Étude de l'influence du variant d'histone H2A.Z sur l'organisation des nucléosomes aux enhancers liés par le récepteur alpha de l'oestrogène

L'identité et la réactivité cellulaires sont établies, maintenues et modulées grâce à l'orchestration de programmes transcriptionnels spécifiques. Les éléments régulateurs, des régions particulières de la chromatine responsables de l'activation ou de la répression des gènes, sont au coeur de cette opération. Ces dernières années, de nombreuses études ont révélé le rôle central des « enhancers » dans ce processus. En effet, des centaines de milliers « enhancers » seraient éparpillés dans le génome humain, majoritairement dans sa portion non-codante, et contrairement au promoteur, leur activation varierait selon le type ou l'état cellulaire ou en réponse à une stimulation physiologique, pathologique ou environnementale. Les « enhancers » sont, en quelque sorte, des carrefours où transitent une multitude de protéines régulées par les signaux intra- et extra-cellulaires et un dialogue s'établit entre ces diverses protéines et la chromatine. L'identification des « enhancers ainsi qu'une compréhension de leur mode de fonctionnement sont donc cruciales, tant au plan fondamental que clinique. La chromatine joue un rôle indéniable dans l'activité des éléments régulateurs, tant par sa composition que par sa structure, en régulant, entre autres, l'accessibilité de l'ADN. En effet, l'ADN des régions régulatrices est bien souvent masqué par un nucléosome occlusif, lequel doit être déplacé ou évincé afin de permettre la liaison des protéines régulatrices, notamment les facteurs de transcription (FTs). Toutefois, la contribution de la composition de la chromatine à ce processus reste incomprise. Le variant d'histone H2A.Z a été identifié comme une composante de la chromatine aux régions accessibles, dont des « enhancers » potentiels. Toutefois son rôle y est inconnu, bien que des études récentes suggèrent qu'il pourrait jouer un rôle important dans la structure de la chromatine à ces régions. Par ailleurs, un lien étroit existe entre H2A.Z et la voie de signalisation des oestrogènes (notamment la 17-[beta]-estradiol (E2)). Ainsi, H2A.Z est essentiel à l'expression de plusieurs gènes cibles de l'E2. Les effets de l'E2 sont en partie exercés par un FT, le récepteur alpha des oestrogènes (ER[alpha]), lequel se lie à l'ADN suite à son activation, et ce majoritairement à des « enhancers », et permet l'établissement d'un programme transcriptionnel spécifique. Cette thèse vise à définir le rôle d'H2A.Z aux « enhancers », et plus particulièrement son influence sur l'organisation des nucléosomes aux « enhancers » liés par ER[alpha]. D'abord, mes travaux effectués à l'échelle du génome ont démontré qu'H2A.Z n'est présent qu'à certains ER[alpha]-« enhancers » actifs. Cette particularité a fait en sorte que nous avons pu comparer directement les « enhancers » actifs occupés par H2A.Z à ceux non-occupés, afin de mettre en évidence sa relation à l'environnement chromatinien. Étonnamment, il est apparu qu'H2A.Z n'introduit pas une organisation unique ou particulière des nucléosomes aux « enhancers ». Par ailleurs, nos résultats montrent qu'H2A.Z joue un rôle crucial dans la régulation de l'activité des « enhancers ». En effet, nous avons observé que suite à leur activation par l'E2, les « enhancers » occupés par H2A.Z recrutent l'ARN polymérase II (ARNPII) et produisent un transcrit. Ils recrutent également RAD21, une composante du complexe cohésine impliqué, entre autres, dans des interactions chromosomiques entre « enhancers » et promoteurs. De façon intéressante, nous avons mis en évidence que ces trois évènements, connus pour leur importance dans l'activité des « enhancers », sont dépendants d'H2A.Z. Ainsi, la présence d'H2A.Z à l' « enhancer » pourrait permettre un environnement chromatinien favorable à trois aspects clés de l'activité des « enhancers » : la présence de l'ARNPII, la transcription et la formation d'une boucle d'interaction, et par la suite, de par la proximité « enhancer »-promoteur ainsi créée, augmenter la concentration d'ARNPII à proximité du promoteur favorisant l'expression du gène cible. Un tel rôle central d'H2A.Z dans l'activité d' « enhancers » spécifiques pourrait participer à un mécanisme épigénétique ciblé de la régulation de l'expression des gènes.

