Medical information extraction in European Portuguese

The electronic storage of medical patient data is becoming a daily experience in most of the practices and hospitals worldwide. However, much of the data available is in free-form text, a convenient way of expressing concepts and events, but especially challenging if one wants to perform automatic searches, summarization or statistical analysis. Information Extraction can relieve some of these problems by offering a semantically informed interpretation and abstraction of the texts. MedInX, the Medical Information eXtraction system presented in this document, is the first information extraction system developed to process textual clinical discharge records written in Portuguese. The main goal of the system is to improve access to the information locked up in unstructured text, and, consequently, the efficiency of the health care process, by allowing faster and reliable access to quality information on health, for both patient and health professionals. MedInX components are based on Natural Language Processing principles, and provide several mechanisms to read, process and utilize external resources, such as terminologies and ontologies, in the process of automatic mapping of free text reports onto a structured representation. However, the flexible and scalable architecture of the system, also allowed its application to the task of Named Entity Recognition on a shared evaluation contest focused on Portuguese general domain free-form texts. The evaluation of the system on a set of authentic hospital discharge letters indicates that the system performs with 95% F-measure, on the task of entity recognition, and 95% precision on the task of relation extraction. Example applications, demonstrating the use of MedInX capabilities in real applications in the hospital setting, are also presented in this document. These applications were designed to answer common clinical problems related with the automatic coding of diagnoses and other health-related conditions described in the documents, according to the international classification systems ICD-9-CM and ICF. The automatic review of the content and completeness of the documents is an example of another developed application, denominated MedInX Clinical Audit system.

Avaliação imobiliária: entre a ciência da avaliação e a arte da apreciação

Recentemente a avaliação imobiliária levou ao colapso de instituições financeiras e à crise no Subprime. A presente investigação pretende contribuir para perceber quais os factores preponderantes na avaliação imobiliária. O trabalho aborda a problemática da assimetria de informação, os diferentes métodos de avaliação imobiliária e a importância das externalidades. Empiricamente há diversos casos analisados através do uso da metodologia da Regressão Linear, Análise de Clusters e Análise de Componentes Principais da Análise Factorial. O primeiro caso analisado é direccionado à avaliação das externalidades, onde os resultados indicam que as externalidades positivas principais são as seguintes: as vistas de marina são mais valorizadas que as vistas de mar, as vistas frontais são mais valorizadas que as vistas laterais e existem diferenças de valorização ao nível do piso de acordo com o tipo de habitação (residência ou férias). O segundo estudo analisa como o método do rendimento ajuda na explicação da realidade portuguesa, no qual foram obtidos três clusters de rendas e três clusters de yields para cada uma das amostras. Os resultados demonstram que: (a) ambos os clusters, das yields e das rendas são formados por diferentes elementos (b) que o valor da oferta é explicado pelo método do rendimento, pelo cluster das yields e pela densidade populacional. No terceiro estudo foram inquiridos 427 indivíduos que procuravam apartamento para residência. A partir da Análise de Componentes Principais da Análise Factorial efectuada obtiveram-se sete factores determinantes na procura de apartamento: as externalidades negativas, as externalidades positivas, a localização de negócios no rés-do-chão do edifício de apartamentos, os interesses racionais de proximidade, as variáveis secundárias na utilização do edifício, as variáveis de rendimento e as variáveis de interesses pessoais. A principal conclusão é que como é uma área transdisciplinar, é difícil chegar a um único modelo que incorpore os métodos de avaliação e as diferentes dinâmicas da procura. O avaliador, deve analisar e fazer o seu scoring, tendo em conta o equilíbrio entre a ciência da avaliação e a arte da apreciação.

