Développement d'une méthode de prédiction de l'orientation et de l'insertion des protéines dans une membrane modèle

Les protéines membranaires intégrales jouent un rôle indispensable dans la survie des cellules et 20 à 30% des cadres de lectures ouverts codent pour cette classe de protéines. La majorité des protéines membranaires se trouvant sur la Protein Data Bank n’ont pas une orientation et une insertion connue. L’orientation, l’insertion et la conformation que les protéines membranaires ont lorsqu’elles interagissent avec une bicouche lipidique sont importantes pour la compréhension de leur fonction, mais ce sont des caractéristiques difficiles à obtenir par des méthodes expérimentales. Des méthodes computationnelles peuvent réduire le temps et le coût de l’identification des caractéristiques des protéines membranaires. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, nous proposons une nouvelle méthode computationnelle qui prédit l’orientation et l’insertion d’une protéine dans une membrane. La méthode est basée sur les potentiels de force moyenne de l’insertion membranaire des chaînes latérales des acides aminés dans une membrane modèle composèe de dioléoylphosphatidylcholine.

Étude du génome chloroplastique des algues vertes de la classe Chlorophyceae

Les algues unicellulaires de la classe Chlorophyceae sont particulièrement étudiées pour leur potentiel économique dans la production de biocarburant. La première taxonomie de cette classe a été faite avec l’avènement de la microscopie électronique et par la suite avec des phylogénies moléculaires. Cette lignée se divise en deux groupes : OCC (Oedogoniales + Chaetophorales + Chaetopeltidales) et CS (Chlamydomonadales + Sphaeropleales). Il existe de profondes incertitudes sur les positions phylogénétiques des organismes à la base du groupe CS. Afin de renforcer la phylogénie de ces organismes, les génomes chloroplastiques de cinq algues basales ont été séquencés à l’aide de la technologie de nouvelle génération 454 et assemblés de novo. Une analyse phylogénétique de 69 séquences de protéines a permis de montrer que trois des cinq organismes classés dans l’ordre Chlamydomonadales par la littérature actuelle sont en fait basaux dans l’ordre Sphaeropleales. Ce reclassement phylogénétique implique de nouvelles hypothèses sur l’évolution des corps flagellaires.

Critère de validation croisée pour le choix des modèles des petits domaines au niveau des unités

Ce mémoire s’intéresse à l’étude du critère de validation croisée pour le choix des modèles relatifs aux petits domaines. L’étude est limitée aux modèles de petits domaines au niveau des unités. Le modèle de base des petits domaines est introduit par Battese, Harter et Fuller en 1988. C’est un modèle de régression linéaire mixte avec une ordonnée à l’origine aléatoire. Il se compose d’un certain nombre de paramètres : le paramètre β de la partie fixe, la composante aléatoire et les variances relatives à l’erreur résiduelle. Le modèle de Battese et al. est utilisé pour prédire, lors d’une enquête, la moyenne d’une variable d’intérêt y dans chaque petit domaine en utilisant une variable auxiliaire administrative x connue sur toute la population. La méthode d’estimation consiste à utiliser une distribution normale, pour modéliser la composante résiduelle du modèle. La considération d’une dépendance résiduelle générale, c’est-à-dire autre que la loi normale donne une méthodologie plus flexible. Cette généralisation conduit à une nouvelle classe de modèles échangeables. En effet, la généralisation se situe au niveau de la modélisation de la dépendance résiduelle qui peut être soit normale (c’est le cas du modèle de Battese et al.) ou non-normale. L’objectif est de déterminer les paramètres propres aux petits domaines avec le plus de précision possible. Cet enjeu est lié au choix de la bonne dépendance résiduelle à utiliser dans le modèle. Le critère de validation croisée sera étudié à cet effet.

L’impact des formations formelles sur le revenu et la durée du chômage des immigrants qualifiés dès l’arrivée au Québec

Cette étude évalue l’impact des formations formelles sur le revenu et la durée du chômage des immigrants de la classe des travailleurs qualifiés résidant dans la province de Québec. En effet, elle cherche à vérifier l’adéquation entre les formations formelles et les caractéristiques observables de ces immigrants d’une part, puis l’adéquation entre ces formations et la situation économique des immigrants d’autre part. Après avoir effectué une analyse descriptive de la base de données, la méthode d’appariement multiple basée sur les scores de propension généralisés est utilisée pour estimer l’effet causal des formations formelles sur le revenu et la durée du chômage des immigrants. De plus, la méthode de régression par quantile est utilisée pour faire ressortir l’effet causal de ces formations par quantile. En moyenne, les résultats de l’étude montrent que les formations formelles diminuent la durée de chômage des participants, avec une baisse de 580 jours pour les participants aux formations linguistiques. Les effets quantiles des formations professionnelles et académiques sont plus élevés sur le 75è quantile des distributions de la durée du chômage, avec des baisses respectives de 491 et 495 jours. Cependant, les formations formelles n’augmentent pas le revenu des participants. C’est pourquoi le gouvernement du Québec doit bien clarifier ses objectifs d’immigration selon l’augmentation de l’employabilité d’une part ou selon l’augmentation du niveau salarial d’autre part. Pour une optimisation des ressources, il est recommandé au gouvernement d’orienter les immigrants vers les formations linguistiques car elles diminuent plus la durée du chômage et de chercher la meilleure politique qui permettrait de rattraper l’écart salarial entre les participants et les non-participants des formations.

