Estudo de receptores sintéticos no reconhecimento molecular de substratos aniónicos e iões metálicos

O trabalho descrito insere-se no âmbito da Química Supramolecular e consistiu no desenvolvimento de receptores artificiais, na forma protonada ou complexada, para o reconhecimento molecular de substratos aniónicos derivados de ácidos carboxílicos incluindo os herbicidas PMG2-, ATCP- e 2,4-D-. Foram investigadas duas séries de aniões, uma alifática (ox2-, mal2-, suc2-, glu2-, adip2-, cit3- e cta3-) e outra aromática (bzc-, naphc-, anthc-, pyrc-, ph2-, iph2-, tph2-, btc3-, dihyac2-, 4,4-dibzc2-, 3-nitrobzc- e 4-nitrobzc-). Foram sintetizados sete novos ligandos macrocíclicos simétricos constituídos por anéis aromáticos piridina ou fenantrolina ligados por cadeias de poliaminas saturadas. O comportamento ácido-base destes macrociclos foi investigado em solução aquosa e as constantes de protonação correspondentes determinadas por métodos potenciométricos e de RMN de 1H. As propriedades de complexação destes ligandos com os iões metálicos Ni2+, Cu2+, Zn2+, Cd2+ e Pb2+ foram também estudadas por métodos potenciométricos nas mesmas condições experimentais, tendo revelado que os macrociclos de dimensão média são capazes de acomodar um ou dois iões metálicos. O complexo dinuclear de Cu(II) derivado do macrociclo com dois grupos piridina foi utilizado como receptor de aniões carboxilato originando complexos ternários. Todos os complexos foram caracterizados em solução por espectroscopias de UV/vis/IVpróx e de RMN. As espécies paramagnéticas foram também caracterizadas por espectroscopia de RPE. A formação de espécies ternárias foi ainda investigada por espectrometria de massa ESI-MS e ESI-MS/MS. As estruturas cristalinas de alguns dos complexos foram determinadas por difracção de raios-X. As formas protonadas dos macrociclos foram utilizadas como receptores de uma grande variedade de aniões carboxilato. O reconhecimento molecular entre os receptores e os substratos aniónicos foi investigado em solução por métodos potenciométricos e de espectroscopia de RMN com determinação das constantes de associação. Os agregados supramoleculares foram caracterizados no estado sólido por difracção de raios-X. Finalmente as associações supramoleculares foram estudadas em solução por métodos de dinâmica molecular com determinação dos termos entrópicos e entálpicos das energias livres de ligação. Em resumo, nesta tese apresentam-se os resultados de estudos realizados com duas famílias de macrociclos: desde a síntese dos compostos, passando por estudos em solução e finalizando com simulação molecular. Este estudo sistemático através da conjugação de metodologias complementares permitiu caracterizar ao nível macroscópico e microscópico as associações moleculares.

Subspace-based techniques and applications

Este trabalho focou-se no estudo de técnicas de sub-espaço tendo em vista as aplicações seguintes: eliminação de ruído em séries temporais e extracção de características para problemas de classificação supervisionada. Foram estudadas as vertentes lineares e não-lineares das referidas técnicas tendo como ponto de partida os algoritmos SSA e KPCA. No trabalho apresentam-se propostas para optimizar os algoritmos, bem como uma descrição dos mesmos numa abordagem diferente daquela que é feita na literatura. Em qualquer das vertentes, linear ou não-linear, os métodos são apresentados utilizando uma formulação algébrica consistente. O modelo de subespaço é obtido calculando a decomposição em valores e vectores próprios das matrizes de kernel ou de correlação/covariância calculadas com um conjunto de dados multidimensional. A complexidade das técnicas não lineares de subespaço é discutida, nomeadamente, o problema da pre-imagem e a decomposição em valores e vectores próprios de matrizes de dimensão elevada. Diferentes algoritmos de préimagem são apresentados bem como propostas alternativas para a sua optimização. A decomposição em vectores próprios da matriz de kernel baseada em aproximações low-rank da matriz conduz a um algoritmo mais eficiente- o Greedy KPCA. Os algoritmos são aplicados a sinais artificiais de modo a estudar a influência dos vários parâmetros na sua performance. Para além disso, a exploração destas técnicas é extendida à eliminação de artefactos em séries temporais biomédicas univariáveis, nomeadamente, sinais EEG.

