Identification of protein targets of nevirapine reactive metabolites using click chemistry and mass spectrometry-based differential proteomics

Abstract : Adverse drug reactions (ADRs) are undesirable effects caused after administration of a single dose or prolonged administration of drug or result from the combination of two or more drugs. Idiosyncratic drug reaction (IDR) is an adverse reaction that does not occur in most patients treated with a drug and does not involve the therapeutic effect of the drug. IDRs are unpredictable and often life-threatening. Idiosyncratic reaction is dependent on drug chemical characteristics or individual immunological response. IDRs are a major problem for drug development because they are usually not detected during clinical trials. In this study we focused on IDRs of Nevirapine (NVP), which is a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor used for the treatment of Human Immunodeficiency Virus (HIV) infections. The use of NVP is limited by a relatively high incidence of skin rash. NVP also causes a rash in female Brown Norway (BN) rats, which we use as animal model for this study. Our hypothesis is that idiosyncratic skin reactions associated with NVP treatment are due to post-translational modifications of proteins (e.g., glutathionylation) detectable by MS. The main objective of this study was to identify the proteins that are targeted by a reactive metabolite of Nevirapine in the skin. The specific objectives derived from the general objective were as follow: 1) To implement the click chemistry approach to detect proteins modified by a reactive NVP-Alkyne (NVP-ALK) metabolite. The purpose of using NVP-ALK was to couple it with Biotin using cycloaddition Click Chemistry reaction. 2) To detect protein modification using Western blotting and Mass Spectrometry techniques, which is important to understand the mechanism of NVP induced toxicity. 3) To identify the proteins using MASCOT search engine for protein identification, by comparing obtained spectrum from Mass Spectrometry with theoretical spectrum to find a matching peptide sequence. 4) To test if the drug or drug metabolites can cause harmful effects, as the induction of oxidative stress in cells (via protein glutathionylation). Oxidative stress causes cell damage that mediates signals, which likely induces the immune response. The results showed that Nevirapine is metabolized to a reactive metabolite, which causes protein modification. The extracted protein from the treated BN rats matched 10% of keratin, which implies that keratin was the protein targeted by the NVP-ALK.

La microfinance en contexte international : les indicateurs de performance des institutions de microfinance et la problématique des évaluations d'impacts

[…] Depuis le succès, parfois trop galvaudé, de la Banque Grameen au Bengladesh, la microfinance est de plus en plus vue comme un des outils privilégiés de développement dans les pays où les capitaux sont rares. L'intérêt pour la microfinance a cumulé au Sommet sur le microcrédit tenu à Washington en février 1997. Le sommet a réuni une pléiade d'acteurs parmi les plus importants de la planète. Un objectif a fait consensus : atteindre 100 millions de familles pauvres de la planète d'ici 2005 et beaucoup d'argent en jeux. D'un autre côté, certains disent qu'il y a un danger à vouloir tourner un outil en une panacée et doutent de ce genre de déclaration typique des grands sommets. L'expansion de la microfinance serait trop rapide et aléatoire et «jeter» trop d'argent aux pauvres est la meilleure recette pour en assurer l'échec D'autres opposants disent également que la microfinance est en train de drainer beaucoup d'argent et d'efforts vers des programmes dont la viabilité est douteuse au détriment des programmes essentiels de santé et d'éducation. Cet essai vise essentiellement à dresser un portrait général de la microfinance dans le contexte du développement international. L'accent est mis sur l'évaluation de la performance de la microfinance sous deux angles : [1] Les performances financières et opérationnelles des institutions de microfinance (IMF). Ici, on considère l'institution comme l'objet de l'évaluation. L'objectif est d'évaluer la pérennité de l'institution, laquelle peut être estimée à travers des indicateurs (ratios) de viabilité financière, de la qualité du portefeuille, de la productivité et d'efficacité dans l'utilisation des actifs immobiles et des capitaux, etc. Plus précisément, on s'intéressera au rendement ajusté sur l'actif, au portefeuille à risque, à l'autosuffisance financière et opérationnelle. [2] Les impacts socio-économiques de la microfinance. Une des prétentions des adeptes de la microfinance est qu'elle puisse contribuer à réduire la pauvreté ou du moins à améliorer le sort des bénéficiaires de crédits. Dans cette optique, l'objet de l'évaluation n'est plus seulement l'institution, il devra aussi englober les effets sur les clients et parfois même sur l'environnement financier si l'objectif est d'amener les clients à intégrer éventuellement le marché financier formel. Or, il n'est pas aisé d'évaluer tous ces impacts de la microfinance. L'essai exposera la problématique entourant ces évaluations d'impacts. Les évaluations de la performance et des impacts sont devenues incontournables. Sans trop entrer en détails sur l'importance de ces évaluations, on peut relever au passage les éléments suivants : - Les bailleurs de fonds veulent savoir si leurs fonds sont utilisés efficacement et s'ils ont des impacts en fonction des objectifs fixés. - Les gestionnaires veulent mieux gérer leurs institutions et satisfaire les bailleurs. - Les organisations d'appuis techniques veulent mieux servir les IMF et avancer les connaissances. - Quant aux clients, on ne leur demande pas souvent leurs avis. Pourtant, ils sont les mieux placés pour connaître les impacts des crédits sur leurs conditions de vie. Les clients informés veulent aussi connaître les risques qu'ils encourent sur les prêts. Certains placent leurs épargnes dans les EMF, ils veulent donc connaître les rendements et les risques de leurs placements. […]

