New tools for cognitive and motor rehabilitation: development and clinical validation

Nervous system disorders are associated with cognitive and motor deficits, and are responsible for the highest disability rates and global burden of disease. Their recovery paths are vulnerable and dependent on the effective combination of plastic brain tissue properties, with complex, lengthy and expensive neurorehabilitation programs. This work explores two lines of research, envisioning sustainable solutions to improve treatment of cognitive and motor deficits. Both projects were developed in parallel and shared a new sensible approach, where low-cost technologies were integrated with common clinical operative procedures. The aim was to achieve more intensive treatments under specialized monitoring, improve clinical decision-making and increase access to healthcare. The first project (articles I – III) concerned the development and evaluation of a web-based cognitive training platform (COGWEB), suitable for intensive use, either at home or at institutions, and across a wide spectrum of ages and diseases that impair cognitive functioning. It was tested for usability in a memory clinic setting and implemented in a collaborative network, comprising 41 centers and 60 professionals. An adherence and intensity study revealed a compliance of 82.8% at six months and an average of six hours/week of continued online cognitive training activities. The second project (articles IV – VI) was designed to create and validate an intelligent rehabilitation device to administer proprioceptive stimuli on the hemiparetic side of stroke patients while performing ambulatory movement characterization (SWORD). Targeted vibratory stimulation was found to be well tolerated and an automatic motor characterization system retrieved results comparable to the first items of the Wolf Motor Function Test. The global system was tested in a randomized placebo controlled trial to assess its impact on a common motor rehabilitation task in a relevant clinical environment (early post-stroke). The number of correct movements on a hand-to-mouth task was increased by an average of 7.2/minute while the probability to perform an error decreased from 1:3 to 1:9. Neurorehabilitation and neuroplasticity are shifting to more neuroscience driven approaches. Simultaneously, their final utility for patients and society is largely dependent on the development of more effective technologies that facilitate the dissemination of knowledge produced during the process. The results attained through this work represent a step forward in that direction. Their impact on the quality of rehabilitation services and public health is discussed according to clinical, technological and organizational perspectives. Such a process of thinking and oriented speculation has led to the debate of subsequent hypotheses, already being explored in novel research paths.