Evolutionary diversification in Central Brazil: where Amazonia and Cerrado meet

Apesar da fauna de mamíferos Neotropicais ser uma das mais ricas do mundo, o nosso conhecimento sobre os limites de espécies, distribuições geográficas e relações filogenéticas está ainda agora no seu início. As áreas de transição entre os dois maiores biomas da América do Sul, o Cerrado e a Amazónia, são ainda menos conhecidas. Até ao momento, escassos estudos focaram os pequenos mamíferos destas áreas. Destes estudos, apenas dois apresentam dados taxonómicos e de distribuição geográfica de uma lista de espécies reduzida e, nenhum é focado nos processos evolutivos que conduziram à diversidade destas áreas. O presente trabalho tem como objectivo aumentar o conhecimento básico sobre a diversidade do médio Rio Araguaia, na região central do Brasil, através da amostragem e análise de espécies de pequenos mamíferos, integrando um intenso trabalho de campo, de laboratório e de museu. Desta forma, um total de 22 espécies é registado para o médio Araguaia. De entre estas espécies, descreve-se uma espécie nova de Rhipidomys, regista-se uma espécie não descrita de Thrichomys e uma potencial nova forma de Oligoryzomys, e também se apresenta uma diagnose emendada do obscuro Oecomys cleberi. Para cada espécie, são também descritas as suas características morfológicas e resumem-se os seus aspectos de distribuição geográfica e história natural. Para os quatro géneros acima referidos, são apresentadas as análises filogenéticas que permitem a identificação das espécies. Adicionalmente, os princípios da filogeografia são aplicados para estudar os padrões da distribuição geográfica da diversidade genética de três roedores sigmodontíneos e seis marsupiais didelphídeos. Os resultados obtidos demonstram que o Rio Araguaia forma uma barreira geográfica para espécies especialistas em florestas não-alagáveis; por outro lado, espécies generalistas apresentam partilha de haplótipos em ambas as margens do rio. Argumentamos também que os refúgios florestais e os gradientes poderão ter tido um papel importante para moldar a estrutura genética de populações de pequenos mamíferos no Brasil central. Em suma, os resultados apresentados corroboram a proposição de que a diversidade Neotropical não poderá ser explicada através de um único modelo de especiação e que estes não são mutuamente exclusivos. O entendimento integral dos processos ecológicos e históricos que deram origem à fauna Neotropical, assim como a continuidade de estudos sistemáticos, depende da realização de novas amostragens e consequente enriquecimento dos museus com colecções apropriadas.

Processo terminográfico: vertentes conceptual, comunicativa e textual

O presente trabalho de investigação visa propor uma metodologia de elaboração de uma base de dados terminológica destinada a um público não- -especialista, e surge como resposta à necessidade de transmissão de informação ao consumidor, fruto de falta de – ou parca – compreensão do mesmo, relativa a géneros alimentícios com alegações de saúde disponíveis no mercado: os denominados alimentos funcionais. A proposta metodológica de segmentação e caracterização do processo terminográfico, baseada no modelo desenvolvido por Gouadec, para organização do processo global de tradução, encontra-se organizada em três fases – pré-terminografia, terminografia e pós-terminografia –, e compreende três vertentes de análise – uma vertente conceptual, uma vertente comunicativa e uma vertente textual. Em termos gerais, na fase de pré-terminografia é desenvolvido um trabalho preparatório – de familiarização com a área de especialidade e de delimitação da subárea de especialidade, de identificação dos contextos comunicativos e de constituição de corpora especializados – essencial à subsequente fase executória – fase de terminografia – de elaboração do recurso terminológico. A última fase – fase de pós-terminografia – compreende o desenvolvimento de esforços com vista à aplicação industrial do recurso, assim como a sua posterior constante actualização. Constituem objecto de análise do presente trabalho as duas primeiras fases supramencionadas e as etapas que as constituem. A consideração de três vertentes de análise é, de igual forma, relevante.Tal facto é demonstrado ao longo do processo terminográfico, designadamente a nível da análise das repercussões, na fase de terminografia, de cada uma destas vertentes, consideradas já na fase de pré-terminografia. Com este trabalho de investigação pretendemos demonstrar o papel social da Terminologia, no contributo que pode prestar na divulgação de ciência, concretamente através da apresentação de uma proposta de uma base de dados terminológica sobre alimentos funcionais para o consumidor – a AlF Beta. Do mesmo modo, temos por objectivo contribuir a nível da reflexão teórica e metodológica em Terminologia, nomeadamente no que concerne a sua vertente aplicada, através da elaboração de recursos terminológicos destinados a públicos não-especialistas.

