Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire

Résumé : Les méthodes de détection de similarités de sites de liaison servent entre autres à la prédiction de fonction et à la prédiction de cibles croisées. Ces méthodes peuvent aider à prévenir les effets secondaires, suggérer le repositionnement de médicament existants, identifier des cibles polypharmacologiques et des remplacements bio-isostériques. La plupart des méthodes utilisent des représentations basées sur les atomes, même si les champs d’interaction moléculaire (MIFs) représentent plus directement ce qui cherche à être identifié. Nous avons développé une méthode bio-informatique, IsoMif, qui détecte les similarités de MIF entre différents sites de liaisons et qui ne nécessite aucun alignement de séquence ou de structure. Sa performance a été comparée à d’autres méthodes avec des bancs d’essais, ce qui n’a jamais été fait pour une méthode basée sur les MIFs. IsoMif performe mieux en moyenne et est plus robuste. Nous avons noté des limites intrinsèques à la méthodologie et d’autres qui proviennent de la nature. L’impact de choix de conception sur la performance est discuté. Nous avons développé une interface en ligne qui permet la détection de similarités entre une protéine et différents ensembles de MIFs précalculés ou à des MIFs choisis par l’utilisateur. Des sessions PyMOL peuvent être téléchargées afin de visualiser les similarités identifiées pour différentes interactions intermoléculaires. Nous avons appliqué IsoMif pour identifier des cibles croisées potentielles de drogues lors d’une analyse à large échelle (5,6 millions de comparaisons). Des simulations d’arrimage moléculaire ont également été effectuées pour les prédictions significatives. L’objectif est de générer des hypothèses de repositionnement et de mécanismes d’effets secondaires observés. Plusieurs exemples sont présentés à cet égard.

Outil d’évaluation et de suivi du transfert des apprentissages en formation à l'informatique utilisateur

De plus en plus, la capacité de justifier les investissements devient une obligation qui incombe aux gestionnaires responsables de la formation. Dans le domaine de l'informatique utilisateur, cette responsabilité revêt une grande importance puisque les sommes investies en formation sont considérables. La présente étude répond donc aux besoins de ces gestionnaires par le développement d'outils leur permettant d'évaluer l'impact de la formation sur le personnel. De nombreuses informations de gestion leur sont ainsi transmises afin de faciliter la prise de décision à un niveau organisationnel. Dans un premier temps, notre outil d'évaluation des apprentissages leur permet de mesurer les connaissances et habiletés des apprenants au terme de la formation. Par la suite, notre outil d'évaluation et de suivi du transfert des apprentissages leur permet à la fois de mesurer et de qualifier l'utilisation de ces connaissances et habilités dans le contexte de travail. De plus, il leur permet d'identifier les principales raisons qui viennent expliquer ce transfert. Finalement, il est à noter que les outils présentés dans cet ouvrage ont été développés à l'aide de l'approche par compétences et s'adressent spécifiquement à une formation portant sur l'utilisation d'un logiciel de traitement de texte par des secrétaires. Toutefois, ces outils peuvent être adaptés à tout autre type de formation.

Pour une stratégie d'implantation de l'informatique à l'école

La révolution introduite par l'ordinateur est l'un des faits les plus marquants du vingtième siècle. En effet, l'ordinateur a des répercussions profondes sur de nombreux aspects de notre vie quotidienne: transactions bancaires, cueillettes de données, recherche d'information, enseignement, sciences, etc. La manière dont l'ordinateur influence notre vie soit dans notre travail ou soit dans le monde qui nous entoure n'est pas terminée. Nos jeunes n'échappent pas à cette réalité. Dans la mesure où les ordinateurs modifient notre quotidien, nos jeunes doivent acquérir une expérience pratique de ce nouvel outil qui peut influencer et changer leur façon d'apprendre. Il nous apparaît donc souhaitable que nos jeunes utilisent ce nouvel outil qu'est l'ordinateur comme aide et soutien à leur apprentissage.