Les programmes de compensation de la biodiversité dans l'industrie minière : Analyse multicritère des types de programmes

La biodiversité est une ressource essentielle à la vie humaine sur terre. En effet, elle fournit une multitude de biens et de services dont la société moderne dépend. Toutefois, les pressions anthropiques grandissantes sur les milieux naturels constituent un réel danger pour la santé de la biodiversité mondiale. Parmi ces pressions, il y a l’industrie minière. Afin de diminuer cet impact négatif, plusieurs compagnies, gouvernements et organisations mettent en place des programmes de compensation de la biodiversité. Ces programmes peuvent se réaliser sous plusieurs formes, dont trois qui sont analysées dans cet essai : les projets sur mesure, les banques de compensation et les frais compensatoires. L’objectif de cet essai est d’évaluer la performance de ces trois types de programmes de compensation de la biodiversité afin de déterminer lequel a la meilleure performance selon les critères d’analyse choisis. Les résultats de l’analyse démontrent clairement que les projets sur mesure sont le type de programme qui performe le mieux parmi les trois types à l’étude et selon les critères d’analyse définis. En effet, les projets sur mesure se distinguent notamment en raison du lien direct entre le site dégradé et le site de compensation et par l’implication des parties prenantes qui accompagne normalement ces projets. Les deux autres types de programmes ont eu une moins bonne performance, surtout dans le cas des frais compensatoires. Ce dernier a eu le moins bon résultat, notamment en raison de la dissociation des compagnies minières quant à la réalisation des compensations et du manque d’encadrement des programmes. Les conclusions de l’analyse permettent donc de constater que, lorsque possible, les projets sur mesure sont le meilleur choix en matière de compensation de la biodiversité et qu’ils devraient être appliqués en priorité par rapport aux deux autres types de programmes. De façon générale, indépendamment du type de programme utilisé, quelques recommandations ont été suggérées. Il est notamment recommandé d’assurer l’implication des parties prenantes, d’adhérer à la hiérarchie de mitigation et de miser sur l’équivalence.

Atténuation des changements climatiques en Chine : analyse des cibles et des stratégies de réduction des émissions de GES