Saúde mental e comportamentos de risco em estudantes universitários

A saúde dos estudantes do ensino superior é uma importante questão de saúde pública, com impacto não só a nível pessoal e social, como também institucional. Nesse sentido, a presente investigação teve como objectivos: 1) caracterizar a saúde mental dos estudantes universitários, ao nível de sintomas depressivos, stress e bem-estar; 2) identificar os seus padrões de consumo de álcool, em termos de quantidade e frequência de consumo, ingestão esporádica excessiva e tipos de bebidas mais ingeridas; 3) conhecer a prevalência de dois comportamentos de risco ligados ao álcool, os comportamentos sexuais de risco e a condução sob o efeito de álcool; 4) analisar a relação entre saúde mental e consumo de álcool no ensino superior. Para esse efeito, realizou-se um estudo transversal com 666 alunos do 1º ciclo da Universidade de Aveiro. Os instrumentos utilizados foram: Ficha de Caracterização Sociodemográfica e Académica; Medida de Saúde Comportamental-20; Inventário da Depressão em Estudantes Universitários; Inventário de Stress em Estudantes Universitários; Questionário de Comportamentos de Risco em Estudantes Universitários. Os resultados mostraram que 32% dos estudantes se encontravam num patamar disfuncional quanto à sua saúde mental, 15% apresentavam sintomatologia depressiva e 26% sofriam de níveis elevados de stress, mas que apenas uma minoria destes alunos estava a receber apoio psicológico profissional. Os níveis de saúde mental foram inferiores nas mulheres, nos alunos do 1º e do 3º ano, da área de Saúde e de estatuto socioeconómico baixo. Para além disso, a maioria dos estudantes consumia álcool e 41% tiveram episódios de ingestão excessiva no último mês. Durante as festas académicas, um quarto dos estudantes ingeriu cinco ou mais bebidas por noite. O consumo de álcool foi superior nos homens, nos estudantes da área de Engenharias, de estatuto socioeconómico elevado e nos deslocados. Quanto a problemas ligados ao álcool, 13% dos estudantes sexualmente activos admitiram ter tido relações sexuais decorrentes do consumo de álcool, no último ano, e 29% praticaram condução sob o efeito de álcool no último mês. Estes comportamentos foram mais frequentes em estudantes do sexo masculino e naqueles que tiveram episódios de ingestão excessiva. Não se encontrou, de um modo geral, uma relação entre saúde mental e consumo de álcool, tendo sido detectadas apenas correlações, fracas, do stress e do bem-estar com o consumo de álcool. Ao contrário do que era esperado, verificou-se que à medida que o consumo de álcool aumentava, o stress diminuía e o bem-estar aumentava ligeiramente. Estes dados salientam a necessidade de as instituições do ensino superior reforçarem a identificação e o tratamento de problemas existentes e apostarem na prevenção, tanto através de estratégias dirigidas a toda a comunidade, no âmbito da educação para a saúde e da literacia em saúde mental, como através de iniciativas destinadas aos grupos de risco aqui identificados.

Ecogeography of roe deer: relation with other ungulates in sympatry

Understanding the spatial distribution of organisms is a central topic in ecology. The European roe deer (Capreolus capreolus) population is in Portugal and Norway at the southwestern and northern edge of its distribution, respectively. Understanding the factors that act on these populations enlightens both local aspects concerning their conservation and wider scale aspects of the species bioclimatic envelope, which is crucial for being better able to predict the impacts of environmental change. The main aim of this thesis was to evaluate roe deer distribution in Portugal and Norway, two countries with contrasting landscapes, seasonality and with different anthropogenic pressure. The interspecific relationship with sympatric ungulates was also analysed. By using pellet group counts, we investigated habitat use of roe deer, identifying the major environmental descriptors, to understand the importance of forest structure, vegetation characteristics, landscape structure and human disturbance on their distribution. The analyses were based on presence – absence data and were carried out at two spatial scales. The results showed that habitat use of roe deer was different across countries. In Portugal, at the local scale, roe deer distribution was positively associated with high density of shrubs, especially heather and brambles, while the presence of red deer had a negative effect on their distribution. At a broad scale, roe deer was negatively associated with spatial heterogeneity, namely mean shape index and made less use of areas close to agricultural fields. In Norway, at the local scale, roe deer made more use of areas with high cover of deciduous trees and patches containing juniper and Vaccinium sp.. At a broad scale, roe deer use patches near edges between fields and forest. In both countries, roe deer make use of areas further away from roads. While in Norway roe deer in both summer and winter are always close to houses, in Portugal they are either far (summer) or indifferent (winter). Anthropogenic disturbance is better tolerated in Norway, where the importance of the critical season seems to be higher. Human disturbance may contribute to roe deer habitat loss in Portugal, while roe deer are able to persist close to humans in managed landscapes in Norway. In fact, some of the differences observed could be more due to the indirect impacts of human exploitation (e.g. presence of free-ranging dogs and hunting regulation) rather than the actual human presence or land-use per se. I conclude that the methodology and tools developed here are readily expandable to address similar questions in different contexts. Wildlife management would benefit greatly from a more holistic/integrative approach and that should include human aspects, as human disturbance is expected to continue increasing.

