Study of Perkinsus olseni infection mechanisms: identification and regulation of parasite genes differentially expressed in response to host and environmental stress

Tese dout., Biologia, Universidade do Algarve, 2008

Exploring an uncommon host-parasite interaction to unveil the uniqueness of Perkinsus sp as a model organism

We report the exploration of some unique metabolic pathways in Perkinsus olseni a marine protist parasite, responsible to significant mortalities in mollusks, especially in bivalves all around the world. In Algarve, south of Portugal carpet shell clam Ruditapes decussatus mortalities can reach up to 70%, causing social and economic losses. The objective of studying those unique pathways, is finding new therapeutic strategies capable of controlling/eliminating P. olseni proliferation in clams. In that sense metabolic pathways, were explored, and drugs affecting these cycles were tested for activity. The first step involved the identification of the genes behind those pathways, the reconstitution of the main steps, and molecular characterization of those genes and later on, the identification of possible targets within the genes studied. Metabolic cycles were screened due to the fact of not being present in host or differ in a critical way, such as the following pathways: shikimate, MEP-­‐ isoprenoids, Leloir cycle for chitin production, purine biosynthesis (unique among protists), the de novo synthesis of folates (absent in metazoa) and some unique genes like, the alternative oxidase (a branch of respiratory chain) and the hypoxia sensor HPH. All those pathways were covered and possible chemical inhibition using therapeutic drugs was tested with positive results. The relation between the common host Ruditapes decussatus and P. olseni was also explored in a dimension not possible some years ago. With the accessibility to second generation sequencers and microarray analysis platforms, genes involved in host defense or parasite virulence and resistance to the host were deciphered, allowing aiming to new targets (mechanisms and pathways), offering new possibilities for the control of Perkinsus in close environments. The thousands of genes, generated by this work, sequenced and analyzed from this commercial valuable clam and for Perkinsus olseni will be an important and value tool for the scientific community, allowing a better understanding of host-­‐parasite interactions, promoting the usage of P. olseni as an emerging model for alveolata parasites.

Contamination of farmed gilthead sea bream (Sparus aurata, Linnaeus, 1758) by the parasite Amyloodinium ocellatum: a proteomic approach

Dissertação de mestrado, Aquacultura e Pescas, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Uniersidade do Algarve, 2015

mRNA-Seq and microarray development for the Grooved carpet shell clam, Ruditapes decussatus: a functional approach to unravel host -parasite interaction

Background The Grooved Carpet shell clam Ruditapes decussatus is the autochthonous European clam and the most appreciated from a gastronomic and economic point of view. The production is in decline due to several factors such as Perkinsiosis and habitat invasion and competition by the introduced exotic species, the manila clam Ruditapes philippinarum. After we sequenced R. decussatus transcriptome we have designed an oligo microarray capable of contributing to provide some clues on molecular response of the clam to Perkinsiosis. Results A database consisting of 41,119 unique transcripts was constructed, of which 12,479 (30.3%) were annotated by similarity. An oligo-DNA microarray platform was then designed and applied to profile gene expression in R. decussatus heavily infected by Perkinsus olseni. Functional annotation of differentially expressed genes between those two conditionswas performed by gene set enrichment analysis. As expected, microarrays unveil genes related with stress/infectious agents such as hydrolases, proteases and others. The extensive role of innate immune system was also analyzed and effect of parasitosis upon expression of important molecules such as lectins reviewed. Conclusions This study represents a first attempt to characterize Ruditapes decussatus transcriptome, an important marine resource for the European aquaculture. The trancriptome sequencing and consequent annotation will increase the available tools and resources for this specie, introducing the possibility of high throughput experiments such as microarrays analysis. In this specific case microarray approach was used to unveil some important aspects of host-parasite interaction between the Carpet shell clam and Perkinsus, two non-model species, highlighting some genes associated with this interaction. Ample information was obtained to identify biological processes significantly enriched among differentially expressed genes in Perkinsus infected versus non-infected gills. An overview on the genes related with the immune system on R. decussatus transcriptome is also reported.

