Salivary proteomics and peptidomics of type 1 diabetes Mellitus

A Diabetes Mellitus (DM) compreende um conjunto de desordens metabólicas comuns caracterizadas por hiperglicemia, que afeta diferentes órgãos do organismo. Ao longo do tempo, ocorrem danos microvasculares no glomérulo renal, retina e nervos periféricos, bem como doença macrovascular nas artérias. A composição da saliva também é afetada pela DM, com consequências na homeostasia oral. No entanto, o proteoma e o peptidoma salivar têm sido pouco explorados na DM tipo 1 e nas suas complicações crónicas. Tendo em conta o crescente interesse na saliva como fluido diagnóstico, o objetivo principal deste trabalho foi avaliar os eventos proteolíticos subjacentes à DM tipo 1 e às suas complicações microvasculares, bem como, caracterizar as alterações induzidas pela DM tipo 1 no proteoma e peptidoma salivar. A DM tipo 1 e particularmente as complicações microvasculares associadas modulam o perfil proteolítico dos fluidos biológicos, com diferenças significativas de atividade observadas na urina e saliva, atribuídas principalmente ao complexo Metaloproteinase da Matriz (MMP)-9/lipocalina associada à gelatinase de neutrófilos, aminopeptidase N, azurocidina e calicreína 1. O aumento da atividade proteolítica observado na saliva total dos diabéticos resultou no aumento da percentagem de péptidos, principalmente de um número acrescido de fragmentos de colagénio do tipo I, refletindo possivelmente um estado inflamatório crónico dos tecidos orais e periodontais. O peptidoma também corrobora uma maior suscetibilidade das proteínas salivares, especificamente, das proteínas ricas em prolina básicas (bPRP) 1, bPRP2 e proteínas ricas em prolina ácidas (aPRP) à proteólise, evidenciando a geração de fragmentos de proteínas associadas à ligação a bactérias. A análise do proteoma salivar baseada em iTRAQ mostrou uma sobre-expressão de L-plastina, fator do adenocarcinoma do pâncreas e das proteínas S100-A8 e S100-A9, enfatizando a importância do sistema imune inato na patogénese da DM tipo 1 e das complicações microvasculares associadas. A análise integrada de todas as proteínas expressas diferencialmente entre os pacientes diabéticos com ou sem complicações microvasculares e indivíduos saudáveis foi realizada com o STRING, onde se observam três conjuntos funcionalmente ligados, um compreende a interação entre o colagénio tipo I, colagénio tipo II e MMP-9, um segundo conjunto envolve a MMP-2 e o colagénio de tipo I e um terceiro conjunto composto por proteínas salivares e inflamatórias. Estes conjuntos estão associados com as vias Kegg de interação recetor-matriz extracelular, de adesão focal e migração transendotelial dos leucócitos. Por outro lado, a análise do proteoma e peptidoma salivar destacou potenciais biomarcadores para o diagnóstico e prognóstico da DM tipo 1 e das suas complicações.

Knowledge dilemmas : the perspective of two Portuguese organisations

A presente investigação pretende examinar se existe uma convergência entre as diferentes percepções dos actores organizacionais, no que respeita à criação e uso/partilha de conhecimento durante o processo de inovação e mudança organizacional. Iremos igualmente tentar compreender se o conhecimento individual – técnico e organizacional – tem impacto na inovação organizacional e no processo de mudança e, consequentemente, no rumo da organização. Iremos conceptualizar o conhecimento individual como conhecimento tácito e assumir que poderá impulsionar a inovação organizacional e, consequentemente, o desenvolvimento da organização. Contudo, iremos assumir que a partilha do conhecimento explícito não poderá ser separada do processo de compreensão, sendo necessário o conhecimento tácito individual para completar a partilha. O conhecimento explícito e o conhecimento tácito serão ambos estudados como dois elementos inseparáveis porque consideramos que o conhecimento explícito necessita de uma compreensão tácita da linguagem que estrutura o conhecimento explícito. Neste contexto, este estudo apresenta as conclusões acerca dos métodos e formas de interacção e partilha de conhecimento entre os actores organizacionais no que toca à inovação organizacional e aos processos de mudança. A informação será recolhida por via de entrevistas e a técnica Group Recall usando a metodologia de investigação-acção. Este estudo contribui, de várias formas, para o desenvolvimento de um quadro teórico e empírico sobre o conhecimento e a partilha de conhecimento tácito em contextos de inovação organizacional e de processos de mudança. Em primeiro lugar, identifica e analisa as diferentes percepções dos actores organizacionais sobre a partilha e o uso do conhecimento individual durante os processos de inovação organizacional. Em segundo lugar, apresenta o impacto do uso do conhecimento individual partilhado e/ou criado durante os projectos de inovação organizacional nos processoe e práticas da organização. Em terceiro lugar, propõe um conjunto de perfis de conhecimento que podem potenciar a criação e partilha de conhecimento entre os actores organizacionais. Em quarto lugar, sugere um modelo facilitador da partilha de conhecimento que pode servir de referência para investigadores e para profissionais das organizações em processos de inovação organizacional e de mudança. Finalmente, este estudo propõe algumas direcções para futuras investigações e sugere algumas questões de estudo que emergiram desta investigação e que poderão ser exploradas.

