Estudo da variabilidade genética de marcadores moleculares ligados ao gene da MGP e sua aplicação para paternidades em Sparus aurata

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Especialização em Biotecnologia Marinha, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2008

Protecção e avaliação de marcadores do stress foto-oxidativo em Ceratonia siliqua L. e Tuberaria major (Willk) P. Silva & Rozeira sob altas temperaturas e défice hídrico

Dissertação mest., Engenharia Biológica, Universidade do Algarve, 2009

Identificação de marcadores moleculares ligados a um gene mutado de resistência ao oídio (Erysiphe pisi Syd.) em ervilha (Pisum sativum L.)

Tese dout., Ciências Agrárias, Universidade do Algarve, 2006

Estudo de metodologias de caracterização de sinais de fluxo sanguíneo em bypass cardíacos

O processamento de sinais de fluxo sanguíneo tem sido objecto de interesse de muitos investigadores, no entanto até este momento, tanto quanto se sabe, não existe caracterização de sinais de ultra-som Doppler de fluxo sanguíneo em vasos cardíacos com inserção de bypass. A presente dissertação, inserida nos objectivos de um projecto de investigação internacional, apresenta as metodologias desenvolvidas com vista à tipificação de sinais ultra-sónicos de fluxo sanguíneo recolhidos em bypass cardíacos e à verificação da variabilidade da composição do sangue artificial com a temperatura ambiente e com a utilização de diferentes marcas dos seus compostos. No que concerne à composição do sangue artificial verifica-se que a utilização de detergentes de marcas diferentes não influencia o espectrograma dos sinais ultra-sónicos; contudo, o glicerol brasileiro possibilita melhor dispersão das partículas de PVC que o glicerol português. Verifica-se também que o aumento da temperatura a que o sangue artificial e o ambiente envolvente se encontram potencia claramente a identificação das envolventes do espectrograma correspondente. Os sinais ultra-sónicos de fluxo sanguíneo foram distinguidos em siglas FL, FR e FT e foram pré-processados removendo-se o ruído de baixas frequências (até 430Hz) e as baixas intensidades de potência (inferiores a um limiar de 35). Após a determinação da envolvente dos ciclos cardíacos, foi calculado o ciclo cardíaco médio de cada sigla. Analisando as características dos ciclos cardíacos médios: tempos de subida e descida do pico máximo, tempo acima da média do ciclo cardíaco médio, índice de pulsatilidade, frequências máxima e média e ainda a duração temporal, conseguiu identificar-se que os sinais FT apresentam durações temporais maiores e um espectrograma maioritariamente acima da frequência média do ciclo cardíaco, os sinais FR apresentam maior índice de pulsatilidade e maiores valores de frequência máxima. Os sinais FL apresentam características intermédias.

Role of Ccbe1 during cardiac differentiation of mouse ESCs

Tese de Doutoramento, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2016

Organic-walled dinoflagellate cysts in recent sediments from the Guadiana river estuary, South-East Portugal

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2007

Mapeamento genómico de um gene de resistência ao míldio em Brassica oleracea L.

Tese dout., Biologia, Universidade do Algarve, 2006

Polycyclic aromatic hydrocarbons and oxidative stress markers in the clam Ruditapes decussatus from the Ria Formosa (Portugal)

Tese dout., Ciências e Tecnologias do Ambiente, Universidade do Algarve, 2007

Estudo do efeito de contaminantes na espécie sentinela, a amêijoa Ruditapes decussatus, por intermédio da análise da expressão proteica: aplicação à monitorização do meio marinho

Tese dout., Ciências e Tecnologias do Ambiente, 2009, Universidade do Algarve

Evolução da produção de leite em pequenos ruminantes: polimorfismos do gene da hormona de crescimento