Formando o cidadão desde o jardim-de-infância: o contributo das práticas de avaliação das aprendizagens dos educadores de infância em colaboração com a família

A presente investigação procura compreender o fenómeno complexo e dinâmico que é a avaliação das aprendizagens das crianças em colaboração com a família na Educação Pré-Escolar (EPE) como forma de potenciar o desenvolvimento de competências pelas crianças. Assim, e recorrendo a um estudo de caso com uma componente de investigação-acção, pretende-se (i) compreender as concepções e práticas de avaliação de aprendizagens na EPE desenvolvidas por um grupo de educadores de uma Instituição Privada de Solidariedade Social da região centro do país e (ii) potenciar, através de formação em contexto que contemple o desenvolvimento de estratégias inerentes a uma avaliação das aprendizagens em colaboração com a família das crianças, o desenvolvimento profissional dos educadores de infância neste âmbito, proporcionando experiências educativas que levem as crianças a desenvolver um conjunto de competências inerentes à nova natureza dos saberes básicos de todos os cidadãos do séc. XXI. Tomando como ideias base da investigação a concepção (i) da criança enquanto cidadão (Prout, 2005; Vasconcelos, 2009) e (ii) da família enquanto primeira e principal educadora das crianças (Steves, Hough & Nurs, 2002), a investigação foi desenvolvida em quatro fases: Fase I – Formulação de um referencial de competências para a EPE inerentes à nova natureza dos saberes básicos do séc. XXI e seu processo de transferibilidade e credibilidade; Fase II – Diagnóstico das concepções dos participantes da investigação sobre avaliação das aprendizagens na EPE e colaboração Instituição/Família; Fase III – Construção e implementação de um programa de formação para educadores de infância; Fase IV – Avaliação do impacte do programa de formação nas concepções e práticas de avaliação das aprendizagens dos educadores de infância. A fase I centra-se na formulação de um referencial de competências transversais para a EPE inerentes à nova natureza dos saberes básicos do séc. XXI (Cachapuz, Sá-Chaves & Paixão, 2004) e no seu processo de transferibilidade e credibilidade através da reflexão/discussão do respectivo referencial com um painel de especialistas e profissionais. Identificaram-se quatro competências transversais a serem desenvolvidas pelas crianças centradas nas dimensões do aprender a aprender, aprender a comunicar e a expressar-se, aprender a ser e estar e aprender a reflectir. A fase II incide no diagnóstico das concepções de avaliação das aprendizagens na EPE e de colaboração Instituição/Família dos 6 educadores de infância, 17 pais e 17 crianças participantes no estudo, recorrendo a entrevistas, à análise documental e à observação de práticas. A análise dos dados recolhidos demonstra que é necessário recuperar um verdadeiro discurso didáctico e educativo da avaliação das aprendizagens, deixando de a conceber como sinónimo de medida e de objectividade e melhorando as práticas de avaliação de VII modo a potenciar o desenvolvimento de competências pelas crianças. A fase III preenche-se na construção e implementação de um programa de formação, creditado e correspondente a 50 horas, para educadores de infância sobre avaliação de competências na EPE em colaboração com a família. O programa de formação foi desenvolvido a partir (i) das concepções diagnosticadas, (ii) dos indicadores da investigação em formação contínua e em avaliação na EPE e (iii) de um modelo de desenvolvimento profissional baseado na reflexão, na observação e supervisão e na investigação-acção (Shön, 1992; Alarcão, 2000; Roldão, 2008; Cadório & Simão, 2011). Os indicadores obtidos demonstram que o programa de formação contribuiu para o enriquecimento profissional dos formandos ao nível da (re)construção de conhecimento, da reflexão constante e colaborativa sobre as práticas de avaliação, da mudança de atitudes e práticas de avaliação das aprendizagens e na compreensão mais profunda da complexidade, diversidade e necessidade de cada criança. Além disso, os indicadores obtidos também evidenciam a importância de uma avaliação das aprendizagens em colaboração com os pais das crianças para o desenvolvimento progressivo das competências transversais para a EPE e, consequentemente, para a obtenção de sucesso educativo. A fase IV consiste na avaliação do impacte do programa de formação nas concepções e práticas avaliativas dos educadores de infância através de, à semelhança da fase II, entrevistas aos 6 educadores de infância, aos 17 pais e às 17 crianças, à análise documental e à observação de práticas. Os resultados obtidos demonstram que o programa de formação teve impacte nas práticas de avaliação das aprendizagens a nível micro (decisões no interior da sala de actividades) e, mais reduzido, a nível meso (decisões a nível institucional). Os educadores de infância integraram nas suas práticas pedagógicas algumas estratégias avaliativas implementadas durante o programa de formação, consciencializando-se da importância da avaliação na EPE se centrar em procedimentos descritivos com enfoque na actividade da criança e na documentação e registo do trabalho realizado no dia-a-dia e do desenvolvimento de competências de cada criança (Gaustad, 1996; Parente, 2002). Contudo, e no que se refere à colaboração dos pais no processo de avaliação das aprendizagens das crianças, o programa de formação não proporcionou qualquer impacte nas práticas avaliativas dos educadores de infância. Apesar dos discursos transparecerem uma consciencialização da importância da família participar e influenciar a tomada de decisões ao longo do processo de avaliação das aprendizagens (Oliveira-Formosinho & Araújo, 2004), não foram tomadas medidas de mudança de práticas neste sentido, permanecendo os pais das crianças como sujeitos passivos neste processo. Uma visão integradora sobre os resultados obtidos ao longo da presente investigação revela a necessidade de se continuar a investigar e a construir novos caminhos na formação contínua dos educadores de infância de modo a recuperar um verdadeiro discurso educativo da avaliação das aprendizagens com impacte nas práticas pedagógicas e onde a família das crianças surja como parceira num trabalho a desenvolver colaborativamente.

