Nouvelle souche donneuse pour la conjugaison intergénérique avec les actinobactéries

Les actinomycètes filamenteux du sol appartenant au genre Frankia peuvent vivre librement en tant que saprophytes, ou encore s'associer aux racines de plantes pour former une symbiose. Malgré leur importance écologique et l'intérêt biologique qu'ils suscitent, plusieurs aspects de la biologie des Frankiaceae demeurent mal compris. Ceci est dû, entre autres, à leur faible taux de génération et à la difficulté de maintenir des cultures en croissance active, mais surtout, à l’absence d’outils génétiques fonctionnels et efficaces pour les étudier. En raison de l’importance environnementale de Frankia, la mise au point d’un système de modification génétique chez cette actinobactérie est devenue essentielle pour procéder à l’analyse fonctionnelle des gènes d’intérêt et étudier plus efficacement la physiologie et les interactions de ce symbiote actinorhizien avec ses plantes hôtes. Parmi les différentes méthodes de modification génétique, la conjugaison bactérienne semble un moyen efficace pour permettre l’échange de matériel génétique chez plusieurs actinomycètes. Ainsi, la souche Escherichia coli ET12567, fréquemment utilisée lors des conjugaisons intergénériques avec diverses actinobactéries, dont Streptomyces, Amycolatopsis, Kitasatospora et Micromonospora, semble une bonne candidate pour servir de bactérie donneuse lors des conjugaisons intergénériques. Comme l'utilisation d'une souche donneuse auxotrophe permet de faciliter l'étape de contre-sélection, la mutation dapA, codant pour la synthèse de l'acide diaminopimélique (DAP), sera introduite chez E. coli ET12567/pUZ8002. Étant donné que le DAP est un constituant essentiel de la paroi de peptidoglycane et un précurseur de la lysine, cette souche sera totalement dépendante de l'ajout de DAP exogène dans le milieu de culture. Ainsi, la contre-sélection se fera simplement en cessant l'ajout de DAP, rendant cette étape non seulement plus facile et efficace, mais aussi permettant d'éviter l'utilisation d'antibiotique. La croissance des exconjugants peut ainsi se faire dans des conditions optimales, ce qui est particulièrement intéressant pour les actinomycètes présentant une croissance lente comme c'est le cas pour Frankia. Les résultats obtenus montrent que l'utilisation de l'acide nalidixique est moins efficace que la déplétion en DAP pour contre-sélectionner la souche donneuse après conjugaison. L'utilisation d'un mutant ΔdapA comme alternative à l'utilisation d'antibiotique rend la conjugaison bactérienne accessible à un plus large spectre de microorganismes potentiellement sensibles à l'acide nalidixique. Il est clair que les stratégies de clonage qui seront développées auront un impact significatif sur la recherche fondamentale et appliquée chez les actinomycètes, permettant des analyses fonctionnelles des gènes d’intérêts, que ce soit par interruption ou remplacement de gènes ou encore par complémentation génique.

