Sistemas de informação para DNA microarrays

O projecto de sequenciação do genoma humano veio abrir caminho para o surgimento de novas áreas transdisciplinares de investigação, como a biologia computacional, a bioinformática e a bioestatística. Um dos resultados emergentes desde advento foi a tecnologia de DNA microarrays, que permite o estudo do perfil da expressão de milhares de genes, quando sujeitos a perturbações externas. Apesar de ser uma tecnologia relativamente consolidada, continua a apresentar um conjunto vasto de desafios, nomeadamente do ponto de vista computacional e dos sistemas de informação. São exemplos a optimização dos procedimentos de tratamento de dados bem como o desenvolvimento de metodologias de interpretação semi-automática dos resultados. O principal objectivo deste trabalho consistiu em explorar novas soluções técnicas para agilizar os procedimentos de armazenamento, partilha e análise de dados de experiências de microarrays. Com esta finalidade, realizou-se uma análise de requisitos associados às principais etapas da execução de uma experiência, tendo sido identificados os principais défices, propostas estratégias de melhoramento e apresentadas novas soluções. Ao nível da gestão de dados laboratoriais, é proposto um LIMS (Laboratory Information Management System) que possibilita a gestão de todos os dados gerados e dos procedimentos realizados. Este sistema integra ainda uma solução que permite a partilha de experiências, de forma a promover a participação colaborativa de vários investigadores num mesmo projecto, mesmo usando LIMS distintos. No contexto da análise de dados, é apresentado um modelo que facilita a integração de algoritmos de processamento e de análise de experiências no sistema desenvolvido. Por fim, é proposta uma solução para facilitar a interpretação biológica de um conjunto de genes diferencialmente expressos, através de ferramentas que integram informação existente em diversas bases de dados biomédicas.

A cultura cerâmica no design da joalharia portuguesa

Este trabalho de investigação tem como objectivo contribuir para o aprofundamento de estudos vocacionados para o desenvolvimento de novos produtos, suportado pelo encontro entre duas Culturas do Fazer, a cerâmica e a joalharia, e orientado pela Cultura do Projecto, o design. A análise e a ponderação acerca dos pontos em comum entre estas duas culturas materiais, em particular no contexto português, são a base para a definição e a aplicação de um novo concept de produto, mediado por uma metodologia projectual e sustentado nas noções de Modularidade, de Arquétipo, de Tipologia, de Valor Semântico, de Valor Simbólico, de Sistema de Produto e de Design Estratégico. Esta dissertação desenvolve-se ao longo de duas partes, após uma introdução em que se define o objecto de estudo e a metodologia da investigação. A primeira parte tem quatro capítulos. O primeiro capítulo trata do enquadramento teórico da Cultura Cerâmica a partir de uma análise históricotipologica (desde a cultura mesopotâmica até ao século XXI) orientando-se para o contexto português: os lugares de produção cerâmica e o azulejo como portador de cultura. O segundo capítulo, centrando-se em Portugal como lugar de investigação, estuda a Joalharia num âmbito experimental, analisando o valor simbólico da jóia. No terceiro capítulo interpreta-se o design entre tradição e inovação, nomeadamente a sua importância como veiculador cultural, o seu relacionamento com o artesanato e a relevância do laboratório como lugar de experimentação. O quarto capítulo analisa a acção do cruzamento entre os dois sectores – cerâmica e joalharia – na definição da cultura material, na Europa e em Portugal. Clarifica-se também o conceito de Sistema de Produto quando aplicado, como projecto piloto, à Joalharia, servindo-se de estudos de caso como mediadores experimentais. A segunda parte tem três capítulos. No primeiro capítulo analisam-se e averiguam-se tipologias de jóias existentes, assim como algumas provas laboratoriais que permitem o entendimento da tecnologia cerâmica no desenvolvimento de um projecto de Joalharia. Possibilita-se, deste modo, o surgimento dos primeiros estudos tipológico-formais determinantes para a definição da tipologia de projecto jóia-azulejo. No segundo capítulo define-se uma estratégia metodológica para aplicar a um produto de jóia cerâmica, analisando a particular importância do factor emocional na tomada de decisão do cliente. O terceiro capítulo defende um projecto experimental, como momento de verificação, aplicação e materialização do estudo desenvolvido nesta dissertação, proporcionando uma ocasião projectual para avaliar as potencialidades de um produto futuro, orientado pelo design, fruto do cruzamento entre a Cultura Cerâmica e a Joalharia em Portugal.

