Application of molecular tools for detection of plant viruses

Grapevine leafroll disease (GLRD) is one of the most important virus diseases of grapevines worldwide, causing major economical impact. The disease has a complex aetiology and currently eleven phloem-limited viruses, termed in general Grapevine leafroll-associated virus (GLRaVs), have been identified. Two of the GLRaVs, GLRaV-1 and GLRaV-3, are included in the European certification scheme of propagation material. However, the flawed notion that GLRaV-3 is more frequent than GLRaV-1 and that all other GLRaVs are possibly not as relevant for GLRD, has until now precluded the development of specific serological and molecular detection assays and limited the scope of molecular characterization of the viruses known to be associated with the disease. Hence, few studies have addressed the phylodynamics of GLRaVs or even characterized the genetic structure of their natural populations. This generalized lack of molecular information, in turn underlie the deficient capacity to detect the viruses. The phylogenetic analyses were conducted on the basis of the heat shock protein 70 homologue (HSP70h) and the coat protein (CP) genes for GLRaV-1 and the HSP70h, the heat shock protein 90 homologue (HSP90h) and the CP genes for GLRaV-5. The data obtained for GLRaV-1 contributed 83 new CP sequences. This information was combined with previous analysis by other authors and used for the production of new polyclonal IgG, capable of detecting CP variants from all the phylogroups observed. Successful testing of this new tool included tissue print immunoblotting (TPIB) and in situ immunoassay (ISIA). The data obtained for GLRaV-5, contributed 61 new CP and 28 new HSP90h gene sequences. Eight phylogenetic groups were identified on the basis of the CP. Characterization of the genetic structure of the isolates revealed a higher diversity than previously reported and allowed the identification of dominant virus variants. For both GLRaV-1 and GLRaV-5, the effect of vegetative propagation on the virus transmission dynamics was addressed.

Crescimento e condição nutricional de larvas de sardinha em condições controladas

Com o objectivo de determinar o crescimento de larvas de sardinha foram realizadas experiências em condições controladas. Um cardume de sardinhas adultas foi mantido em cativeiro e a desova induzida por meios naturais (aumento da disponibilidade alimentar, regulação da temperatura para cerca de 15º C e salinidade para ~35‰). Quando ocorreram desovas com mais do que 500 ovos num determinado dia, estes foram colocados a eclodir em condições controladas. As larvas de sardinha apresentaram um desenvolvimento morfológico normal (p.e. pigmentação dos olhos e desenvolvimento da boca entre o 3º e 4º dia). Diferentes tipos e combinações de alimentos foram experimentados (nauplios de Acartia grani, rotíferos e Gymnodinium sp.) e analisou-se a condição nutricional das larvas amostradas. Foram efectuadas experiências de inanição para se poder calibrar os resultados obtidos. As taxas de crescimento variaram entre 0.12 e 0.36 mm.dia-1, sendo a mais elevada correspondente a uma experiência de inanição. Observou-se, através da histologia, que dietas ricas em Acartia grani são mais favoráveis para um melhor desenvolvimento larvar. As análises da razão RNA/DNA sugerem que há uma forte possibilidade de os efeitos parentais terem bastante influência no desenvolvimento e crescimento das larvas de sardinha nas duas primeiras semanas de vida, mas não na sua sobrevivência, que dependeu da quantidade e qualidade de alimento fornecida.

Calibração de um modelo hidrológico SWAT para a bacia hidrográfica da Ribeira de Quarteira

O Algarve é uma região que apresenta algumas particularidades no que toca às necessidades hídricas e respetiva disponibilidade. O consumo de água é relativamente elevado e as necessidades hídricas são mais elevadas nos meses de Verão quando a precipitação é escassa. Deste modo é de grande importância a realização de uma boa gestão dos recursos hídricos de modo a garantir a sustentabilidade dos recursos naturais. Neste âmbito surge a aplicação de softwares de modelação hidrológica que permitem realizar prognósticos simulando as condições a que o meio está sujeito. Na presente dissertação pretende-se aplicar o modelo SWAT para modelar as condições atuais registadas na bacia hidrográfica da Ribeira de Quarteira. Pretende-se também realizar a modelação de cenários de alterações climáticas previstas para dois períodos futuros: 2020-2050 e 2069-2099. A construção do modelo foi realizada em ArcSWAT, a análise de outputs foi feita em SWAT_Check e para a calibração e validação do modelo utilizou-se o software SWAT-CUP4. Os resultados obtidos na calibração e validação são relativamente satisfatórios tendo em conta a fraca qualidade e quantidade dos dados de entrada disponíveis e considerando-se o meio geológico cársico onde se pretendeu realizar a modelação. Os cenários simulados tiveram como base dois modelos climáticos realizados no âmbito do projeto CLIMWAT (ICTP-REGCM3 e CNRM-RM5.1). Os resultados de ambos modelos apontam para um aumento de temperatura e diminuição generalizada de precipitação que têm como consequência um aumento significativo de evapotranspiração real e uma diminuição muito grande de recarga profunda e do caudal instantâneo. Um dos modelos aponta para, no período 2020-2050, um aumento de eventos extremos (secas e cheias). Estas previsões vêm reforçar a grande necessidade de uma boa gestão dos recursos hídricos.

