Paralelização automática de algoritmos matriciais

Tese de dout., Engenharia Electrónica e Computação, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2003

Dissection of the early steps in the assembly of the 20S proteasome in Saccharomyces cerevisiae

Tese de dout., Bioquímica (Biologia Celular e Molecular), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Caractérisation des mécanismes d’action du microARN 169 chez Arabidopsis thaliana

Dissertação de mest., Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Citrinos - Cumprir elevados padrões é essencial. Desafio de qualidade.

Numa Europa caracterizada pelos excedentes de produção agrícola, a qualidade das produções é um factor determinante da rentabilidade das explorações agrícolas. Podemos dizer mesmo que, nos dias de hoje, é mais importante produzir com qualidade que produzir em quantidade. A qualidade de um fruto cítrico é determinada por uma série de parâmetros (tamanho, características organolépticas, cor externa e interna, ausência de lesões, facilidade de descascar, etc.) que analisaremos a seguir e que dependem do cultivar e das técnicas culturais utilizadas.

Tolerância à amónia e grau de ureotelia no xarroco, Halobatrachus didactylus (Bloch & Schneider, 1801)

Tese mest., Biologia Marinha, Universidade do Algarve, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, 2008

O complexo industrial da Boca do Rio. Organização de um sítio produtor de preparados piscícolas.

Dissertação de mest., Arqueologia (Teoria e Métodos), Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Univ. do Algarve, 2012

Contributo para o estudo da literatura oral no Algarve

Dissertação de mest., Promoção e Mediação da Leitura, Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Univ. do Algarve, 2012

Cinética de inibição do etanol e consumo de açúcar, em reator biológico, usando resíduos industriais de citrinos e de alfarroba. Aumento de escala de produção em unidade-piloto

Dissertação de mest., Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2013

Produção de lípidos estruturados por acidólise de óleo de semente de abóbora

Dissertação de mest., Tecnologia dos Alimentos, Instituto Superior de Engenharia, Univ. do Algarve, 2013

Coreference resolution for portuguese using parallel corpora word alignment

A área de Extração da Informação tem como objetivo essencial investigar métodos e técnicas para transformar a informação não estruturada presente em textos de língua natural em dados estruturados. Um importante passo deste processo é a resolução de correferência, tarefa que identifica diferentes sintagmas nominais que se referem a mesma entidade no discurso. A área de estudos sobre resolução de correferência tem sido extensivamente pesquisada para a Língua Inglesa (Ng, 2010) lista uma série de estudos da área, entretanto tem recebido menos atenção em outras línguas. Isso se deve ao fato de que a grande maioria das abordagens utilizadas nessas pesquisas são baseadas em aprendizado de máquina e, portanto, requerem uma extensa quantidade de dados anotados.

Encapsulação de aminoácidos hidrolisados em lipossomas

A aquacultura é uma área em expansão devido ao aumento do consumo de peixe nos últimos anos sendo que para os estágios iniciais do desenvolvimento larvar é utilizado alimento vivo, como Artémia. Nos últimos anos tem-se tentado obter dietas inertes devido às limitações inerentes à utilização de alimento vivo. Estas dietas apresentam na sua constituição uma componente muito hidrossolúvel que facilmente se perde por lixiviação, constituída por compostos de baixa massa molecular, mas que são determinantes para o crescimento das larvas. O objetivo deste trabalho foi utilizar inicialmente os lipossomas e posteriormente as micropartículas de quitosano (CS) como veículos para tentar formular microdietas para a alimentação de larvas de peixe. Para tal, foram encapsulados o hidrolisado de proteína de peixe (CPSP 90®) e um mistura de vitaminas, oligo-elementos e minerais (Pré-Mix PVO-40®). Os resultados obtidos indicam que os lipossomas apresentam tamanhos entre os 150-600 nm, dependendo do número de ciclos de congelação/aquecimento. Embora se tenham obtido eficiências de encapsulação de CPSP na ordem dos 90-95%, concluiu-se que esta tecnologia não é rentável para a produção de microdietas para larvas de peixe devido à reduzida capacidade de produção diária. Desta forma, desenvolveu-se um segundo sistema, as micropartículas de CS, que evidenciaram tamanhos de 2.7 - 8.7 μm, dependendo da percentagem de CS e CPSP:PM e uma eficiência de encapsulação de 95%. A formulação CS:CPSP:PM 2:6:0.5 apresentou a libertação mais baixa (40% em 30-60 min), permitindo que os restantes 60% estejam disponíveis para ingestão. Foi observado também que o perfil de libertação depende da quantidade de polímero presente nas micropartículas. A caracterização dos dois tipos de sistema estudados indica que não podem ser utilizadas como formulação final para a alimentação de larvas de peixe devido ao seu tamanho, mas que têm o perfil ideal para fazer parte de uma sistema complexo, em que exista uma segunda micropartícula externa.