A saúde mental, função executiva e capacidade para o trabalho: a influência da sintomatologia psiquiátrica na capacidade para o trabalho: um estudo em trabalhadores portugueses

O presente trabalho tem como principal objetivo, estudar a relação entre a presença de vulnerabilidade para a manifestação de sintomatologia psiquiátrica e a sua relação com a capacidade para o trabalho e, como objetivo secundário, estudar o impacto da função cognitiva executiva na capacidade para o trabalho. Os problemas de saúde mental são comuns na população em geral, sendo estimado que uma em cada cinco pessoas pode apresentar sintomatologia de algum distúrbio mental ao longo de um ano. Por seu lado, a doença mental apresenta um impacto bastante significativo ao nível do absentismo laboral, tendo como consequência um custo bastante significativo ao nível do desempenho laboral (produtividade), bem como ao nível da saúde física e mental (Wu, Chi, Chen, Wang & Jin, 2009). O excessivo Stress Ocupacional experienciado pelos trabalhadores tem sido fortemente associado com o aparecimento de doenças e prejuízo da saúde mental interferindo na sua capacidade para o trabalho, produtividade, bem estar e qualidade de vida. A uma amostra de 125 trabalhadores foram aplicadas as escalas WAI (escala de índice de capacidade para o trabalho), BSI (Inventário de sintomas psicopatológicos) e o ESI (Inventário de Externalização versão reduzida) e, numa subamostra de 30 trabalhadores, foram aplicados os testes neuropsicológicos pela seguinte ordem: CAT (Halstead Category Test), WCST (Wisconci Card Sort), e a TH (Tower of Hanoi). Foram confirmadas todas as hipóteses do estudo o que sugere que existe, de facto, uma relação entre a presença de vulnerabilidade para manifestação de sintomatologia psiquiátrica com a capacidade para o trabalho e, também, que as funções executivas manifestam grande impacto na capacidade para o trabalho. Assim, a implementação de um programa de promoção para o trabalho e prevenção de risco nos trabalhadores torna-se crucial para o aumento da produtividade dos trabalhadores e, consequentemente, da própria organização.

Gerações de ecrã em meio rural : estudo dos novos media no quotidiano rural português de três gerações

Desde finais da década de 50, com o aparecimento e progressiva disseminação da televisão pelas casas portuguesas (atualmente, numa parte significativa delas, existe em mais do que um compartimento); passando pelo computador, na década de 70; e, finalmente, a forma como, na década de 90, se iniciou o processo de distribuição do telemóvel, há toda uma história associada sobre a qual é importante refletir. No meio rural português, qual foi o caminho traçado pelos seus residentes até à “domesticação” (Berker, Hartmann, Punie, & Ward, 2005; Silverstone, Hirsch, & Morley, 1992) de cada um dos media – televisão, computador e telemóvel? Da utilização quase exclusiva em espaços públicos até à sua integração no espaço doméstico e nas dinâmicas familiares e sociais, houve um percurso percorrido quer pelos media, que vão sofrendo alterações constantes, quer pelos indivíduos que se vão adaptando a essas alterações, mas também exigindo que os primeiros se vão moldando às suas necessidades e exigências, fazendo, por isso, que nunca percam o epíteto de “novo”. A existência dos meios digitais tem ainda outras particularidades associadas: a sua presença diária e transversal em todos os contextos nos quais os indivíduos estão habitualmente inseridos – familiar, laboral/escolar e de lazer -, a ocorrência em todas as gerações familiares e, consequentemente, de um modo generalizado, em todas as idades. Os avós, os pais (e, ao mesmo tempo, filhos) e os filhos (e, ao mesmo tempo, netos) fazem uma utilização mais ou menos frequente, mas que não é inexistente, originando, por isso, a designação de gerações de ecrã. Interessa, pois, fazer o estudo dos usos e apropriações dos novos media pelas diferentes gerações, para uma análise intergeracional, mas, mais ainda, compreender as implicações que esses usos têm no meio rural, por ser fortemente considerado como uma zona em desvantagem quanto à proliferação dos media e das tecnologias de informação e comunicação, quando comparada com a urbana. Apresenta-se uma análise e reflexão sobre o modo como os novos media penetraram no quotidiano de três gerações familiares (avós, pais e filhos) e na forma como estas, residentes no meio rural português, transformaram a apropriação dos media num ato contínuo. Esta análise e reflexão fundamentam-se no levantamento bibliográfico sobre a problemática e os dados empíricos obtidos através da aplicação de uma metodologia triangular: focus groups, diários e inquéritos por questionário.