A escrita colaborativa a distância em inglês língua estrangeira

O presente estudo investigou a temática da escrita colaborativa a distância, no Ensino Superior, em Inglês Língua Estrangeira. A escrita foi estudada de uma perspectiva processual, valorizando, portanto, o caminho que os alunos percorrem até ao produto final. O ambiente colaborativo reforçou este processo, na medida em que proporcionou, aos alunos, um espaço de discussão e melhoramento das diversas versões do texto. Por outro lado, a componente de ensino a distância de blended learning contribuiu, também, para um processo mais interactivo, mais colaborativo e, ao mesmo tempo, mais distanciado, o que beneficiaria o desenvolvimento da competência de escrita dos alunos e, simultaneamente, dos próprios alunos enquanto indivíduos. A investigação procurou averiguar diversos aspectos relacionados com o tipo de ensino já referido: aspectos evolutivos do processo de escrita na colaboração a distância – nomeadamente, as alterações efectuadas aos textos e seu impacto –; estratégias postas em prática pelos participantes em trabalho de escrita colaborativa a distância em Inglês Língua Estrangeira (ILE); formas de colaboração presentes no trabalho e a influência do ensino a distância no trabalho de escrita colaborativa. Para atingir as metas enumeradas, foi seleccionada uma turma de Língua e Cultura Inglesa II, 2º ano, da licenciatura em Ensino de Português/Inglês, da Universidade de Aveiro, que levou a cabo as diversas tarefas de escrita processual colaborativa, tarefas essas determinadas e realizadas através do webCT da Universidade de Aveiro (com uma página adaptada especialmente para a turma em questão). Todo o trabalho realizado pelos alunos foi ali registado para posterior análise. Tornou-se claro, ao longo da análise dos dados, que o ambiente a distância criou várias dificuldades aos alunos, implicando a criação de estratégias para as resolver. Por outro lado, a colaboração dentro dos grupos revelou-se um evidente benefício quer em termos de tarefas, quer em termos do desenvolvimento, motivação e envolvimento pessoais dos alunos. Também a abordagem processual à escrita trouxe resultados díspares: um dos grupos escrevia habitualmente segundo este modelo, não notando diferenças significativas, enquanto que o outro grupo valorizou o processo como um benefício para a escrita, sobretudo pelas fases de revisão que incluía. Pretendeu-se, com a análise referida e sumariada, conseguir não só investigar a escrita colaborativa a distância mas, também, identificar estratégias válidas para o ensino desta competência, estratégias essas que possam ajudar ao desenvolvimento de um ensino de escrita com mais sucesso e melhores resultados, sobretudo do ponto de vista dos alunos. É urgente um aprofundamento desta área ainda pouco desenvolvida, uma vez que as práticas de escrita se afastam cada vez mais da realidade actual, uma realidade construída em conjunto, por indivíduos que trabalham em ambientes virtuais e reais, sendo, portanto, relevante integrar os alunos nestes contextos, para melhor os preparar para o mundo de hoje. ABSTRACT: The study presented here has investigated collaborative writing at a distance in English as a Foreign Language (EFL), with University students. Students were encouraged to write according to a process model, which valued the stages of writing rather than the final product resulting from it. The collaborative environment strengthened the process, in the sense that it gave students room for discussion and improvement of the different versions of the text. On the other hand, distance learning contributed to a more collaborative and interactive process and, at the same time, more distanced, which benefited the development of the students’ writing skills and of the students as individuals. The investigation aimed to study several aspects of collaborative writing at a distance: the evolution of the writing process in distance collaboration, strategies used by the participants when writing collaboratively at a distance, initial writing competences of the participants and eventual advantages of distance learning for the collaborative revision phase of the writing process. In order to accomplish the proposed goals, we selected a class from those in the second year taking English Language and Culture II, of the English/ Portuguese Teaching “Licenciatura” degree at the University of Aveiro, and a web page was created for them. This page registered all the work done by the students along the project, establishing the data for future analysis. From this class, two groups were selected as case studies, in order to carry out a deeper and more comprehensive study of the process. We intended not only to investigate collaborative writing at a distance but also to identify valid strategies for the teaching of writing. Such strategies might aid the development of a more successful teaching of this competence, with better and more lasting results in students. Further research in this poorly developed area is urgent, as the practices of writing get further apart from the current reality. Nowadays, it is becoming growingly common to work both in real and virtual environments. It is thus relevant to integrate students in both, in order to prepare them for today’s world – our mission as teachers and educators.

Padrões de interacção num ambiente de aprendizagem colaborativa a distância : um estudo de caso com conteúdos estruturados segundo a teoria da flexibilidade cognitiva

