Détection, reconstruction 3D et identification des êtres vivants du règne animal

L’automatisation de la détection et de l’identification des animaux est une tâche qui a de l’intérêt dans plusieurs domaines de recherche en biologie ainsi que dans le développement de systèmes de surveillance électronique. L’auteur présente un système de détection et d’identification basé sur la vision stéréo par ordinateur. Plusieurs critères sont utilisés pour identifier les animaux, mais l’accent a été mis sur l’analyse harmonique de la reconstruction en temps réel de la forme en 3D des animaux. Le résultat de l’analyse est comparé avec d’autres qui sont contenus dans une base évolutive de connaissances.

Cartographie semi-automatisée des chutes de pierres le long d’infrastructures linéaires

La caractérisation détaillée de vastes territoires pose un défi de taille et est souvent limitée par les ressources disponibles et le temps. Les travaux de cette maîtrise s’incorporent au projet ParaChute qui porte sur le développement d’une Méthode québécoise d’Évaluation du Danger des Chutes de Pierres (MEDCP) le long d’infrastructures linéaires. Pour optimiser l’utilisation des ressources et du temps, une méthode partiellement automatisée facilitant la planification des travaux de terrain a été développée. Elle se base principalement sur la modélisation des trajectoires de chutes de pierres 3D pour mieux cibler les falaises naturelles potentiellement problématiques. Des outils d’automatisation ont été développés afin de permettre la réalisation des modélisations sur de vastes territoires. Les secteurs où l’infrastructure a le plus de potentiel d’être atteinte par d’éventuelles chutes de pierres sont identifiés à partir des portions de l’infrastructure les plus traversées par les trajectoires simulées. La méthode a été appliquée le long du chemin de fer de la compagnie ArcelorMittal Infrastructures Canada. Le secteur couvert par l’étude débute à une dizaine de kilomètres au nord de Port-Cartier (Québec) et s’étend sur 260 km jusqu’au nord des monts Groulx. La topographie obtenue de levés LiDAR aéroportés est utilisée afin de modéliser les trajectoires en 3D à l’aide du logiciel Rockyfor3D. Dans ce mémoire, une approche facilitant la caractérisation des chutes de pierres le long d’un tracé linéaire est présentée. Des études de trajectoires préliminaires sont réalisées avant les travaux sur le terrain. Les informations tirées de ces modélisations permettent de cibler les secteurs potentiellement problématiques et d’éliminer ceux qui ne sont pas susceptibles de générer des chutes de pierres avec le potentiel d’atteindre les éléments à risque le long de l’infrastructure linéaire.

Child-to-child interaction and corrective feedback during a tandem chat exchange project

L’objectif principal de cette recherche était d’examiner l’interaction entre élèves d’ALS et de FLS de sixième année du primaire du Québec et de l’Ontario communicant par clavardage et utilisant l’approche en Tandem. Plus spécifiquement, elle visait à vérifier si ces apprenants offraient de la rétroaction corrective et, le cas échéant, si cette dernière suscitait de la réparation. L’opinion des participants par rapport à leur expérience de communication en Tandem a été examinée. Les sessions de clavardage ont eu lieu sur une période de quatre mois produisant 16 séances de clavardage (8 en anglais et 8 en français). Les résultats montrent que des apprenants de langue seconde ont offert de la rétroaction corrective à 370 occasions. L’examen des données révèle que les sujets ont utilisé les trois types de rétroaction: la rétroaction explicite, la reformulation et la négociation de la forme. Contrairement à ce qui a pu être observé dans d’autres études antérieures impliquant de jeunes apprenants, une des découvertes majeures de cette recherche fut l’utilisation, par les participants, de la rétroaction explicite plutôt que la reformulation. Par contraste avec la recherche de Morris (2005) qui impliquait également de jeunes apprenants de niveau primaire utilisant le clavardage, le taux de réparation a été plutôt bas. La grande majorité des élèves d’ALS ont aimé utiliser l’ordinateur comme moyen d’apprentissage de leur L2 et de leur L1 contrairement aux élèves de FLS. Les implications pédagogiques des résultats de cette recherche ainsi que des suggestions pour de futures recherches sont également discutées.

Le journalisme informatique au Québec : Expansion du journalisme ou nouveau territoire professionnel?

