Medical information extraction in European Portuguese

The electronic storage of medical patient data is becoming a daily experience in most of the practices and hospitals worldwide. However, much of the data available is in free-form text, a convenient way of expressing concepts and events, but especially challenging if one wants to perform automatic searches, summarization or statistical analysis. Information Extraction can relieve some of these problems by offering a semantically informed interpretation and abstraction of the texts. MedInX, the Medical Information eXtraction system presented in this document, is the first information extraction system developed to process textual clinical discharge records written in Portuguese. The main goal of the system is to improve access to the information locked up in unstructured text, and, consequently, the efficiency of the health care process, by allowing faster and reliable access to quality information on health, for both patient and health professionals. MedInX components are based on Natural Language Processing principles, and provide several mechanisms to read, process and utilize external resources, such as terminologies and ontologies, in the process of automatic mapping of free text reports onto a structured representation. However, the flexible and scalable architecture of the system, also allowed its application to the task of Named Entity Recognition on a shared evaluation contest focused on Portuguese general domain free-form texts. The evaluation of the system on a set of authentic hospital discharge letters indicates that the system performs with 95% F-measure, on the task of entity recognition, and 95% precision on the task of relation extraction. Example applications, demonstrating the use of MedInX capabilities in real applications in the hospital setting, are also presented in this document. These applications were designed to answer common clinical problems related with the automatic coding of diagnoses and other health-related conditions described in the documents, according to the international classification systems ICD-9-CM and ICF. The automatic review of the content and completeness of the documents is an example of another developed application, denominated MedInX Clinical Audit system.

Estudo de receptores sintéticos no reconhecimento molecular de substratos aniónicos e iões metálicos

O trabalho descrito insere-se no âmbito da Química Supramolecular e consistiu no desenvolvimento de receptores artificiais, na forma protonada ou complexada, para o reconhecimento molecular de substratos aniónicos derivados de ácidos carboxílicos incluindo os herbicidas PMG2-, ATCP- e 2,4-D-. Foram investigadas duas séries de aniões, uma alifática (ox2-, mal2-, suc2-, glu2-, adip2-, cit3- e cta3-) e outra aromática (bzc-, naphc-, anthc-, pyrc-, ph2-, iph2-, tph2-, btc3-, dihyac2-, 4,4-dibzc2-, 3-nitrobzc- e 4-nitrobzc-). Foram sintetizados sete novos ligandos macrocíclicos simétricos constituídos por anéis aromáticos piridina ou fenantrolina ligados por cadeias de poliaminas saturadas. O comportamento ácido-base destes macrociclos foi investigado em solução aquosa e as constantes de protonação correspondentes determinadas por métodos potenciométricos e de RMN de 1H. As propriedades de complexação destes ligandos com os iões metálicos Ni2+, Cu2+, Zn2+, Cd2+ e Pb2+ foram também estudadas por métodos potenciométricos nas mesmas condições experimentais, tendo revelado que os macrociclos de dimensão média são capazes de acomodar um ou dois iões metálicos. O complexo dinuclear de Cu(II) derivado do macrociclo com dois grupos piridina foi utilizado como receptor de aniões carboxilato originando complexos ternários. Todos os complexos foram caracterizados em solução por espectroscopias de UV/vis/IVpróx e de RMN. As espécies paramagnéticas foram também caracterizadas por espectroscopia de RPE. A formação de espécies ternárias foi ainda investigada por espectrometria de massa ESI-MS e ESI-MS/MS. As estruturas cristalinas de alguns dos complexos foram determinadas por difracção de raios-X. As formas protonadas dos macrociclos foram utilizadas como receptores de uma grande variedade de aniões carboxilato. O reconhecimento molecular entre os receptores e os substratos aniónicos foi investigado em solução por métodos potenciométricos e de espectroscopia de RMN com determinação das constantes de associação. Os agregados supramoleculares foram caracterizados no estado sólido por difracção de raios-X. Finalmente as associações supramoleculares foram estudadas em solução por métodos de dinâmica molecular com determinação dos termos entrópicos e entálpicos das energias livres de ligação. Em resumo, nesta tese apresentam-se os resultados de estudos realizados com duas famílias de macrociclos: desde a síntese dos compostos, passando por estudos em solução e finalizando com simulação molecular. Este estudo sistemático através da conjugação de metodologias complementares permitiu caracterizar ao nível macroscópico e microscópico as associações moleculares.