Mitochondrial plasticity in pathophysiological conditions

Both skeletal and cardiac muscles daily burn tremendous amounts of ATP to meet the energy requirements for contraction. So, it is not surprising that the maintenance of mitochondrial morphology, number, distribution and functionality in striated muscle are important for muscle homeostasis. In these tissues mitochondria present the added dimension of two populations, the intermyofibrillar (IMF) and the subsarcolemmal (SS) mitochondria, being IMF the most abundant one. In the present thesis, the molecular mechanisms harboured in mitochondria of striated muscles were studied using animal models, to better comprehend the role of mitochondrial plasticity in several pathophysiological conditions such as aging, diabetes mellitus and bladder cancer. The comparative analysis of IMF and SS populations isolated from heart evidenced a higher respiratory chain activity of mitochondria interspersed in the contractile apparatus. The higher susceptible of SS respiratory chain complexes subunits to carbonylation, but not to nitration, seems to justify the lower respiratory chain activity observed in this mitochondrial population. Our results showed that in heart from aged mice there is an accumulation of dysfunctional mitochondria. The age-related decrease of oxidative phosphorylation activity seems to be justified, at least partially, by the increased proneness of mitochondrial proteins as OXPHOS subunits and MnSOD to oxidative modifications. Moreover, a sedentary lifestyle seems to worsen the functional consequences of aging in heart by increasing mitochondrial proteins susceptibility to nitration. In skeletal muscle from rats with type 1 diabetes mellitus induced by streptozotocin administration, we verified the accumulation of dysfunctional mitochondria due, at least in part, to the impairment of PQC system. Indeed, the decreased activity of AAA proteases was accompanied by the accumulation of oxidatively modified mitochondrial proteins with impact in respiratory chain activity. The diminishing of mitochondria activity also underlies cancer-induced muscle wasting. Indeed, using a rat model of chemically induced urothelial carcinoma we verified that the loss of gastrocnemius mass was related to mitochondrial dysfunction due to, at least partially, the down-regulation of PQC system involving the mitochondrial proteases paraplegin and Lon. PQC impairment resulted in the accumulation of oxidatively modified mitochondrial proteins. In overall, regardless the pathophysiological stimuli that promote mitochondrial alterations, there are similarities in the pattern of disease-related mitochondrial plasticity. The diminished capacity for ATP production in striated muscle seems to be due to increased oxidative damage of mitochondrial proteins, namely subunits of respiratory chain complexes, metabolic proteins and MnSOD. Our data highlighted, for the first time, the impact of mitochondrial PQC system impairment in the accumulation of oxidized proteins, exacerbating the dysfunction of this organelle in striated muscle in several pathophysiological conditions.

Assessment of higher plant species suitability for ecological restoration following major disturbance