Le journalisme informatique est une pratique émergente qui consiste en l’emploi de méthodes et d’outils empruntés au domaine de l’informatique dans la cueillette, le traitement, l’analyse ou la présentation en ligne de l’information, dans le respect des valeurs fondamentales du journalisme (Diakopoulos, 2010). Cette recherche caractérise le journalisme informatique tel qu’il se pratique au Québec en 2015 au moyen d’une série d’entrevues semi-dirigées avec 30 participants : des praticiens, bien sûr, mais aussi des responsables des principales entreprises de presse où le journalisme informatique est pratiqué ou a été pratiqué, ainsi que des professionnels de l’informatique afin d’avoir un point de vue extérieur. Elle met notamment en relief deux attitudes à l’égard de cette pratique, attitudes qui s’expriment par un travail-frontière. Il y a, d’une part, les tenants d’une ségrégation entre le journalisme et l’informatique, et, d’autre part, les partisans d’une hybridation entre les deux disciplines. Pour ces derniers, le journalisme informatique occupe un territoire professionnel distinct, à la frontière du journalisme et de l’informatique. Cette recherche décrit de façon détaillée les motivations, les compétences et les activités des journalistes informatiques québécois et fait valoir qu’ils participent à une certaine « re-professionnalisation » du journalisme. Mots-clés : journalisme; informatique; technologie; journalisme informatique; journalisme de données; datajournalisme; journalisme assisté par ordinateur; professionnalisme; identité professionnelle; compétences professionnelles; travail-frontière; innovation en journalisme; Canada; Québec

Séquestration géologique du CO2 par carbonatation minérale dans les résidus miniers

La carbonatation minérale dans les résidus miniers est un moyen sûr et permanent de séquestrer le CO2 atmosphérique. C’est un processus naturel et passif qui ne nécessite aucun traitement particulier et donc avantageux d’un point de vue économique. Bien que la quantité de CO2 qu’il soit possible de séquestrer selon ce processus est faible à l’échelle globale, dans le cadre d’un marché du carbone, les entreprises minières pourraient obtenir des crédits et ainsi revaloriser leurs résidus. À l’heure actuelle, il y a peu d’informations pour quantifier le potentiel de séquestration du CO2 de façon naturelle et passive dans les piles de résidus miniers. Il est donc nécessaire d’étudier le phénomène pour comprendre comment évolue la réaction à travers le temps et estimer la quantité de CO2 qui peut être séquestrée naturellement dans les piles de résidus. Plusieurs travaux de recherche se sont intéressés aux résidus miniers de Thetford Mines (Québec, Canada), avec une approche principalement expérimentale en laboratoire. Ces travaux ont permis d’améliorer la compréhension du processus de carbonatation, mais ils nécessitent une validation à plus grande échelle sous des conditions atmosphériques réelles. L’objectif général de cette étude est de quantifier le processus de carbonatation minérale des résidus miniers sous des conditions naturelles, afin d’estimer la quantité de CO2 pouvant être piégée par ce processus. La méthodologie utilisée repose sur la construction de deux parcelles expérimentales de résidus miniers situées dans l’enceinte de la mine Black Lake (Thetford Mines). Les résidus miniers sont principalement constitués de grains et de fibres de chrysotile et lizardite mal triés, avec de petites quantités d’antigorite, de brucite et de magnétite. Des observations spatiales et temporelles ont été effectuées dans les parcelles concernant la composition et la pression des gaz, la température des résidus, la teneur en eau volumique, la composition minérale des résidus ainsi que la chimie de l’eau des précipitations et des lixiviats provenant des parcelles. Ces travaux ont permis d’observer un appauvrissement notable du CO2 dans les gaz des parcelles (< 50 ppm) ainsi que la précipitation d’hydromagnésite dans les résidus, ce qui suggère que la carbonatation minérale naturelle et passive est un processus potentiellement important dans les résidus miniers. Après 4 ans d’observations, le taux de séquestration du CO2 dans les parcelles expérimentales a été estimé entre 3,5 et 4 kg/m3/an. Ces observations ont permis de développer un modèle conceptuel de la carbonatation minérale naturelle et passive dans les parcelles expérimentales. Dans ce modèle conceptuel, le CO2 atmosphérique (~ 400 ppm) se dissout dans l’eau hygroscopique contenue dans les parcelles, où l’altération des silicates de magnésium forme des carbonates de magnésium. La saturation en eau dans les cellules est relativement stable dans le temps et varie entre 0,4 et 0,65, ce qui est plus élevé que les valeurs de saturation optimales proposées dans la littérature, réduisant ainsi le transport de CO2 dans la zone non saturée. Les concentrations de CO2 en phase gazeuse, ainsi que des mesures de la vitesse d’écoulement du gaz dans les cellules suggèrent que la réaction est plus active près de la surface et que la diffusion du CO2 est le mécanisme de transport dominant dans les résidus. Un modèle numérique a été utilisé pour simuler ces processus couplés et valider le modèle conceptuel avec les observations de terrain. Le modèle de transport réactif multiphase et multicomposant MIN3P a été utilisé pour réaliser des simulations en 1D qui comprennent l’infiltration d’eau à travers le milieu partiellement saturé, la diffusion du gaz, et le transport de masse réactif par advection et dispersion. Même si les écoulements et le contenu du lixivat simulés sont assez proches des observations de terrain, le taux de séquestration simulé est 22 fois plus faible que celui mesuré. Dans les simulations, les carbonates précipitent principalement dans la partie supérieure de la parcelle, près de la surface, alors qu’ils ont été observés dans toute la parcelle. Cette différence importante pourrait être expliquée par un apport insuffisant de CO2 dans la parcelle, qui serait le facteur limitant la carbonatation. En effet, l’advection des gaz n’a pas été considérée dans les simulations et seule la diffusion moléculaire a été simulée. En effet, la mobilité des gaz engendrée par les fluctuations de pression barométrique et l’infiltration de l’eau, ainsi que l’effet du vent doivent jouer un rôle conséquent pour alimenter les parcelles en CO2.