Causes et solutions au taux d’échec et d’abandon élevé en technique de l'informatique au Cégep de Saint-Hyacinthe

Le but de cette recherche tente de trouver les causes au taux d'échec et d'abandon élevé en technique de l'informatique. Notre étude a été menée au cégep de Saint-Hyacinthe à l'hiver 2005. Nous avons également étendu notre réflexion à rechercher des solutions à cette problématique, lesquelles nous le croyons, pourraient être appliquées dans d'autres cégeps ou même d'autres techniques. Nous avons voulu proposer des solutions applicables plutôt que d'en faire une liste exhaustive. Pour y arriver, nous avons limité notre champ d'analyse aux domaines suivants: le temps d'étude, le travail rémunéré, la qualité de l'intervention pédagogique et le choc du passage du secondaire au collégial. Nous voulions aussi vérifier si le taux de diplomation en technique de l'informatique au cégep de Saint-Hyacinthe que nous évaluions à 35% a évolué depuis 1994 à aujourd'hui. Nous avons également cherché à établir un lien entre le temps d'étude et le temps occupé à un travail rémunéré. De là nous avons essayé de trouver la corrélation entre le temps d'étude et la réussite scolaire. Finalement, notre dernier objectif était d'interroger les intervenants des différents niveaux afin de recueillir les solutions qu'ils proposaient à la problématique soulevée. De plus, nous avons interrogé par questionnaire tous les étudiants du programme pour jauger leur niveau de satisfaction. Nous avons divisé cette étude en quatre chapitres dont le premier définit la problématique. Dans ce chapitre, notre intention était de recenser les principaux problèmes d'échec et d'abandon relevés en informatique au cégep de Saint-Hyacinthe et d'y suggérer des solutions. Le second chapitre consiste en une recension d'écrits permettant de renforcer notre réflexion à l'aide de références provenant de chercheurs renommés. Le troisième chapitre relate la méthodologie employée pour recueillir les données et propos des répondants à cette étude. Le quatrième chapitre fait état de la collecte de données effectuée à l'hiver 2005 et qui a consisté en des questionnaires et des entrevues dirigées; dans ce même chapitre, les données sont présentées, analysées et synthétisées à l'aide de graphiques et de tableaux. Tout près de 90 répondants ont été interrogés que ce soit en entrevue ou par questionnaire. De plus au-delà de 110 tableaux statistiques provenant du Service régional d'admission du Montréal métropolitain (SRAM) ont servi de base à cette étude. Finalement, en guise de conclusion, cette étude nous a permis de présenter une synthèse de l'ensemble du travail effectué au cours de la présente recherche. Voici en résumé les résultats de notre recherche. Notre analyse des données statistiques nous a permis d'établir un portrait de l'étudiant moyen en technique de l'informatique au cégep de Saint-Hyacinthe. C'est un garçon qui a environ 18 ans à son inscription au programme, il passe entre 5 et 7 heures à étudier, un peu moins en première mais un peu plus en troisième année. Il occupe un travail rémunéré environ 15 heures par semaine. Il faut préciser que la clientèle du programme est presque exclusivement de sexe masculin. Les professeurs interrogés du département d'informatique ont fait ressortir clairement que le choc du passage du secondaire au collégial est très présent. Les élèves arrivant du secondaire ont souvent l'habitude de réussir sans étudier. Ils vivent souvent leur premier échec scolaire au cégep et se sentent très désemparés face à cette situation. Ils ignorent les outils à leur disposition et n'osent pas demander de l'aide à leurs professeurs. Les différents intervenants consultés nous ont proposé les solutions tels que d'offrir des ateliers ou des cours de prise de notes, de gestion du temps, de gestion des priorités, et finalement de faire connaître les services déjà offerts aux étudiants pour les aider à réussir. Nous pouvons mentionner ici que les élèves du programme n'ont pratiquement pas consulté les services du centre d'aide à la réussite durant la dernière année. Ils attendent souvent trop longtemps avant de demander de l'aide et il