Identification of protein targets of nevirapine reactive metabolites using click chemistry and mass spectrometry-based differential proteomics

Abstract : Adverse drug reactions (ADRs) are undesirable effects caused after administration of a single dose or prolonged administration of drug or result from the combination of two or more drugs. Idiosyncratic drug reaction (IDR) is an adverse reaction that does not occur in most patients treated with a drug and does not involve the therapeutic effect of the drug. IDRs are unpredictable and often life-threatening. Idiosyncratic reaction is dependent on drug chemical characteristics or individual immunological response. IDRs are a major problem for drug development because they are usually not detected during clinical trials. In this study we focused on IDRs of Nevirapine (NVP), which is a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor used for the treatment of Human Immunodeficiency Virus (HIV) infections. The use of NVP is limited by a relatively high incidence of skin rash. NVP also causes a rash in female Brown Norway (BN) rats, which we use as animal model for this study. Our hypothesis is that idiosyncratic skin reactions associated with NVP treatment are due to post-translational modifications of proteins (e.g., glutathionylation) detectable by MS. The main objective of this study was to identify the proteins that are targeted by a reactive metabolite of Nevirapine in the skin. The specific objectives derived from the general objective were as follow: 1) To implement the click chemistry approach to detect proteins modified by a reactive NVP-Alkyne (NVP-ALK) metabolite. The purpose of using NVP-ALK was to couple it with Biotin using cycloaddition Click Chemistry reaction. 2) To detect protein modification using Western blotting and Mass Spectrometry techniques, which is important to understand the mechanism of NVP induced toxicity. 3) To identify the proteins using MASCOT search engine for protein identification, by comparing obtained spectrum from Mass Spectrometry with theoretical spectrum to find a matching peptide sequence. 4) To test if the drug or drug metabolites can cause harmful effects, as the induction of oxidative stress in cells (via protein glutathionylation). Oxidative stress causes cell damage that mediates signals, which likely induces the immune response. The results showed that Nevirapine is metabolized to a reactive metabolite, which causes protein modification. The extracted protein from the treated BN rats matched 10% of keratin, which implies that keratin was the protein targeted by the NVP-ALK.

L’anglais au collégial : identifier les caractéristiques des étudiants pour comprendre leur maîtrise de la langue

L’enseignement de l’anglais, langue seconde a connu de nombreux changements au courant des 20 dernières années, du primaire au collégial, afin d’assurer une meilleure maîtrise de cette langue par les élèves au Québec. Ainsi, à la fin du parcours secondaire, le niveau visé par le Programme de formation de l’école québécoise et sanctionné par le ministère à l’épreuve unique de secondaire cinq à l’égard de la connaissance de l’anglais, langue seconde se compare au niveau intermédiaire (Intermediate Mid ou High) de l’échelle de l’American Council on the Teaching of Foreign Languages. En somme, l’élève qui possède son diplôme d’études secondaires a normalement une connaissance de niveau intermédiaire de l’ALS lorsqu’il s’inscrit dans un collège d’enseignement général et professionnel (cégep). Or, 20 ans après l’instauration des cours obligatoires d’ALS, les cégeps accueillent toujours 30 à 40 % des étudiants en 604-100 Anglais de base alors que ce cours n’était que temporaire au départ (Commission d’évaluation de l’enseignement collégial, 2001; Fournier 2007). Cet état de fait nous a amenée à proposer une recherche ayant pour objet les caractéristiques des étudiants des cours 604-100 Anglais de base et 604-101 Langue anglaise et communication du Cégep de St-Hyacinthe dans le but de comprendre l’écart entre les deux niveaux quant à leur maîtrise de la langue anglaise. Notre recherche est descriptive avec un volet comparatif afin d’atteindre les deux objectifs suivants: (1) identifier les caractéristiques des étudiants inscrits dans les cours collégiaux de niveau 604-100 Anglais de base et 604-101 Langue anglaise et communication du Cégep de St-Hyacinthe; (2) comparer les réponses des étudiants des deux niveaux pour voir quelles caractéristiques se distinguent et pourraient expliquer l’écart de maîtrise de la langue anglaise entre les étudiants classés au niveau attendu (604-101 Langue anglaise et communication) et ceux du niveau de base (604-100 Anglais de base). Nous avons construit un questionnaire électronique spécifiquement pour cette étude, composé de questions fermées comprenant cinq sections (profil scolaire, attitude et intérêt envers l’ALS, la motivation, l’anxiété linguistique et l’utilisation de stratégies d’apprentissage) que nous avons envoyé à 907 répondants potentiels du Cégep de St-Hyacinthe à l’automne 2015. Nous n’avons retenu que les étudiants qui satisfaisaient à nos trois critères de sélection, soit (1) être inscrit dans le niveau 604-100 Anglais de base ou 604-101 Langue anglaise et communication, (2) avoir fait toutes ses études primaires et secondaires en français au Québec, et (3) être en continuité de formation (sans interruption entre la fin du secondaire et l’entrée au cégep). Au final, notre recherche compte 294 sujets, 108 étudiants de niveau 604-100 et 186 étudiants de niveau 604-101. Nous avons utilisé l’approche quantitative et réalisé des statistiques descriptives et inférentielles pour analyser nos données. Les analyses ont révélé une différence significative entre les deux niveaux sur plusieurs points, que nous avons regroupés en quatre caractéristiques principales qui peuvent expliquer l’écart quant à leur maîtrise de la langue anglaise. La première est d’avoir un intérêt intégratif et instrumental à apprendre l’anglais, car celui-ci supporte les efforts pour atteindre une maîtrise satisfaisante de la langue. La deuxième est le développement d’une confiance en ses capacités à communiquer dans la langue puisque cette confiance réduit l’anxiété linguistique qui gêne l’apprentissage. La troisième est une préparation adéquate aux études supérieures, tant au niveau des compétences spécifiques (moyenne générale, programmes enrichis) que transversales (comme l’utilisation des stratégies d’apprentissage) au secondaire, car elle offre un bagage de connaissances nécessaires à la maîtrise d’une langue. Finalement, la présence de difficultés liées à l’apprentissage comme les troubles d’apprentissage et des faiblesses dans la langue maternelle est un frein au développement d’une compétence en langue seconde puisqu’elles touchent précisément des compétences essentielles à l’apprentissage soit la lecture et l’écriture. Outre la recherche de Fournier (2007) sur les prédicteurs de réussite, peu ou pas d’études ont porté sur les étudiants collégiaux par rapport à leur profil d’apprenant d’une L2. Nos résultats contribuent donc à documenter une situation peu étudiée, et permettent de quantifier ce que les enseignants constatent sur le terrain depuis des années. Ce faisant, nos données sont utiles tant au niveau de l’organisation scolaire des collèges que des départements de langue et de l’enseignement, car elles permettent l’amélioration du contexte dans lequel ces cours sont offerts et du coup, d’avoir des retombées sur la réussite des étudiants.