Evolutionary diversification in Central Brazil: where Amazonia and Cerrado meet

Apesar da fauna de mamíferos Neotropicais ser uma das mais ricas do mundo, o nosso conhecimento sobre os limites de espécies, distribuições geográficas e relações filogenéticas está ainda agora no seu início. As áreas de transição entre os dois maiores biomas da América do Sul, o Cerrado e a Amazónia, são ainda menos conhecidas. Até ao momento, escassos estudos focaram os pequenos mamíferos destas áreas. Destes estudos, apenas dois apresentam dados taxonómicos e de distribuição geográfica de uma lista de espécies reduzida e, nenhum é focado nos processos evolutivos que conduziram à diversidade destas áreas. O presente trabalho tem como objectivo aumentar o conhecimento básico sobre a diversidade do médio Rio Araguaia, na região central do Brasil, através da amostragem e análise de espécies de pequenos mamíferos, integrando um intenso trabalho de campo, de laboratório e de museu. Desta forma, um total de 22 espécies é registado para o médio Araguaia. De entre estas espécies, descreve-se uma espécie nova de Rhipidomys, regista-se uma espécie não descrita de Thrichomys e uma potencial nova forma de Oligoryzomys, e também se apresenta uma diagnose emendada do obscuro Oecomys cleberi. Para cada espécie, são também descritas as suas características morfológicas e resumem-se os seus aspectos de distribuição geográfica e história natural. Para os quatro géneros acima referidos, são apresentadas as análises filogenéticas que permitem a identificação das espécies. Adicionalmente, os princípios da filogeografia são aplicados para estudar os padrões da distribuição geográfica da diversidade genética de três roedores sigmodontíneos e seis marsupiais didelphídeos. Os resultados obtidos demonstram que o Rio Araguaia forma uma barreira geográfica para espécies especialistas em florestas não-alagáveis; por outro lado, espécies generalistas apresentam partilha de haplótipos em ambas as margens do rio. Argumentamos também que os refúgios florestais e os gradientes poderão ter tido um papel importante para moldar a estrutura genética de populações de pequenos mamíferos no Brasil central. Em suma, os resultados apresentados corroboram a proposição de que a diversidade Neotropical não poderá ser explicada através de um único modelo de especiação e que estes não são mutuamente exclusivos. O entendimento integral dos processos ecológicos e históricos que deram origem à fauna Neotropical, assim como a continuidade de estudos sistemáticos, depende da realização de novas amostragens e consequente enriquecimento dos museus com colecções apropriadas.

Service composition for biomedical applications

A exigente inovação na área das aplicações biomédicas tem guiado a evolução das tecnologias de informação nas últimas décadas. Os desafios associados a uma gestão, integração, análise e interpretação eficientes dos dados provenientes das mais modernas tecnologias de hardware e software requerem um esforço concertado. Desde hardware para sequenciação de genes a registos electrónicos de paciente, passando por pesquisa de fármacos, a possibilidade de explorar com precisão os dados destes ambientes é vital para a compreensão da saúde humana. Esta tese engloba a discussão e o desenvolvimento de melhores estratégias informáticas para ultrapassar estes desafios, principalmente no contexto da composição de serviços, incluindo técnicas flexíveis de integração de dados, como warehousing ou federação, e técnicas avançadas de interoperabilidade, como serviços web ou LinkedData. A composição de serviços é apresentada como um ideal genérico, direcionado para a integração de dados e para a interoperabilidade de software. Relativamente a esta última, esta investigação debruçou-se sobre o campo da farmacovigilância, no contexto do projeto Europeu EU-ADR. As contribuições para este projeto, um novo standard de interoperabilidade e um motor de execução de workflows, sustentam a sucesso da EU-ADR Web Platform, uma plataforma para realizar estudos avançados de farmacovigilância. No contexto do projeto Europeu GEN2PHEN, esta investigação visou ultrapassar os desafios associados à integração de dados distribuídos e heterogéneos no campo do varíoma humano. Foi criada uma nova solução, WAVe - Web Analyses of the Variome, que fornece uma coleção rica de dados de variação genética através de uma interface Web inovadora e de uma API avançada. O desenvolvimento destas estratégias evidenciou duas oportunidades claras na área de software biomédico: melhorar o processo de implementação de software através do recurso a técnicas de desenvolvimento rápidas e aperfeiçoar a qualidade e disponibilidade dos dados através da adopção do paradigma de web semântica. A plataforma COEUS atravessa as fronteiras de integração e interoperabilidade, fornecendo metodologias para a aquisição e tradução flexíveis de dados, bem como uma camada de serviços interoperáveis para explorar semanticamente os dados agregados. Combinando as técnicas de desenvolvimento rápidas com a riqueza da perspectiva "Semantic Web in a box", a plataforma COEUS é uma aproximação pioneira, permitindo o desenvolvimento da próxima geração de aplicações biomédicas.