Synthesis and evaluation of polymer nanoparticles for delivery in RPE cells

Ocular pathologies are among the most debilitating medical conditions affecting all segments of the population. Traditional treatment options are often ineffective, and gene therapy has the potential to become an alternative approach for the treatment of several pathologies. Methacrylate polymers have been described as highly biocompatible and are successfully used in medical applications. Due to their cationic nature, these polymers can be used to form polyplexes with DNA for its delivery. This work aims to study the potential of PDMAEMA (poly(2-(N,N’-dimethylamino)ethyl methacrylate)) as a non viral gene delivery system to the retina. The first part of this work aimed to study the potential for gene delivery of a previously synthesized PDMAEMA polymer of high molecular weight (354kDa). In the second part, we synthesized by RAFT a PDMAEMA with a lower molecular weight (103.3kDa) and similarly, evaluated its ability to act as a gene delivery vehicle. PDMAEMA/DNA polyplexes were prepared at 5, 7.5, 10, 12.5 and 20 nitrogen/phosphorous (N/P) ratio for the 354kDa PDMAEMA and at 5 and 7.5 for the 103.3kDa PDMAEMA. Dynamic light scattering and zeta potential measurements confirmed the nanosize and positive charge of polyplexes for all ratios and for both polymers. Both high and low Mw PDMAEMA were able to efficiently complex and protect DNA from DNase I degradation. Their cytotoxicity was evaluated using a non-retinal cell line (HEK293) and a retinal pigment epithelium (RPE) cell line (D407). We have found that cytotoxicity of the free polymer is concentration and time dependent, as expected, and negligible for all the concentrations of the PDMAEMA-DNA polyplexes. Furthermore, for the concentrations to be used in vivo, the 354kDa PDMAEMA showed no signs of inflammation upon injection in the intravitreal space of C57BL/6 mice. The transfection efficiency, as evaluated by fluorescence microscopy and flow cytometry, showed that the D407 retinal cells were transfected by polyplexes of both high and low Mw PDMAEMA, but with varied efficiency, which was dependent on the N/P ratio. Althogether, these results suggest that PDMAEMA is a feasible candidate for non-viral gene delivery to the retina, and this work constitutes the basis of further studies to elucidate the bottleneck in transfection and further optimization of the material.

Nanopartículas poliméricas com aplicação na administracão pulmunar de proteínas

O interesse da indústria farmacêutica na administração de biomoléculas não é recente, uma vez que desde que a insulina foi comercializada pela primeira vez em 1923, temos vindo a assistir ao aumento do número de trabalhos relacionados com as aplicações terapêuticas deste tipo de moléculas. No entanto, a aplicação terapêutica destas moléculas regista várias limitações devidas essencialmente à sua estrutura e propriedades físico-químicas, bem como à sua estabilidade. Com o aparecimento e evolução da nanomedicina, tornou-se possível o desenvolvimento e funcionalização de nanopartículas transportadoras de biomoléculas, dotando este sistema de um enorme potencial para várias terapêuticas. As vantagens deste tipo de sistema de administração incluem a proteção das moléculas ativas encapsuladas, proporcionando um aumento da biodisponibilidade, e tornam também possível a administração das biomoléculas por vias menos invasivas. Esta dissertação tem por objetivo explorar as potencialidades da via pulmonar para a administração de biomoléculas. Neste sentido, serão focadas os vários tipos de nanopartículas de polímeros naturais e sintéticos como sistema de administração com aplicação na administração por esta via.