Alternatives aux méthodes de déglaçage utilisées au Québec et au Canada

L’objectif de cet essai est de recommander des solutions alternatives aux méthodes de déglaçage présentement utilisées au Québec et au Canada. Actuellement, les routes hivernales sont maintenues sécuritaires grâce à l’épandage de sels de voirie et d’abrasifs. Le chlorure de sodium et le chlorure de calcium sont les plus utilisés sur les routes, en partie en raison de leurs faibles coûts. Or, les impacts négatifs d’une libération massive d’ions chlorure dans l’environnement sont nombreux. La perturbation de l’équilibre osmotique du sol menant à un dérèglement végétal, l’augmentation de la salinité de l’eau nuisant aux organismes aquatiques vertébrés et l’érosion accélérée du sol n’en sont que quelques-unes. En prime, les répercussions économiques reliées à la corrosion des véhicules et des structures routières, telles que les ponts et viaducs, causées par l’épandage de sels de voirie sont importantes. Ainsi, l’utilisation de méthodes alternatives peut limiter les impacts engendrés par les sels de voirie. Les recommandations sont divisées en deux catégories. D’une part, des recommandations sont formulées en lien avec l’épandage de produits de remplacements aux sels de voirie. L’exploitation du potentiel de l’extrait de betterave est suggérée. L’entretien hivernal des ponts et viaducs à l’aide de produits non corrosifs tels que les acétates est proposé, tout comme le traitement des piles d’abrasifs avec un produit comportant un pourcentage d’extrait de maïs. D’autre part, des recommandations concernant l’optimisation des méthodes employées et les visions environnementales à adopter en entretien hivernal sont formulées. Elles consistent à augmenter le nombre de villes québécoises participantes à la Stratégie québécoise pour une gestion environnementale des sels de voirie et de villes canadiennes éligibles au Code de pratique pour la gestion des sels de voirie, de miser en premier lieu sur l’amélioration des méthodes d’entretien hivernal dans les zones vulnérables prioritaires, de prendre en compte le cycle de vie des composés alternatifs et enfin d’effectuer une réduction à la source des émissions de sels de voirie dans l’environnement. Enfin, puisqu’aucune solution idéale n’existe, la solution réside en l’amélioration des méthodes actuelles et l’utilisation d’une combinaison d’alternatives, chacune jouant un rôle dans une situation qui lui est propre pour atténuer des impacts causés par l’épandage de sels de voirie.

Apports de la texture multibande dans la classification orientée-objets d'images multisources (optique et radar).

Résumé : La texture dispose d’un bon potentiel discriminant qui complète celui des paramètres radiométriques dans le processus de classification d’image. L’indice Compact Texture Unit (CTU) multibande, récemment mis au point par Safia et He (2014), permet d’extraire la texture sur plusieurs bandes à la fois, donc de tirer parti d’un surcroît d’informations ignorées jusqu’ici dans les analyses texturales traditionnelles : l’interdépendance entre les bandes. Toutefois, ce nouvel outil n’a pas encore été testé sur des images multisources, usage qui peut se révéler d’un grand intérêt quand on considère par exemple toute la richesse texturale que le radar peut apporter en supplément à l’optique, par combinaison de données. Cette étude permet donc de compléter la validation initiée par Safia (2014) en appliquant le CTU sur un couple d’images optique-radar. L’analyse texturale de ce jeu de données a permis de générer une image en « texture couleur ». Ces bandes texturales créées sont à nouveau combinées avec les bandes initiales de l’optique, avant d’être intégrées dans un processus de classification de l’occupation du sol sous eCognition. Le même procédé de classification (mais sans CTU) est appliqué respectivement sur : la donnée Optique, puis le Radar, et enfin la combinaison Optique-Radar. Par ailleurs le CTU généré sur l’Optique uniquement (monosource) est comparé à celui dérivant du couple Optique-Radar (multisources). L’analyse du pouvoir séparateur de ces différentes bandes à partir d’histogrammes, ainsi que l’outil matrice de confusion, permet de confronter la performance de ces différents cas de figure et paramètres utilisés. Ces éléments de comparaison présentent le CTU, et notamment le CTU multisources, comme le critère le plus discriminant ; sa présence rajoute de la variabilité dans l’image permettant ainsi une segmentation plus nette, une classification à la fois plus détaillée et plus performante. En effet, la précision passe de 0.5 avec l’image Optique à 0.74 pour l’image CTU, alors que la confusion diminue en passant de 0.30 (dans l’Optique) à 0.02 (dans le CTU).

Homéostasie des cofacteurs métalliques de la nitrogénase (molybdène et vanadium) chez Azotobacter vinelandii en présence de matières organique et minérale