Pour une meilleure acceptabilité sociale des projets énergétiques

L’acceptabilité sociale prend de plus en plus de place dans la sphère publique depuis la dernière décennie et ce concept semble même faire la pluie et le beau temps lorsqu’un promoteur tente de mettre en œuvre un projet. Même si les problématiques d’acceptabilité sociale sont rencontrées dans tous les domaines allant de la construction de condominium à l’implantation de projets miniers, les promoteurs du secteur énergétique semblent avoir davantage de difficultés à l’obtenir. L’objectif de cet essai est donc de déterminer les éléments dans la démarche d’acceptabilité sociale des promoteurs de ce secteur qui font en sorte que leurs projets soient si mal acceptés. Une analyse a été réalisée en étudiant des projets bien acceptés socialement et d’autres comportant des lacunes au niveau de l’acceptabilité sociale, dans chacun des secteurs suivants : minier, industriel et énergétique. Ainsi, les bonnes pratiques relevées pourront servir d’exemple pour les promoteurs de projets énergétiques aux prises avec des problèmes dans ce domaine. Les pratiques de chaque secteur ont été évaluées à l’aide de critères tirés et adaptés de l’article 6 de la Loi sur le développement durable. Une note a ensuite été attribuée à chacun des critères. L’analyse a permis de démontrer qu’effectivement, le secteur de l’énergie accuse un retard sur les secteurs miniers et industriels, qui ont tous deux trouvé des moyens efficaces pour acquérir et maintenir l’acceptabilité sociale. Les critères nécessitant une amélioration imminente sont les suivants : la responsabilité environnementale, la santé-sécurité, la participation du public et l’internalisation des coûts. Des recommandations ont alors été formulées dans l’optique de favoriser l’acceptabilité sociale des projets énergétiques. Les promoteurs auraient avantage à se doter d’un cadre de référence en matière de responsabilité sociale et environnementale, à faire preuve de transparence ainsi qu’à produire un rapport de développement durable. Il serait également bénéfique pour le promoteur d’évaluer les impacts en collaborant avec les acteurs du milieu et de démontrer sa capacité à intervenir en cas d’urgence. Les démarches de consultation publiques devraient être bonifiées en initiant le processus dès la phase de préfaisabilité et en choisissant un porte-parole crédible et présent dans la communauté d’accueil. L’internalisation des coûts devrait aussi être effectuée de manière plus réaliste et exhaustive. En somme, il se peut qu’un projet ne soit jamais acceptable par la société d’accueil en dépit de tous les efforts déployés par le promoteur, mais une bonne image vaut son pesant d’or.

Amélioration de l'évaluation environnementale stratégique avec l'utilisation de l'approche systémique

Les autorités gouvernementales canadiennes se sont données, depuis plus de 30 ans, une procédure pour évaluer les conséquences que les politiques, les plans ou les programmes fédéraux et provinciaux peuvent engendrer sur l’environnement. Si, avec le temps, l’évaluation a couvert une plus large définition de l’environnement pour intégrer les dimensions sociale et économique, la procédure d’évaluation environnementale stratégique est-elle pour autant adéquate? Y a-t-il un outil ou une méthode efficace qui pourrait améliorer son rendement? S’il est aujourd’hui accepté qu’un promoteur gouvernemental recherche l’acceptabilité sociale tout en mesurant les effets positifs et négatifs de son projet, ne pourrait-il pas adopter une méthodologie plus holistique et plus simple que la démarche d’identification et d’évaluation des impacts? C’est l’hypothèse qui sous-tend cet essai. L’objectif général de cet essai est de mener une réflexion sur l’utilisation de l’approche systémique dans l’élaboration de l’évaluation environnementale stratégique. En premier lieu, l’approche systémique sera étudiée de manière approfondie afin d’en faire ressortir ses bienfaits en matière de gestion de l’environnement. En second lieu, l’analyse de l’évaluation environnementale canadienne, américaine et européenne permettra de déceler les failles et les réussites dans la mise en place des plans, politiques et programmes. Finalement, une étude de cas sera utilisée pour valider l’hypothèse de travail. L’analyse révèle que l’utilisation de l’approche systémique dans le processus d’évaluation environnementale des plans, des politiques et des programmes est un outil judicieux et holistique hors pair. Non seulement cette méthode permet de tenir compte de toutes les préoccupations des parties prenantes, elle permet aussi de mieux cibler la problématique associée, d’adapter des mesures d’atténuation performantes et de mettre en oeuvre un programme de suivi efficace. Ces résultats démontrent le bénéfice d’utiliser une telle démarche dans ce processus rigoureux qu’est l’évaluation environnementale stratégique. En somme, l’utilisation de l’approche systémique dans l’élaboration de l’évaluation environnementale stratégique permettrait de mieux encadrer toutes les démarches visant à déceler les impacts positifs et négatifs sur l’environnement. Cet outil permettrait de satisfaire la volonté du gouvernement fédéral et des ministres promoteurs de promouvoir le développement de la société dans une perspective de développement durable.