Gesture interaction in music for instruments and electroacoustic sounds

Esta tese apresenta alguns aspectos em como o fenómeno do gesto musical pode ser compreendido na percepção da interação musical na música para instrumentos e sons electroacústicos. Através de exemplos de análise, classificação e categorização de diferentes relacões gestuais entre instrumentos e sons electroacústicos, pretende-se estabelecer modelos específicos de interacção que podem ser aplicados como método analítico assim como na composição musical. A pesquisa parte de uma variedade de definições sobre gesto musical na música em geral, na música contemporânea e na música electroacústica em particular, para subsequentemente incluir as relações entre dois eventos sonoros com características diferentes - o electroacústico e o instrumental. São essencialmente abordadas as relações entre gestos musicais através da análise de diversas características: altura, ritmo, timbre, dinâmica, características contrapontísticas, espectromorfológicas, semânticas e espaciais. O resultado da pesquisa teórica serviu de suporte à composição de diversas obras, onde estes aspectos são explorados sob o ponto de vista da criação musical.

Ecology and conservation of felids in the Brazilian pantanal

Habitat conversion and environmental degradation have reached alarming levels in the Pantanal, endangering all its biodiversity. This scenario is complicated by the fact that the biome relies on only a few protected areas, which combined do not exceed 10% of the territory. Felids, as predators, play a vital role in the maintenance of this ecosystem, but require large areas, have low population densities and, typically, are very sensitive to environmental disturbances. Amolar Mountain Ridge is considered an area of extreme importance and high priority for conservation within the biome. There are four species of felids in this region: the jaguar (Panthera onca), the puma (Puma concolor), the ocelot (Leopardus pardalis), and jaguarundi (Puma yagouaroundi). However, little is known about the ecology of these species in this region or the magnitude of interaction between the communities living around the protected areas and the animals. The goal of this study was to increase our knowledge about these felids and understand how people interact with them in order to contribute to their conservation in the network of parks within Amolar. Camera trapping surveys were carried out in two areas of the network, covering approximately 83,000 hectares, in order to identify the species of mammals occurring in the region, those that may be potential prey for the felids, and to obtain basic ecological data about both felids and prey. In addition, we conducted surveys in three riverside schools in order to assess the knowledge, perceptions and attitudes of schoolchildren regarding the four focal felids, and surveys among the adult population to assess their perceptions and attitudes towards the jaguar. We recorded a total of 33 species of mammals from both study areas. The large cats were cathemeral, reflecting the temporal activity of larger prey, whereas the ocelot was nocturnal, mirroring the activity of smaller prey. Jaguar occupancy was influenced by prey abundance, while puma occupancy was influenced by patch density in drier dense forest. Jaguars and pumas may be competitors over temporal and spatial scales, while no resource overlap was found for ocelots. Overall, both adults and children tended to have negative perceptions about the cats, which were related to the fear of being attacked. To increase awareness about the species and to maximize the effectiveness of protective measures in the network of reserves, it is recommended to develop and implement an Environmental Educational Program in the medium- to long-term in order to minimize the fear of these felids and to counsel locals on the role of felids in the maintenance of the Pantanal’s biodiversity.

A computational study of ionic liquids used in the production of fuels and biofuels

For the past decades it has been a worldwide concern to reduce the emission of harmful gases released during the combustion of fossil fuels. This goal has been addressed through the reduction of sulfur-containing compounds, and the replacement of fossil fuels by biofuels, such as bioethanol, produced in large scale from biomass. For this purpose, a new class of solvents, the Ionic Liquids (ILs), has been applied, aiming at developing new processes and replacing common organic solvents in the current processes. ILs can be composed by a large number of different combinations of cations and anions, which confer unique but desired properties to ILs. The ability of fine-tuning the properties of ILs to meet the requirements of a specific application range by mixing different cations and anions arises as the most relevant aspect for rendering ILs so attractive to researchers. Nonetheless, due to the huge number of possible combinations between the ions it is required the use of cheap predictive approaches for anticipating how they will act in a given situation. Molecular dynamics (MD) simulation is a statistical mechanics computational approach, based on Newton’s equations of motion, which can be used to study macroscopic systems at the atomic level, through the prediction of their properties, and other structural information. In the case of ILs, MD simulations have been extensively applied. The slow dynamics associated to ILs constitutes a challenge for their correct description that requires improvements and developments of existent force fields, as well as larger computational efforts (longer times of simulation). The present document reports studies based on MD simulations devoted to disclose the mechanisms of interaction established by ILs in systems representative of fuel and biofuels streams, and at biomass pre-treatment process. Hence, MD simulations were used to evaluate different systems composed of ILs and thiophene, benzene, water, ethanol and also glucose molecules. For the latter molecules, it was carried out a study aiming to ascertain the performance of a recently proposed force field (GROMOS 56ACARBO) to reproduce the dynamic behavior of such molecules in aqueous solution. The results here reported reveal that the interactions established by ILs are dependent on the individual characteristics of each IL. Generally, the polar character of ILs is deterministic in their propensity to interact with the other molecules. Although it is unquestionable the advantage of using MD simulations, it is necessary to recognize the need for improvements and developments of force fields, not only for a successful description of ILs, but also for other relevant compounds such as the carbohydrates.