Estudo comparativo de géneros de nemátodes fitoparasitas nos greens dos campos de golfe da região Algarvia

Este trabalho teve como objectivos, identificar quais os métodos de extracção mais eficientes para representação da população de nemátodes em greens de campos de golfe; e identificar os géneros de nemátodes fitoparasitas existentes, associando-os às diferentes características dos campos: idade do campo, textura do solo, histórico de doenças, entre outros factores. Para tal foram escolhidos campos com base nos seguintes critérios: com e sem historial de nemátodes fitoparasitas; campos situados em zonas de maior ou menor concentração de turistas; campos pertencentes ao mesmo grupo financeiro e outros com outra gestão, campos com diferentes idades; e campos com diferentes variedades de relvas. Para os campos do mesmo grupo financeiro (Grupo Oceânico) - Laguna, Millennium, Victória, Old Course, Pinhal, Faldo e O´Connor, foram efectuadas três amostragens em diferentes datas (Julho e Setembro de 2010 e Abril de 2011); e para os restantes campos (de outros grupos) - Grupo Vale de Lobo – Royal/Ocean, Grupo CS – Álamos/Morgado do Reguengo, Quinta da Ria/Quinta de Cima, Alto Golfe e Benamor, foram realizadas duas amostragens (Março e Maio de 2011). Em todos os campos foram recolhidos 20 cores em 5 greens e foi feita a extracção utilizando três métodos diferentes - funil de Baermann, raízes maceradas e flutuação centrífuga. Durante a avalição do melhor método de extracção foi observado que apesar da variabilidade da amostra (tipo de solo, textura do solo, material e crivagem) o método mais eficaz foi o método de extracção por flutuação centrífuga. Este método não só apresentou maior variedade de géneros como maior quantidade de nemátodes fitoparasitas. Em todos os campos de golfe amostrados foram observados os seguintes géneros - Helicotylenchus, Meloidogyne e Tylenchorhynchus, pelo que se concluiu que se tratavam dos géneros mais comuns independentemente das características dos campos amostrados. Para os dois primeiros géneros foi frequentemente ultrapassado o limite de dano estipulado para a Europa e Estados Unidos e não foram visíveis danos nos relvados. Isto sugere que novos trabalhos deverão ser realizados na tentativa de adaptar esses limites de dano padronizados á realidade portuguesa mais concretamente á região algarvia. Foram também encontrados em menor número e nunca em todos os campos de golfe amostrados, os seguintes géneros: Xiphinema, Pratylenchus, Tylenchulus, Paratrichodorus, Hemicycliophora, Hemicriconemoides e Criconemoides.Por fim, não foi possível determinar se havia alguma ligação entre os diferentes campos do mesmo grupo e grupos diferentes uma vez que o número de indivíduos dos géneros encontrados foi pouco significativo.