Monitorização de frotas urbanas com GPS

Com o objectivo de desenvolver um sistema de monitorização de frotas de transportes públicos urbanos, cujo posicionamento de veículos seja feito com precisão superior a 10 m, a Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa juntamente com o Instituto das Ciências da Terra e do Espaço iniciaram o desenvolvimento de um protótipo, denominado SIMOV (Sistema de Monitorização de Veículos), com base na frota da CARRIS de Lisboa, usando o GPS (Global Positioning System) como único sistema de posicionamento. O sistema em desenvolvimento é composto por três módulos: posicionamento, comunicação e monitorização. Deste estudo apenas serão apresentadas as soluções para o posicionamento e para a monitorização. Relativamente ao posicionamento a apresentação centrar-se-á no estudo desenvolvido com vista ao uso de apenas dois satélites da constelação GPS em curtos períodos de tempo, frequente em circuitos urbanos, já que o posicionamento com três ou mais satélites é um dado adquirido, resultando fiável em termos da precisão pretendida. Para a monitorização (visualização do posicionamento) serão projectadas duas soluções, usando dados GPS recolhidos na execução do percurso habitual da carreira 38 da CARRIS, a primeira sobre uma base de dados cartográfica de eixos de via da cidade com precisão aproximada do metro e a segunda sobre a representação do trajecto como uma linha recta.

O género e o auto-conceito: contributos para o estudo do papel do género na formação do auto-conceito

Dissertação de mest., Psicologia Clínica e da Saúde, Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Univ. do Algarve, 2010

Salus maris ou peixe no menu: notas sobre duas obras latinas seiscentistas da BMT

As preocupações médicas com a alimentação e o seu equilíbrio remontam à Antiguidade, mas apenas a partir do século XVII começaram a ser equacionadas numa perspectiva mais científica e de maior rigor. No período seiscentista, esta questão é retomada, por exemplo, por dois médicos de renome originários dos Países Baixos, Luís Nunes (1553 – 1645) e Willem Piso (1611 – 1678), que escreveram em latim, a língua habitual para a difusão do conhecimento e ciência à época, e de quem podemos consultar tratados de importância inquestionável, pertença do Fundo Antigo da Biblioteca Municipal de Tavira. Referimo-nos, especificamente, ao Ichtyophagia (Antuérpia, 1616), único exemplar sinalizado em Portugal, e ao De Indiae utriusque re naturali et medica. Libri quatuordecim (Amesterdão, 1658), de que existe cópia microfilmada na Biblioteca Nacional, e cuja primeira parte, livro terceiro, logo na abertura, refere explicitamente os peixes ad humanos usus producantur (p. 47), i.e., apresentados na perspectiva da sua utilização pelo homem. A apologia de uma alimentação cuja dieta deve compreender o consumo de peixe é, em nosso entender, um dos motivos que atravessam ambos os textos. Esta comunicação pretende contribuir para a divulgação pública do conteúdos algo olvidados, numa época em que nunca se falou tanto da importância da alimentação no contexto duma educação para a saúde, e ao mesmo tempo enfatizar o valor patrimonial das obras referidas, alertando para a necessidade imperiosa de preservar espólios documentais que integram espécimes como os que aqui se referem. A relevância historiográfica destas obras, que inauguram a defesa científica de hábitos alimentares equilibrados, alicerçando um discurso inovador, numa época de profunda mutação histórica e cultural, imposta pelas contacto com as realidades exóticas do Novo Mundo.

SIEM à beira ria

Nos dias 4 e 5 de Setembro de 2010 realizou-se em Aveiro o XXI Seminário de Investigação em Educação Matemática. Ao contrário do que era habitual, o seminário decorreu nos dias seguintes ao ProfMat. O número de inscritos rondou os 150, incluindo participantes portugueses, espanhóis e brasileiros, que se distribuíram por 6 simpósios, com os seguintes temas: Conhecimento e práticas profissionais de professores de Matemática; Comunicação matemática; Resolução de problemas e raciocínio matemático; Formação e desenvolvimento profissional de professores; Aprendizagem da Matemática; e Questões históricas e culturais no ensino-aprendizagem da Matemática.

Estudo da deterioração da amêijoa-boa Ruditapes decussatus (Linnaeus, 1758)

Dissertação de mest., Tecnologia de Alimentos, Instituto Superior de Engenharia, Univ. do Algarve, 2013

Compostagem e caracterização de resíduos vegetais para utilização como substratos hortícolas