A Globalização a que assistimos actualmente traz consigo exigências que a Sociedade deve responder de forma efectiva e adequada. O eLearning constitui, assim, uma realidade capaz de congregar esforços no sentido de permitir a construção de comunidades empenhadas em adquirir as competências necessárias para enfrentar os desafios propostos pela Globalização. É nesta perspectiva que apresentamos este estudo que procura, na sua essência, compreender o processo de interacção num ambiente de aprendizagem colaborativo a distância entre alunos de Línguas Clássicas. Cientes da importância de promover uma aprendizagem com significado para os alunos, foram desenvolvidos conteúdos que representaram o conhecimento segundo os pressupostos pedo-didácticos da Teoria da Flexibilidade Cognitiva de forma a serem trabalhados colaborativamente pelos participantes no fórum de discussão online Scaena. O trabalho desenvolvido pelos alunos decorreu ao longo de três sessões e foi integrado na disciplina de Tecnologia Educativa constante do programa curricular do 2º Semestre do 4º Ano da Licenciatura de Português, Latim e Grego, no ano lectivo de 2004-05. De índole qualitativa, a investigação efectuada privilegiou a análise de conteúdo a fim de proceder ao tratamento de dados. Para o efeito foi, ainda, utilizado o software de análise NUD*IST. Os resultados relevaram a ocorrência de padrões de interacção em todas as dimensões de análise, assim como tornaram evidente o processo de construção de conhecimento flexível numa plataforma de ensino online. Por último, os resultados apurados confirmam as mais-valias da utilização das Tecnologias da Informação e Comunicação para os Estudos Clássicos em contexto educativo. São, ainda, apresentadas sugestões para futuros estudos. ABSTRACT: The Globalisation we witness nowadays brings with it demands to which Society has to answer effectivelly and adequatelly. eLearning constitutes, therefore, a reality capable of congregating efforts towards allowing for the construction of communities involved in acquiring the necessary competences to face the challenges proposed by Globalisation. It is against this background that we present this study which aims, in its essence, at understanding the process of interaction in a collaborative distance learning environment between Classical Languages students. Being aware of the importance of promoting learning that is meaningful for the students, contents were developed representing knowledge according to Cognitive Flexibility Theory pedagogical and didactic principles. These would have to be worked on collaboratively by the participants in the study in the online discussion fórum Scaena. The work developed by the students evolved along three sessions and was integrated in the subject Educational Technology, which was part of the curriculum of the Portuguese, Latin and Greek Teacher Education Degree, 2nd Semestre, 4th year, in the academic year of 2004-05. Of a qualitative nature, the study conducted priviledged content analysis of data. For this effect the analysis software NUD*IST was used. Results revealed the occurrence of interaction patterns in all dimensions of analysis as well as the evidence of the process of flexible construction of knowledge in an oline learning platform. Finally the results obtained confirm the added value of the use of Information and Communication Technologies for Classical Studies in the educational context. Suggestions for future studies are put forward.

A telematic platform towards regional connected healthcare

As tecnologias de informação e comunicação na área da saúde não são só um instrumento para a boa gestão de informação, mas antes um fator estratégico para uma prestação de cuidados mais eficiente e segura. As tecnologias de informação são um pilar para que os sistemas de saúde evoluam em direção a um modelo centrado no cidadão, no qual um conjunto abrangente de informação do doente deve estar automaticamente disponível para as equipas que lhe prestam cuidados, independentemente de onde foi gerada (local geográfico ou sistema). Este tipo de utilização segura e agregada da informação clínica é posta em causa pela fragmentação generalizada das implementações de sistemas de informação em saúde. Várias aproximações têm sido propostas para colmatar as limitações decorrentes das chamadas “ilhas de informação” na saúde, desde a centralização total (um sistema único), à utilização de redes descentralizadas de troca de mensagens clínicas. Neste trabalho, propomos a utilização de uma camada de unificação baseada em serviços, através da federação de fontes de informação heterogéneas. Este agregador de informação clínica fornece a base necessária para desenvolver aplicações com uma lógica regional, que demostrámos com a implementação de um sistema de registo de saúde eletrónico virtual. Ao contrário dos métodos baseados em mensagens clínicas ponto-a-ponto, populares na integração de sistemas em saúde, desenvolvemos um middleware segundo os padrões de arquitetura J2EE, no qual a informação federada é expressa como um modelo de objetos, acessível através de interfaces de programação. A arquitetura proposta foi instanciada na Rede Telemática de Saúde, uma plataforma instalada na região de Aveiro que liga oito instituições parceiras (dois hospitais e seis centros de saúde), cobrindo ~350.000 cidadãos, utilizada por ~350 profissionais registados e que permite acesso a mais de 19.000.000 de episódios. Para além da plataforma colaborativa regional para a saúde (RTSys), introduzimos uma segunda linha de investigação, procurando fazer a ponte entre as redes para a prestação de cuidados e as redes para a computação científica. Neste segundo cenário, propomos a utilização dos modelos de computação Grid para viabilizar a utilização e integração massiva de informação biomédica. A arquitetura proposta (não implementada) permite o acesso a infraestruturas de e-Ciência existentes para criar repositórios de informação clínica para aplicações em saúde.

