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La destruction et la dégradation des milieux humides et hydriques dans les zones fortement peuplées font en sorte que les écosystèmes ne peuvent plus supporter les activités anthropiques. Conséquemment, la société ne peut plus bénéficier autant des biens et services écosystémiques rendus par ces milieux. Le ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, qui occupe une place centrale dans la gestion des milieux naturels, ne les protège pas adéquatement. Pourtant, le régime d’autorisation environnementale est un levier significatif dans la protection des écosystèmes. Les analystes du secteur hydrique et naturel, qui analysent les demandes de certificat d’autorisation pour les projets réalisés dans les milieux naturels, sont bien positionnés pour répondre à cette problématique, mais ne possèdent pas tous les outils nécessaires pour ce faire. Le cas de la Montérégie est abordé en particulier pour témoigner de l’importance d’agir dans les régions du Québec où les pressions anthropiques sont les plus grandes. L’objectif de cet essai est de fournir des recommandations dans le but de protéger les milieux humides et hydriques à la hauteur de leur importance sur le plan écosystémique, social et économique. Les recommandations sont émises sur la base d’une analyse critique des concepts biologiques, du cadre légal et réglementaire, et du contexte organisationnel, qui ont une influence sur le régime d’autorisation environnementale du Ministère. L’analyse du contexte entourant ce régime d’autorisation démontre que plusieurs lacunes posent un frein à la protection adéquate des milieux humides et hydriques, et ce, à plusieurs niveaux. De cette analyse, il en ressort plusieurs recommandations pour protéger adéquatement ces milieux : réviser puis harmoniser la vision et la mission du Ministère, réviser et communiquer la définition de la notion d’environnement en tenant compte des enjeux actuels, acquérir des connaissances suffisantes pour dresser un portrait de la situation des milieux naturels, utiliser un mode de gestion adapté aux écosystèmes, améliorer les outils et leur application, profiter de la modernisation du régime d’autorisation environnementale pour améliorer le régime actuel sur le plan de la protection des écosystèmes et diffuser l’information pour mieux intégrer la population dans la gestion de l’environnement.