Le développement local

Le premier chapitre de cet essai expose la problématique du développement local. Ainsi, nous saurons à quelles sortes d'irritants s'attaquent les individus qui cherchent à se développer "localement". Pour cela, je fais une rapide récapitulation de l'évolution de la croissance économique et de ses impacts sur la société en général. Conséquemment, le matériel de base pour corriger les problèmes relevés est expliqué dans les parties intitulées : le territoire, la création d'emploi et les initiatives locales. Pour comprendre sur le terrain, ce que sont les initiatives locales, j'ai travaillé avec un organisme sherbrookois qui fait la promotion de telles activités. Le deuxième chapitre traite de ce promoteur et du concept de son initiative particulière. J'y décris aussi la méthodologie utilisée pour étudier ce cas. Le troisième chapitre fait simplement le compte rendu de mes observations plus une évaluation-synthèse de l'initiative qui s'est déroulée pendant l'hiver 1993.

Élucidation du rôle et du mécanisme d’action de la protéine Cuf2 lors de la méiose chez la levure Schizosaccharomyces pombe

Chez Schizosaccharomyces pombe, le cycle méiotique est le mode de division cellulaire spécialisé qui permet la formation d’ascospores résistantes à différents stress lorsque les conditions environnementales ne sont pas propices à la multiplication cellulaire. Lors de mes travaux de thèse, mes objectifs consistaient à caractériser le rôle et le mécanisme d’action de la protéine Cuf2 lors du cycle méiotique chez S. pombe. Mes résultats ont montré que le gène cuf2[indice supérieur +] était exprimé exclusivement lors des divisions méiotiques et que la protéine se co-localisait de manière constitutive avec le matériel génétique. De plus, mes résultats ont dévoilé que Cuf2 participait à l’activation et à la répression de plusieurs gènes méiotiques selon un mécanisme de nature transcriptionnelle en s’associant spécifiquement avec leur région promotrice. Par la suite, mes résultats ont mis en évidence que Cuf2 interagissait physiquement avec Mei4, un facteur de transcription méiose-spécifique, au noyau des cellules méiotiques. Notamment, mes résultats ont montré que la présence de Mei4 et de son motif de liaison à l’ADN dénommé FLEX étaient nécessaires afin que Cuf2 puisse s’associer au promoteur de son gène cible fzr1[indice supérieur +] afin d’en activer l’expression. L’ensemble de mes résultats indiquent que Cuf2 et Mei4 interagissent aux promoteurs de certains gènes lors des divisions méiotiques afin d’en co-activer l’expression. D’ailleurs, mes résultats ont également montré que la fonction de Cuf2 était importante à la formation d’ascospores et à leur viabilité ; en absence de Cuf2, la majorité des ascospores présentent diverses aberrations et plus de la moitié d’entre elles sont non-viables. Globalement, mes résultats démontrent que Cuf2 est un régulateur critique de l’expression génique lors du cycle méiotique et que cette fonction est essentielle à la sporulation chez S. pombe.