Modelo de valorização do direito desportivo resultante da formação

Nas empresas desportivas o principal ativo é o direito desportivo sobre o jogador profissional. O nosso estudo debruça-se no resultante da formação. Começámos por verificar que o direito desportivo preenche os requisitos para ser reconhecido como ativo intangível. Posteriormente analisámos os relatórios e contas de clubes europeus e de clubes brasileiros de modo a identificarmos semelhanças e diferenças ao nível contabilístico dos ativos intangíveis resultantes da formação, um dos nossos objetivos. Verificámos que a principal diferença reside no não reconhecimento do direito desportivo resultante da formação pelos primeiros, contrariamente à prática verificada nos clubes brasileiros. No cenário atual, pelo menos, os clubes europeus não proporcionam informação plena e a comparabilidade entre clubes encontra-se comprometida. Por conseguinte, outro dos nossos objetivos é propor um modelo que permita valorizar com fiabilidade o direito desportivo resultante da formação. A conceção do modelo teve o auxílio dos clubes portugueses e brasileiros, através da resposta a um inquérito dirigido a clubes europeus e brasileiros. Esta metodologia possibilitou, igualmente, confirmar conclusões resultantes da análise da informação contabilística elaborada pelos clubes e identificar outros pontos de contacto e de afastamento entre os clubes relativamente a jogadores formados internamente e ao reconhecimento inicial do direito desportivo. Concluímos que em Portugal existe informação contabilística incompleta sobre os jogadores formados internamente, dado os clubes portugueses considerarem não existir um critério de valorização fiável, e sobre os jogadores que chegam em fim de contrato. Por outro lado, todos os clubes brasileiros respondentes valorizam e reconhecem o direito desportivo resultante da formação como ativo intangível com base nos encargos com a formação do jogador. Por fim, apresentamos a nossa proposta de modelo assente no custo de formação, com a aplicação do método dos centros de gastos. Os componentes incluídos tiveram em conta a opinião dos clubes, tendo posteriormente sido efetuada a análise de clusters e a seleção final de acordo com a IAS 38 da UE. A nossa proposta foi validada junto de agentes com conhecimento e experiência sobre o fenómeno em estudo através de entrevista.

Phylogenetic and functional diversity of estuarine bacterioneuston

A micro-camada superficial da água (SML) é caracterizada pela ocorrência de grandes quantidades de compostos orgânicos, pela acumulação de contaminantes antropogênicos e é submetida a uma intensa radiação solar, extrema mudança de temperatura e, no caso dos estuários, flutuação de salinidade. Estas propriedades físico-químicas estão, provavelmente, a modular a comunidade bacteriana (bacterioneuston) com propriedades filogenéticas e funcionais específicas. Neste estudo, as abordagens dependentes e independentes do cultivo foram aplicadas para avaliar a estrutura e dinâmica das comunidades bacterioneuston e bacterioplâncton em três localizações geográficas ao longo do estuário da Ria de Aveiro. Além disso, comparámos a diversidade filogenética de grupos específicos (Aeromonas, Pseudomonas e Psychrobacter) presentes em bacterioneuston e bacterioplâncton. Finalmente, as duas comunidades foram comparadas em termos de prevalência e diversidade de bactérias resistentes aos antibióticos e respetivos genes de resistência. Bactérias heterotróficas cultiváveis foram enriquecidas em SML. Eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) permitiu a identificação de filotipos específicos em SML. Além disso, a análise de agrupamento dos perfis de DGGE de ambas as comunidades revelou uma ligeira tendência de agrupamento de acordo com a camada amostrada. As diferenças entre as duas comunidades variaram de acordo com factores espaciais e temporais. Em termos de diversidade filogenética de grupos específicos, não foram identificadas diferenças consistentes entre SML e UW com relação às comunidades de Aeromonas. Com relação ao género Pseudomonas, uma unidade operacional taxonómica cultivável foi consistentemente hiper-representada nas amostras de SML. Metodologias dependentes e independentes do cultivo revelaram a presença de populações de Psychrobacter complexas e muito estáveis em todos os sítios e datas de amostragens, com diferenças significativas entre as comunidades de Psychrobacter presentes em SML e UW. Estirpes representativas de prováveis novas espécies também foram cultivadas. Em termos de resistência aos antibióticos, a prevalência de bactérias resistentes em SML foi alta sugerindo selecção pelas condições presentes em SML. É preciso enfatizar que a resistência aos antibióticos foi incomum entre as bactérias estuarinas e os mecanismos de resistência foram, predominantemente, intrínsecos. Pela combinação de abordagens inovadoras dependentes e independentes do cultivo, este estudo forneceu novas e consistentes informações com relação às diferenças em ambas as comunidades bacterianas e em relação a alguns dos fatores que contribuem para a sua formação.