Os dispositivos móveis no apoio a visitas a museus : um estudo da participação através dos dispositivos móveis no apoio à informação e comunicação em

O trabalho de investigação aqui apresentado carateriza e propõe possíveis soluções para algumas das condicionantes associadas à utilização de sistemas de m-Tourism em visitas a museus, relacionadas com mecanismos de disponibilização de conteúdos multimédia e com o acesso e partilha de informação entre visitantes. O estudo empírico parte da realização de entrevistas a profissionais da área do turismo e museus e da aplicação de um questionário a visitantes de museus, para melhor compreender as relações entre as instituições de turismo e os turistas com a internet, Web 2.0 e dispositivos móveis e para caraterizar o cenário atual de utilização destas tecnologias pelos visitantes de museus, bem como de serviços de m-Tourism. A utilização destes instrumentos contribuiu também para o desenvolvimento de um protótipo que concretizasse o conceito de m-Tourism 2.0, o qual estabelece como um dos seus pilares a necessidade de soluções que permitam aos turistas comunicar o que estão a sentir e vivenciar, em qualquer momento da experiência turística, e partilhar essas informações com alguém. Os resultados revelam que um número reduzido de visitantes está envolvido em atividades de partilha de conteúdos e alguma vez utilizou sistemas móveis de apoio a visitas a museus, embora a utilização destes sistemas seja reconhecida como sendo uma mais-valia nesse tipo de visita. Verifica-se, ainda, que há alguma predisposição para os visitantes partilharem comentários e exprimirem as suas preferências, bem como para aceder às informações partilhadas por outros visitantes, em sistemas de m-Tourism. A investigação realizada permite ainda concluir que o protótipo desenvolvido potencia uma melhoria da experiência turística, revelando-se um sistema adequado para a disponibilização de conteúdos multimédia complementares à informação já existente no museu e para a criação de novas dinâmicas de acesso à informação e de comunicação entre os visitantes.

A adoção de social media por museus como uma ferramenta de comunicação : proposta de um modelo para o desenho de estratégias de comunicação