O presente trabalho é constituído por uma revisão bibliográfica e uma série de estudos científicos experimentais visando a melhoria do conhecimento da ecologia de germinação e resposta ao estresse hídrico em arbustos autóctones. Estes estudos pretendem contribuir para o conhecimento da ecologia de espécies autóctones na fase de germinação e estabelecimento inicial das plântulas através da comparação da resposta de sementes de diferentes proveniências. Os primeiros três capítulos focam-se no estudo dos efeitos de pré-tratamentos na germinação de espécies arbustivas com diferentes estratégias de regeneração e dormência da semente, enquanto os dois últimos capítulos incidem sobre o efeito de diferentes condições de disponibilidade de água na germinação e estabelecimento inicial de plântulas com potencial para restauro ecológico. Este estudo procura abordar aspetos importantes para o estudo e validação do uso de espécies alvo para o restauro ecológico em zonas Mediterrânicas, contribuindo deste modo para a melhoria do conhecimento da ecologia destas espécies. A germinação foi estimulada por pré-tratamentos de calor em quatro das cinco espécies cuja época de dispersão da semente na primavera-verão. As sementes provenientes do sul tenderam a germinar melhor, sendo ao mesmo tempo mais pequenas. Por outro lado, a germinação em espécies cuja dispersão da semente ocorre no outono-inverno variou de acordo com o tipo de dormência da semente. A germinação foi em geral favorecida pela estratificação a frio na espécie apresentando dormência fisiológica mas foi negativamente afetada na espécie que não apresenta dormência. Esta resposta não foi, no entanto, inequívoca pois foi dependente da proveniência estudada. O efeito da estratificação a frio teve em geral um efeito mais positivo ou menos negativo nas sementes provenientes do norte em comparação com as outras proveniências. O stress-osmótico teve um efeito negativo consistente na germinação de Pistacia lentiscus e outro fator que também afetou significativamente a germinação foi a variabilidade intra-populacional entre plantas mãe. As duas proveniências apresentaram diferentes graus de associação entre a germinação e/ou caracteres morfológicos da semente ou planta mãe. Quanto à fase de estabelecimento inicial, o baixo conteúdo em água teve um claro efeito negativo no investimento relativo em biomassa acima do solo e um efeito positivo no investimento relativo em biomassa abaixo do solo em Arbutus unedo. Esta resposta não foi inequívoca, uma vez que as proveniências diferiram em adaptações morfológicas ao baixo conteúdo em água. As plântulas da proveniência mais húmida revelaram uma taxa de crescimento relativo superior mas, ao mesmo tempo, uma fraca adaptação às condições de baixa disponibilidade de água, quando comparadas com as outras proveniências. Ao contrário, as plântulas da proveniência seca com verão mais quente apresentaram semelhantes diâmetro do colo da raiz, peso seco de folhas e performance fisiológica sob os dois regimes de irrigação. Os resultados obtidos revelam diferenças significativas na germinação e desenvolvimento inicial entre as distintas proveniências que poderão estar relacionadas com adaptações ao clima dos locais de origem. Os desenvolvimentos futuros do estudo dos mecanismos subjacentes às adaptações observadas poderiam contribuir para a melhoria das previsões de sucesso do estabelecimento inicial em diferentes populações de plantas, permitindo aumentar a confiança e efetividade de custos nas decisões relacionadas com ações de restauro ecológico em cenários de alterações climáticas.

Modeling the Western Iberian margin circulation: present and future

The purpose of this work is to carry out a comprehensive study on the Western Iberian Margin (WIM) circulation my means of numerical modeling, and to postulate what this circulation will be in the future. The adopted approach was the development of a regional ocean model configuration with high resolution, capable of reproducing the largeand small-scale dynamics of the coastal transition zone. Four numerical experiences were carried out according to these objectives: (1) a climatological run, in order to study the system’s seasonal behavior and its mean state; (2) a run forced with real winds and fluxes for period 2001-2011 in order to study the interannual variability of the system; (3) a run forced with mean fields from Global Climate Models (GCMs) for the present, in order to validate GCMs as adequate forcing for regional ocean modeling; (4) a similar run (3) for period 2071-2100, in order to assess possible consequences of a future climate scenario on the hydrography and dynamics of the WIM. Furthermore, two Lagrangian particle studies were carried out: one in order to trace the origin of the upwelled waters along the WIM; the other in order to portrait the patterns of larval dispersal, accumulation and connectivity. The numerical configuration proved to be adequate in the reproduction of the system’s mean state, seasonal characterization and an interannual variability study. There is prevalence of poleward flow at the slope, which coexists with the upwelling jet during summer, although there is evidence of its shifting offshore, and which is associated with the Mediterranean Water flow at deeper levels, suggesting a barotropic character. From the future climate scenario essay, the following conclusions were drawn: there is general warming and freshening of upper level waters; there is still poleward tendency, and despite the upwellingfavorable winds strengthening in summer the respective coastal band becomes more restricted in width and depth. In what concerns larval connectivity and dispersion along the WIM, diel vertical migration was observed to increase recruitment throughout the domain, and while smooth coastlines are better suppliers, there is higher accumulation where the topography is rougher.

Molecular genomics of a genetic code alteration

The genetic code is not universal. Alterations to its standard form have been discovered in both prokaryotes and eukaryotes and demolished the dogma of an immutable code. For instance, several Candida species translate the standard leucine CUG codon as serine. In the case of the human pathogen Candida albicans, a serine tRNA (tRNACAGSer) incorporates in vivo 97% of serine and 3% of leucine in proteins at CUG sites. Such ambiguity is flexible and the level of leucine incorporation increases significantly in response to environmental stress. To elucidate the function of such ambiguity and clarify whether the identity of the CUG codon could be reverted from serine back to leucine, we have developed a forced evolution strategy to increase leucine incorporation at CUGs and a fluorescent reporter system to monitor such incorporation in vivo. Leucine misincorporation increased from 3% up to nearly 100%, reverting CUG identity from serine back to leucine. Growth assays showed that increasing leucine incorporation produced impressive arrays of phenotypes of high adaptive potential. In particular, strains with high levels of leucine misincorporation exhibited novel phenotypes and high level of tolerance to antifungals. Whole genome re-sequencing revealed that increasing levels of leucine incorporation were associated with accumulation of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and loss of heterozygozity (LOH) in the higher misincorporating strains. SNPs accumulated preferentially in genes involved in cell adhesion, filamentous growth and biofilm formation, indicating that C. albicans uses its natural CUG ambiguity to increase genetic diversity in pathogenesis and drug resistance related processes. The overall data provided evidence for unantecipated flexibility of the C. albicans genetic code and highlighted new roles of codon ambiguity on the evolution of genetic and phenotypic diversity.

