Nouvelle souche donneuse pour la conjugaison intergénérique avec les actinobactéries

Les actinomycètes filamenteux du sol appartenant au genre Frankia peuvent vivre librement en tant que saprophytes, ou encore s'associer aux racines de plantes pour former une symbiose. Malgré leur importance écologique et l'intérêt biologique qu'ils suscitent, plusieurs aspects de la biologie des Frankiaceae demeurent mal compris. Ceci est dû, entre autres, à leur faible taux de génération et à la difficulté de maintenir des cultures en croissance active, mais surtout, à l’absence d’outils génétiques fonctionnels et efficaces pour les étudier. En raison de l’importance environnementale de Frankia, la mise au point d’un système de modification génétique chez cette actinobactérie est devenue essentielle pour procéder à l’analyse fonctionnelle des gènes d’intérêt et étudier plus efficacement la physiologie et les interactions de ce symbiote actinorhizien avec ses plantes hôtes. Parmi les différentes méthodes de modification génétique, la conjugaison bactérienne semble un moyen efficace pour permettre l’échange de matériel génétique chez plusieurs actinomycètes. Ainsi, la souche Escherichia coli ET12567, fréquemment utilisée lors des conjugaisons intergénériques avec diverses actinobactéries, dont Streptomyces, Amycolatopsis, Kitasatospora et Micromonospora, semble une bonne candidate pour servir de bactérie donneuse lors des conjugaisons intergénériques. Comme l'utilisation d'une souche donneuse auxotrophe permet de faciliter l'étape de contre-sélection, la mutation dapA, codant pour la synthèse de l'acide diaminopimélique (DAP), sera introduite chez E. coli ET12567/pUZ8002. Étant donné que le DAP est un constituant essentiel de la paroi de peptidoglycane et un précurseur de la lysine, cette souche sera totalement dépendante de l'ajout de DAP exogène dans le milieu de culture. Ainsi, la contre-sélection se fera simplement en cessant l'ajout de DAP, rendant cette étape non seulement plus facile et efficace, mais aussi permettant d'éviter l'utilisation d'antibiotique. La croissance des exconjugants peut ainsi se faire dans des conditions optimales, ce qui est particulièrement intéressant pour les actinomycètes présentant une croissance lente comme c'est le cas pour Frankia. Les résultats obtenus montrent que l'utilisation de l'acide nalidixique est moins efficace que la déplétion en DAP pour contre-sélectionner la souche donneuse après conjugaison. L'utilisation d'un mutant ΔdapA comme alternative à l'utilisation d'antibiotique rend la conjugaison bactérienne accessible à un plus large spectre de microorganismes potentiellement sensibles à l'acide nalidixique. Il est clair que les stratégies de clonage qui seront développées auront un impact significatif sur la recherche fondamentale et appliquée chez les actinomycètes, permettant des analyses fonctionnelles des gènes d’intérêts, que ce soit par interruption ou remplacement de gènes ou encore par complémentation génique.

Enrichissement du didacticiel "Des médias et des mots" description des principales difficultés orthographiques et syntaxiques présentes dans les médias écrits québécois

Le principal objectif de notre mémoire de maîtrise, de type production, visait à enrichir le contenu du didacticiel Des médias et des mots par la production d'une série de fiches traitant de difficultés d'ordre orthographique et syntaxique ainsi que des mots touchés par les Rectifications orthographiques. Ce didacticiel, hébergé dans le site ayant pour adresse http://catifq.usherbrooke.ca/didacticielmedia, a été créé pour répondre aux besoins des journalistes, rédacteurs et animateurs de la presse écrite et présente de façon ludique des fiches d'exercice concernant des difficultés langagières tirées de contextes réels d'utilisation et accompagnées de solutions de rechange et d'un commentaire explicatif. Afin de respecter le critère de contextes réels d'emploi, nous avons procédé, avant le travail de rédaction des fiches, au repérage dans un corpus représentatif de textes journalistiques québécois des principales difficultés orthographiques et syntaxiques, c'est-à-dire celles qui posent problème par rapport à la"norme" du français écrit et dont l'utilisation était récurrente. Cette étape a été effectuée au moyen d'une liste d'écarts constituée à partir des difficultés de la langue française abordées dans les cours de français normatif que nous donnons au Département des lettres et communications de l'Université de Sherbrooke et regroupées dans 22 catégories différentes. L'inventaire des difficultés langagières rencontrées dans le discours journalistique québécois nous a, par la suite, amenée à analyser les usages linguistiques observés. Ainsi, nous avons pu établir que l'utilisation de la préposition représente le problème le plus récurrent dans les textes journalistiques. L'emploi du verbe (accord et conjugaison), des participes passés des verbes pronominaux et du trait d'union apparaît aussi comme une difficulté très importante dans ce genre de discours. Enfin, les données recueillies concernant le genre des substantifs, quelques cas d'orthographe d'usage de même que l'emploi de l'apostrophe, des adjectifs de couleur, des adjectifs verbaux, des déterminants numéraux, de demi, de même, des participes passés autres que ceux des pronominaux, de quel que/ quelque, de quoi que/ quoique, et de tout confirment le fait que ces notions posent problème aux journalistes.