A evolução da Internet, e em especial da Web, originou alterações significativas na forma como o indivíduo comunica, conduzindo até que a Web 2.0 tenha mudado o ponto gravitacional da comunicação online, fazendo que o enfoque passasse a ser no acesso às pessoas e não apenas no acesso à informação. Os social media permitem que os indivíduos comuniquem e interajam de formas inovadoras e colaborativas, alterando definitivamente a forma como estes se relacionam e, como o presente estudo pretende, em parte, demonstrar, as instituições culturais e museológicas não são indiferentes a esta mudança de paradigma comunicacional. As exigências e transformações da sociedade atual, intimamente ligada às tecnologias da informação e comunicação, têm levantado novas questões às instituições museológicas, conduzindo a que os museus enfrentem novos desafios de transformação do seu papel social, potenciando o seu cariz eminentemente comunicacional através da utilização das ferramentas Web 2.0 e social media. Os social media possibilitam a evolução do papel do museu, de um fornecedor de informação, para um potenciador de conhecimento, dando aos seus visitantes a possibilidade de participar e explorar, de forma dinâmica e ativa, criando a base para a conceção de novas perspetivas e visões sobre o museu e o objeto museológico. Os social media oferecem novas formas de colaboração com o público e, desta forma, permite que o museu conheça melhor a sua audiência, podendo ajustar-se na gestão e curadoria, com a contribuição dessas novas ideias e visões. No entanto, o desafio, para o sector museológico, da utilização dessas ferramentas com base em estratégias de comunicação adequadas, representa uma tarefa que se mostra por vezes complexa pela inexistência de diretrizes de aplicação e medição de resultados nos social media. Este trabalho concentra-se num estudo com vista à proposta de um conjunto de diretrizes que guiem o design de estratégias de comunicação do museu, através dos social media. Para tal, estudou-se a relação existente entre os museus e os social media, tanto a nível nacional como a nível internacional, reconhecendo o tipo de utilização que fazem dos social media e caracterizando que tipo de conteúdos e quais as ferramentas utilizadas. Deste estudo, entrevistas e outras observações, identificou-se projetos pioneiros na utilização de blogues, wikis, youtube, redes sociais, etc, e concebeu-se, de forma detalhada, modelo orientador da utilização dos social media como ferramenta de comunicação. Parte integrante deste estudo foi a aplicação prática destas diretrizes a museus no concreto, sendo possível a aplicação, medição de resultados e ajustes ao modelo desenvolvido. Os social media apoiam o museu a cumprir o seu papel e função social, aproximando-o do público, cada vez mais diverso e heterogéneo, tornando o online como uma forma essencial de comunicação museológica.

PRESENTE, um projeto de futuro sobre o passado

No Monumento Nacional aos Combatentes do Ultramar, em Belém, encontram-se dispostos por ano e ordem alfabética os nomes dos militares mortos nesse conflito que durou treze anos. Este enunciado é o ponto de partida para um projeto artístico que, não sendo construído fisicamente a partir de fontes documentais ou de artefactos relacionados com os factos históricos, se irá desenvolver com base em premissas conceptuais no sentido de despoletar a partilha dessa memória. Este projeto artístico é, em si, a criação de um novo documento que olha o passado e o procura projetar no futuro com base no momento “PRESENTE”. Nesta comunicação propomo-nos, metodologicamente, discutir o processo de construção de um projeto artístico que, com a atribuição do prémio Bolsa Estação Imagem | Mora 2014 dará origem a uma exposição pública e à publicação de um livro relacionando-o com um conjunto de possibilidades que questionam as potencialidades que a área da criação artística dispõe para contaminar as questões da musealização de forma a contribuir com o despontar de novas abordagens e narrativas nas práticas da materialização de exposições como médium e lugar de criação artística. Através da consideração processual deste projeto procuramos atingir o significado da memória nos processos de mediação artística onde as imagens renunciando à possibilidade de serem simulacro ou fantasmagoria, simbolizam cada coisa e o seu contrário, abeirando-se da não representação e, neste limite, qual o papel do museu nessas práticas de mediação.