Litostratigrafia do neogénico terminal e plistocénico, na bacia centro-Algarve evolução paleoambiental

Tese de doutoramento, Estratigrafia, Faculdade de Engenharia de Recursos Naturais, Universidade do Algarve, 1998

O turismo residencial, os resorts integrados e as motivações: o caso do Polo de Desenvolvimento Turístico do Oeste

Esta tese aborda o quadro conceptual e metodológico referente à triangulação entre Turismo Residencial, Motivações e Destino Turístico. A questão de partida inseriu-se na expansão do Turismo Residencial nomeadamente em espaços como os Resorts Integrados, no Polo de Desenvolvimento do Oeste. Estamos perante um colectivo de turistas interessados em alcançar valores relacionados com o bem-estar e com a qualidade de vida, imbricados na lógica representativa dos estilos de vida num destino turístico onde a abundância e a diversidade dos recursos naturais endógenos, bem como a riqueza do património cultural, histórico e arquitectónico, tornaram visível a emergência de um turismo como alternativa estratégica para a satisfação dos objectivos de desenvolvimento da região. Para testar as hipóteses do trabalho foi utilizada uma metodologia que abrangeu vários métodos e técnicas de investigação que incluíram a aplicação de questionários aos turistas residenciais que são proprietários de uma segunda residência em Resorts Integrados (124) e aos representantes de instituições e empresas públicas e privadas ligadas ao fenómeno turístico (84) no destino em análise. Os questionários aplicados permitiram relacionar e avaliar a compatibilidade entre os dois grupos de inquiridos. Os turistas residenciais inquiridos são turistas originários de mercados externos, estão maioritariamente no ativo das suas funções laborais e compram uma segunda residência com o intuito de adquirir um estilo de vida assente em dimensões que muitas vezes não estão disponíveis na primeira habitação. São consideradas habitações dedicadas ao tempo de lazer e turismo em família, mas também se conciliam com a rentabilização da mesma através do arrendamento em determinados períodos do ano. No que diz respeito ao destino turístico, a compra de uma segunda residência coaduna-se com os principais motivos manifestados pelos turistas residenciais, através da permanência nas habitações e através do envolvimento que estabelecem com o destino turístico, não se limitando ao perímetro dos Resorts Integrados, no que diz respeito aos serviços consumidos durante a sua estada. Por outro lado, os representantes das entidades e instituições revelam conhecimento e predisposição para se envolverem na definição de uma estratégia concertada que possibilite o desenvolvimento deste fenómeno turístico na região, no entanto existe alguma necessidade em sensibilizar estes inquiridos para os impactes negativos que decorrem deste processo, inseridos na lógica do desenvolvimento sustentável na atividade turística, que se quer estruturada em princípios de qualidade de forma a influenciar os vários intervenientes, tendo em vista a proteção do ambiente e a preservação da identidade cultural da comunidade. O cruzamento dos dados recolhidos junto dos dois grupos de inquiridos revela que os factores eleitos são maioritariamente idênticos no que diz respeito aos destinos concorrentes e aos serviços comerciais utilizados dentro e fora do Resort Integrado, sendo que neste último o seu grau de prioridade diverge, o que pode deixar transparecer a existência de algumas diferenças entre o percepcionado pelos dois grupos. O resultado desta investigação evidencia a importância da problemática apresentada neste estudo.

Evaluation of the protective effect of Phlomis purpurea against Phytophthora cinnamomi in Fagaceae and of root metabolites involved

Tese de doutoramento, Ciências Agrárias (Proteção de Plantas), Faculdade de Ciência e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Development of an operational tool for oil spill forecast: application to oil exposed regions

Tese de doutoramento, Ciências do Mar, da Terra e do Ambiente (Modelação), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Técnicas de valorização contingencial aplicadas ao ambiente : estudo de cenários para a Ilha da Culatra

Doutoramento em Economia, Faculdade de Economia, Universidade do Algarve, 2001

Concepções alternativas de alunos do 5º ano de escolaridade sobre estrutura e propriedades do ar: identificação de estratégias de mudança conceptual

Dissertação de Mestrado, Ciências da Educação, Escola Superior de Educação, Universidade do Algarve, 1998

Estudo de alguns aspectos da biologia reprodutiva da espécie Sepia officinallis (Linnaeus, 1758) na Ria Formosa

Dissertação de Mestrado, Recursos Biológicos do Mar, Unidade de Ciências e Tecnologias dos Recursos Aquáticos, Universidade do Algarve, 1998

Cloning of the Bone Gla Protein gene from the teleost fish Sparus aurata (gilthead seabream). Molecular organization, developmental appearance and evolutionary implications

Tese de Doutoramento, Biologia Molecular, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2001

Cartografia e estimativa da biomassa de macrófitas aquáticas nas lagoas da Vela e das Baças (Centro Litoral de Portugal) utilizando a técnica de detecçäo remota

Dissertação de Mestrado, Gestão Costeira, Unidade de Ciências e Tecnologias dos Recursos Aquáticos, Universidade do Algarve, 1996

Interagir e experimentar para aprender Física: desenvolvimento de um projecto com professores e alunos do 1º ciclo

Dissertação de Mestrado, Física para Ensino, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2003