était d’identifier la base moléculaire du RVA. Des approches modernes en génomique, incluant l’étude de gènes candidats et le criblage génomique par association (GWAS), ont été réalisées à l’aide de collections d’ADN provenant d’un grand nombre de patients bien caractérisés pour le RVA. Des études complémentaires en transciptomique ont comparé le profil d’expression global des gènes entre des valves calcifiées et non-calcifiées à l’aide de biopuces à ADN et de séquençage de l’ARN. Une première étude a identifié des variations dans le gène NOTCH1 et suggère pour la première fois la présence d’un polymorphisme commun dans ce gène conférant une susceptibilité au RVA. La deuxième étude a combiné par méta-analyse deux GWAS de patients provenant de la ville de Québec et Paris (France) aux données transcriptomiques. Cette étude de génomique intégrative a confirmé le rôle de RUNX2 dans le RVA et a permis l’identification d’un nouveau gène de susceptibilité, CACNA1C. Les troisième et quatrième études sur l’expression des gènes ont permis de mieux comprendre les bases moléculaires de la calcification des valves aortiques bicuspides et ainsi d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour le RVA. Les données générées par ce projet sont la base de futures découvertes importantes qui permettront d’améliorer les options de traitement et la qualité de vie des patients atteints du RVA.