Comunicação organizacional e identidade colectiva num agrupamento de escolas

O reforço e a diversificação do investimento na comunicação por parte das instituições educativas são discutidos neste estudo como uma das consequências da nova gestão pública. Tendo em vista a ‘qualidade’ e a ‘eficácia’ das suas prestações, as escolas têm procurado tornar-se mais dialogantes, assumindo a aposta na comunicação organizacional como parte integrante de uma estratégia empreendedora, que lhes tem vindo a conferir uma nova identidade colectiva unificada em torno dos valores neoliberais. Não obstante, os sistemas de comunicação criados são mais complexos do que se poderia supor. Revelando a influência de pressões híbridas, estes sistemas transformaram-se num contexto mediador da mudança embutido em novas concepções de escola e dos novos mandatos para a educação (assim legitimados interna e externamente), surgindo, ao mesmo tempo, como o locus de produção de novas identidades. Tal acontece porque a comunicação constitui o ponto de convergência entre as diferentes políticas educativas e as práticas localmente adoptadas na sequência de um processo de interpretação criativa das diferentes pressões. É este o sentido com que afirmamos que a comunicação se constitui numa meta-ideia ao serviço da ‘qualidade’, ainda que esta possa ser perspectivada a partir do ideal burocrático da organização (como sinónimo de eficiência administrativa), do ideal profissional (centrada no processo de ensino-aprendizagem) ou do ideal empreendedor (valorizando a capacidade de resposta às solicitações do mercado). Os dados empíricos, que sustentaram o nosso estudo, resultaram da observação do quotidiano de um agrupamento de escolas do ensinobásico e dos testemunhos recolhidos, ao longo de três anos, nesta comunidade educativa. Recorrendo ao estudo de caso como estratégia de investigação enveredámos inicialmente, num contexto de descoberta, pela realização de observações ‘desarmadas e naturais’. Usámos, posteriormente, a análise documental, a entrevista e o questionário na recolha de informação complementar, o que, mediante o cruzamento de métodos de análise qualitativa e quantitativa, nos permitiu tirar partido da triangulação dos dados. Os resultados obtidos apontam para a centralidade dos processos de comunicação na transformação induzida pela nova gestão pública e para o desenvolvimento de uma matriz discursiva bilinguista, que procura harmonizar os imperativos de ‘mercado’ com o discurso pedagógico e com modelos burocrático-profissionais de organização.

Desenvolvimento profissional docente para o ensino à distância na Universidade Eduardo Mondlane

A integração das novas tecnologias de informação e comunicação no contexto educativo proporcionou a emergência de novos cenários de ensino e aprendizagem onde o EaD online é parte integrante. Esta realidade, recentemente implementada na Universidade Eduardo Mondlane (UEM), demanda que os professores estejam preparados com conhecimentos e competências para atuarem com sucesso no EaD online. O maior desafio que surge é como tornar o professor presencial num professor online efetivo pelo facto de muitos deles desenvolverem atitudes de resistência em relação ao EaD, permanecendo ligados às formas tradicionais de ensino. O objetivo deste estudo é conceber, implementar e avaliar um modelo de desenvolvimento profissional dos professores para o EaD, da UEM, por recurso às novas TIC que possibilite a aquisição de competências pedagógicas e tecnológicas para ensinarem em ambientes de ensino e aprendizagem online e integrarem as novas TIC no ensino presencial. Como metodologia, trata-se de um estudo de caso qualitativo, com a unidade de análise “O desenvolvimento profissional do professor para o EaD”, baseado no paradigma interpretativo, com uma vertente de investigação-ação. O estudo foi realizado na UEM, Moçambique, onde foram analisadas duas ações de formação, na modalidade de blended learning com recurso a uma plataforma LMS denominada Aulanet, e envolveu 16 professores de diferentes áreas disciplinares. Os dados foram recolhidos através de inquéritos por questionário e entrevista, do diário e de documentos eletrónicos como mensagens de fórum de debate, de chat, de correio interno e do skype. A técnica de análise de conteúdo foi utilizada para o tratamento de dados qualitativos, com suporte do Nvivo8, e os dados quantitativos recorreram ao Excel. Os resultados do estudo mostraram que a inserção dos professores num ambiente virtual permitiu mudarem de atitudes em relação ao EaD e às TIC, adoptarem estratégias pedagógicas para lidar com certos aspetos do ensino online e aprenderem a utilizar as ferramentas do EaD de modo apropriado.