Rôle du facteur de transcription HNF1α dans la promotion du diabète par l’intermédiaire d’hormones intestinales

HNF1α (hepatocyte nuclear factor-1α) est un facteur de transcription exprimé dans le foie, le pancréas, les reins, l’estomac, l’intestin grêle et le côlon. Il a été démontré que des mutations du gène codant pour cette protéine sont associées à un diabète non insulinodépendant MODY3. De plus, les souris déficientes pour l’expression de Hnf1α souffrent d’hyperglycémie. Ces animaux mutants semblent produire de l’insuline mais présentent cependant une altération de la sécrétion de cette hormone au niveau du pancréas. Dans une précédente étude, nous avons démontré que certains marqueurs de cellules entéroendocrines impliqués dans l’homéostasie du glucose étaient modulés chez les animaux mutants comparativement aux animaux contrôles notamment la ghréline, le Gip, la somatostatine. Notre hypothèse de recherche est que la perte de Hnf1α conditionne la promotion du diabète par l’intermédiaire d’hormones intestinales. Nous avons observé, chez les animaux mutants, une augmentation de l’expression du transcrit, du nombre de cellules positives ainsi que des taux plasmatiques de ghréline. Cette hormone étant reliée à l’homéostasie du glucose, nous avons suivi les variations de la glycémie et des taux d’insuline chez nos animaux. Nous avons observé une hyperglycémie accompagnée d’une diminution des taux d’insuline chez nos animaux mutants. Ces souris présentent une prise alimentaire augmentée, une polyurie et une polydipsie élevées, symptômes connus du diabète. Le traitement de 6 jours sur les souris Hnf1α[indice supérieur -/-] avec un antagoniste commercial du récepteur à la ghréline GHSR1a, le (D-Lys3)-GHRP-6 de BACHEM®, montre un rétablissement de la glycémie proche des valeurs normales, de même qu’une augmentation significative des taux d’insuline plasmatiques des souris traitées, une diminution de la polyurie, de la polydipsie et de la glycosurie. Les souris mutantes traitées avec cet antagoniste voient leur tolérance au glucose améliorée même en cas de choc glycémique. Nous avons, enfin, documenté la régulation possible de Hnf1α vis-à-vis du gène codant pour la ghréline. Des infections lentivirales, réalisées sur des cellules MIN6 avec un shARN dirigé contre le transcrit Hnf1α, montrent une augmentation des taux d’expression du transcrit ghréline. Nous avons également mis en évidence l’interaction physique entre Hnf1α et le promoteur ghréline en plusieurs sites par des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine. L’ensemble de ces résultats suggère que la perte de Hnf1α chez la souris joue un rôle dans la promotion de l’hyperglycémie par l’intermédiaire d’une dérégulation de la production de ghréline.

Nouveaux inducteurs covalents de la voie de signalisation Keap1/Nrf2/ARE

Le stress électrophile et oxydant est un souci grandissant pour la santé avec l'évolution de nos modes de vie. L'exposition aux ultraviolets, à la pollution, aux substances carcinogènes, à la fumée de cigarette et la pratique intensive d'activités sportives sont autant de causes de stress oxydant pour l'organisme. Ces dommages sont associés à plusieurs maladies et conditions pathologiques telles que cancers, diabètes, infections pulmonaires et maladies neurodégénératives. L'élément de réponse antioxydant (ARE) est un des composants principaux des défenses de la cellule contre ce phénomène. Ce promoteur agit sous le contrôle de Nrf2 (Nuclear factor erythroid 2-related factor 2). Une stratégie populaire pour l'activation de ce mécanisme est l'utilisation d'inducteurs covalents. Ces molécules agissent par la formation de liens covalents avec les nombreux résidus cystéine de Keap1 (Kelch-like ECH-associated protein 1), une protéine chaperonne qui contrôle l'activité de Nrf2. Cette thèse présente la synthèse, les propriétés biologiques et l'étude des relations structure-activité d'une librairie d'électrophiles capables d'induire la transcription des gènes cibles de la voie de signalisation Keap1/Nrf2/ARE. Le premier volet fait état de la comparaison d'une variété d'électrophiles simples pour étudier les préférences de la cible. Le deuxième volet montre que la présence d'une seconde fonction capable de piéger un résidu cystéine fournit des analogues très puissants.