A fase utópico-patriótica da poesia angolana (1965-1985)

O presente trabalho propõe-se analisar a poesia dos autores angolanos que publicaram entre 1965 e 1985, identificando este segmento temporal como uma fase literária da literatura angolana (designada como utópico-patriótica), a qual exprime os princípios anticoloniais e projeta um espaço utópico genuinamente angolano. Tendo em conta a evolução da literatura angolana, subjaz à produção poética dos autores estudados um certo sentido de continuidade, o qual, estimulado pela difusão do nacionalismo, passa pela poesia «da terra» dos mensageiros e continua com os versos encriptados e anticoloniais das décadas de 60 e 70. O espaço utópico projetado na primeira parte da fase utópico-patriótica encontra a sua possibilidade de concretização com a independência de Angola, em 1975, participando os escritores da construção do recém-nascido Estado-Nação. A produção poética da segunda parte da fase utópico-patriótica é, assim, caraterizada pela celebração dos heróis, na ótica de uma (re)perspetivação da história nacional. A partir de 1985, quando se torna evidente o falhanço da utopia, a poesia angolana ensaia um novo rumo pela mão da «geração das incertezas». Ao longo deste percurso, a poesia angolana publicada entre 1965 e 1985 representa um meio de consciencialização ético-política dos cidadãos e concorre para a construção da identidade político-literária da nação angolana, cuja legitimação decorre do processo de conquista da independência.

Monitoring sandy shores morphologies by DGPS: a practical tool to generate digital elevation models

The highly dynamic nature of some sandy shores with continuous morphological changes require the development of efficient and accurate methodological strategies for coastal hazard assessment and morphodynamic characterisation. During the past decades, the general methodological approach for the establishment of coastal monitoring programmes was based on photogrammetry or classical geodetic techniques. With the advent of new geodetic techniques, space-based and airborne-based, new methodologies were introduced in coastal monitoring programmes. This paper describes the development of a monitoring prototype that is based on the use of global positioning system (GPS). The prototype has a GPS multiantenna mounted on a fast surveying platform, a land vehicle appropriate for driving in the sand (four-wheel quad). This system was conceived to perform a network of shore profiles in sandy shores stretches (subaerial beach) that extend for several kilometres from which high-precision digital elevation models can be generated. An analysis of the accuracy and precision of some differential GPS kinematic methodologies is presented. The development of an adequate survey methodology is the first step in morphodynamic shore characterisation or in coastal hazard assessment. The sample method and the computational interpolation procedures are important steps for producing reliable three-dimensional surface maps that are real as possible. The quality of several interpolation methods used to generate grids was tested in areas where there were data gaps. The results obtained allow us to conclude that with the developed survey methodology, it is possible to Survey sandy shores stretches, under spatial scales of kilometers, with a vertical accuracy of greater than 0.10 m in the final digital elevation models.

Bioinformatics analysis of the Pedobacter sp. NL19 genome

The last decades of the 20th century defined the genetic engineering advent, climaxing in the development of techniques, such as PCR and Sanger sequencing. This, permitted the appearance of new techniques to sequencing whole genomes, identified as next-generation sequencing. One of the many applications of these techniques is the in silico search for new secondary metabolites, synthesized by microorganisms exhibiting antimicrobial properties. The peptide antibiotics compounds can be classified in two classes, according to their biosynthesis, in ribosomal or nonribosomal peptides. Lanthipeptides are the most studied ribosomal peptides and are characterized by the presence of lanthionine and methylanthionine that result from posttranslational modifications. Lanthipeptides are divided in four classes, depending on their biosynthetic machinery. In class I, a LanB enzyme dehydrate serine and threonine residues in the C-terminus precursor peptide. Then, these residues undergo a cyclization step performed by a LanC enzyme, forming the lanthionine rings. The cleavage and the transport of the peptide is achieved by the LanP and LanT enzymes, respectively. Although, in class II only one enzyme, LanM, is responsible for the dehydration and cyclization steps and also only one enzyme performs the cleavage and transport, LanT. Pedobacter sp. NL19 is a Gram-negative bacterium, isolated from sludge of an abandon uranium mine, in Viseu (Portugal). Antibacterial activity in vitro was detected against several Gram-positive and Gram-negative bacteria. Sequencing and in silico analysis of NL19 genome revealed the presence of 21 biosynthetic clusters for secondary metabolites, including nonribosomal and ribosomal peptides biosynthetic clusters. Four lanthipeptides clusters were predicted, comprising the precursor peptides, the modifying enzymes (LanB and LanC), and also a bifunctional LanT. This result revealed the hybrid nature of the clusters, comprising characteristics from two distinct classes, which are poorly described in literature. The phylogenetic analysis of their enzymes showed that they clustered within the bacteroidetes clade. Furthermore, hybrid gene clusters were also found in other species of this phylum, revealing that it is a common characteristic in this group. Finally, the analysis of NL19 colonies by MALDI-TOF MS allowed the identification of a 3180 Da mass that corresponds to the predicted mass of a lanthipeptide encoded in one of the clusters. However, this result is not fully conclusive and further experiments are needed to understand the full potential of the compounds encoded in this type of clusters. In conclusion, it was determined that NL19 strain has the potential to produce diverse secondary metabolites, including lanthipeptides that were not functionally characterized so far.