Promoção da acessibilidade em televisão interativa (iTV) : proposta de um serviço adaptado a utilizadores com défice visual

As infraestruturas de televisão interativa atualmente existentes possibilitam a integração de uma grande variedade de recursos e serviços, possibilitando aos utilizadores novas experiências de interação e participação. Para a maioria dos telespetadores, o uso de serviços interativos não acarreta grandes dificuldades; no entanto, para públicos com necessidades especiais, por exemplo para pessoas com défice visual, essa tarefa torna-se complexa, dificultando, ou mesmo impedindo, que estes utilizadores possam beneficiar deste tipo de serviços. Portugal não é uma exceção neste contexto, existindo um número significativo de utilizadores com défice visual (UDV) que não beneficiam totalmente das potencialidades do paradigma televisivo atual. Neste âmbito, o projeto de investigação que suporta esta tese explora a problemática do Design Universal aplicado à Televisão Interativa (iTV) e tem como objetivos a conceptualização, prototipagem e validação de um serviço de iTV adaptado especificamente a UDV, visando promover a sua inclusão digital. Para cumprir estes objetivos, a investigação dividiu-se em três etapas distintas. Na primeira etapa, a partir da Teoria Fundamentada nos Dados, foram identificadas as dificuldades e necessidades dos UDV enquanto consumidores de conteúdos televisivos e serviços de audiodescrição; foi selecionada a plataforma tecnológica mais adequada para o suporte do serviço prototipado; e foi definido um conjunto de princípios orientadores de design (POD’s) de interfaces de televisão interativa específico para este público-alvo. Inicialmente foram efetuadas duas entrevistas a 20 participantes com défice visual, para determinar as suas dificuldades e necessidades enquanto consumidores de conteúdos televisivos e serviços de audiodescrição. De seguida, foi realizada uma entrevista a um perito responsável pelo processo de transição para a TDT em Portugal (inicialmente considerou-se que a TDT seria uma plataforma promissora e poderia suportar o protótipo) e efetuada a revisão da literatura sobre POD’s para o desenvolvimento de interfaces para serviços iTV dirigidos a pessoas com défice visual. A partir dos resultados obtidos nesta etapa foi possível definir os requisitos funcionais e técnicos do sistema, bem como os seus PODs, tanto ao nível da componente gráfica, como de interação. Na segunda etapa foi concetualizado e desenvolvido o protótipo iTV adaptado a UDV ‘meo ad+’, com recurso à plataforma tecnológica IPTV da Portugal Telecom, seguindo os requisitos e os princípios de design definidos. Relativamente à terceira etapa, esta contemplou a avaliação do serviço prototipado, por parte de um grupo de participantes com défice visual. Esta fase do trabalho foi conduzida através do método de Estudo Avaliativo, possibilitando, através de testes de usabilidade e acessibilidade, complementados com entrevistas, compreender se o serviço prototipado ia efetivamente ao encontro das necessidades deste tipo de utilizadores, tendo-se observado que os participantes que estiveram envolvidos nos testes ao protótipo mostraram-se satisfeitos com as funcionalidades oferecidas pelo sistema, bem como com o design da sua interface.