Rede social de leitores e escritores juniores: portal Biblon: a integração social on-line como catalisador da leitura, criação, expressão e partilha

Com enquadramento nas áreas de Ciência da Informação, Tecnologias de Informação e Comunicação e Educação, o estudo em voga visa formular propostas para o uso de rede social on-line de literatura infantil, em torno da biblioteca, para a educação básica, fundamentadas na teoria de comunidades de prática. O estudo de caso recaiu sobre quatro escolas, do 1º ciclo, da Educação Básica, do Agrupamento de Escolas de Aveiro-Portugal, tendo como instrumento para o experimento o Portal Biblon. A análise dos dados permite afirmar que a leitura de livros on-line não está inclusa nas atividades habituais da comunidade escolar pesquisada e, assim, o aluno encontra-se sem referencial para inserir esta prática cultural em suas rotinas e momentos de ócio. O cenário escolar atual não estimula a confluências da prática da leitura literária e da escrita dos alunos com as redes sociais on-line. O estudo aponta que, em uma rede social on-line, o livro de literatura infantil tem o papel de interagente, agregando leitores, em interação, em torno de si e que nas redes sociais on-line tem-se a presença dos “mediadores sociais centrais” que propiciam reforço e sustentação das práticas de leitura, através do contágio e da influência social e são propulsionadores da estrutura e do dinamismo da rede. Como conclusão geral tem-se que os utilizadores do Biblon desenvolvem experiências de leituras e escritas através da interação social, por meio de práticas, rotinas, diálogos e atividades comuns construídas na rede. A interação dentro da rede influencia o uso das ferramentas e o aprendizado para manuseá-las ocorre com as práticas. Assim, os laços associativos e as reações individuais envolvendo a leitura conduzem à formação de rede social em torno dos livros e os comportamentos e as preferências dos atores motivam a leitura e a escrita. Dessa forma, o Portal Biblon configura-se como um instrumento para formação de rede social on-line em torno da literatura infantil.

A rede natura 2000 na Ria de Aveiro - projectos, actores e narrativas

A Rede Natura 2000 (RN2000), uma rede de áreas consideradas chave para a conservação da biodiversidade no território da União Europeia, tem-se deparado com um difícil processo de implementação e operacionalização. Nos casos em que o cumprimento dos objectivos da RN2000 implica um reajustamento das políticas de uso do solo e de práticas sociais concretas, é necessário envolver um conjunto muito alargado de actores e instituições a várias escalas numa rede de processos colaborativos. Ao mesmo tempo, a aplicação de procedimentos de avaliação ambiental é central para a aprovação de certos projectos, programas ou planos em áreas RN2000. Quando toma a forma de uma Avaliação de Impacte Ambiental ou da Avaliação Ambiental Estratégica, a avaliação ambiental contém necessariamente uma componente de participação pública, potencialmente importante para tornar a governação ambiental mais inclusiva, isto é, mais participada e negociada com as administrações e actores locais. No entanto, devido à pluralidade de relações entre indivíduos, as respectivas comunidades e lugares específicos, resultantes da interacção histórica entre estes, os ambientes acumulam representações múltiplas que conduzem a diferentes interpretações acerca de intervenções concretas sobre o território e do que a sustentabilidade deste deve representar. As frequentes divergências nas referidas interpretações podem levar a conflitos e controvérsias que, por sua vez, criam dificuldades para mobilizar esforços colectivos, colocando, assim, poderosos obstáculos à efectiva protecção da biodiversidade. Nesta dissertação, a implementação da RN2000 no contexto da governação ambiental da Ria de Aveiro um complexo estuário semi-natural dividido em dez municípios e sob a tutela de várias entidades com responsabilidades espaciais é abordada através de uma exploração discursiva de um acervo composto por pareceres enviados no âmbito da consulta pública e institucional dos procedimentos de avaliação ambiental de seis projectos com potenciais implicações para a respectiva Zona de Protecção Especial. Através da exploração das representações que diferentes actores sociais evidenciam sobre ambientes específicos, das narrativas através das quais fazem sentido do seu lugar e papel nos respectivos ambientes sociais e ecológicos, e ainda das formas como a linguagem é estrategicamente utilizada em relação dialéctica com as referidas representações, esta análise do discurso pretende contribuir para melhorar a governação ambiental relativamente a aspectos específicos da participação pública, resolução de conflitos e elaboração e implementação de políticas no sentido de estas se tornarem mais inclusivas e contextualizadas. Nos pareceres submetidos, verificou-se que a problemática da hidrodinâmica tem ocupado um lugar central, sendo crescentemente evidente um retrato da situação actual em que a actividade portuária aparece como o principal responsável por efeitos negativos sobre os ecossistemas locais e as actividades socioeconómicas tradicionais como a salicultura e a agricultura nas zonas ribeirinhas. Neste âmbito, determinados temas discursivos sugerem fragilidades ao nível da governação deste território e poderão, simultaneamente, significar dificuldades para os interesses da biodiversidade local. Além dos interesses divergentes dos diferentes actores sociais, do elevado grau de desconfiança nas instituições responsáveis e na validade dos estudos que têm sido apresentados para justificar intervenções e da estória de marginalização que vem sendo construída pelos actores que se percepcionam como mais afectados pelo avanço da cunha salina aspectos que potencialmente dificultam dinâmicas colaborativas , a convicção largamente disseminada de que estes problemas ambientais são, através do conhecimento científico e da capacidade física de intervenção, compatibilizáveis num eventual equilíbrio, poderá constituir um entrave para a procura de soluções efectivamente alternativas. Por outro lado, outros padrões discursivos identificados poderão facilitar o cumprimento dos objectivos da RN2000. Em particular, entre vários intervenientes, parece estar em expansão o discurso de que o desenvolvimento dos municípios que envolvem a Ria de Aveiro deve voltar a virar-se para esta, isto é, voltar às suas raízes socioeconómicas ou a novas formas de explorar a Ria enquanto elemento generativo das identidades colectivas locais. A sua significância afectiva, simbólica, identitária e económica parecem ser as razões que mais peso têm para os actores sociais da Ria quererem proteger os ecossistemas locais, e não tanto o facto de estes se encontrarem designados ao abrigo da RN2000, cujo estatuto parece ter servido sobretudo para reforçar argumentos alimentados pelas preocupações referidas. No entanto, uma figura legal como a RN2000, que pretende recuperar ou preservar a biodiversidade associada a um imaginário com conotações positivas, poderá encontrar nestas pretensões uma importante fonte de capital simbólico para se tornar mais presente no discurso (e no agir) das populações da Ria de Aveiro.