Os efetivos autóctones de pequenos ruminantes têm vindo a diminuir,em parte devido ao seu baixo potencial produtivo. A necessidade de encontrar formas mais expeditas de aumentar o potencial produtivo das nossas raças, e assim promover a sua manutenção bem como a sustentabilidade dos sistemas extensivos onde são explorados, levou à procura de marcadores moleculares, nomeadamente no gene da hormona de crescimento (GH), associados com a produção e qualidade do leite em pequenos ruminantes. Nas raças ovinas Churra da Terra Quente, Merino da Beira Baixa, Saloia e Serra da Estrela e caprinas Algarvia e Serrana verificou -se que o gene da GH é muito polimórfico, tendo sido encontrados polimorfismos específicos em algumas das raças. Os resultados sugerem que os polimorfismos do gene da GH, entre outros (e.g., nas caseínas), poderão vir a ser utilizados na seleção assistida por marcadores genéticos, de modo a melhorar da produção de leite sem afetar a sua qualidade. Contudo, a resposta à seleção será sempre condicionada pela prática de um correto maneio alimentar dos animais.

Sistemas nanoparticulados e a vetorização de fármacos no tratamento do cancro

O cancro é hoje em dia um dos principais fatores de morbilidade e mortalidade. No ano de 2010, o National Institute of Health estimou os custos associados ao cancro em cerca de 263,8 biliões de dólares. Desta forma, a investigação nesta área continua a procurar formas de otimizar os tratamentos, aliviando o sofrimento dos doentes e reduzindo os custos associados à doença. O tratamento do cancro tem evoluído no sentido de atingir uma maior seletividade para as células tumorais. As limitações associadas à quimioterapia com apenas um fármaco conduziram ao aparecimento de novas estratégias, nas quais se combinam diferentes terapêuticas, com diferentes mecanismos de ação, levando a um efeito sinergístico. Esta estratégia permite a administração de uma menor dose de cada fármaco, diminuindo assim os efeitos adversos. No entanto, existem limitações clínicas para estas terapêuticas convencionais relacionadas com as propriedades dos transportadores das membranas celulares, a baixa biodisponibilidade e a distribuição dos fármacos junto das células tumorais. A pesquisa de novas estratégias tornou-se uma necessidade para a obtenção de uma distribuição mais efetiva e especifica dos fármacos nas células tumorais. Assim, os nanossistemas foram extensamente estudados para aumentar a eficácia dos tratamentos. A nanotecnologia, através da encapsulação dos fármacos, permitiu melhorar os parâmetros farmacocinéticos dos fármacos, tendo ainda a vantagem de se poder fazer uma vetorização para as células tumorais, tendo por base o reconhecimento de recetores.

An integrated and comparative approach to genetic selection of the aquaculture species Dicentrarchus labrax

The European sea bass, Dicentrarchus labrax, is one of the most important marine species cultivated in Southern Europe and has not benefited from selective breeding. One of the major goals in the sea bass (D. labrax) aquaculture industry is to understand and control the complexity of growth associated traits. The aim of the methodology developed for the studies reported in the thesis was not only to establish genetic and genomic resources for sea bass, but to also develop a conceptual strategy to efficiently create knowledge in a research environment that can easily be transferred to the aquaculture industry. The strategy involved; i) establishing an annotated sea bass transcriptome and then using it to, ii) identify new genetic markers for target QTL regions so that, iii) new QTL analysis could be performed and marker based resolution of the DNA regions of interest increased, and then iv) to merge the linkage map and the physical map in order to map the QTL confidence intervals to the sea bass genome and identify genes underlying the targeted traits. Finally to test if genes in the QTL regions that are candidates for divergent growth phenotypes have modified patterns of transcription that reflects the modified whole organism physiology SuperSAGE-SOLiD4 gene expression was used with sea bass with high growth heterogeneity. The SuperSAGE contributed to significantly increase the transcriptome information for sea bass muscle, brain and liver and also led to the identification of putative candidate genes lying in the genomic region of growth related QTL. Lastly all differentially expressed transcripts in brain, liver and muscle of the European sea bass with divergent specific growth rates were mapped to gene pathways and networks and the regulatory pathways most affected identified and established the tissue specific changes underlying the divergent SGR. Owing to the importance of European sea bass to Mediterranean aquaculture and the developed genomics resources from the present thesis and from other studies it should be possible to implement genetic selection programs using marker assisted selection.

