Lichenicidin biosynthesis and search for novel antibacterial peptides

A estirpe Bacillus licheniformis I89 possui a capacidade de produzir alguns compostos com actividade antibacteriana. No presente estudo, a separação desses compostos foi realizada através da aplicação de vários procedimentos, incluindo extracção em fase sólida e cromatografia liquida de alta pressão. Dois destes compostos bioactivos constituem o lantibiótico de classe II lichenicidina e são caracterizados pela massas molecular de 3250 Da (Bliα) e 3020 Da (Bliβ). O cluster responsável pela biossíntese da lichenicidina foi heterologamente expresso em Escherichia coli, constituindo a primeira descrição da produção de um lantibiótico totalmente in vivo num hospedeiro Gram-negativo. Este sistema foi subsequentemente explorado com o objectivo de relacionar cada proteína codificada no cluster genético da lichenicidina na produção dos péptidos Bliα e Bliβ. O desenvolvimento do sistema de trans complementação possibilitou a produção de variantes destes péptidos. A análise das massas moleculares destas variantes assim como a análise dos padrões de fragmentação obtidos por MS/MS permitiu a revisão de algumas das características estruturais previamente proposta para Bliα e Bliβ. A análise dos genes hipoteticamente envolvidos na protecção da estirpe produtora contra a acção antibiótica da lichenicidina revelou, que em E. coli, a sua ausência não resulta no aumento da susceptibilidade a este composto. Verificou-se também que a presença destes genes não é essencial para a produção de lichenicidina em E. coli. Foi também confirmado experimentalmente que a membrana externa da E. coli constitui uma barreira natural para a entrada dos péptidos na célula. De facto, uma das características intrigantes da produção de lichenicidina por uma bactéria de Gram negativo reside no mecanismo de transporte dos dois péptidos através da membrana externa. Neste estudo foi demonstrado que na ausência da proteína de membrana TolC, a massa molecular de Bliα e Bliβ não foi identificada no sobrenadante de E. coli, demonstrando assim que a sua presença no ambiente extra-celular não se devia a um processo de lise bacteriana. Foi ainda avaliada a capacidade da maquinaria biossintética da lichenicidina para produzir o lantibiótico haloduracina, através do processamento de chimeras lichenicidina-haloduracina, contudo, os resultados foram negativos. Verificou-se ainda que em determinadas condições de incubação, a diferenciação da morfologia original da estirpe B. licheniformis I89 pode ocorrer. Esta dissociação implicou a transição da colónia parental e rugosa para uma colónia de aparência mais simples e suave. Desta forma, as diferenças das duas morfologias em termos de taxa de crescimento, esporulação e actividade antibiótica foram investigadas. Considerando especificamente Bliα e Bliβ verificou-se que a abundância destes péptidos nas culturas do fenótipo fino é geralmente inferior aquela identificada nas culturas do fenótipo parental. Por último, a diversidade de elementos genéticos constituintes de péptido sintetases não ribossomais (NRPS) foi investigada em lagoas no centro de Portugal e em solos provenientes de caves do sul de Portugal, revelando a presença de potenciais novas NRPS nestes ambientes.

Dificuldades de síntese na escrita de alunos do ensino superior politécnico

O presente estudo teve como objectivo analisar o desempenho de alunos de primeiro ano dos cursos de Engenharia e de Ecoturismo da Escola Superior Agrária (ESAC) do Instituto Politécnico de Coimbra (IPC) no que respeita à realização de uma síntese da informação escrita a partir de várias fontes. O estudo compreendeu duas partes, constituídas em dois estudos de caso: no primeiro, realizado no ano lectivo de 2003/2004, participaram 123 alunos; no segundo, realizado no ano lectivo de 2006/2007, participaram 60 alunos, constituindo estes a totalidade de alunos de primeiro ano que estudaram a língua nacional sob as orientações do novo “Programa de Língua Portuguesa” vigente no Ensino Secundário a partir de 2003. Em ambos os estudos de caso, procurou-se conhecer o que pensavam os alunos sobre a sua relação com a escrita em contexto escolar e sobre os seus procedimentos e dificuldades relativos à selecção e síntese da informação. Foram analisados os seus procedimentos preliminares à produção de um texto a partir de várias fontes através de eventuais sublinhados, apontamentos e rascunhos e, em seguida, através do trabalho de revisão e qualidade do texto final, que pressupunha o domínio ao nível da explicitação do conhecimento. A análise comparativa a partir dos estudos e os resultados finais revelaram dificuldades de selecção, organização e conexão da informação, bem como dificuldades relativas a uma construção discursiva própria a partir da situação de comunicação proposta, tanto ao nível da superfície do texto quanto ao nível da sua estrutura profunda. Assim, considerando que os participantes no estudo apresentaram dificuldades ao nível da explicitação do conhecimento, considerando a pouca ou nenhuma abordagem do assunto no Ensino Secundário em Portugal, considerando ainda que, em contexto académico, a competência de escrita a partir de várias fontes com vista à explicitação do conhecimento é uma condição básica e necessária para uma escrita de transformação do conhecimento e consequente literacia crítica, torna-se imperativo reflectir sobre o problema para buscar soluções. A inclusão de uma disciplina no primeiro ano do Ensino Superior (cujos conteúdos básicos são aqui sugeridos) - que contemple o ensino explícito da escrita para o desenvolvimento das competências de explicitação e transformação do conhecimento - poderá ser uma interessante solução para promover a melhoria do desempenho escritural dos alunos na difícil transição do Ensino Secundário para o Superior, tornando-os mais auto-confiantes, afastando-os da prática do plágio e contribuindo para o seu sucesso escolar.