Contributos para a eficácia do clustering usando o tagging social

Nos últimos anos temos vindo a assistir a uma mudança na forma como a informação é disponibilizada online. O surgimento da web para todos possibilitou a fácil edição, disponibilização e partilha da informação gerando um considerável aumento da mesma. Rapidamente surgiram sistemas que permitem a coleção e partilha dessa informação, que para além de possibilitarem a coleção dos recursos também permitem que os utilizadores a descrevam utilizando tags ou comentários. A organização automática dessa informação é um dos maiores desafios no contexto da web atual. Apesar de existirem vários algoritmos de clustering, o compromisso entre a eficácia (formação de grupos que fazem sentido) e a eficiência (execução em tempo aceitável) é difícil de encontrar. Neste sentido, esta investigação tem por problemática aferir se um sistema de agrupamento automático de documentos, melhora a sua eficácia quando se integra um sistema de classificação social. Analisámos e discutimos dois métodos baseados no algoritmo k-means para o clustering de documentos e que possibilitam a integração do tagging social nesse processo. O primeiro permite a integração das tags diretamente no Vector Space Model e o segundo propõe a integração das tags para a seleção das sementes iniciais. O primeiro método permite que as tags sejam pesadas em função da sua ocorrência no documento através do parâmetro Social Slider. Este método foi criado tendo por base um modelo de predição que sugere que, quando se utiliza a similaridade dos cossenos, documentos que partilham tags ficam mais próximos enquanto que, no caso de não partilharem, ficam mais distantes. O segundo método deu origem a um algoritmo que denominamos k-C. Este para além de permitir a seleção inicial das sementes através de uma rede de tags também altera a forma como os novos centróides em cada iteração são calculados. A alteração ao cálculo dos centróides teve em consideração uma reflexão sobre a utilização da distância euclidiana e similaridade dos cossenos no algoritmo de clustering k-means. No contexto da avaliação dos algoritmos foram propostos dois algoritmos, o algoritmo da “Ground truth automática” e o algoritmo MCI. O primeiro permite a deteção da estrutura dos dados, caso seja desconhecida, e o segundo é uma medida de avaliação interna baseada na similaridade dos cossenos entre o documento mais próximo de cada documento. A análise de resultados preliminares sugere que a utilização do primeiro método de integração das tags no VSM tem mais impacto no algoritmo k-means do que no algoritmo k-C. Além disso, os resultados obtidos evidenciam que não existe correlação entre a escolha do parâmetro SS e a qualidade dos clusters. Neste sentido, os restantes testes foram conduzidos utilizando apenas o algoritmo k-C (sem integração de tags no VSM), sendo que os resultados obtidos indicam que a utilização deste algoritmo tende a gerar clusters mais eficazes.

Identification of molecules and pathways regulating mistranslation in Candida albicans

Candida albicans is the major fungal pathogen in humans, causing diseases ranging from mild skin infections to severe systemic infections in immunocompromised individuals. The pathogenic nature of this organism is mostly due to its capacity to proliferate in numerous body sites and to its ability to adapt to drastic changes in the environment. Candida albicans exhibit a unique translational system, decoding the leucine-CUG codon ambiguously as leucine (3% of codons) and serine (97%) using a hybrid serine tRNA (tRNACAGSer). This tRNACAGSer is aminoacylated by two aminoacyl tRNA synthetases (aaRSs): leucyl-tRNA synthetase (LeuRS) and seryl-tRNA synthetase (SerRS). Previous studies showed that exposure of C. albicans to macrophages, oxidative, pH stress and antifungals increases Leu misincorporation levels from 3% to 15%, suggesting that C. albicans has the ability to regulate mistranslation levels in response to host defenses, antifungals and environmental stresses. Therefore, the hypothesis tested in this work is that Leu and Ser misincorporation at CUG codons is dependent upon competition between the LeuRS and SerRS for the tRNACAGSer. To test this hypothesis, levels of the SerRS and LeuRS were indirectly quantified under different physiological conditions, using a fluorescent reporter system that measures the activity of the respective promoters. Results suggest that an increase in Leu misincorporation at CUG codons is associated with an increase in LeuRS expression, with levels of SerRS being maintained. In the second part of the work, the objective was to identify putative regulators of SerRS and LeuRS expression. To accomplish this goal, C. albicans strains from a transcription factor knock-out collection were transformed with the fluorescent reporter system and expression of both aaRSs was quantified. Alterations in the LeuRS/SerRS expression of mutant strains compared to wild type strain allowed the identification of 5 transcription factors as possible regulators of expression of LeuRS and SerRS: ASH1, HAP2, HAP3, RTG3 and STB5. Globally, this work provides the first step to elucidate the molecular mechanism of regulation of mistranslation in C. albicans.