Exploration du travail d’une classe en réseau sur un objet partagé en situation d’arts plastiques

Cette étude s’est déroulée dans le contexte de l’École en réseau au Québec. Une classe du primaire a utilisé un espace numérique collaboratif (Knowledge Forum) pour la réalisation d’activités d’éducation artistique, soit l’appréciation d’un corpus d’oeuvres et la création d’un objet d’art. La progression du discours écrit relativement à ces deux objets de partage a été étudiée. Nos résultats montrent que les élèves ont réussi à faire progresser leurs contributions sur les deux objets partagés. En interagissant entre eux, ils ont créé des artéfacts de connaissances partagées et développé un langage artistique propre. À la suite de nos constats, des implications pédagogiques ont été formulées pour d’encourager la participation des élèves lors d’activités d’éducation artistique au moyen d’outils numériques qui soutiennent la collaboration.

Authentification biométrique par dynamique de frappe pour évaluation à distance utilisant SVM à une classe

La machine à vecteurs de support à une classe est un algorithme non-supervisé qui est capable d’apprendre une fonction de décision à partir de données d’une seule classe pour la détection d’anomalie. Avec les données d’entraînement d’une seule classe, elle peut identifier si une nouvelle donnée est similaire à l’ensemble d’entraînement. Dans ce mémoire, nous nous intéressons à la reconnaissance de forme de dynamique de frappe par la machine à vecteurs de support à une classe, pour l’authentification d’étudiants dans un système d’évaluation sommative à distance à l’Université Laval. Comme chaque étudiant à l’Université Laval possède un identifiant court, unique qu’il utilise pour tout accès sécurisé aux ressources informatiques, nous avons choisi cette chaîne de caractères comme support à la saisie de dynamique de frappe d’utilisateur pour construire notre propre base de données. Après avoir entraîné un modèle pour chaque étudiant avec ses données de dynamique de frappe, on veut pouvoir l’identifier et éventuellement détecter des imposteurs. Trois méthodes pour la classification ont été testées et discutées. Ainsi, nous avons pu constater les faiblesses de chaque méthode dans ce système. L’évaluation des taux de reconnaissance a permis de mettre en évidence leur dépendance au nombre de signatures ainsi qu’au nombre de caractères utilisés pour construire les signatures. Enfin, nous avons montré qu’il existe des corrélations entre le taux de reconnaissance et la dispersion dans les distributions des caractéristiques des signatures de dynamique de frappe.

Différences sur le plan de la motivation au travail, de la capacité de résilience et du sentiment d’efficacité personnelle en classe et à l’école des enseignants débutants selon leur participation à des programmes d’insertion professionnelle offerts dans leurs commissions scolaires d’attache

Actuellement au Québec, le contexte d’insertion professionnelle en enseignement représente plusieurs défis pour les enseignants débutants, et ce, en raison de multiples causes (p.ex. la précarité et le manque de soutien). Résultat : près de 15 % à 20 % d’entre eux quitteront la profession dans les cinq premières années de leur carrière et cette statistique ne cesse d’augmenter. Pour remédier à la situation, l’une des solutions envisagées est la mise en place de programmes d’insertion professionnelle (PIP) par les commissions scolaires, lesquels offrent différentes mesures de soutien telles que du mentorat, des ateliers de formation et des réseaux d’entraide en ligne. Cela dit, les modalités de mise en place de ces programmes varient grandement d’un milieu à l’autre, et ce, autant en ce qui a trait aux services offerts qu’à l’admission des candidats. De plus, ceux-ci ne sont généralement évalués que de façon informelle par le milieu. On ne sait donc pas si les enseignants débutants qui y participent se distinguent réellement quant à leur persévérance dans le métier, laquelle repose notamment sur leur motivation au travail, leur capacité de résilience et leur sentiment d’efficacité personnelle (SEP) en classe et à l’école (Bandura, 1997, 2007; Bélair & Lebel, 2007; Deci & Ryan, 1985, 2002; Fernet, Sénécal, Guay, Marsh, & Dowson, 2008; Zacharyas & Brunet, 2012). Ce projet de recherche vise d’une part à mesurer les différences sur le plan de ces variables chez les enseignants débutants participant ou non à un PIP. D’autre part, il vise également à mesurer la prédiction de ces variables par les différentes mesures de soutien offertes dans les PIP chez ceux qui y participent pour constater leur contribution respective dans un PIP. Pour ce faire, une étude préexpérimentale a été menée auprès de 86 participants. À l’aide d’un questionnaire, la motivation au travail, la capacité de résilience et le SEP en classe et à l’école ont été mesurés afin de comparer les résultats du groupe d’enseignants participant à un programme à ceux n’y participant pas. Une MANCOVA a d’abord été conduite avec ces variables et trois variables contrôles « avoir pensé quitter » le milieu d’enseignement, « ordre d’enseignement » et « expérience d’enseignement » comme covariables. Des régressions linéaires multivariées ont ensuite été menées à partir des mesures de soutien. Aucun résultat significatif n’a été obtenu quant aux différences entre les participants en fonction de la participation à un PIP ce qui est représentatif des résultats obtenus dans d’autres recherches sur le sujet (Ingersoll & Strong, 2011). Aucun résultat significatif n’a été obtenu concernant la prédiction des variables d’intérêt par les mesures de soutien.