Multi-scale dynamics on the Eastern Brazilian margin

Este trabalho combina esforços de simulação numérica e de análise de dados para investigar a dinâmica em diversos compartimentos (oceano aberto, plataforma continental e zona costeira-estuarina) e, em multiplas escalas, na Margem Continental Leste Brasileira (MCLB). A circulação de largo e mesoescala espacial e a propagação da maré barotrópica são investigadas através de uma configuração aninhada do modelo numérico ROMS. O estudo da dinâmica regional da Baía de Camamu (CMB) baseia-se na análise de dados locais. A MCLB, localizada a SW do Atlântico Sul entre 8±S e 20±S, possui plataforma estreita, batimetria complexa, e baixa produtividade primária. A sua dinâmica é influenciada pela divergência da Corrente Sul Equatorial (CSE). As simulações refletem as conexões sazonais e espaciais entre a Corrente do Brasil e a Contra Corrente Norte do Brasil , em conexão com a dinâmica da CSE. As simulações revelam atividades vorticais nas proximidades da costa e interações com a dinâmica costeira, cujos padrões são descritos. A validação do modelo em mesoescala é baseada em cálculos de energia cinética turbulenta e em dados históricos de transporte. A CMB, localizada a 13±400S, abriga uma comunidade piscatória tradicional e extenso de manguezal. Situa-se porém sobre uma bacia sedimentar com grande reservas de óleo e gás, estando em tensão permanente de impacto ambiental. Neste trabalho sumarizamos as condições físicas regionais e investigamos sua dinâmica interna, focando sua variabilidade em amostragens realizadas sob condições de seca (Setembro de 2004) e de chuva (Julho de 2005). Finalmente, o modelo numérico ROMS é forçado com o sinal de maré, empregando-se uma configuração simples (com coeficientes de atrito de fundo constantes e condições hidrográficas homogéneas), com o intuito de avaliar sua resposta e investigar a natureza da propagação da maré barotrópica na MCLB, convergindo na CMB. A análise da resposta do modelo à maré basea-se em séries históricas do nível do mar para a MCLB e dados recentes da CMB.

Lacertid lizards as bioindicators of agricultural contamination

Apesar do recente aumento no número de estudos, os lagartos persistem como um dos grupos menos estudados em ecotoxicologia e o desconhecimento em relação à sua resposta à contaminação ambiental é enorme. A nível europeu, os lacertídeos têm sido identificados como potenciais espécies modelo para a ecotoxicologia com répteis. O principal objectivo deste projecto era determinar se um lacertídeo abundante pertencente ao género Podarcis, podia ser utilizado como bioindicador de exposição e toxicidade em zonas agrícolas. Para atingir este objectivo, utilizámos uma estratégia integrada com três fases. Numa primeira fase realizou-se um estudo de campo para documentar o tipo de exposição e parâmetros populacionais de populações de lacertídeos que ocorrem em zonas de uso intenso de pesticidas e zonas de agricultura orgânica. A segunda fase consistiu num estudo de mesocosmo em que se expuseram juvenis a um conjunto de pesticidas em condições controladas durante um período de um ano. Finalmente, a terceira fase incluiu um estudo laboratorial sobre os efeitos do clorpirifos, um dos insecticidas mais utilizado a nível global, em lagartixas. No término de cada um dos estudos, analisaram-se diversos biomarcadores e parâmetros de exposição e toxicidade a pesticidas nos diferentes indivíduos. Este conjunto abrangente de parâmetros foi analisado em diferentes níveis de organização biológica, incluindo parâmetros populacionais, bem como comportamentais, fisiológicos, bioquímicos e histológicos. Em geral, detectaram-se poucas diferenças estatísticas significativas entre as populações dos campos expostos a pesticidas e populações referência. Confirmando a dificuldade que existe em isolar os efeitos de diferentes contaminantes sobre as populações de outros factores locais, ciclos sazonais ou eventos estocásticos. As populações de P. bocagei parecem ser capazes de lidar com o nível observado de exposição a pesticidas. No entanto, indivíduos que vivem em locais expostos a pesticidas parecem estar menos adaptados ecologicamente do que aqueles que vivem em locais referência, apresentando um estado de depleção nutricional e sinais de stress metabólico. Os resultados obtidos com os animais da experiência de mesocosmo parecem reforçar estes resultados. Os animais prosperaram relativamente bem em todos os mesocosmos, independentemente do tratamento ou não com pesticidas, apresentando uma ampla gama de comportamentos naturais. A abordagem laboratorial confirmou P. bocagei como um valioso indicador de exposição sub-letal a doses ambientalmente realistas de clorpirifos. De acordo, com o conjunto d resultados obtidos, P. bocagei parece ser um bioindicador adequado de exposição a pesticidas.