Activité physique durant la grossesse: associations avec le poids de naissance et la composition corporelle du nouveau-né

Plusieurs études se sont penchées sur les effets de l’activité physique maternelle sur le poids du nouveau-né, un paramètre reflétant l’environnement intra-utérin associé au risque ultérieur d’obésité et de problèmes métaboliques. Devant les taux alarmants d’obésité infantile à travers le monde, l’identification d’interventions préventives efficaces devient un enjeu majeur dans la lutte contre l’obésité et ses complications. L’activité physique maternelle pourrait être une avenue intéressante, étant donné ses effets bénéfiques sur le gain de poids et le profil métabolique maternels et son potentiel de diminution du poids de naissance de l’enfant. Cependant, la dose optimale d’activité physique et ses effets sur la composition corporelle du nouveau-né sont encore méconnus. Par ailleurs, la majorité des femmes enceintes ne rencontrent pas les recommandations en matière d’activité physique durant la grossesse et les femmes obèses, chez qui les bienfaits de l’activité physique pourraient possiblement avoir le plus grand impact, présentent souvent les niveaux les plus bas. Curieusement, peu d’études ont évalué les effets d’une intervention d’activité physique durant la grossesse dans cette population. Ainsi, avant d’envisager l’activité physique comme une intervention thérapeutique non-pharmacologique durant la grossesse, il importe d’en évaluer la faisabilité et la sécurité et d’en connaître extensivement les effets. Notamment, il s’avère primordial de vérifier s’il est possible d’augmenter en toute sécurité les niveaux d’activité physique durant la grossesse, particulièrement chez les femmes obèses, et de distinguer les effets spécifiques de différents stimuli d’activité physique (variant en type, volume, intensité et moment de la grossesse) sur la croissance fœtale. Dans ce contexte, nous avons dans un premier temps entrepris une revue systématique de la littérature des études observationnelles portant sur l’association entre l’activité physique maternelle et les paramètres de croissance fœtale mesurés à la naissance. Dans un deuxième temps, 2 études de cohortes évaluant l’impact du type, du volume, de l’intensité et du trimestre de pratique de l’activité physique ont été menées afin de complémenter et d’approfondir les résultats de la revue systématique. Finalement, une étude d’intervention randomisée a été réalisée afin d’évaluer s’il est possible d’améliorer les niveaux d’activité physique durant la grossesse chez les femmes enceintes obèses. Nos travaux ont permis d’illustrer l’influence variable que différents stimuli d’activité physique maternelle peuvent avoir sur l’anthropométrie néonatale. La revue systématique a montré qu’un volume moyen d’activité physique est associé à une augmentation du poids de naissance comparativement à un volume plus faible, alors qu’un volume élevé est associé à une diminution du poids de naissance, comparativement à un volume plus faible. Nos données suggèrent également que l’association entre l’activité physique maternelle et le poids de naissance varie en présence de certaines caractéristiques maternelles. Notamment, nous avons montré pour la première fois que l’activité physique vigoureuse pratiquée en début de grossesse était associée à une diminution importante du poids de naissance chez les femmes qui reçoivent un diagnostic de pré-éclampsie en fin de grossesse. L’importance de l’intensité de l’activité physique dans la relation entre l’activité physique maternelle et la croissance fœtale a également été soulignée pour la première fois dans notre étude de cohorte avec mesure de la composition corporelle néonatale. Contrairement à l’activité physique d’intensité modérée, l’activité physique vigoureuse en début de grossesse est associée à une diminution du poids de naissance, principalement en raison d’une adiposité néonatale réduite. Finalement, les résultats de l’essai randomisé ont permis d’établir la faisabilité d’une intervention d’activité physique supervisée visant à augmenter la pratique d’activité physique chez des femmes enceintes obèses et le potentiel d’une telle intervention à favoriser le maintien de la condition physique et une meilleure gestion du gain de poids chez ces femmes. L’ensemble de ces résultats permet de mieux cerner l’impact de l’activité physique maternelle sur la croissance fœtale, en fonction des caractéristiques spécifiques du stimulus d’activité physique mais également de la population étudiée. La faisabilité d’une intervention d’activité physique prénatale dans une population de femmes obèses laisse entrevoir de nouvelles possibilités dans la prévention de l’obésité infantile et de ses complications. L’identification d’une dose optimale d’activité physique favorisant la santé de l’enfant à court et à long terme dans diverses populations de femmes enceintes et l’identification des facteurs permettant une meilleure adhérence aux recommandations qui en découleront constituent des pistes de recherche essentielles à la lutte contre l’obésité.