Optimização da hidrólise com ácido diluído para o fraccionamento selectivo das hemiceluloses de palha de sorgo: estudo da bioconversão dos hidrolisados para produção de xilitol

O sorgo é uma potencial cultura energética com especial interesse para os climas mediterrânicos. Quer o seu suco quer a sua fracção lenhocelulósica podem ser utilizados no âmbito das biorrefinarias. O objectivo deste trabalho consistiu na optimização da hidrólise com ácido diluído da hemicelulose do sorgo e sua posterior bioconversão a xilitol. Dada a dificuldade de trabalhar o sorgo verde e a quantidade potencial de açúcares ainda presentes no sorgo seco foi feita uma pré-extracção aquosa (PEA) do sorgo biomassa, cujas condições foram optimizadas (100ºC, 45 min, razão líquido/sólido 7 g/g). Para além disso, foram também caracterizados três tipos de sorgo verde (doce, forrageiro e biomassa) relativamente ao teor e tipo de açúcares presentes no suco e licor da PEA, anteriormente optimizada. O material seco pré-tratado foi submetido a uma hidrólise com ácido diluído, tendo-se estudado a influência do tempo de operação e concentração de catalisador (H2SO4) na hidrólise da hemicelulose, a 130ºC. Os resultados foram interpretados através do factor de severidade combinado (CS), num intervalo entre 1,17-2,31. As condições óptimas correspondem a um CS de 1,98, (1,4% H2SO4 e 75 min), tendo-se recuperado na fase líquida 80% da hemiceluloses sob a forma de pentoses livres, juntamente com baixas concentrações de inibidores. O hidrolisado obtido nas condições optimizadas foi utilizado como meio de crescimento e, após concentração, como meio de cultura para a produção de xilitol pela levedura Debaryomyces hansenii CCMI 941. Como meios de inóculo foram testados o hidrolisado ácido e o licor da PEA, ambos suplementados. O último permitiu o crescimento mais rápido da levedura e a obtenção de concentrações celulares adequadas. No entanto, dado que a fase de latência no meio de produção de xilitol foi superior e, consequentemente a produtividade em xilitol inferior, optou-se pelo crescimento do inóculo em meio contendo hidrolisado. A remoção de compostos inibidores foi avaliada através da destoxificação do hidrolisado com carvão activado que permitiu uma remoção significativa de furfural, compostos fenólicos e ácido acético. No entanto, os melhores resultados da produção de xilitol foram obtidos em hidrolisado não-destoxificado e correspondem a um rendimento em xilitol e produtividade volumétrica de 0,64 g.g-1 e 0,56 g.L-1.h-1, respectivamente. Estes resultados encontram-se entre os melhores descritos na literatura para hidrolisados nãodestoxificados, mostrando assim as potencialidades deste material, da levedura e do processo desenvolvido.

Filodinâmica do vírus da tristeza dos citrinos: epidemiologia molecular e biologia evolutiva