The activity of mouse Cerberus like 2 during cardiogenesis - genetic and morphogenetic studies

Cardiogenesis is a delicate and complex process that requires the coordination of an intricate network of pathways and the different cell types. Therefore, understanding heart development at the morphogenetic level is an essential requirement to uncover the causes of congenital heart disease and to provide insight for disease therapies. Mouse Cerberus like 2 (Cerl2) has been defined as a Nodal antagonist in the node with an important role in the Left-Right (L/R) axis establishment, at the early embryonic development. As expected, Cerl2 knockout mice (Cerl2-/-) showed multiple laterality defects with associated cardiac failure. In order to identify the endogenous role of Cerl2 during heart formation independent of its described functions in the node, we accurately analyzed animals where laterality defects were not present. We thereby unravel the consequences of Cerl2 lossof- function in the heart, namely increased left ventricular thickness due to hyperplasia of cardiomyocytes and de-regulated expression of cardiac genes. Furthermore, the Cerl2 mutant neonates present impaired cardiac function. Once that the cardiac expression of Cerl2 is mostly observed in the left ventricle until around midgestration, this result suggest a specific regulatory role of Cerl2 during the formation of the left ventricular myoarchitecture. Here, we present two possible molecular mechanisms underlying the cardiac Cerl2 function, the regulation of Cerl2 antagonist in activation of the TGFßs/Nodal/Activin/Smad2 signaling identified by increased Smad2 phosphorilation in Cerl2-/- hearts and the negative feedback between Cerl2 and Wnt/ß-catenin signaling in heart formation. In this work and since embryonic stem cells derived from 129 mice strain is extensively used to produce targeted mutants, we also present echocardiographic reference values to progressive use of juveniles and young adult 129/Sv strain in cardiac studies. In addition, we investigate the cardiac physiology of the surviving Cerl2 mutants in 129/Sv background over time through a follow-up study using echocardiographic analysis. Our results revealed that Cerl2-/- mice are able to improve and maintain the diastolic and most of systolic cardiac physiologic parameters as analyzed until young adult age. Since Cerl2 is no longer expressed in the postnatal heart, we suggest that an intrinsic and compensatory mechanism of adaptation may be active for recovering the decreased cardiac function found in Cerl2 mutant neonates. Altogether, these data highlight the role of Cerl2 during embryonic heart development in mice. Furthermore, we also suggest that Cerl2-/- may be an interesting model to uncover the molecular, cellular and physiological mechanisms behind the improvement of the cardiac function, contributing to the development of therapeutic approaches to treat heart failures.

Molecular characterization of Gla-rich protein (GRP) gene expression and function

Gla-rich protein (GRP) is a vitamin K-dependent protein related to bone and cartilage recently described. This protein is characterized by a large number of Gla (γ-carboxyglutamic acid) residues being the protein with the highest Gla content of any known protein. It was found in a widely variety of tissues but highest levels was found in skeletal and cartilaginous tissues. This small secreted protein was also expressed and accumulated in soft tissues and it was clearly associated with calcification pathologies in the same tissues. Although the biological importance of GRP remains to be elucidated, it was suggested a physiological role in cartilage development and calcification process during vertebrate skeleton formation. Using zebrafish, an accepted model to study skeletal development, we have described two grp paralog genes, grp1 and grp2, which exhibited distinct patterns of expression, suggesting different regulatory pathways for each gene. Gene synteny analysis showed that grp2 gene is more closely related to tetrapod grp, although grp1 gene was proposed to be the vertebrate ortholog by sequence comparison. In addition, we identified a functional promoter of grp2 gene and using a functional approach we confirmed the involvement of transcription factors from Sox family (Sox9b and Sox10) in the regulation of grp2 expression. In an effort to provide more information about the function of grp isoforms, we generated two zebrafish transgenic lines capable to overexpress conditionally grp genes and possible roles in the skeleton development were studied. To better understand GRP function a mammalian system was used and the analysis of knockout mice showed that GRP is involved in chondrocyte maturation and the absence of GRP is associated to proteoglycans loss in calcified articular cartilage. In addition, we detected differences in chondrogenesis markers in articular chondrocyte primary culture. Overall, our data suggest a main role for GRP on chondrocyte differentiation.

Identification and molecular characterization of bone-related micrornas: functional implications

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2014