Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.

Caractéristiques familiales associées à l'initiation précoce à la consommation de psychotropes

Cette recherche porte sur les caractéristiques familiales associées à l'initiation précoce à la consommation de psychotropes chez les enfants âgés de 10, 11 et 12 ans. Cette étude s'appuie sur le constat suivant : bien que la plupart des individus s'initient à la consommation de psychotropes au cours de l'adolescence ou au début de l'âge adulte, un certain nombre d'entre eux en consommeront dès l'enfance (Oxford, Harachi, Catalano et Abbott, 2000). Aussi, on note que depuis le début des années 1990, les jeunes manifesteraient de moins en moins leur désapprobation à l'égard de la consommation de psychotropes, augmentant ainsi le niveau d'inquiétude face à cette situation (Johnston, O'Malley et Bachman, 1999). Il est reconnu que les enfants qui s'initient à la consommation de psychotropes, tels que le tabac, l'alcool et la marijuana, avant l'âge de 12 ans augmentent singulièrement leurs risques de développer des problèmes de consommation (abus, dépendance) à l'adolescence et à l'âge adulte (Kuperman, Chan, Kramer, Bierut, Bucholz, Fox, Hesselbrock et al. , 2005; Lambert, 2005), et de présenter différents problèmes d'adaptation sur les plans personnel, familial et social (Kuperman et al. , 2005). II semble donc important de s'intéresser à cette problématique, d'autant plus que la période de développement prépubertaire est reconnue fondamentale, notamment sur le plan du développement social, émotionnel, physique, comportemental, cognitif et affectif (Thomassin, 2004). Afin d'intervenir en amont de ces difficultés et d'offrir des programmes de prévention adaptés aux enfants s'étant initiés précocement aux psychotropes, il s'avère essentiel de mieux connaître les caractéristiques familiales associées à ce phénomène (Gouvernement du Québec, 2001). Cela se justifie par le fait qu'il appartient au système familial d'exercer une influence positive afin que l'enfant adopte des comportements adaptés (Clark, Cornelius, Kirisci, et Tarter, 2005; Sung, Erkanli, Angold, et Costello, 2003; Thomassin, 2004). On retrouve effectivement différentes caractéristiques familiales qui seraient associées à l'initiation précoce des enfants à la consommation de psychotropes, notamment, la structure familiale (Saint-Jacques, Turcotte, Drapeau, Cloutier et Doré, 2004), les caractéristiques personnelles des parents dont la présence d'un problème avec la justice, de santé mentale ou de consommation de psychotropes, les pratiques éducatives lacunaires des parents à l'égard des enfants, ainsi qu'un faible engagement parental (Vitaro, Carbonneau, Gosselin, Tremblay et Zoccolillo, 2000). Les objectifs de l'étude sont donc : (1) d'identifier les caractéristiques familiales associées à l'initiation précoce à la consommation de psychotropes chez ces enfants et (2) d'identifier, parmi ces caractéristiques familiales, celles qui sont les plus fortement associées à une initiation précoce aux psychotropes."--Résumé abrégé par UMI.