O objectivo deste trabalho foi estudar a utilização de 5 compostos de resíduos de origem vegetal, como componentes de substratos hortícolas. Estudaram-se os processos de compostagem de bagaço de azeitona, bagaço de uva, polpa de alfarroba, casca de eucalipto e casca de pinheiro, caracterizaram-se os compostos obtidos e testou-se a sua aptidão agronómica, como substratos para viveiro de tomate (Lycopersicum esculentum Mill.) em placas alveoladas e cultura de pelargónio (Pelargonium x hortorum) em vaso. Após uma preparação prévia, que em alguns dos resíduos vegetais constou de moenda, suplemento de azoto e aumento do teor de humidade, efectuou-se a sua compostagem em caixas com 1200 L de capacidade, isoladas termicamente, com arejamento por volteio manual. Depois foram analisadas as suas características físicas e químicas e testados na sua aptidão como constituintes únicos de substratos e em misturas com turfa de sphagnum. A maioria dos processos de compostagem apresentou uma evolução habitual da temperatura, com a máxima aproximando-se ou ultrapassando 60 oC. Como excepções, verificou-se um período de compostagem muito longo em bagaço de azeitona; o atraso da fase termofílica em polpa de alfarroba e, na 1ª compostagem de casca de pinheiro, a temperatura não alcançou a zona termofílica. A maioria dos resíduos manifestaram uma acentuada resistência à degradação durante a compostagem, à excepção da polpa de alfarroba e da casca de eucalipto. Contudo, a nível físico-químico e químico registaram-se evoluções acentuadas, sobretudo nas variáveis relacionadas com alterações da superfície das partículas, como por exemplo, a capacidade de troca catiónica. Outras variáveis apresentaram uma evolução interessante para o acompanhamento do processo e o conhecimento do grau de estabilidade do composto final. Foi apreciável o efeito proporcionado pela adição de lamas de estação de tratamento de águas residuais urbanas, como suplemento azotado, a nível das propriedades físicas dos compostos, do aumento da velocidade do processo de compostagem e do enriquecimento dos compostos em macro e micronutrientes. A compostagem não conduziu à melhoria significativa das propriedades físicas dos materiais, excepto em casca de eucalipto. Os compostos caracterizaram-se fundamentalmente por uma reduzida capacidade de retenção de água e uma elevada capacidade de arejamento. Os compostos obtidos com incorporação de lamas apresentaram os valores mais baixos de capacidade de arejamento, mesmo assim dentro dos limites satisfatórios e, os valores mais altos de capacidade de retenção de água. Na cultura em placas alveoladas, o comportamento de muitas das misturas com compostos não se diferenciou do da testemunha, observando-se uma flutuação sazonal do comportamento das misturas nos dois viveiros de cada ano, associada às condições ambientais mais exigentes do ponto de vista da disponibilidade de água. Observou-se um maior número de correlações significativas entre as características dos substratos e as variáveis relativas ao crescimento das plantas nos viveiros efectuados mais tarde, sob condições de maior evapotranspiração. As plantas obtidas no segundo viveiro de tomate foram instaladas em cultura. As características das plantas do viveiro, apresentaram elevada correlação com as respectivas produções obtidas no campo, evidenciando a importância da qualidade das plantas de viveiro, na produção. Nos ensaios de pelargónio em vaso, também se observaram comportamentos idênticos ao da testemunha em muitas das misturas com compostos. Observou-se no 2º ensaio, um maior número de tratamentos com resultados idênticos aos da testemunha, resultante das condições de menor exigência hídrica, as quais fizeram sobressair menos as diferenças de propriedades físicas das misturas. Contudo, a diferença de crescimento obtido em algumas misturas, atribuiu-se também à interferência da continuidade capilar entre o vaso de papel com a estaca enraizada e a mistura em estudo. O trabalho presente mostrou que é possível obter compostos a partir de resíduos orgânicos, com boas características e a preço competitivo para utilização como substratos hortícolas. O processo de compostagem sendo um elemento chave, é fácil de controlar se houver uma regulação eficaz do arejamento e do teor de humidade durante o processo. Apesar de alguns resíduos, como a polpa de alfarroba, serem caros, se tomarmos em consideração o custo da sua eliminação, poderão conduzir a substratos comercialmente viáveis. Em condições ambientais que favoreçam uma maior evapotranspiração ou, em culturas com maior exigência hídrica, pode ser aconselhável a mistura dos compostos estudados com turfa de sphagnum pouco decomposta para melhorar a capacidade de retenção de água.