Ciências no primeiro ciclo do ensino básico : um programa para educação para desenvolvimento sustentável

Num planeta finito, a impossibilidade de um crescimento contínuo e a necessidade de preservar os seus recursos naturais e ambientais, tendo em vista assegurar opções de qualidade de vida e bem-estar das gerações futuras, fez emergir e estruturar o conceito de Desenvolvimento Sustentável. Perante os múltiplos desafios que o futuro coloca, a educação constitui-se como uma via para alcançar um desenvolvimento mais harmonioso das relações entre os seres humanos e entre estes e a natureza, indispensável à humanidade na persecução dos seus legítimos anseios de paz, liberdade e justiça social. A importância atribuída à educação no sentido de uma adequada perceção da situação do planeta levou as Nações Unidas a proclamarem, no início deste século (dezembro de 2002), a Década da Educação para o Desenvolvimento Sustentável (2005-2014): um desafio internacional lançado aos países para que recorram à educação como ferramenta essencial na promoção de Desenvolvimento Sustentável. A vida nas sociedades contemporâneas é, como nunca antes, influenciada por desenvolvimentos científicos e tecnológicos e dependente dos respetivos progressos. Assim, a Educação Científica assume um papel fundamental na compreensão das problemáticas que enfrentamos e na consciencialização da responsabilidade do ser humano na situação planetária atual, devendo promover o desenvolvimento de cidadanias proativas, fundamentadas e responsáveis, no sentido da mudança, numa perspetiva crítica global que garanta a sustentabilidade do planeta. Estas finalidades são alvo de reflexão por parte de diversas instâncias da sociedade – nas quais se incluem organismos como a UNESCO, comunidades nacionais e internacionais de investigação em Educação Científica, e o poder político – e espelham-se em propostas de reforma e de revisão curricular em diversos países. Ora, sem ser exclusiva, a educação formal nos primeiros anos de escolaridade tem um papel fundamental, por ter caráter obrigatório na maioria dos países. Paralelamente existe um crescente reconhecimento a nível internacional em torno da importância de se iniciar precocemente a Educação Científica com vista a alcançar esses propósitos. Resultados alcançados em diversas investigações evidenciam que a Educação Científica nos primeiros anos de escolaridade tem impacte positivo relevante no desenvolvimento de literacia científica e no desenvolvimento de atitudes positivas face à Ciência e a aprendizagens de Ciências. A presente investigação pretende ser um contributo para a Década da Educação para o Desenvolvimento Sustentável no Primeiro Ciclo do Ensino Básico. O percurso de investigação, de natureza qualitativa, foi desenvolvido em três fases distintas mas articuladas entre si: a fase I integrou processos interpretativos de investigação documental e teve como principais objetivos o estabelecimento do quadro teórico de suporte à problemática de Educação para Desenvolvimento Sustentável e a caraterização de perspetivas de Educação Científica decorrentes de política educativa em Portugal; na fase II caraterizou-se a importância atribuída por professores do Primeiro Ciclo do Ensino Básico à Educação Científica e respetiva componente experimental, bem como as suas conceções acerca de Literacia Científica, orientações Ciência-Tecnologia-Sociedade no ensino das Ciências, Desenvolvimento Sustentável e o modo como dizem articular as referidas conceções com as suas práticas de sala de aula; na fase III apresentou-se um Programa de Ciências, concebido segundo os referenciais atrás definidos e avaliado por um painel de peritos, para Educação para Desenvolvimento Sustentável, “A Terra e os seres vivos: conhecer para valorizar e proteger”, para implementação em cada um dos quatro anos de escolaridade do Primeiro Ciclo do Ensino Básico. O presente estudo assume-se como um contributo para a inovação na Educação Científica no Primeiro Ciclo do Ensino Básico e fundamenta a necessidade de a reorientar, tendo em vista a resposta a compromissos internacionais assumidos por Portugal no âmbito da Década da Educação para o Desenvolvimento Sustentável, bem como a importância de acompanhar orientações e políticas recomendadas a nível internacional, numa perspetiva de educação num contexto de globalização.