L'aménagement durable des milieux ruraux québécois

Au Québec, comme ailleurs au Canada et sur la planète, le monde s’urbanise et c’est maintenant plus de la moitié de la population qui habite en ville. Malgré tout, c’est plus du quart de la population québécoise qui vit encore aujourd’hui dans un milieu rural. Cet essai a comme objectif général de dégager les critères nécessaires à la réussite pour un aménagement durable des milieux ruraux québécois. Les critères ainsi dégagés sont présentés en fonction des différentes échelles d’intervention en aménagement du territoire qui ont été développées en tenant compte du contexte rural dans lequel s’inscrit cet essai. De nos jours, les milieux ruraux québécois sont en pleine mutation. Au-delà des importants changements démographiques et économiques, c’est tout l’aménagement, l’occupation et le rapport au territoire qui se métamorphose. Dévitalisation, pressions sur les écosystèmes et sur la zone agricole, banalisation des paysages, dégradation du patrimoine, perte du sentiment d’appartenance et diminution du bien-être collectif sont quelques-uns des éléments annonciateurs d’un aménagement territorial qui n’est pas soutenable. Malgré les menaces qui planent, la viabilité de l’occupation du territoire ne semble pas être une priorité pour les décideurs et bon nombre de citoyens, qu’ils soient ruraux ou urbains. Or, bien que les impacts liés à l’aménagement et l’occupation du territoire sur la qualité de vie des citoyens et sur les milieux naturels soient différents à la campagne qu’en ville, les municipalités et les régions rurales ont elles aussi la possibilité de se développer de façon durable. Après la réalisation d’un portrait du milieu rural québécois, une mise en contexte définissant quelques concepts clés est faite, où sont notamment expliquées les échelles d’intervention en matière d’aménagement du territoire. Par la suite, un état des lieux est réalisé et les problématiques de l’aménagement actuel des milieux ruraux québécois sont dégagées. Puis, en fonction des échelles d’intervention retenues, un recensement des bonnes pratiques en matière d’aménagement durable des milieux ruraux québécois est réalisé. Ainsi, pour les collectivités rurales, il est tout d’abord préconisé de mettre en œuvre les bonnes pratiques exposées. D’autres recommandations s’attardent à certains éléments jugés nécessaires à la mise en œuvre de ces bonnes pratiques. Parmi celles-ci, on note la reconnaissance de l’importance des milieux ruraux, la puissance de la mobilisation, la force du caractère rural patrimonial, puis la conjugaison souhaitable de l’innovation et de l’adaptation. Sans aucun doute, cette nouvelle approche visant une occupation et un aménagement durable du territoire rural peut représenter un changement de paradigme pour la collectivité. C’est pourquoi l’aménagement des milieux ruraux québécois doit se faire de façon solidaire, avec intelligence et cohérence.

Vers une compréhension mécanistique de la biocatalyse des composés pharmaceutiques dans des matrices complexes par traitement fongique (Trametes hirsuta)