Metodologias de optimização topológica em cálculo estrutural

A optimização estrutural é uma temática antiga em engenharia. No entanto, com o crescimento do método dos elementos finitos em décadas recentes, dá origem a um crescente número de aplicações. A optimização topológica, especificamente, surge associada a uma fase de definição de domínio efectivo de um processo global de optimização estrutural. Com base neste tipo de optimização, é possível obter a distribuição óptima de material para diversas aplicações e solicitações. Os materiais compósitos e alguns materiais celulares, em particular, encontram-se entre os materiais mais proeminentes dos nossos dias, em termos das suas aplicações e de investigação e desenvolvimento. No entanto, a sua estrutura potencialmente complexa e natureza heterogénea acarretam grandes complexidades, tanto ao nível da previsão das suas propriedades constitutivas quanto na obtenção das distribuições óptimas de constituintes. Procedimentos de homogeneização podem fornecer algumas respostas em ambos os casos. Em particular, a homogeneização por expansão assimptótica pode ser utilizada para determinar propriedades termomecânicas efectivas e globais a partir de volumes representativos, de forma flexível e independente da distribuição de constituintes. Além disso, integra processos de localização e fornece informação detalhada acerca de sensibilidades locais em metodologias de optimização multiescala. A conjugação destas áreas pode conduzir a metodologias de optimização topológica multiescala, nas quais de procede à obtenção não só de estruturas óptimas mas também das distribuições ideais de materiais constituintes. Os problemas associados a estas abordagens tendem, no entanto, a exigir recursos computacionais assinaláveis, criando muitas vezes sérias limitações à exequibilidade da sua resolução. Neste sentido, técnicas de cálculo paralelo e distribuído apresentam-se como uma potencial solução. Ao dividir os problemas por diferentes unidades memória e de processamento, é possível abordar problemas que, de outra forma, seriam proibitivos. O principal foco deste trabalho centra-se na importância do desenvolvimento de procedimentos computacionais para as aplicações referidas. Adicionalmente, estas conduzem a diversas abordagens alternativas na procura simultânea de estruturas e materiais para responder a aplicações termomecânicas. Face ao exposto, tudo isto é integrado numa plataforma computacional de optimização multiobjectivo multiescala em termoelasticidade, desenvolvida e implementada ao longo deste trabalho. Adicionalmente, o trabalho é complementado com a montagem e configuração de um cluster do tipo Beowulf, assim como com o desenvolvimento do código com vista ao cálculo paralelo e distribuído.

e-Participação : estudo sobre a participação em ambiente Web 2.0

Como reflexo da crescente disponibilização de recursos tecnológicos em ambiente Web 2.0 tem-se assistido, de forma gradual, a um contraponto de ordem social à inércia do poder político em sede da participação, traduzido numa intervenção mais ativa dos cidadãos, individualmente ou sob a forma de grupos de interesses, com recurso a processos de interação nos media participativos, nomeadamente nas redes sociais. Embora seja possível reconhecer alguma evolução no sentido da transparência na ação dos Governos, através de canais habitualmente mais vocacionados para procedimentos comunicacionais de natureza unidirecional, este estudo decorreu no sentido da caraterização das práticas participativas dos cidadãos, em ambiente digital, e das políticas e canais disponibilizados pelas administrações públicas, nomeadamente no âmbito da EU, em função dos compromissos assumidos por parte dos seus Estados-Membros para a criação e implementação de mecanismos de interação, no sentido de uma democracia digital, que enquanto conceção, enquadraria a participação dos cidadãos. Com este estudo pretendeu-se identificar necessidades e expectativas dos cidadãos, no contexto da cidadania participativa ou da democracia digital, sendo referenciados contextos enquadradores, correspondentes aos níveis da intervenção no exercício da cidadania em ambiente Web e ao estado da arte da componente que nessa matéria caberia aos Estados, nomeadamente no contexto da União Europeia e em particular, em Portugal. Para a concretização deste trabalho recorreu-se a bibliografia diversa, a exemplos práticos e à expressão da opinião de entidades singulares de reconhecido mérito e de representantes de Organizações da sociedade civil, sob a forma de entrevistas, parecendo pode retirar-se que as TIC não terão de assumir como objetivo procurar implantar uma democracia direta, em detrimento do contexto representativo, antes vir o seu potencial tecnológico a assumir um papel relevante no âmbito da complementaridade de interesses entre os poderes e os cidadãos.

In search of reliable centimeter-level indoor positioning: a smartphone-based approach

This thesis describes the design and implementation of a reliable centimeter-level indoor positioning system fully compatible with a conventional smartphone. The proposed system takes advantage of the smartphone audio I/O and processing capabilities to perform acoustic ranging in the audio band using non-invasive audio signals and it has been developed having in mind applications that require high accuracy, such as augmented reality, virtual reality, gaming and audio guides. The system works in a distributed operation mode, i.e. each smartphone is able to obtain its own position using only acoustic signals. To support the positioning system, a Wireless Sensor Network (WSN) of synchronized acoustic beacons is used. To keep the infrastructure in sync we have developed an Automatic Time Synchronization and Syntonization (ATSS) protocol with a standard deviation of the sync offset error below 1.25 μs. Using an improved Time Difference of Arrival (TDoA) estimation approach (which takes advantage of the beacon signals’ periodicity) and by performing Non-Line-of-Sight (NLoS) mitigation, we were able to obtain very stable and accurate position estimates with an absolute mean error of less than 10 cm in 95% of the cases and a mean standard deviation of 2.2 cm for a position refresh period of 350 ms.