La fixation biologique d’azote (réduction du N2 atmosphérique, non biodisponible, en ammonium (NH3) bioassimilable) est catalysée par la métalloenzyme nitrogénase. Cette enzyme existe sous trois isoformes chez la bactérie du sol Azotobacter vinelandii: les nitrogénases au molybdène (Mo), au vanadium (V) et au fer (Fe). L’acquisition des métaux cofacteurs constitue un paramètre d’intérêt majeur car Mo et V sont fortement complexés à la matrice (matière organique et oxydes) ce qui peut limiter leur disponibilité. Ces travaux ont montré que la présence d’acide tannique et d’oxydes de fer entraîne des changements majeurs dans la gestion des métaux cofacteurs (Mo et V) chez A. vinelandii. Les stratégies d’acquisition des métaux cofacteurs sont fortement modifiées en présence de ces complexants avec (i) un changement important de la quantité des metallophores produits ainsi que (ii) une acquisition simultanée de Mo et V dans des conditions traditionnellement considérées comme non limitantes en Mo. Ceci se traduit par un changement important dans l’utilisation des nitrogénases; les niveaux de transcrits élevés des gènes nifD et vnfD, spécifiques des nitrogénases au Mo et au V respectivement, suggèrent une utilisation simultanée de ces isoenzymes pour assurer la fixation d’azote. Ce projet a permis de mettre en évidence que face à un stress métallique, l’utilisation des isoformes de la nitrogénase par A. vinelandii est un processus plus versatile que précédemment décrit et que le coût d’acquisition des métaux dans ces conditions constitue un facteur important de la régulation de l’activité des nitrogénases. Ceci suggère que les nitrogénases alternatives pourraient contribuer à la fixation d’azote de manière plus importante que présentement admis.

Effet du greffage de TiO2 à la surface de fibres de lin sur les propriétés mécaniques d'un composite PLA/fibre de lin longues unidirectionnelles

Les matériaux composites sont utilisés dans beaucoup de domaines pour leurs propriétés mécaniques spécifiques, leur mise en forme facile et leur bas coût. Cependant, lorsque les composites pétro-sourcées sont en fin de vie, le traitement des déchets a un fort impact environnemental. C’est pour cette raison que les industriels se tournent vers des matériaux bio-sourcés. Ils souhaitent ainsi abaisser le coût des matières premières mais aussi se donner une image plus « verte » grâce à l’utilisation de matériaux renouvelables et/ou compostables. Le projet présenté s’inscrit dans dans cette optique où il est question d’élaborer de nouveaux composites à renfort et matrices bio-sourcés et tout particulièrement des composites fibre de lin/acide polylactique (PLA). Ces derniers sont généralement appelés bio-composites. L’originalité de cette étude réside dans le traitement des fibres de lin afin de les compatibilité avec la matrice PLA. Le traitement consiste au greffage de dioxyde de titane sur la surface de fibres de lin fonctionnalisée par oxydation au TEMPO. Ces fibres longues sont ensuite utilisées comme renfort sous forme de tissu unidirectionnel dans la matrice PLA. Le comportement mécanique en traction, flexion et la résistance à l’impact de ces biocomposites sont étudiés afin d’analyser l’influence du traitement des fibres sur leur performances.

Évaluation de la modélisation de la taille de grain de neige du modèle multi-couches thermodynamique SNOWPACK: implication dans l'évaluation des risques d'avalanches

Résumé: L’Institut pour l'étude de la neige et des avalanches en Suisse (SLF) a développé SNOWPACK, un modèle thermodynamique multi-couches de neige permettant de simuler les propriétés géophysiques du manteau neigeux (densité, température, taille de grain, teneur en eau, etc.) à partir desquelles un indice de stabilité est calculé. Il a été démontré qu’un ajustement de la microstructure serait nécessaire pour une implantation au Canada. L'objectif principal de la présente étude est de permettre au modèle SNOWPACK de modéliser de manière plus réaliste la taille de grain de neige et ainsi obtenir une prédiction plus précise de la stabilité du manteau neigeux à l’aide de l’indice basé sur la taille de grain, le Structural Stability Index (SSI). Pour ce faire, l’erreur modélisée (biais) par le modèle a été analysée à l’aide de données précises sur le terrain de la taille de grain à l’aide de l’instrument IRIS (InfraRed Integrated Sphere). Les données ont été recueillies durant l’hiver 2014 à deux sites différents au Canada : parc National des Glaciers, en Colombie-Britannique ainsi qu’au parc National de Jasper. Le site de Fidelity était généralement soumis à un métamorphisme à l'équilibre tandis que celui de Jasper à un métamorphisme cinétique plus prononcé. Sur chacun des sites, la stratigraphie des profils de densités ainsi des profils de taille de grain (IRIS) ont été complétés. Les profils de Fidelity ont été complétés avec des mesures de micropénétromètre (SMP). L’analyse des profils de densité a démontré une bonne concordance avec les densités modélisées (R[indice supérieur 2]=0.76) et donc la résistance simulée pour le SSI a été jugée adéquate. Les couches d’instabilités prédites par SNOWPACK ont été identifiées à l’aide de la variation de la résistance dans les mesures de SMP. L’analyse de la taille de grain optique a révélé une surestimation systématique du modèle ce qui est en accord avec la littérature. L’erreur de taille de grain optique dans un environnement à l’équilibre était assez constante tandis que l’erreur en milieux cinétique était plus variable. Finalement, une approche orientée sur le type de climat représenterait le meilleur moyen pour effectuer une correction de la taille de grain pour une évaluation de la stabilité au Canada.