Relations entre la composition du lait et les facteurs alimentaires dans les troupeaux laitiers québécois

L’objectif général des travaux présentes dans cette thèse de doctorat était d’établir la relation entre l’alimentation et la composition du lait des vaches laitières, en mettant l’emphase sur les teneurs en matières grasses (TMG), sur l’urée du lait et sur l’efficience d’utilisation de l’azote. Pour la TMG, c’est principalement la relation entre cette teneur et la différence alimentaire cations-anions (DACA) qui a été investiguée. Une base de données de 2 142 troupeaux québécois a été utilisée et la relation entre la composition de la ration, incluant la DACA, et la TMG du lait a été déterminée à l’aide de régressions multiples. Il a été possible de prédire entre 32 et 66 % de la variation de la TMG du lait en fonction du stade de lactation. Malgré plusieurs interactions trouvées, une augmentation de la DACA, une supplémentation avec de l’acide palmitique et une distribution des aliments en ration totale mélangée ont eu une relation positive avec la TMG du lait, tandis qu’une augmentation de la proportion de concentrés dans la ration a eu un effet négatif. Les modèles développés ont montré l’importance de la gestion de l’alimentation sur la TMG du lait. En plus, ils ont démontré l’intérêt de considérer la DACA dans la formulation de rations chez la vache laitière. Dans une deuxième étude, la même base des données a été utilisée pour identifier les facteurs nutritionnels qui peuvent faire varier la teneur en urée du lait. Contrairement à ce qui est mentionné dans la littérature, tant des corrélations positives et que négatives entre les teneurs en urée du lait et en protéines des rations à l’intérieur des troupeaux sur une période de 36 mois ont été obtenues. Pour mieux comprendre ces relations, les résultats de performances et d’alimentation de 100 troupeaux avec des corrélations positives (r > 0,69) et de 100 troupeaux avec des corrélations négatives (r < -0,44) entre la teneur en urée du lait et en protéine brute de la ration ont été comparés. Les résultats n’ont pas montré de différences entre les deux groupes ni pour la composition de la ration, ni pour l’urée du lait. Ces résultats ne permettent pas d’identifier le meilleur contexte pour l’utilisation de la teneur en urée du lait comme un outil de gestion de l’alimentation. Ces observations soulèvent des questions sur la validité de l’utilisation des statistiques d’alimentation provenant de la base de données utilisée pour des évaluations nutritionnelles plus spécifiques. Considérant les résultats du projet précédent, le dernier projet visait à mieux comprendre les caractéristiques des fermes avec différentes efficiences d’utilisation de l’azote en utilisant des données plus fiables. Ainsi, 100 fermes laitières au Québec ont été visitées pour recueillir les données de production, de consommation d’aliments et de gestion de leur troupeau. Ces fermes ont été divisées en quatre groupes par une analyse en grappes selon leur efficience d’utilisation de l’azote. La comparaison entre les groupes a montré que les fermes dans les groupes avec une plus haute efficience d’utilisation d’azote ont une production laitière moyenne par vache plus élevée. Pour les stratégies d’alimentation, les fermes plus efficientes donnent plus d’énergie, mais moins de protéines brutes que les fermes des groupes moins efficients. Les résultats ont également montré l’importance de la prise alimentaire des vaches sur l’efficience d’utilisation de l’azote puisque les fermes des groupes avec la plus grande efficience étaient également celles avec la plus faible prise alimentaire. Aussi, les résultats n’ont pas permis d’établir clairement la relation entre la teneur en urée du lait et l’efficience de l’utilisation de l’azote. En effet, des valeurs différentes pour l’urée du lait étaient obtenues entre le groupe plus efficient et le moins efficient, mais la faible ampleur de variation de l’efficience d’utilisation de l’azote des groupes intermédiaires n’a pas permis d’observer de différences pour l’urée du lait. Finalement, outre une réduction des risques de pollution, les fermes des groupes plus efficaces pour l’utilisation de l’azote étaient également celles avec la marge sur les coûts d’alimentation par les vaches plus élevées. Par conséquent, il y a aussi un intérêt économique à améliorer l’efficience de l’utilisation de l’azote sur les fermes.