Mining biomedical information from scientific literature

The rapid evolution and proliferation of a world-wide computerized network, the Internet, resulted in an overwhelming and constantly growing amount of publicly available data and information, a fact that was also verified in biomedicine. However, the lack of structure of textual data inhibits its direct processing by computational solutions. Information extraction is the task of text mining that intends to automatically collect information from unstructured text data sources. The goal of the work described in this thesis was to build innovative solutions for biomedical information extraction from scientific literature, through the development of simple software artifacts for developers and biocurators, delivering more accurate, usable and faster results. We started by tackling named entity recognition - a crucial initial task - with the development of Gimli, a machine-learning-based solution that follows an incremental approach to optimize extracted linguistic characteristics for each concept type. Afterwards, Totum was built to harmonize concept names provided by heterogeneous systems, delivering a robust solution with improved performance results. Such approach takes advantage of heterogenous corpora to deliver cross-corpus harmonization that is not constrained to specific characteristics. Since previous solutions do not provide links to knowledge bases, Neji was built to streamline the development of complex and custom solutions for biomedical concept name recognition and normalization. This was achieved through a modular and flexible framework focused on speed and performance, integrating a large amount of processing modules optimized for the biomedical domain. To offer on-demand heterogenous biomedical concept identification, we developed BeCAS, a web application, service and widget. We also tackled relation mining by developing TrigNER, a machine-learning-based solution for biomedical event trigger recognition, which applies an automatic algorithm to obtain the best linguistic features and model parameters for each event type. Finally, in order to assist biocurators, Egas was developed to support rapid, interactive and real-time collaborative curation of biomedical documents, through manual and automatic in-line annotation of concepts and relations. Overall, the research work presented in this thesis contributed to a more accurate update of current biomedical knowledge bases, towards improved hypothesis generation and knowledge discovery.