Uma perspetiva atual sobre a esquizofrenia

A origem da esquizofrenia representa um dilema para muitos investigadores, sendo que até hoje a sua proveniência tem sido relacionada com diversos fatores, particularmente, ambientais, genéticos e associados aos neurotransmissores. Ao longo dos últimos anos, foram desenvolvidos diversos estudos no sentido de compreender a etiologia da esquizofrenia e qual o tratamento adequado. Contudo, surgem ainda constantemente dúvidas que dificultam a elaboração de um diagnóstico específico e permitam um tratamento personalizado. Algo que dificulta o diagnóstico da esquizofrenia é o facto dos sintomas característicos desta serem muito semelhantes aos descritos, associados a outras perturbações, tais como a perturbação esquizofreniforme, a perturbação esquizoafetiva, a perturbação esquizotípica de personalidade e a perturbação bipolar afetiva. A esquizofrenia caracteriza-se por um conjunto de sinais e sintomas (positivos ou negativos). A elaboração de um diagnóstico requer que os sintomas aferidos estejam presentes durante um período de um mês (ou mais curto no caso do tratamento ser bem sucedido), sendo que alguns sinais de perturbação deverão persistir durante pelo menos 6 meses. Atualmente, podem distinguir-se sete subtipos de esquizofrenia, nomeadamente, o tipo catatónico, o tipo desorganizado ou hebefrénico, o tipo paranóide, o tipo indiferenciado, o tipo residual, a depressão pós-esquizofrénica e o tipo simples. O tratamento habitual da esquizofrenia baseia-se, principalmente, na utilização de antipsicóticos típicos e atípicos. Este trabalho permitiu, através da análise de casos de estudo de uma amostra de 6 indivíduos em tratamento no Centro Hospitalar Psiquiátrico de Lisboa, analisar a terapêutica medicamentosa prescrita em cada caso. Através desta tese, pretende-se apresentar uma perspetiva atual acerca da Esquizofrenia, tendo em conta: fatores que dificultam o seu diagnóstico, a sua origem e o tratamento aconselhado, incluindo a terapêutica medicamentosa utilizada habitualmente e algumas inovações relacionadas com a mesma.

Avaliação da eficiência e identificação dos fatores determinantes da eficiência do setor bancário em Portugal

A participação na área Euro e a atual crise financeira têm condicionado substancialmente o setor bancário português, para o qual se prevê a continuação de quebras significativas nos rendimentos e uma crescente pressão competitiva, sendo a eficiência um fator imprescindível para a sobrevivência. Foram avaliados diversos indicadores de eficiência dos principais bancos a operar em Portugal, através da metodologia DEA. As principais contribuições deste estudo consistem (1) na incorporação de novas variáveis nos modelos DEA, que refletem, para além da rendibilidade, a criação de valor e o custo de oportunidade do capital; (2) na exploração de indicadores e modelos complementares de eficiência mais exigentes que os tradicionais e (3) na aplicação de regressões fracionais aos índices DEA complementares. Os principais resultados revelam que o modelo de rendibilidade apresenta os níveis de eficiência média padrão mais elevados e o modelo de intermediação os mais baixos. Registam-se muitas ineficiências de escala e de gestão de recursos na maioria dos bancos. A aplicação de modelos bietápicos permitiu contornar a habitual problemática inerente à coexistência das abordagens de produção e intermediação. A aplicação de modelos de eficiência composta permitiu a identificação dos bancos falso-eficientes nos modelos de eficiência padrão. A aplicação de regressões para proporções, mais apropriadas que as tradicionais regressões lineares ou que o modelo Tobit, para lidar com a natureza fracionaria dos índices DEA, permitiu a identificação dos fatores determinantes da eficiência dos principais bancos a operar em Portugal. Os modelos de regressão fracional mostram evidências de melhor especificação relativamente aos modelos de regressão tradicionais. As variáveis que parecem exercer maior influência sobre os níveis de eficiência bietápica global são as variáveis internacionalização, dimensão e tipo de propriedade do capital e sobre os níveis de eficiência composta de rendibilidade são as variáveis cost-to-income, número de empregados por balcão e rendibilidade do ativo.

A microelectrode impedance method to measure interaction of cells

An impedance method was developed to determine how immune system cells (hemocyte) interact with intruder cells (parasites). When the hemocyte cells interact with the parasites, they cause a defensive reaction and the parasites start to aggregate in clusters. The level of aggregation is a measure of the host-parasite interaction, and provides information about the efficiency of the immune system response. The cell aggregation is monitored using a set of microelectrodes. The impedance spectrum is measured between each individual microelectrode and a large reference electrode. As the cells starts to aggregate and settle down towards the microelectrode array the impedance of the system is changed. It is shown that the system impedance is very sensitive to the level of cell aggregation and can be used to monitor in real time the interaction between hemocyte cells and parasites.

New competitors and their intra-industry effects: the case of the hotel industry

Dissertação de Mestrado, Finanças Empresariais, Faculdade de Economia, Universidade do Algarve, 2015