Effets du stress oxydatif induit par les rayons UVA et endogène sur la cornée humaine : étude des délétions de l’ADN mitochondrial, des modifications dans la matrice extracellulaire cornéenne et de la dystrophie cornéenne endothéliale de Fuchs

Le stress oxydatif peut provenir de sources exogènes comme les UVA ou de sources endogènes comme la chaîne respiratoire (OXPHOS). L’oxydation des composants cellulaires a été associée avec la dégénération, des phénotypes de vieillissement et des pertes de fonctionnalités des tissus. Les UVA sont les plus efficaces des rayons UV à induire de l’oxydation, tel que démontré par la formation de dommages oxydatifs à l’ADN et par l’apparition de délétions mitochondriales qui en résultent. La délétion mitochondriale de 4977 pb (ADNmtCD4977), la plus commune, et celle de 3895 pb (ADNmt3895) sont deux délétions reliées au photovieillissement cutané et à l’exposition au stress oxydant. Le phénomène de vieillissement dans la peau est bien documenté et se traduit par une dégradation de la matrice extracellulaire, une perte d’élasticité et la formation de rides. Toutefois, peu d’études portent sur la cornée humaine alors qu’elle est un tissu exposé directement aux rayonnements UV au même titre que la peau. Nous avons donc tenté mieux comprendre l’effet de l’oxydation exogène et endogène sur cette structure. L’analyse de la localisation des délétions ADNmtCD4977 et ADNmtCD4977 dans l’oeil humain a permis de révéler qu’elles se concentrent principalement dans le stroma cornéen et s’accumule avec l’âge. Le stroma cornéen est la couche cellulaire qui confère la transparence et la rigidité à la cornée humaine. Ces résultats nous ont suggéré une implication des UVA dans le photovieillissement de la cornée. Nous avons donc entrepris de vérifier les changements liés à l’exposition aux UVA dans le stroma cornéen puisque les UVA sont connus pour causer des altérations à la matrice extracellulaire (ECM) au niveau cutané. Nous avons donc créé un modèle de photovieillisement par une exposition chronique aux UVA sur des kératocytes avec lesquels nous avons fait sécréter une ECM. Nos résultats nous ont démontré qu’une exposition chronique aux UVA cause des altérations à l’ECM cornéen semblable à des phénotypes de photvieillissement. En effet, nous avons dénoté des changements transcriptomiques et protéomiques pour certains collagènes et protéoglycans. Une atteinte aux collagènes par le vieillissement cornéen se traduit entre autres par une rigidification, une opacification et un changement dans son pouvoir réfractif qui mène à une perte de la vision. Par ailleurs, notre avons également investigué l’implication du stress oxydatif dans la dystrophie cornéenne endothéliale de Fuchs (FECD), une maladie dégénérative de l’endothélium cornéen, qui mène à une perte de vision et est une cause principale de greffe cornéenne. L’étiologie de la maladie est encore inconnue, mais le stress oxydatif est soupçonné de jouer un rôle important dans la pathogenèse. Nos résultats ont amené de nouvelles évidences de l’implication de l’oxydation dans la maladie par l’augmentation de la quantité d’ADN mitochondrial et un raccourcissement des télomères dans des explants de cornées pathologiques. Nos résultats nous ont également démontré que la mise en culture de cellules FECD permettait la sélection de cellules fonctionnelles et comparables à des cellules saines en termes de quantité d’ADN mitochondrial et de son intégrité, de sensibilité à l’oxydation et de longueur télomérique. Les résultats obtenus soutiennent ainsi la possibilité d’employer les cellules FECD fonctionnelles sélectionnées pour utilisation en génie tissulaire afin de créer des cornées autologues pour pallier aux manques de greffes cornéennes. Enfin, nos résultats apportent de nouvelles évidences quant à l’implication du stress oxydatif dans le photovieillissement cornéen et dans l’étiologie de la FECD.