Mediator framework for inserting xDRs into hadoop

During the last decades, we assisted to what is called “information explosion”. With the advent of the new technologies and new contexts, the volume, velocity and variety of data has increased exponentially, becoming what is known today as big data. Among them, we emphasize telecommunications operators, which gather, using network monitoring equipment, millions of network event records, the Call Detail Records (CDRs) and the Event Detail Records (EDRs), commonly known as xDRs. These records are stored and later processed to compute network performance and quality of service metrics. With the ever increasing number of collected xDRs, its generated volume needing to be stored has increased exponentially, making the current solutions based on relational databases not suited anymore. To tackle this problem, the relational data store can be replaced by Hadoop File System (HDFS). However, HDFS is simply a distributed file system, this way not supporting any aspect of the relational paradigm. To overcome this difficulty, this paper presents a framework that enables the current systems inserting data into relational databases, to keep doing it transparently when migrating to Hadoop. As proof of concept, the developed platform was integrated with the Altaia - a performance and QoS management of telecommunications networks and services.

Formação e supervisão das práticas clínicas : uma abordagem ecológica

Nos últimos anos, um conjunto de mudanças de natureza tecnológica institucional, legal e cultural alteraram as funções, a responsabilidade social e a estrutura das organizações de saúde. Estas transformações estão na base do debate actual sobre supervisão clínica em enfermagem enquanto estratégia de promoção da satisfação profissional, segurança e qualidade dos cuidados. A emergência da supervisão clínica em enfermagem permitiu interrogar e dar visibilidade a novas modalidades de formação no contexto de trabalho. A supervisão clínica é um processo multidimensional que inclui encontros regulares entre supervisores e supervisados, com o objectivo de analisar experiências de trabalho e de formação. Dedica-se especial atenção às dimensões emocionais, qualidade de cuidados, relação terapêutica e desenvolvimento pessoal e profissional. A presente pesquisa assume a forma de um estudo de caso realizado num hospital psiquiátrico (Hospital Magalhães Lemos). O objectivo principal do estudo consistiu em compreender o processo amplo e complexo de aprendizagens desenvolvidas em contexto clínico e a forma como estas condicionam as estratégias supervisivas. Recorrendo ao modelo bioecológico de Bronfenbrenner, o estudo interroga de forma sistemática a origem e as relações entre formação e supervisão. Os participantes do estudo foram 18 enfermeiros do referido hospital. Contamos, igualmente, com a colaboração de três peritos com profundo conhecimento da cultura e realidade hospitalar. A informação foi colhida com base em questionários e entrevistas semiestruturadas. O questionário (Clinical Supervision Nursing Inventory – CSNI - V1) inclui três partes. A parte I e II foram relevantes para caracterizar os participantes e o contexto clínico. A parte III do instrumento inclui um inventário com 24 itens. O Alfa de Cronbach calculado pelo autor foi de 0,93 para os 24 itens da escala, indicando excelentes resultados psicométricos. A entrevista semi-estruturada foi usada para a recolha de dados junto dos três peritos. Os enfermeiros possuem uma atitude positiva perante a supervisão clínica. O desenvolvimento pessoal e profissional dos enfermeiros estava relacionado com as oportunidades de formação emergentes no contexto das práticas. Embora a expressão “supervisão clínica” seja por vezes utilizada de forma incorrecta nas organizações, concluímos que existiam no hospital boas práticas a nível da supervisão dos cuidados, relacionando desenvolvimento pessoal, qualidade de cuidados e competências profissionais. Tentámos problematizar as experiências supervisivas partindo de teorias sócio-culturais e bio-ecológicas. Os participantes do estudo referiram que há necessidade de formalizar o sistema de supervisão clínica em enfermagem, evitando relacionálo com o sistema de supervisão de gestão. São apresentados e discutidos diversos subsídios para o desenvolvimento do sistema de supervisão clínica em enfermagem, no hospital.