O Citrus tristeza virus (CTV), responsável por várias doenças em citrinos, é um dos maiores condicionantes da citricultura a nível mundial. Existem diversos isolados de CTV com diferentes características biológicas e moleculares, sendo que os sintomas causados pelo vírus dependem essencialmente do isolado viral e da combinação variedade/porta-enxerto. A implementação de medidas de controlo da doença depende, em grande parte, do tipo de isolados presentes numa dada região. No Capítulo 2, efetuou-se uma análise comparativa entre dois métodos de tipificação de isolados de CTV e verificou-se que a caracterização por PCR assimétrico-ELISA, que considera a existência de sete grupos, é mais adequada à descrição da estrutura genética de CTV. Estes resultados foram complementados com o estudo da dinâmica de colonização de cada grupo filogenético através de um imuno-ensaio in situ (Capítulo 3). Os resultados obtidos sugerem que os isolados de CTV diferem na quantidade de células infetadas e que essa diferença parece estar relacionada com a severidade do isolado. No Capítulo 4, o estudo da variabilidade genómica da região 3’ terminal permitiu verificar que a estrutura de grupos obtida para o gene da proteína da cápside (CP) é extensível a toda a região 3’ terminal que contém os genes mais fortemente implicados na interação com o hospedeiro. A estabilidade da estrutura genética nesta região foi também inferida a partir da pesquisa de eventos de recombinação. Os resultados sugerem uma baixa frequência de recombinação entre isolados de CTV, mesmo em isolados contendo mistura de haplótipos e mantidos há mais de 12 anos no mesmo hospedeiro. Adicionalmente, foi estimada a taxa de evolução de CTV através de um método estatístico Bayesiano (Capítulo 5). Para tal, foram usadas sequências do gene da CP de isolados de diversas regiões do mundo, pertencentes a diferentes grupos filogenéticos e obtidas entre 1990 e 2010. A taxa média de evolução estimada foi de 1,58 X 10-4 substituições nucleotídicas / ano. No geral, os resultados destes dois capítulos mostram que os isolados de CTV mantêm uma elevada estabilidade genética ao longo do tempo. Finalmente, no Capítulo 6, foi estudada a situação epidemiológica de CTV em Portugal continental a partir de isolados de CTV recolhidos no campo, onde se verificou que a maioria das árvores infetadas era composta por isolados de CTV pertencentes ao grupo M, ou seja isolados considerados suaves e que não provocam sintomas severos.

Palinostratigrafia e isótopos estáveis do Jurássico da Bacia Algarvia e da Carrapateira

A biostratigrafia de dinoflagelados, do Jurássico da Bacia Algarvia e do Afloramento Mesozoico da Carrapateira, foi efetuada com base no estudo palinológico de 482 amostras, provenientes de quinze sucessões margo-calcárias da sub-bacia ocidental, sub-bacia oriental e de duas sondagens offshore da Bacia Algarvia, e da Baía das Três Angras no Afloramento Mesozoico da Carrapateira. As amostras recolhidas do Jurássico Inferior revelaram-se pobres em palinomorfos devido, principalmente, à natureza dolomítica destas sucessões carbonatadas. Os resíduos orgânicos das amostras pertencentes ao Jurássico Médio e Superior são, geralmente, abundantes e possuem palinomorfos bem preservados. Foram identificadas 57 espécies de quistos de dinoflagelados, 5 espécies de esporos, 9 espécies de pólenes, 1 género de acritarcas e 1 género de algas. Os novos dados palinostratigráficos, com base em quistos de dinoflagelados, são consistentes com as Cronozonas de amonites descritas para estas sucessões. As palinofloras de dinoflagelados revelam afinidades com a província do Tétis. Na Bacia Algarvia não foi registada a presença das principais formas marcadoras das biozonas do NW da Europa e as associações recuperadas revelaram-se significativamente menos diversas do que associações contemporâneas conhecidas noutros locais. Este facto estará relacionado com fatores paleogeográficos e com as condições restritas que prevaleceram na Bacia Algarvia durante o Jurássico. A partir da análise de palinofácies verificou-se a existência de uma grande similaridade entre os ambientes deposicionais em todas as sucessões analisadas, verificando-se a existência de uma variação entre ambientes de plataforma proximal a intermédia, sempre com forte influência continental. Os perfis quimiostratigráficos,de δ13C e δ18O, obtidos da análise de rocha total, das sucessões carbonatadas do Bajociano superior - Kimmeridgiano inferior, mostram uma tendência geral semelhante às curvas δ13C e δ18O globais para este intervalo, no domínio tetisiano. Excursões negativas de δ13C foram observadas em Benaçoitão e na Baía das Três Angras. No entanto, estes terão sido eventos locais, que não têm relação com a curva global δ13C, tendo sido interpretados como o resultado da entrada de grande quantidade de 12C para a bacia, cuja origem pode estar associada à degradação e oxidação da matéria orgânica e/ou meteorização das áreas continentais em consequência de variações do nível do mar.