La Chine est l’acteur le plus important dans la lutte internationale aux changements climatiques. Depuis 2007, ce pays est le plus grand émetteur de dioxyde de carbone avec près du quart des émissions mondiales et la croissance de sa consommation d’énergie depuis les années 2000 met en grand danger l’ensemble de la planète. L’objectif de cet essai est d’analyser la capacité de la Chine à réduire ses émissions de gaz à effet de serre et de participer à sa juste part à l’effort international d’atténuation des changements climatiques. Pour ce faire, la croissance économique chinoise des dernières décennies et ses impacts environnementaux sont présentés. On remarque que le modèle de croissance qui a permis à la Chine de se hisser au sommet de l’économie mondiale a montré ses limites et que le gouvernement a développé une nouvelle stratégie économique qui se veut plus durable. Ensuite, les cibles et engagements climatiques de la Chine sont analysés selon quatre critères (capacité, adéquation, responsabilité et effort). Les résultats de cette analyse montrent que la capacité du pays à réduire ses émissions est grande, mais que ses cibles ne sont ni suffisantes pour maintenir la hausse de la température à 2 °C, ni assez contraignantes et larges. Puis, l’impact de la nouvelle stratégie économique sur différents indicateurs est évalué. Cette évaluation montre que les facteurs qui ont largement contribué à la hausse des émissions de gaz à effet de serre en Chine – à savoir une croissance économique effrénée, une forte dépendance au charbon et une économie dominée par le secteur industriel – subissent d’importants changements. En effet, ces mutations majeures dans l’économie chinoise laissent croire que la Chine atteindra ses cibles d’intensité énergétique, d’énergie renouvelable et de plafonnement des émissions de dioxyde de carbone plus rapidement que prévu. Il est recommandé de bonifier les engagements climatiques de la Chine en imposant une cible absolue sur les émissions de dioxyde de carbone et en élargissant la portée de ces engagements pour inclure d’autres gaz à effet de serre. Aussi, certaines recommandations sont faites pour assurer le bon fonctionnement d’un éventuel système de plafonnement et d’échange en Chine. Le travail se conclut sur l’effort à venir dans la lutte internationale aux changements climatiques et sur la nécessité d’étudier la réduction des émissions de gaz à effet de serre en Chine après leur plafonnement, prévu d’ici 2025.

Évaluation de l’état des dalles en béton armé enterrées

Dans le souci d’améliorer le réseau de distribution de l'énergie électrique, tout en maintenant l'intégrité de certains sites urbains protégés, plusieurs municipalités du Québec ont choisi d’enfouir leurs fils électriques. Ce type d’installation requiert des chambres de raccordement souterraines afin de réaliser l’entretien du réseau et le câblage. Ces chambres sont typiquement placées à tous les 300 mètres du réseau et sont généralement recouvertes d’épaisseurs de remblai allant de 0,6 m à 1m. L’un des principaux problèmes affectant l’état structural de ces chambres est la dégradation du béton de la surface externe de celles-ci. Dans certains cas, la dégradation peut atteindre une portion non négligeable de l’épaisseur de la dalle, jusqu’à en causer l’effondrement. En plus de présenter un danger pour la population, ces effondrements entraînent des coûts d’entretien élevés pour les propriétaires d’ouvrages. En outre, ces chambres sont difficiles à inspecter par l’intérieur. Cette problématique est d’autant plus importante étant donné la grande quantité de chambres de raccordement souterraines construites par le passé. Dans ce contexte, Hydro-Québec a lancé un programme de recherche visant à faire l'évaluation par des techniques de contrôle non destructif de l’état du béton du toit des chambres de raccordement souterraines. C'est dans ce cadre que s'inscrit cette étude. Le but de notre projet est d'évaluer les capacités de la technique du Géoradar à détecter l’endommagement du béton et, si possible, déterminer l’étendue en profondeur des dégradations dans le béton de ces dalles en béton armé enterrées. Ce mémoire de maîtrise présente la méthode proposée pour atteindre cet objectif. Des simulations numériques ont été réalisées, dans un premier temps, pour établir les limites de l'application Géoradar dans le cadre de notre problématique. Les résultats obtenus ont ensuite été confrontés à des essais réalisés sur des dalles réelles enterrées. Les travaux ont permis de montrer sans équivoque qu'avec le Géoradar, il est possible de déceler la dégradation au niveau des dalles enterrées, lorsque celles-ci se situaient à une profondeur maximale de 75 cm sous un sol de type sableux. Mais, il est encore difficile de pouvoir estimer l’étendue en profondeur de la dégradation, sans connaître l'état initial des dalles.