Étude du vocabulaire traitant d'un fait d'actualité internationale : cas du dossier nucléaire iranien dans la presse écrite québécoise et française

Dans le cadre de ce mémoire, nous nous sommes intéressée au vocabulaire utilisé par la presse francophone, à savoir française et québécoise, lorsqu'elle traite d'un fait d'actualité internationale. L'objectif de la présente étude exploratoire est de vérifier si l'information diffusée par la presse écrite quotidienne au Québec, concernant le dossier nucléaire iranien, est différente de celle diffusée par la presse écrite quotidienne française. Cette vérification a été faite à partir d'un corpus de textes publiés par deux quotidiens québécois, La Presse et Le Devoir, et deux quotidiens français, Le Monde et Le Figaro. Le but de notre recherche était de procéder à l'analyse du vocabulaire employé par ces quatre quotidiens lorsqu'ils diffusent l'information touchant le dossier nucléaire iranien. Nous nous sommes intéressée à la sélection et à la distribution des mots-clés composant le discours de ces quotidiens diffusés au Québec et en France. Nous avions posé l'hypothèse suivante : l'information internationale diffusée au public québécois est différente de celle diffusée en France, et cette différence est perceptible par le vocabulaire employé. Pour considérer cette question de recherche, nous avons constitué un corpus composé de tous les articles publiés par deux quotidiens français, Le Figaro et Le Monde, et par deux quotidiens québécois, La Presse et Le Devoir traitant du dossier nucléaire iranien, entre le 14 et le 31 janvier 2006. Ces articles ont été soumis à une analyse statistique textuelle effectuée à l'aide du logiciel Alceste. Le vocabulaire employé pour la diffusion des informations touchant le dossier nucléaire iranien s'est avéré différent dans les quotidiens français et québécois. Ces différences sont effectivement perceptibles par le degré d'importance donnée aux mots constituant ce vocabulaire et par leur distribution dans les textes de chaque quotidien étudié. Notre étude se distingue des démarches d'analyse dans lesquelles la subjectivité du chercheur n'est pas suffisamment contrôlée aux endroits névralgiques du processus de recherche. Grâce à l'analyse statistique des données textuelles appliquée à notre corpus, nous sommes en mesure d'appuyer notre interprétation des textes sur des données factuelles. L'étude de la distribution des formes (mots) dans les textes nous a permis de retracer puis de décrire les différentes tendances inscrites dans un corpus traitant d'un même fait d'actualité. En d'autres termes, cette étude de la distribution des formes nous a permis de mettre en évidence des sous thèmes, des dimensions, des pôles du discours, des tendances préférentielles dans le traitement de la même information. Ainsi, Le Figaro s'est intéressé davantage au volet économique et militaire du dossier iranien; La Presse, à la proposition russe d'enrichir l'uranium iranien sur son propre sol et à l'aspect technique et scientifique de la technologie nucléaire; Le Devoir, aux efforts diplomatiques et à la technologie nucléaire, et enfin, Le Monde, qui s'est particulièrement intéressé au discours de Chirac et à l'inflexion de la doctrine de dissuasion française, a pu rendre compte de toutes les facettes du sujet. Notre hypothèse se confirme donc : l'information, concernant le dossier nucléaire iranien, diffusée au public québécois est différente de celle diffusée en France, et cette différence est perceptible par le vocabulaire employé.