A governance approach to integrated rural tourism: factors influencing organisational performance and tourism support of local development organisations

Ao longo das últimas três décadas, o envolvimento das comunidades na formulação de políticas locais tem vindo a ganhar cada vez mais atenção como uma abordagem sustentável para o desenvolvimento rural na União Europeia (UE) e no mundo. Emergendo da globalização, novas estruturas de governação têm desafiado a base territorial restricta da autoridade do Estado soberano através do envolvimento de uma rede complexa e de autoorganização de atores governamentais e não-governamentais na tomada de decisões coletivas. A reestruturação territorial e institucional das zonas rurais, associada à expansão da governança rural, ganhou atenção considerável na literatura. No entanto, o potencial de empregar princípios de governança como fatores que determinam as direções de desenvolvimento rural através de desempenho organizacional e apoio no turismo não tem sido amplamente explorado na literatura. Deste modo, o principal objetivo desta tese consiste no emprego de ‘integração’, ‘participação’ e ‘empowerment’ como fatores críticos que influenciam os rumos do desenvolvimento rural (1) através do desempenho organizacional das organizações de governança rural e (2) apoio no turismo de organizações de desenvolvimento rural tendo em vista a validação da abordagem de governança para o turismo integrado. Ao longo deste duplo objectivo geral, a tese é dividida numa componente qualitativa de ‘desempenho’ e numa componente quantitativa de ‘apoio’. Seguindo uma abordagem sistemática baseada num sistema conceptual, foram realizadas 38 entrevistas em profundidade com pessoas chave envolvendo gestores do programa LEADER da UE na Hungria (34% do número total de Grupos de Ação Local [GAL]), seguido por um levantamento de campo transversal realizado através de um sistema de recolha de dados na Internet, tendo resultado em 662 questionários válidos para uma taxa de resposta de 63.6%. Os resultados da componente “desempenho” revelaram padrões na implementação dos princípios de governança, que por sua vez permitiram a identificação de fatores que permitem e restringem o desempenho organizacional. Os resultados da componente “apoio” permitiram destacar que o ponto de vista de redes de desenvolvimento local nos princípios de governança não é homogéneo. Diferenças significativas foram encontradas entre organizações responsáveis pelo planeamento e os grupos de aconselhamento. Contudo, os resultados sugeriram que a dimensão sustentável de turismo rural integrado é um prognosticador da contribuição do turismo para o desenvolvimento global da comunicade e para o apoio do turismo ao longo das redes de desenvolvimento local. Este estudo responde a uma necessidade crescente de investigação, que resulta da proliferação à escala mundial de formações de governança em sistemas de administração pública, tanto no lado dos investigadores como no lado dos praticantes.