A Agenda 21 local e o desenvolvimento sustentável em Portugal : que perspetivas?

Assumindo a sociedade atual o paradigma do desenvolvimento sustentável como modelo capaz de garantir uma gestão equilibrada dos recursos atuais que não comprometa o futuro das futuras gerações, é fundamental compreender o instrumento da Agenda 21 Local (A21L), ferramenta saída da Conferência do Rio, em 1992, que se apresenta como uma resposta internacional aos objetivos da sustentabilidade. Ao constituir-se como país signatário da Declaração do Rio, Portugal assumiu o compromisso de cooperar internacionalmente para a aplicação deste instrumento, no esforço comum de unir a proteção do ambiente com o desenvolvimento económico e social. Verifica-se que a resposta de Portugal, em matéria de A21L, foi pouco conseguida, marcada por um arranque ténue, desconcertado e disperso a que acresce o caráter dúbio que caracterizou a natureza dos primeiros processos e que, no quadro internacional, atira Portugal para o grupo de países europeus que mais tardiamente conseguiram responder ao apelo da comunidade internacional no que se refere à implementação de A21L. Neste âmbito, esta dissertação visa aprofundar o conhecimento cientifico sobre este instrumento no quadro das experiências de Agenda 21 Local implementadas no território português. O trabalho procurou examinar os objetivos, características e resultados dos processos de Agenda, dando atenção aos elementos individuais que marcaram cada um e, igualmente, avaliando as repercussões que estes tiveram no todo nacional. O estudo incidiu na dinâmica espaciotemporal das Agendas21L, no território nacional, e na análise integrativa de indicadores físicos, sociais e económicos que permitiram compreender as especificidades e os contrastes verificados nos processos implementados e desenvolvidos. Na investigação não foram, igualmente, negligenciadas questões históricas, políticas e culturais, sabendose da importância que estes vários domínios configuram no caso português. O trabalho contou com uma investigação assente na seguinte metodologia: i) Revisão da literatura e recolha de dados bibliográficos sobre a temática da Agenda 21 Local; ii) Levantamento de informação, através de um inquérito por questionário, dirigido a todas as localidades do País, onde decorrem Agendas 21 Local, a fim de complementar informação já processada; iii) Pesquisa direta de dados no terreno que envolveu a utilização de procedimentos de teor quantitativo (inquérito por questionário) e de teor qualitativo (entrevistas), relativamente ao caso de estudo (Agenda 21 Local de Mindelo); iv) Tratamento e análise dos resultados obtidos através da confrontação da perspetiva teórica com a prática com a consequente elaboração de conclusões fundamentadas pela confrontação dos dados com as hipóteses. Para além de se tratar do caso pioneiro de A21L com início no poder mais próximo do cidadão (respeitando um dos princípios inerentes a este instrumento – o princípio da subsidiariedade), afirmou-se, igualmente, como um caso de referência em matéria de coesão e mobilização dos cidadãos locais para os problemas locais existentes. Os resultados empíricos da investigação identificam uma série de dificuldades que condicionaram o arranque e progresso das A21L. Desde logo, a inabilidade dos poderes políticos locais em trabalharem com um modelo que rompe com as típicas e tradicionais formas pré-concebidas de fazer política, isto é, com as práticas instituídas dos políticos fazerem “política” para os cidadãos e não “com” os cidadãos. O próprio desconhecimento do poder político local quanto à natureza de um processo de A21L que evidenciou inaptidão, impreparação e até embaraço para lidar com este instrumento, resultando na necessidade, na grande maioria dos processos desenvolvidos, de serem acompanhados por entidades externas que cooperaram na sua dinamização. Acresce que a nova dinâmica, subjacente à A21L, que desafia os governos locais a mobilizar a participação generalizada dos cidadãos e apela à participação de novos atores (associações, grupos de interesse, ONG e atores sociais, em geral) para a definição de estratégias de desenvolvimento local, não é totalmente aceite pelos vários poderes locais que, não raras vezes, menosprezam a importância dos cidadãos nos momentos de tomada de decisão. A falta de empenho do governo central, em matéria de sustentabilidade, que negligenciou, numa primeira etapa, a figura do poder central na assessoria às entidades locais cerceou o país da existência de uma campanha nacional para a afirmação deste instrumento. A falta/insuficiência de recursos financeiros como resultante da ausência de apoios estatais e a dificuldade na obtenção de fundos da União Europeia configurou-se como um entrave à promoção dos processos ficando as entidades locais e regionais incapazes de ultrapassar a falta de meios imprescindíveis para o desenvolvimento da A21L. O próprio desconhecimento generalizado dos cidadãos sobre a A21L afigura-se como um estigma ao sucesso de qualquer processo com as caraterísticas de um instrumento A21L visto que a participação dos cidadãos é condição sine qua non para a sua operacionalização. Neste quadro, e olhando o futuro, urge a necessidade das autoridades locais criarem modelos de autofinanciamento capazes de garantir a criação, funcionamento e manutenção de infraestruturas económicas e sociais subjacentes aos programas de A21L, assim como o dever do poder político em reforçar a importância da função da informação e da mobilização dos cidadãos em prole do desenvolvimento sustentável, ações indispensáveis para a execução das políticas inerentes à A21L.