La présence des contaminants organiques dans l’environnement est une problématique aux enjeux aussi bien scientifiques que politiques. Le caractère diffus et continu (différentes et multiples sources) de cette contamination ne permet pas à ces molécules biologiquement actives d’être soumises à une législation. Ces molécules, pouvant être très récalcitrantes, ne sont pas systématiquement éliminées par les systèmes de traitement des eaux conventionnels. Actuellement, de nouveaux procédés biotechnologiques basés sur des enzymes extracellulaires (e.g. Laccase) ou des champignons lignivores permettent l’élimination des composés les plus récalcitrants. Notre compréhension des mécanismes impliqués dans cette élimination reste incomplète. En effet, la biosorption et l’activité des enzymes extracellulaire sont les mécanismes les plus souvent mis en avant pour expliquer l’efficacité des procédés d’élimination fongique, mais ne sont pas capables d’expliquer les performances obtenues pour certains composés pharmaceutiques. Ces lacunes dans nos connaissances sur les mécanismes responsables de l’élimination fongique des contaminants organiques sont un frein à la pleine exploitation de ces procédés de traitement. De plus, il est forcé d’admettre qu’un grand nombre de travaux portant sur l’élimination fongique de contaminants organiques ont été réalisés dans des conditions de hautes concentrations, qui peuvent être peu représentatives des matrices environnementales. Ainsi, les effets observés à plus forte concentration peuvent etre le résultat dû au stress de l’organisme au contact des contaminants (toxicités). Cette thèse adresse deux questions ; ainsi quelle est l’influence des concentrations traces sur de tels procédés ? Et comment expliquer l’élimination de certains contaminants organiques lors des traitements fongiques ? Afin d’apporter des éléments de réponse sur les mécanismes mis en jeux lors de l’élimination fongique, les travaux présentés ici ont été réalisés sur un modèle de champignon lignivore connu pour ses propriétés en bioremediation. Dans un premier temps, un développement analytique permettant la quantification d’une sélection de contaminants organiques à l’état de traces a été réalisé. Cette méthode a permis d’effectuer des analyses de ces molécules à partir d’un seul échantillon environnemental de faible biomasse et à partir d’une seule injection instrumentale. Les résultats de cette thèse démontrent que l’élimination fongique de contaminants organiques résulte de mécanismes plus complexes que précédemment décrits. Notamment, la dégradation est fortement dépendante d’une étape initiale d’internalisation du contaminant par l’organisme ciblé et de la dégradation intracellulaire. Les mécanismes impliqués peuvent ainsi donnés lieux à des réactions de conjugaison intracellulaire des molecules (glucuronide, glutathione). Les résultats démontrent également que ces procédés d’élimination fongique sont efficaces sur une large gamme de concentration en contaminants organiques. Cependant, les faibles concentrations modifient les propriétés physico-chimiques et biologiques de l’organisme testé (i.e. un changement de la morphologie et du profil de la production enzymatique). La réponse biologique n’étant pas directement proportionnelle a l’exposition en contaminant. Cette étude a permis d’accroitre notre compréhension des mécanismes impliqués dans la dégradation fongique de contaminants organiques. Ceci ouvre la voie à de nouvelles études portant sur les interactions entre processus intra — et extracellulaires. Cette thèse contribue également à l’amélioration des connaissances en offrant des outils de compréhension nécessaire à l’optimisation et au développement du potentiel de ces procédés biotechnologiques (ciblage et role des enzymes réeellement impliquées dans les réactions de biocatalyse).

Développement d’outils moléculaires pour la tomographie d’émission par positrons

Résumé : L’imagerie TEP est une modalité puissante qui permet de suivre d’infimes concentrations de traceurs marqués pour la détection de cancers et d’autres pathologies. Il y a actuellement un intérêt croissant pour le développement de peptides comme outils diagnostiques et de traitement en oncologie. Cet intérêt se justifie entre autres par le fait que les peptides sont tolérants à la présence de chélateurs bifonctionnels ou de groupements prosthétiques pour le marquage avec divers radiométaux (64Cu, T1/2 = 12,7 h, 68Ga, T1/2 = 68 min, etc.) ou le 18F (T1/2 = 109,8 min) sans perte de leur activité biologique. L’objectif des travaux rapportés dans ce document était de développer des outils moléculaires innovateurs et efficaces qui facilitent le marquage de peptides pour l’imagerie TEP. Il s’agit spécifiquement d’un chélateur bifonctionnel et d’une méthode de conjugaison rapide et sélective de groupe prosthétique. Sur un volet, un chélateur bifonctionnel analogue de la lysine avec des ligands méthylhydroxamates a été synthétisé en solution par double bisalkylation. Les résultats préliminaires indiquent une faible chélation avec le Cu(II), mais sont à poursuivre avec les 68Ga et 89Zr. Pour le second volet de radiomarquage au 18F, les procédures synthétiques ont été optimisées en deux étapes, soient le marquage du groupe prothétique et sa conjugaison au peptide. Tout d’abord, des conditions de marquage par une réaction de SNAr en présence de 18F- ont été développées pour donner le groupe prosthétique 18F-thioester nécessaire à la conjugaison. Par la suite, sa conjugaison au peptide par la réaction de ligation chémosélective, ce qui implique trois étapes 1) une transthioestérification favorisée entre les groupements thioester et thiol des segments de peptides; 2) un réarrangement irréversible de l’intermédiaire thioester en N-(oxyalkyl)amide, suivi; 3) du clivage de l’auxiliaire. Par les présents travaux, il a été prouvé que la nouvelle méthodologie en un seul pot réactionnel accélère la réaction et permet le marquage au 18F de peptides non protégés, limitant ainsi les réactions secondaires et le nombre d’étapes après le marquage des peptides. La conjugaison du groupe prothétique à un composé et un peptide modèle se produit en 26-55 min comparativement aux 48 h des conditions originales rapportées. La méthode proposée permet également le marquage de peptides non protégés. Dans le futur, le chélateur bifonctionnel et le groupe prothétique seront conjugués à différents dérivés peptidiques ciblant des récepteurs impliqués dans le cancer et des tests de compétition, de saturation, de biodistribution et d’imagerie µTEP seront effectués.