Criblage génétique à la recherche de nouveaux gènes essentiels influençant l’homéostasie des télomères chez Saccharomyces cerevisiae : Un défi de tailles.

Résumé : Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, la régulation de la longueur des télomères témoigne de la compensation entre mécanismes d'érosion (exonucléases, réplication semi-conservative et résection), facteurs d’élongation (la télomérase, transcriptase inverse à l'action retrouvée dans 90% des cancers humains) et actions de diverses protéines de régulation télomérique spécifiques, conférant aux télomères leur caractère de « capuchon » protégeant les extrémités des chromosomes eucaryotes. Afin de savoir si les gènes impossibles à déléter, car essentiels à la survie cellulaire, jouent aussi un rôle sur l’homéostasie télomérique, j'ai réalisé un criblage génétique utilisant des mutants tet-off de la levure pour lesquels la sous-expression considérable d'un gène essentiel a été induite de façon conditionnelle. Ceci permet d’étudier les effets qui en résultent sur l’homéostasie des télomères. Au total, mon travail a traité plus de 662 gènes essentiels pour lesquels j'ai analysé le phénotype de longueur des télomères de manière qualitative par comparaison des télomères de souches mutées par rapport à ceux de souches de type sauvage. Puis, grâce à l’amélioration technique que j'ai mise au point, la quantification de la taille des répétitions télomériques de 300 de ces souches a déjà pu être précisément analysée. Il est notable que tous les gènes essentiels étudiés ici ont des effets très différents qui résultent en des chromosomes possédant des télomères de longueur très inégale. Pour près de 40% des mutants analysés, les tailles de télomères sont apparues critiquement différentes de celles normalement présentées par la levure, beaucoup de ces gènes essentiels étant impliqués dans des mécanismes affectant le cycle cellulaire, la réparation, etc. La majorité des gènes criblés apporte un important complément d’information dans une littérature presque inexistante sur les effets de gènes essentiels de la levure au niveau de la biologie des télomères. C’est le cas des mutations de YHR122W (montrant des télomères long) et YOR262W (télomères courts), deux gènes qui sont apparus d'après mes résultats nécessaires au maintien de l'homéostasie télomérique (prenant place dans un grand ensemble de gènes que j’ai dénommé gènes ETL pour Essential for Telomere Length Maintenance).

Évaluation de la performance des règles de gestion d'un réservoir de production hydroélectrique mises à jour à l'aide de la programmation dynamique stochastique et d'un modèle hydrologique

L’entreprise Rio Tinto effectue la gestion du système hydrique de la rivière Nechako, situé en Colombie-Britannique (Canada), à partir de règles de gestion optimisées à l’aide d’un algorithme de programmation dynamique stochastique (PDS) et de scénarios d’apports historiques. Les récents développements en recherche opérationnelle tendent à démontrer que la mise à jour des règles de gestion en mode prévisionnel permet d’améliorer la performance des règles de gestion lorsque des prévisions d’ensemble sont utilisées pour mieux cerner les incertitudes associées aux apports à venir. La modélisation hydrologique permet de suivre l’évolution d’un ensemble de processus hydrologiques qui varient dans le temps et dans l’espace (réserve de neige, humidité du sol, etc.). L’utilisation de modèles hydrologiques, en plus d’offrir la possibilité de construire des prévisions d’ensemble qui tiennent compte de l’ensemble des processus simulés, permet de suivre l’évolution de variables d’état qui peuvent être utilisées à même l’algorithme d’optimisation pour construire les probabilités de transition utiles à l’évaluation de la valeur des décisions futures. À partir d’un banc d’essais numériques dans lequel le comportement du bassin versant de la rivière Nechako est simulé à l’aide du modèle hydrologique CEQUEAU, les résultats du présent projet démontrent que la mise à jour des règles avec l’algorithme de PDS en mode prévisionnel permet une amélioration de la gestion du réservoir Nechako lorsque comparée aux règles optimisées avec l’algorithme en mode historique. Le mode prévisionnel utilisant une variable hydrologique combinant un modèle autorégressif d’ordre 5 (AR5) et la valeur maximale de l’équivalent en eau de la neige (ÉENM) a permis de réduire les déversements non-productifs et les inondations tout en maintenant des productions similaires à celles obtenues à l’aide de règles optimisées en mode historique utilisant l’ÉENM comme variable hydrologique. De plus, les résultats du projet démontrent que l’utilisation de prévisions hydrologiques d’ensemble en mode historique pour construire une variable hydrologique permettant d’émettre une prévision du volume d’apport médian pour les huit mois à venir (PVAM) ne permettait pas d’obtenir des résultats de gestion supérieurs à ceux obtenus avec la variable d’ÉENM.

