Modelação lagrangeana dos processos de transporte na Ria Formosa

Apresenta-se um modelo de advecção-difusão do tipo Lagrangeano para a simulação da dispersão de massas de água provenientes de fontes pontuais e descreve-se o modelo hidrodinâmico usado na simulação do escoamento. Estes modelos são utilizados para a caracterização hidrodinâmica da Ria Formosa do ponto de vista da qualidade da água. Tentam-se encontrar razões para os problemas associados aos viveiros de bivalves, sugerindo-se formas de melhorar a qualidade da água.

Análise comparativa das técnicas de transmissão com modulação exterma PDSB, OSSB e OCS

Dissertação de Mestrado, Engenharia Eléctrica e Electrónica, Ramo de Tecnologias de Informação e Telecomunicações, Instituto Superior de Engenharia, Universidade do Algarve, 2009

Filogeografia de Brachidontes puniceus (Gmelin, 1791) no arquipélago de Cabo Verde

Dissertação mest., Biologia Marinha, Universidade do Algarve, 2009

Padrões temporais de fornecimento de Megalopas de Carcinus Maenas na Ria de Aveiro: influência dos ventos e das marés

Dissertação mest., Biologia marinha - Ecologia e conservação marinha, Universidade do Algarve, 2007

A influência do morgadio no povoamento: o caso da freguesia de Cernache do Bonjardim

Nas aldeias da Freguesia de Cernache do Bonjardim, a maioria do povoamento nas zonas planas é disperso e está associado a propriedades agrícolas. Este tipo de povoamento não seria espectável numa zona onde se pratica maioritariamente agricultura de subsistência e onde, noutros tempos, as famílias eram tradicionalmente numerosas. Este território esteve sob a influência do Morgado de Cernache. A forma de distribuição das heranças era peculiar pois existiam alguns bens que não podiam ser vendidos, nem doados e eram herdados pelo primogénito, juntamente com o título. Este tinha a obrigação de sustentar, de dar uma profissão ou de efectuar um casamento que garantisse a subsistência dos seus irmãos. É provável que este ascendente cultural tenha limitado ou condicionado a forma de povoar esta região. Até que ponto isso influenciou o desenho urbano hoje verificado é o objectivo deste artigo.

Ontogeny of behavioural abilities in temperate reef fish larvae

Tese de dout., Ciências do Mar, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2010

Dinâmica da matéria particulada em suspensão na plataforma continental minhota e sua relação com a cobertura sedimentar

Tese de dout., Ciências do Mar, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2001

Métodos de censo de perdiz-vermelha (Alectoris rufa L.) em zonas de alta e baixa densidades

Dissertação de mest., Gestão e Conservação da Natureza, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2006

Padrões verticais e inter-anuais nas assembleias de larvas de peixe junto ao substrato rochoso do Parque Marinho da Arrábida

Dissertação de mest., Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2009

A integração dos assentamentos rurais tradicionais nas regiões urbanas: o exemplo do Algarve Central no Sul de Portugal

Versão em português do artigo submetido com o título “Towards Integrating Rural Vernacular Settlements in Urban Regions: A study of Algarve, Portugal” ao ISVS e-­‐journal em Abril de 2011.

Potential of fisheries restocking off the Algarve coast using aquaculture produced marine fish

Tese de dout., Ciências do Mar, da Terra e do Ambiente (Ecologia Marinha), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2012

Identification of genes regulated by mir-363*, a regulator of bone marrow endothelial cell properties