Embarcações tradicionais da Ria de Aveiro: uma análise pelo design

Perante o estado de perda de grande parte do património móvel, material e imaterial, lagunar, e da consequente desvalorização identitária da região, nomeadamente, das embarcações tradicionais da Ria de Aveiro, surgiu a necessidade de efectuar um levantamento desse património e de o caracterizar. Para tal, delimitamos o estudo no espaço e no tempo. O território abrange a grande área lagunar do Distrito de Aveiro, denominada de Ria de Aveiro, com uma extensão de cerca de 47km, de norte a sul - de Ovar a Mira - incluindo as lagoas adjacentes: Barrinha de Mira, Lagoa e a Pateira de Fermentelos. No tempo, marcamos como referência, o início do século XIX até à actualidade. A partir do ano de 1808, a laguna adquire uma configuração morfológica, perto da actual e condições de navegabilidade estáveis para as embarcações tradicionais, devido à fixação da Barra do Porto de Aveiro. Após realizar as primeiras pesquisas, apoiados em fontes bibliográficas, iconográficas e videográficas apercebemo-nos da dispersão da informação existente e das poucas obras que abordam o tema. Desta forma, sentiu-se a necessidade de realizar uma pesquisa de campo, que contextualizasse e aportasse informação pertinente ao tema em estudo. Iniciamos a pesquisa de campo, utilizando as técnicas da observação passiva e activa, e do registo de imagem, vídeo, áudio e gráfico. Realizamos entrevistas, assistimos a processos de construção, efectuamos levantamentos e anotações de medidas, elaboramos esquissos de pormenores, apoiados nas ferramentas da Etnografia e do Design e participamos em eventos ligados à temática. Realizamos um levantamento das embarcações existentes, localizando-as e contextualizando-as no território regional. Descrevemo-las, analisamos a sua forma, função, estética, e o processo construtivo, e com base na análise de outros trabalhos, apresentamos uma proposta classificativa, por tipologias, para as embarcações tradicionais da Ria de Aveiro. Com base na comparação dos desenhos das embarcações procuramos alguns marcadores genéticos comuns, caracterizadores e transmissores da identidade do nosso património lagunar. Recolhemos, observámos e procuramos entender a problemática subjacente a este tema. Por fim, elaboramos um ensaio conclusivo sobre essa problemática da perda do património lagunar móvel, na contemporaneidade, classificando-o, e obtendo resultados que nos elucidam sobre a actual situação, e anunciam uma previsão futura de perda total, caso não se registem urgentes intervenções estratégicas para minimizar e travar esta realidade.

Development of infrared spectroscopy for assessing bacterial quality in foods

Rapid and specific detection of foodborne bacteria that can cause food spoilage or illness associated to its consumption is an increasingly important task in food industry. Bacterial detection, identification, and classification are generally performed using traditional methods based on biochemical or serological tests and the molecular methods based on DNA or RNA fingerprints. However, these methodologies are expensive, time consuming and laborious. Infrared spectroscopy is a reliable, rapid, and economic technique which could be explored as a tool for bacterial analysis in the food industry. In this thesis it was evaluated the potential of IR spectroscopy to study the bacterial quality of foods. In Chapter 2, it was developed a calibration model that successfully allowed to predict the bacterial concentration of naturally contaminated cooked ham samples kept at refrigeration temperature during 8 days. In this part, it was developed the methodology that allowed the best reproducibility of spectra from bacteria colonies with minimal sample preparation, which was used in the subsequent work. Several attempts trying different resolutions and number of scans in the IR were made. A spectral resolution of 4 cm-1, with 32 scans were the settings that allowed the best results. Subsequently, in Chapter 3, it was made an attempt to identify 22 different foodborne bacterial genera/species using IR spectroscopy coupled with multivariate analysis. The principal component analysis, used as an exploratory technique, allowed to form distinct groups, each one corresponding to a different genus, in most of the cases. Then, a hierarchical cluster analysis was performed to further analyse the group formation and the possibility of distinction between species of the same bacterial genus. It was observed that IR spectroscopy not only is suitable to the distinction of the different genera, but also to differentiate species of the same genus, with the simultaneous use of principal component analysis and cluster analysis techniques. The utilization of IR spectroscopy and multivariate statistical analysis were also investigated in Chapter 4, in order to confirm the presence of Listeria monocytogenes and Salmonella spp. isolated from contaminated foods, after growth in selective medium. This would allow to substitute the traditional biochemical and serological methods that are used to confirm these pathogens and that delay the obtainment of the results up to 2 days. The obtained results allowed the distinction of 3 different Listeria species and the distinction of Salmonella spp. from other bacteria that can be mistaken with them. Finally, in chapter 5, high pressure processing, an emerging methodology that permits to produce microbiologically safe foods and extend their shelf-life, was applied to 12 foodborne bacteria to determine their resistance and the effects of pressure in cells. A treatment of 300 MPa, during 15 minutes at room temperature was applied. Gram-negative bacteria were inactivated to undetectable levels and Gram-positive showed different resistances. Bacillus cereus and Staphylococcus aureus decreased only 2 logs and Listeria innocua decreased about 5 logs. IR spectroscopy was performed in bacterial colonies before and after HPP in order to investigate the alterations of the cellular compounds. It was found that high pressure alters bands assigned to some cellular components as proteins, lipids, oligopolysaccharides, phosphate groups from the cell wall and nucleic acids, suggesting disruption of the cell envelopes. In this work, bacterial quantification and classification, as well as assessment of cellular compounds modification with high pressure processing were successfully performed. Taking this into account, it was showed that IR spectroscopy is a very promising technique to analyse bacteria in a simple and inexpensive manner.