Première phase d’un programme de recherche sur l’utilisation de vasopresseurs en traumatologie : étude observationnelle et revue systématique

Résumé : Les réanimateurs ont recours à des interventions à la fois médicales et chirurgicales en contexte de choc traumatique. Le rôle des vasopresseurs dans cette prise en charge est controversé. Alors que les lignes directrices américaines considèrent que les vasopresseurs sont contre-indiqués, certains experts européens en encouragent l’utilisation pour diminuer le recours aux liquides intraveineux. Avant d’élaborer un essai clinique, il importe de comprendre la pratique actuelle à laquelle se comparera une intervention expérimentale, ainsi que de connaître le niveau d’incertitude dans la littérature entourant la question de recherche. Le Chapitre 2 de ce travail présente une étude observationnelle effectuée dans un centre régional de traumatologie québécois. Cette étude documente les pratiques de réanimation adoptées par les équipes de traumatologie en 2013, particulièrement le recours aux liquides intraveineux et aux vasopresseurs. Les résultats démontrent que les vasopresseurs ont été utilisés chez plus de 40% des patients, particulièrement les victimes de traumatismes crâniens (RC 10.2, IC 95% 2.7-38.5). De plus, les vasopresseurs ont été administrés dans les phases précoces de la réanimation, soit avant l’administration d’un volume important de liquides. Le Chapitre 3 présente une revue systématique portant sur l’utilisation précoce de vasopresseurs en traumatologie. Les bases de données MEDLINE, EMBASE, CENTRAL et ClinicalTrials.gov ont été interrogées, ainsi que les abrégés présentés dans les conférences majeures en traumatologie depuis 2005. La sélection des études et l’extraction des données ont été effectuées en duplicata. Aucune donnée interprétable n’a pu être extraite des études observationnelles et le seul essai clinique identifié n’avait pas une puissance suffisante (RR de mortalité avec vasopresseurs 1.24, IC 95 % 0.64-2.43). Cette synthèse met en lumière l’incertitude scientifique sur le rôle des vasopresseurs en traumatologie. Les vasopresseurs ont des bénéfices potentiels importants, puisqu’ils permettent entre autres de supporter étroitement l’hémodynamie des patients. En revanche, ils présentent aussi un fort potentiel de dangerosité. Ils sont utilisés fréquemment, malgré l’absence de données sur leurs risques et bénéfices. Ces trouvailles établissent clairement la pertinence clinique et le bien-fondé éthique d’un essai clinique sur le rôle des vasopresseurs dans la prise en charge précoce des victimes de traumatismes.

Un modèle pour les algorithmes avec retour sur trace dans les tuteurs par traçage de modèles

La présente thèse décrit des travaux de recherches effectués sur des systèmes tutoriels intelligents (STI) et plus précisément sur les tuteurs par traçage de modèle (MTT). Les travaux de recherche présentés ici s’intéressent à la conception de MTT pour des domaines dans lesquels les étudiants peuvent résoudre la tâche qui leur est assignée de plusieurs façons. Ces domaines comportent parfois des algorithmes avec retour sur trace lorsque l’étudiant ne sait pas forcément quelles sont les alternatives qui feront progresser correctement l’état de la tâche.Cette thèse présente dans un premier temps un système de représentation de connaissances pour les algorithmes avec retour sur trace qui rend les connaissances de cet algorithme exploitables par des agents logiciels. Elle présente dans un second temps un ensemble de processus qui exploitent ces connaissances dans le cadre de MTT pour assurer automatiquement le suivi de l’étudiant et ainsi que la production d’interventions pédagogiques. En premier, ces interventions consistent à fournir à l'étudiant de l’aide pour la prochaine étape qui explique quelles sont les possibilités dont dispose l'étudiant et comment déterminer laquelle est la meilleure. En deuxième, elles fournissent à l'étudiant des rétroactions stratégiques qui lui confirment que son action est valide tout en l’informant de l’existence d’une meilleure alternative le cas échéant. Enfin, elles fournissent à l'étudiant des rétroactions négatives qui lui apprennent dans quelles situations les actions invalides qu’il vient d’effectuer s’appliquent.Une expérimentation a été réalisée avec des étudiants de biologie de l’Université de Sherbrooke pour évaluer les effets de ces interventions sur les choix des étudiants au cours de la résolution de la tâche. Les résultats de cette expérience montrent que les étudiants bénéficiant de ces interventions effectuent plus souvent des choix optimaux, et démontrent ainsi une plus grande maîtrise du domaine.