As células estaminais hematopoiéticas residem na medula óssea e possuem capacidade para se auto-renovar e dar origem a todos os tipos de células sanguíneas. O endotélio da medula óssea é constituído por células endoteliais de medula óssea (BMEC) e compreende dois nichos com funções distintas: o nicho osteoblástico e o nicho vascular. O nicho osteoblásctico proporciona condições para a quiescência de células estaminais hematopoiéticas, enquanto no nicho vascular ocorre proliferação e diferenciação das mesmas. Quando ocorre um desequilíbrio na expressão de genes que codificam para proteínas envolvidas na mobilização de células do nicho osteoblástico para o nicho vascular – factores angiócrinos – ocorre uma desestabilização do microambiente medular, que se pode traduzir num processo tumoral. Os microRNAs (miRNAs) são uma classe de RNAs não codificantes, de cadeia simples, que regula a expressão génica. Os miRNAs são sequências endógenas de RNA que possuem entre 19 e 25 nucleótidos de tamanho. Os miRNAs são reguladores da expressão genica, induzindo o silenciamento a nível da pós-transcrição, através da sua ligação com uma sequência específica para a qual possuem afinidade, na região 3’ não traduzida (3’ UTR) dos seus mRNA alvo, conduzindo à inibição da tradução ou à sua degradação. Os miRNAs estão envolvidos na regulação de genes de diversas vias afectando processos fundamentais como hematopoiese, apoptose, proliferação celular e tumorigénese. Os níveis de expressão dos miRNAs estão alterados no cancro, podendo actuar directamente como supressores de tumor ou como oncogenes, sendo neste caso denominados de oncomirs. Os perfis dos níveis de expressão de vários miRNAs foram estudados, tendo-se verificado que se alteram durante o processo de carcinogénese, podendo actuar directamente como supressores de tumor ou como oncogenes, sendo neste caso denominados de oncomirs. Apesar do miR-363* estar envolvido na regulação da expressão de genes que regulam propriedades das células endoteliais e medula óssea, os genes sobre os quais exerce a sua função ainda não foram identificados.O objectivo do presente estudo é a identificação dos genes directamente regulados pelo miR-363* (genes alvo) e a sua relevância para a disfunção medular e a sua caracterização nos síndromes mielodisplásicos. A estratégia usada baseou-se na redução ou aumento forçados dos níveis de miR-363* em células endoteliais e subsequente análise da expressão génica através de microarrays de cDNA do genoma humano. A redução do miR-363* vai implicar o aumento da expressão dos seus genes alvo, assim como o aumento dos níveis do miR-363* vai induzir a degradação e consequente redução dos seus genes alvos. A intersecção dos dados gerados através do estudo da expressão com bases de dados que possuem algoritmos para previsão de genes alvo directos dos miRNAs (miRBase e MicroCosm Targets) permitiu restringir os genes a analisar a sete genes, nomeadamente BST1, ESAM, FCER1G, IKBKG, SELE, THBS3 e TIMP1. A interacção directa destes candidatos a alvos directos do miR-363* foi posteriormente validada. Para tal, as 3’UTR dos genes foram clonadas num vector que contém o gene da luciferase. Uma vez as clonagens realizadas, efectuaram-se ensaios funcionais em células endoteliais, nomeadamente HUVEC, nas quais se co-transfectaram os vectores gerados, anti-miRs ou pre-miRs (para diminuir ou aumentar o nível de miRNA) e o plasmídeo controlo da Renilla para normalização dos ensaios de luciferase. A variação da luminescência obtida em presença do aumento ou redução do miR-363* deu uma forte indicação da regulação directa do miR-363* nesses alvos. No entanto, a confirmação desta interacção directa foi efectuada através de ensaios de mutagénese, nos quais de induziram mutações na 3’UTR nos locais de ligação do miRNA, seguidos dos ensaios funcionais como acima descritos. Esta estratégia sugere que o TIMP1, inibidor da metaloprotease-9 (MMP-9), é regulado directamente pelo miR-363*. Adicionalmente, os níveis de expressão dos alvos directos do miR-363* foram estudados em 17 amostras de aspirados de medula óssea de doentes com síndromes mielodisplásicos. Os síndromes mielodisplásicos são caracterizados como um grupo heterogéneo de condições, que apresentam citopenias (produção deficiente de eritrócitos, leucócitos e/ou megacariócitos) e medula óssea displástica e hipercelular. A escalonagem dos doentes foi feita de acordo com o sistema de prognóstico IPSS elaborado pela Organização Mundial de Saúde, e que consiste numa tabela de risco de progressão de síndromes mielodisplásicos para leucemia mielóide aguda (LMA) e que agrupa os doentes em baixo risco – que compreende os níveis baixo e intermédio 1 – e em alto risco – que compreende os níveis intermédio 2 e alto. Dos genes regulados pelo miR-363*, o destacam-se o TIMP1, estando aumentando em doentes com mau prognóstico, e o THBS3 que apresenta um aumento nos doentes com prognóstico intermédio. Em suma, os estudos realizados permitiram a identificação de genes regulados pelo miR-363* e contribuiram para o conhecimento de como o miR-363* contribui para a disfunção medular, particularmente em síndromes mielodisplásicos, pela desregulação das propriedades endoteliais.