Mitochondrial dysfunction in fatty acid β-oxidation disorders

Mitochondria are central organelles for cell survival with particular relevance in energy production and signalling, being mitochondrial fatty acid β–oxidation (FAO) one of the metabolic pathways harboured in this organelle. FAO disorders (FAOD) are among the most well studied inborn errors of metabolism, mainly due to their impact in health. Nevertheless, some questions remain unsolved, as their prevalence in certain European regions and how pathophysiological determinants combine towards the phenotype. Analysis of data from newborn screening programs from Portugal and Spain allowed the estimation of the birth prevalence of FAOD revealing that this group of disorders presents in Iberia (and particularly in Portugal) one of the highest European birth prevalence, mainly due to the high birth prevalence of medium chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency. These results highlight the impact of this group of genetic disorders in this European region. The characterization of mitochondrial proteome, from patients fibroblasts with FAOD, namely multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency (MADD) and long chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (LCHADD), provided a global perspective of the mitochondrial proteome plasticity in these disorders and highlights the main molecular pathways involved in their pathogenesis. Severe MADD forms show an overexpression of chaperones, antioxidant enzymes (MnSOD), and apoptotic proteins. An overexpression of glycolytic enzymes, which reflects cellular adaptation to energy deficiency due to FAO blockage, was also observed. When LCHADD fibroblasts were analysed a metabolic switching to glycolysis was also observed with overexpression of apoptotic proteins and modulation of the antioxidant defence system. Severe LCHADD present increased ROS alongside with up regulation of MnSOD while moderate forms have lower ROS and down-regulation of MnSOD. This probably reflects the role of MnSOD in buffering cellular ROS, maintain them at levels that allow cells to avoid damage and start a cellular response towards survival. When ROS levels are very high cells have to overexpress MnSOD for detoxifying proposes. When severe forms of MADD were compared to moderate forms no major differences were noticed, most probably because ROS levels in moderate MADD are high enough to trigger a response similar to that observed in severe forms. Our data highlights, for the first time, the differences in the modulation of antioxidant defence among FAOD spectrum. Overall, the data reveals the main pathways modulated in FAOD and the importance of ROS levels and antioxidant defence system modulation for disease severity. These results highlight the complex interaction between phenotypic determinants in FAOD that include genetic, epigenetic and environmental factors. The development of future better treatment approaches is dependent on the knowledge on how all these determinants interact towards phenotype.!

Codon ambiguities as a mechanism to alter the genetic code in Saccharomyces cerevisiae

Although the genetic code is generally viewed as immutable, alterations to its standard form occur in the three domains of life. A remarkable alteration to the standard genetic code occurs in many fungi of the Saccharomycotina CTG clade where the Leucine CUG codon has been reassigned to Serine by a novel transfer RNA (Ser-tRNACAG). The host laboratory made a major breakthrough by reversing this atypical genetic code alteration in the human pathogen Candida albicans using a combination of tRNA engineering, gene recombination and forced evolution. These results raised the hypothesis that synthetic codon ambiguities combined with experimental evolution may release codons from their frozen state. In this thesis we tested this hypothesis using S. cerevisiae as a model system. We generated ambiguity at specific codons in a two-step approach, involving deletion of tRNA genes followed by expression of non-cognate tRNAs that are able to compensate the deleted tRNA. Driven by the notion that rare codons are more susceptible to reassignment than those that are frequently used, we used two deletion strains where there is no cognate tRNA to decode the rare CUC-Leu codon and AGG-Arg codon. We exploited the vulnerability of the latter by engineering mutant tRNAs that misincorporate Ser at these sites. These recombinant strains were evolved over time using experimental evolution. Although there was a strong negative impact on the growth rate of strains expressing mutant tRNAs at high level, such expression at low level had little effect on cell fitness. We found that not only codon ambiguity, but also destabilization of the endogenous tRNA pool has a strong negative impact in growth rate. After evolution, strains expressing the mutant tRNA at high level recovered significantly in several growth parameters, showing that these strains adapt and exhibit higher tolerance to codon ambiguity. A fluorescent reporter system allowing the monitoring of Ser misincorporation showed that serine was indeed incorporated and possibly codon reassignment was achieved. Beside the overall negative consequences of codon ambiguity, we demonstrated that codons that tolerate the loss of their cognate tRNA can also tolerate high Ser misincorporation. This raises the hypothesis that these codons can be reassigned to standard and eventually to new amino acids for the production of proteins with novel properties, contributing to the field of synthetic biology and biotechnology.

Impact of exercise training on cancer-induced cardiac dysfunction

Cachexia is a complex syndrome characterized by severe weight loss frequently observed in cancer patients and associated with poor prognosis. Cancer cachexia is also related to modifications in cardiac muscle structure and metabolism leading to cardiac dysfunction. In order to better understand the cardiac remodeling induced by bladder cancer and the impact of exercise training after diagnosis on its regulation, we used an animal model of bladder cancer induced by exposition to N-butyl-N-(4-hydroxybutyl)-nitrosamine (BBN) in the drinking water. Healthy animals and previously BBN exposed animals were submitted to a training program in a treadmill at a speed of 20m/min, 60 min/day, 5 days/week during 13 weeks. At the end of the protocol, animals exposed to BBN presented a significant decrease of body weight, in comparison with control groups, supporting the presence of cancer cachexia. Morphological analysis of the cardiac muscle sections revealed the presence of fibrosis and a significant decrease of cardiomyocyte’s cross-sectional area, suggesting the occurrence of cardiac dysfunction associated with bladder cancer. These modifications were accompanied by heart metabolic remodeling characterized by a decreased fatty acid oxidation given by diminished levels of ETFDH and of complex II subunit  from the respiratory chain. Exercise training promoted an increment of connexin 43, a protein involved in cardioprotection, and of c-kit, a protein present in cardiac stem cells. These results suggest an improved heart regenerative capacity induced by exercise training. In conclusion, endurance training seems an attractive non-pharmacological therapeutic option for the management of cardiac dysfunction in cancer cachexia.