L’influence d’un algorithme de référence en examen clinique sur l’amélioration des compétences en examen clinique et sur la pensée critique des stagiaires en soins infirmiers

L’examen clinique est un aspect primordial du rôle de l’infirmière et de l’infirmier. Toutes interventions découlent de cette évaluation. Afin de bien déterminer les interventions appropriées, les infirmières et infirmiers doivent également développer une pensée critique. Ces deux concepts sont interdépendants et doivent être intégrés dans l’enseignement de la pratique infirmière. L’expérience de la chercheuse et différentes études ont révélées que enseignement de l’examen clinique et de la pensée critique est un défi quotidien pour les enseignantes et enseignants aux collégial. Beaucoup de notions portant sur l’examen physique sont enseignées mais très peu sont utilisées dans les milieux de stage. Afin d’intégrer le processus d’évaluation clinique et de pensée critique chez les stagiaires, une activité d’évaluation clinique consistant à évaluer des patientes et patients dans une clinique école a été instaurée. Après deux sessions d’expérimentation, il a été constaté que les stagiaires présentaient plusieurs lacunes au niveau de l’examen clinique et de la pensée critique. Suite à la lecture d’études concluantes sur l’utilisation d’algorithmes afin de guider des étudiantes et étudiants, un algorithme de référence en examen clinique (AREC) a été élaboré afin d’aider les stagiaires à effectuer un examen clinique en utilisant une pensée critique. L’AREC a été expérimenté auprès de stagiaires de cinquième session en soins infirmiers au collégial dans le cadre du cours en soins ambulatoires. Les stagiaires pouvaient se référer à l’AREC lors de l’examen clinique afin d’effectuer une évaluation plus précise et complète. De plus, l’utilisation de l’AREC devait permettre aux stagiaires de se questionner dans le processus et d’améliorer leur pensée critique. L’expérimentation auprès de 18 stagiaires ne permet pas de généraliser les résultats mais des pistes intéressantes en sont ressorties. Il semble avoir une amélioration de l’examen clinique au niveau de la pertinence et de la structure mais les résultats restent tout de même faibles dans l’ensemble. Le médecin de la clinique abonde dans le même sens. Au niveau de la pensée critique, l’amélioration perceptible semble plus influencée par les questionnements spécifiques et réguliers de la chercheuse lors de l’expérimentation que par l’utilisation de l’AREC. De plus, les caractéristiques personnelles de chacun des stagiaires semblent influencer le niveau de pensée critique qu’ils démontrent. Par contre, les stagiaires semblent considérer que l’AREC a été favorable pour l’exécution de l’examen clinique ainsi que pour l’amélioration de la pensée critique. Ils semblent avoir apprécié son utilisation et suggèrent des pistes de solutions intéressantes pour son amélioration. Quelques recommandations pour l’enseignement émanent de cette expérimentation. L’enseignement de l’examen clinique avec l’AREC dès le début de la formation pourrait être plus efficace et permettre de structurer plus rapidement les stagiaires. En ce qui a trait à la pensée critique, l’utilisation de l’AREC à lui seul ne semble pas favorable au développement de la pensée critique. Par contre, l’enseignement du processus de pensée critique pourrait être fait à l’aide de l’AREC dès le début de formation afin de faire réaliser le type de raisonnement que nous nous attendons des stagiaires. De plus, les enseignantes et enseignants devraient recevoir une formation afin de savoir quelles questions poser pour favoriser le développement de la pensée critique chez les stagiaires.