Contribución al estudio del patrimonio de Cacela: cartografía, arquitectura y paisaje en el contexto del algarve oriental en Portugal

El presente artículo estudia la cartografía de Cacela en el sur de Portugal con el propósito de interpretar su transformación a través del tiempo, considerando la arquitectura, el urbanismo y el paisaje de forma integrada. La lectura de esa transformación se lleva de la mano de las principales cartas de Cacela que coinciden con el inicio del siglo XVII, la aproximación al final del Antiguo Régimen y la transición del siglo XIX al XX, asociando cada uno de estos tiempos a un modo particular de representación. La interpretación de las diferentes cartas está organizada, en términos me- todológicos, a partir del recurso a fuentes escritas de la época, culminando con la elaboración de un dibujo final que contiene la representación del espacio edificado y del paisaje de Cacela a mediados del siglo pasado. Este trabajo se inscribe en una investigación más amplia sobre las aglomeraciones urbanas de pequeña dimensión en las diver- sas subunidades geográficas del sur de Portugal, comprendiendo el paisaje, la morfología urbana y el levantamiento integral de todo el núcleo edificado.

Estudo de metodologias de caracterização de sinais de fluxo sanguíneo em bypass cardíacos

O processamento de sinais de fluxo sanguíneo tem sido objecto de interesse de muitos investigadores, no entanto até este momento, tanto quanto se sabe, não existe caracterização de sinais de ultra-som Doppler de fluxo sanguíneo em vasos cardíacos com inserção de bypass. A presente dissertação, inserida nos objectivos de um projecto de investigação internacional, apresenta as metodologias desenvolvidas com vista à tipificação de sinais ultra-sónicos de fluxo sanguíneo recolhidos em bypass cardíacos e à verificação da variabilidade da composição do sangue artificial com a temperatura ambiente e com a utilização de diferentes marcas dos seus compostos. No que concerne à composição do sangue artificial verifica-se que a utilização de detergentes de marcas diferentes não influencia o espectrograma dos sinais ultra-sónicos; contudo, o glicerol brasileiro possibilita melhor dispersão das partículas de PVC que o glicerol português. Verifica-se também que o aumento da temperatura a que o sangue artificial e o ambiente envolvente se encontram potencia claramente a identificação das envolventes do espectrograma correspondente. Os sinais ultra-sónicos de fluxo sanguíneo foram distinguidos em siglas FL, FR e FT e foram pré-processados removendo-se o ruído de baixas frequências (até 430Hz) e as baixas intensidades de potência (inferiores a um limiar de 35). Após a determinação da envolvente dos ciclos cardíacos, foi calculado o ciclo cardíaco médio de cada sigla. Analisando as características dos ciclos cardíacos médios: tempos de subida e descida do pico máximo, tempo acima da média do ciclo cardíaco médio, índice de pulsatilidade, frequências máxima e média e ainda a duração temporal, conseguiu identificar-se que os sinais FT apresentam durações temporais maiores e um espectrograma maioritariamente acima da frequência média do ciclo cardíaco, os sinais FR apresentam maior índice de pulsatilidade e maiores valores de frequência máxima. Os sinais FL apresentam características intermédias.

Assessment of the mineralogenic toxicity of aquatic pollutants

In ecotoxicology a major focus is in the aquatic environment, not only because it presents a great economic value to man but it is an ecosystem widely affected by the growing anthropogenic pollution. Most of the studies performed relate to adverse effects in development, reproductive or endocrine disruption but little is known about the possible effects in bone formation and skeletal development. In this study, we set out to evaluate the effects of 8 aquatic pollutants on the skeletal development using an in vivo system, the zebrafish larvae aged 20 days post-fertilization, through chronic exposure. Several endpoints were considered such as the cumulative mortality, total length, occurrence of skeletal deformities and marker gene expression. We were able to establish LD50 values for some pollutants, like 3-methylcholanthrene, lindane, diclofenac, cobalt and vanadate and found that the total length was not affected by any of the pollutants tested. Cobalt was the most harmful chemical to affect hatching time, severely affecting the ability of the zebrafish embryos to hatch and overall the number of deformities increased upon exposure to tested chemicals but no patterns of deformities were identified. We also propose that 3-methylcholanthrene has an osteogenic effect, affecting osteoblast and osteoclast function and that op levels can act as a mediator of 3-methylcholanthrene toxic stress to the osteoblast. In turn we found naphthalene to probably have a chondrogenic effect. Our results provided new insights into the potential osteotoxicity of environmental pollutants. Future studies should aim at confirming these preliminary data and at determining mechanisms of osteotoxicity.