Nanosensor for assessing the risk of a cardiovascular disease

The incidence of cardiovascular diseases (CVD) has been increasing according to the European and global statistics. Thus, the development of new analytical devices, such as biosensors for assessing the risk of CVD could become a valuable approach for the improvement of healthcare service. In latest years, the nanotechnology has provided new materials with improved electronic properties which have an important contribution in the transduction mechanism of biosensors. Thus, in this thesis, biosensors based on field effect transistors with single-walled carbon nanotubes (NTFET) were developed for the detection of C-reactive protein (CRP) in clinical samples, that is, blood serum and saliva from a group of control patients and a group of CVD risk patients. CRP is an acute-phase protein, which is commonly known as the best validated biomarker for the assessment of CVD, the single-walled carbon nanotubes (SWCNT) were applied as transduction components, and the immunoreaction (interaction between the CRP antigen and the antibodies specific to CRP) was used as the mechanism of molecular recognition for the label-free detection of CRP. After the microfabrication of field effect transistors (FET), the screening of the most important variables for the dispersion of SWCNT, the assemblage of NTFET, and their application on standard solutions of CRP, it was found that NTFET respond accurately to CRP both in saliva and in serum samples, since similar CRP levels were found with the NTFET and the traditional methodology (ELISA technique). On the other hand, a strong correlation between salivary and serum CRP was found with NTFET, which means that saliva could be used, based on non-invasive sampling, as an alternative fluid to blood serum. It was also shown that NTFET could discriminate control patients from CVD risk patients, allowing the determination of a cut-off value for salivary CRP of 1900 ng L-1, which corresponds to the well established cut-off of 3 mg L-1 for CRP in serum, constituting an important finding for the possible establishment of a new range of CRP levels based on saliva. According to the data provided from the volunteer patients regarding their lipoprotein profile and lifestyle factors, it was concluded that the control and the CVD risk patients could be separated taking into account the various risk factors established in literature as strong contributors for developing a CVD, such as triglycerides, serum CRP, total cholesterol, LDL cholesterol, body mass index, Framingham risk score, hypertension, dyslipidemia, and diabetes mellitus. Thus, this work could provide an additional contribution to the understanding of the association of biomarkers levels in serum and saliva samples, and above all, cost-effective, rapid, label-free, and disposable NTFET were developed, based on a noninvasive sampling, for the assessment of CVD risk, thus constituting a potential point-of-care technology.