ne leur reste souvent plus d'autre choix que d'abandonner le programme. Les professeurs ont aussi le devoir de détecter les étudiants nécessitant de l'aide. Ceux-ci se sentent démunis pour aider les étudiants et ont manifesté avoir besoin d'assistance en ce sens. Comme mentionné précédemment nous avions évalué le taux de diplomation du programme à environ 35 %. L'analyse des statistiques nous a révélé que ce taux affiche une légère progression depuis 1994. À notre surprise, par contre, nous avons constaté que ce taux est légèrement au-dessus du taux moyen des autres collèges de la province (SRAM) et même de celui d'autres programmes majoritairement composés de garçons du cégep de Saint-Hyacinthe (voir le graphique 2, p. 53). Nous avons voulu connaître ce que pensaient nos étudiants ayant abandonné le programme et à l'inverse ceux qui en étaient diplômés. Nos répondants diplômés avaient tous un emploi en informatique et avouaient avoir réussi à force de volonté. Leur principale motivation à terminer leurs études était d'obtenir un emploi intéressant et bien rémunéré. Ils ont fait les travaux demandés car ils les préparaient bien aux examens. Cependant, nos répondants qui ont abandonné le programme nous ont confié qu'un emploi rémunéré occupant trop de temps hebdomadaire et le trop peu de temps d'étude avait contribué à les faire abandonner. Nous avons observé que le temps passé à un travail rémunéré n'influence pas le temps passé à étudier. Par contre, le temps passé à étudier a une répercussion sur la réussite. Nous ajoutons ici que trop de temps passé au travail rémunéré et pas assez aux études favorise l'échec et l'abandon. En conclusion, l'élève qui croit en sa réussite prend les moyens pour l'obtenir. La théorie que nous avons énoncée au début de cet ouvrage spécifiant que seuls les élèves les mieux organisés réussissaient s'avère donc vérifiée, mais nous pouvons malheureusement constater aussi que les élèves les moins organisés abandonnent le programme. Les questionnaires remplis par tous les étudiants du programme nous ont révélé un net manque d'équilibre au niveau du travail exigé lors du passage de la première année à la seconde. Nos entrevues avec les professeurs du programme nous ont confirmé que les élèves trouvaient difficile le passage de la première à la deuxième année. Assiste-on à un report du choc du passage du secondaire au collégial vers le choc du passage de la première à la deuxième année? Aurait-on repoussé le problème en deuxième année en voulant faciliter le passage du secondaire au collégial? Il faudrait bien se garder maintenant de repousser le problème en troisième année, ce serait dommage que ce soit à l'arrivée sur le marché du travail que le choc se produise. Il est donc de première importance que les élèves soient bien préparés à la réalisation des étapes suivantes. Nous ne rendrions pas service à trop faciliter la réussite et que ce soit le marché du travail qui rejette nos étudiants. Enfin voilà pourquoi, après cette mise en garde, six projets seront mis en place afin de favoriser la réussite de nos étudiants tout en conservant une formation de grande qualité qui est la caractéristique du programme de technique de l'informatique du cégep de Saint-Hyacinthe. Voici la liste de ces projets dont vous trouverez une description en consultant la section 3.4 intitulée « Entrevues avec un cadre de la direction des études » : a) implantation du programme Alternance travail-études (ATE), b) la création d'une équipe d'intervention auprès des élèves de première année, c) la création d'un centre d'assistance en technologie de l'information et des communications (TIC), d) l'implantation du tutorat par les pairs, e) la promotion du programme d'informatique et finalement f) l'assistance d'un professeur aux services techniques du département afin de favoriser l'implantation des nouvelles technologies de pointe. Tous ces moyens mis de l'avant permettront, nous l'espérons, de faire en sorte que le programme d'informatique du cégep de Saint-Hyacinthe se démarque grâce à son innovation et à sa volonté de résoudre le faible taux de diplomation tout en offrant une formation de la plus haute qualité.