Development of infrared spectroscopy for assessing bacterial quality in foods

Rapid and specific detection of foodborne bacteria that can cause food spoilage or illness associated to its consumption is an increasingly important task in food industry. Bacterial detection, identification, and classification are generally performed using traditional methods based on biochemical or serological tests and the molecular methods based on DNA or RNA fingerprints. However, these methodologies are expensive, time consuming and laborious. Infrared spectroscopy is a reliable, rapid, and economic technique which could be explored as a tool for bacterial analysis in the food industry. In this thesis it was evaluated the potential of IR spectroscopy to study the bacterial quality of foods. In Chapter 2, it was developed a calibration model that successfully allowed to predict the bacterial concentration of naturally contaminated cooked ham samples kept at refrigeration temperature during 8 days. In this part, it was developed the methodology that allowed the best reproducibility of spectra from bacteria colonies with minimal sample preparation, which was used in the subsequent work. Several attempts trying different resolutions and number of scans in the IR were made. A spectral resolution of 4 cm-1, with 32 scans were the settings that allowed the best results. Subsequently, in Chapter 3, it was made an attempt to identify 22 different foodborne bacterial genera/species using IR spectroscopy coupled with multivariate analysis. The principal component analysis, used as an exploratory technique, allowed to form distinct groups, each one corresponding to a different genus, in most of the cases. Then, a hierarchical cluster analysis was performed to further analyse the group formation and the possibility of distinction between species of the same bacterial genus. It was observed that IR spectroscopy not only is suitable to the distinction of the different genera, but also to differentiate species of the same genus, with the simultaneous use of principal component analysis and cluster analysis techniques. The utilization of IR spectroscopy and multivariate statistical analysis were also investigated in Chapter 4, in order to confirm the presence of Listeria monocytogenes and Salmonella spp. isolated from contaminated foods, after growth in selective medium. This would allow to substitute the traditional biochemical and serological methods that are used to confirm these pathogens and that delay the obtainment of the results up to 2 days. The obtained results allowed the distinction of 3 different Listeria species and the distinction of Salmonella spp. from other bacteria that can be mistaken with them. Finally, in chapter 5, high pressure processing, an emerging methodology that permits to produce microbiologically safe foods and extend their shelf-life, was applied to 12 foodborne bacteria to determine their resistance and the effects of pressure in cells. A treatment of 300 MPa, during 15 minutes at room temperature was applied. Gram-negative bacteria were inactivated to undetectable levels and Gram-positive showed different resistances. Bacillus cereus and Staphylococcus aureus decreased only 2 logs and Listeria innocua decreased about 5 logs. IR spectroscopy was performed in bacterial colonies before and after HPP in order to investigate the alterations of the cellular compounds. It was found that high pressure alters bands assigned to some cellular components as proteins, lipids, oligopolysaccharides, phosphate groups from the cell wall and nucleic acids, suggesting disruption of the cell envelopes. In this work, bacterial quantification and classification, as well as assessment of cellular compounds modification with high pressure processing were successfully performed. Taking this into account, it was showed that IR spectroscopy is a very promising technique to analyse bacteria in a simple and inexpensive manner.