Inferencia bayesiana sobre los parámetros de dispersión genéticos y ambientales en modelos animales con efectos maternos

Los modelos 'modelos animales con efectos maternos' (MAM) son modelos lineales mixtos que se utilizan para ajustar registros de caracteres bajo la influencia de efectos maternos. Uno de los desafíos más importantes en el marco de los MAM es la estimación de los parámetros de dispersión o 'componentes de (co) varianza' (CVC). En esta tesis se introducen desde una perspectiva bayesiana contribuciones teóricas y metodológicas con relación a la estimación de CVC para MAM sujetos a estructuras de covarianza novedosas. En primer lugar, se describe una implementación del análisis bayesiano jerárquico vía el algoritmo del muestreo de Gibbs. Luego, se considera una especificación conjugada diferente para la distribución a priori de la matriz de covarianza genética, basada en la distribución Wishart invertida generalizada, y se presenta una estrategia para determinar los correspondientes hiperparámetros. Esta estrategia fue comparada contra otras especificaciones a priori mediante un estudio de simulación estocástica, y produjo estimaciones precisas de los parámetros genéticos, con menores errores estándares y mejor tasa de convergencia. En segundo lugar, se presenta una formulación alternativa del MAM que incluye un parámetro de correlación ambiental entre pares de observaciones madre-progenie, y se desarrolla un procedimiento de estimación basado en un algoritmo de muestreo por grilla. El procedimiento fue programado y ejecutado exitosamente, y se obtuvo la primera estimación del parámetro de correlación con datos de campo para peso al destete en bovinos de carne. Por último, se considera el problema de la estimación de CVC en una población multirracial, donde en general es necesario especificar una estructura de covarianza heterogénea para los valores de cría. En particular, se demuestra que el modelo basado en la descomposición de la matriz de covarianza genética es equivalente al que deriva de la teoría genética cuantitativa. Además, se extiende el modelo para incluir efectos maternos y se describe la implementación de un análisis bayesiano jerárquico con el objetivo de estimar los CVC. El procedimiento fue implementado con éxito en datos experimentales de peso al destete y se obtuvieron por primera vez estimaciones para el conjunto completo de CVC.

Inferencia bayesiana sobre los parámetros de dispersión genéticos y ambientales en modelos animales con efectos maternos

Los modelos 'modelos animales con efectos maternos' (MAM)son modelos lineales mixtos que se utilizan para ajustar registros de caracteres bajo la influencia de efectos maternos. Uno de los desafíos más importantes en el marco de los MAM es la estimación de los parámetros de dispersión o 'componentes de (co)varianza' (CVC). En esta tesis se introducen desde una perspectiva bayesiana contribuciones teóricas y metodológicas con relación a la estimación de CVC para MAM sujetos a estructuras de covarianza novedosas. En primer lugar, se describe una implementación del análisis bayesiano jerárquico vía el algoritmo del muestreo de Gibbs. Luego, se considera una especificación conjugada diferente para la distribución a priori de la matriz de covarianza genética, basada en la distribución Wishart invertida generalizada, y se presenta una estrategia para determinar los correspondientes hiperparámetros. Esta estrategia fue comparada contra otras especificaciones a priori mediante un estudio de simulación estocástica, y produjo estimaciones precisas de los parámetros genéticos, con menores errores estándares y mejor tasa de convergencia. En segundo lugar, se presenta una formulación alternativa del MAM que incluye un parámetro de correlación ambiental entre pares de observaciones madre-progenie, y se desarrolla un procedimiento de estimación basado en un algoritmo de muestreo por grilla. El procedimiento fue programado y ejecutado exitosamente, y se obtuvo la primera estimación del parámetro de correlación con datos de campo para peso al destete en bovinos de carne. Por último, se considera el problema de la estimación de CVC en una población multirracial, donde en general es necesario especificar una estructura de covarianza heterogénea para los valores de cría. En particular, se demuestra que el modelo basado en la descomposición de la matriz de covarianza genética es equivalente al que deriva de la teoría genética cuantitativa. Además, se extiende el modelo para incluir efectos maternos y se describe la implementación de un análisis bayesiano jerárquico con el objetivo de estimar los CVC. El procedimiento fue implementado con éxito en datos experimentales de peso al destete y se obtuvieron por primera vez estimaciones para el conjunto completo de CVC.

Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

Tamaño efectivo por subdivisión en los rodeos del núcleo selectivo de una raza

La variabilidad genética presente en una población es un tema central en la genética de poblaciones. El conocimiento de la estructura poblacional y de los factores endógenos y exógenos que influyen en los apareamientos hizo que varios autores obtuvieran distintas expresiones para estimar la variabilidad presente en una población. Sin embargo ninguna de estas expresiones es aplicable a una población de bovinos de carne, subdividida en rodeos, donde existe suficiente información sobre los apareamientos no aleatorios. Se obtuvieron tres expresiones para: 1) la consanguinidad promedio (F), 2) la coancestría promedio entre dos individuos dentro de un rodeo y 3) la coancestría promedio entre dos individuos de distintos rodeos. Se resolvió el sistema para F y se igualó a 1/2Ne. De esta forma se obtuvo una expresión para el tamaño efectivo que es función de probabilidades que pueden ser estimadas con precisión en una base de datos. El valor hallado de 106,04 para el Brangus Argentino se encuentra en el rango 50 a 150, intervalo en el cual se hallan la mayoría de los estimadores de Ne en otras razas bovinas.

Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

El capital social como factor de producción en los sistemas de agronegocios en Argentina : un análisis comparado de los sistemas aviar, vitivinícola y vacuno

El sector agroalimentario se ha convertido en el de mayor importancia durante los 90 para la economía argentina junto a los sectores del petróleo y acero. Sin embargo, el gran empuje proveniente del 'campo' no se traslada al resto de redes de abatecimiento de alimentos. El desarrollo veloz de las interrelaciones comerciales que conducen al establecimiento de distintas formas de relaciones para el abastecimiento de alimentos es un fenómeno clave en las economías agroalimentarias modernas. Los principales actores de las cadenas agroindustriales deben diseñar las mejores opciones respecto del diseño de sus relaciones comerciales. El objetivo principal del siguiente trabajo es identificar al capital social como un factor de producción para el desarrolo de los sistemas de agronegocios argentinos. Los objetivos específicos serán identificar el nivel de capital social del sistema de ganados y carnes vacuna, del sistema avícola y del sistema vitivinícola de la Argentina. El trabajo determina que el desarrollo global de los agronegocios en Argentina depende del grado de enforcement de la ley y los contratos y del nivel de acción colectiva. Dentro de las variables estudiadas 'confianza', 'acción colectiva' y 'cooperación y ética' presenta altos niveles en las tres variables, el sistema vitivinícola medios y el sistema de ganados y carnes vacuno los presenta bajos. El sistema de negocios avícola es la que marca un mayor desarrollo de capital social a lo largo de la muestra. El nivel de confianza expresado por sus miembros demuestra su capacidad para resolver los dilemas que presenta la acción colectiva en el negocio real, contrariamente al sistema vacuno, mientras que el sistema vitivinícola se coloca en una posición media. El sistema avícola presenta mayor cantidad de contratos formales y como vimos un mayor respeto por su cumplimiento más allá de la incompltitud de los mismos. La falta de contratos formales y la falta de control por parte del Estado, en mayor medida en el subsector vacuno por sobre el vitivinícola, favorece el doble estándar impositivo, comercial y sanitario (no en el caso del vino). En tal sentido, el no respeto por el conjunto de reglas de conducta formales (leyes, tradiciones, costumbres, sistema de valores, religiones, tendencias sociológicas, etc.), es decir las instituciones, que facilitan la coordinación o rigen las relaciones entre individuos o grupos, le agrega mayor incertidumbre a la interacción humana

Prácticas agrícolas y seguridad alimentaria : un caso de estudio en los Andes centrales argentinos

Esta investigación se propuso identificar los factores adicionales a los problemas estructurales (migración, tenencia de la tierra, acceso al agua, falta de empleo y marginación) por los cuales las familias de Tudcum, comunidad de la Provincia argentina de San Juan, no alcanzan a asegurarse una alimentación adecuada, durante el período 2004 - 2006. Se realizó un estudio de caso con un marco metodológico inscrito en la investigación cualitativa, de tipo etnográfico. El marco interpretativo de los hallazgos se basa en conceptos sobre alimentación (seguridad y soberanía alimentaria), pobreza (propuestas de Amartya Sen) y agricultura (prácticas culturales, agroecología), así como de sus relaciones mutuas. Los hallazgos principales mostraron que el acceso a una alimentación que permita satisfacer las necesidades biológicas y culturales de esta población se encuentra afectado por la escasa disponibilidad de recursos económicos, la falta de asesoramiento técnico y por la aparición de nuevos hábitos alimenticios. Por ello se ha considerado que la seguridad alimentaria de la población de Tudcum se encuentra condicionada a la capacidad de sus miembros para: a) formar redes de intercambio, b) obtener un salario, c) participar de los programas sociales ofrecidos por el gobierno, d) manejar adecuadamente los recursos agrícolas y e) la combinación entre dos o más de las estrategias antes mencionadas. Aún a pesar de las transformaciones sociológicas en materia ocupacional (pluriactividad) que ocurren en Tudcum, la actividad agropecuaria se mantiene y en todos los casos estudiados, desempeña un papel importante. Con ello, se evidencia la necesidad de buscar alternativas productivas para zonas que presentan desventajas para ingresar a la cadena agroindustrial local, regional y nacional. Con esta información se espera aportar a una mejor intervención de los programas de apoyo a la seguridad y soberanía alimentaria.

Factores que limitan la inserción de las flores peruanas en los mercados de exportación

El valor de las exportaciones peruanas de flores-entre 2004 y 2013-crecieron un 61 por ciento, alcanzando los 9.798.552 millones de dólares. Sin embargo, Perú escasamente participa con el 0,12 por ciento del total de las exportaciones mundiales de flores, ubicándose en la posición 35 dentro del ranking de países exportadores. Y la la tasa acumulada de participación en el mercado fue de tan sólo 0,241 por ciento. Por ende, el objetivo general de esta investigación fue identificar y describir los factores que limitan la inserción de las flores peruanas en los mercados de exportación para poder aprovechar las oportunidades que brindan los mercados internacionales. La metodología empleada para este estudio fue descriptiva, cuantitativa y cualitativa, apoyada en información secundaria y analizada a través del Índice de Ventajas Comparativas Reveladas, Diamante de Porter y la matriz FODA. En la descripción del ambiente competitivo se determinó que Perú concentra el 99,18 por ciento de sus exportaciones en el grupo de las Hydrangeas, Gypsophila, Alstroemeria, etc., al tener un mayor precio que el resto de variedades. El análisis de la posición competitiva del sector florícola nacional señaló que el Índice de Ventajas Comparativas promedio de Perú es 0,53, no revelándose ventajas comparativas. Además, el sector sostiene su ventaja competitiva basada principalmente en factores básicos (excelentes condiciones agroclimáticas, disponibilidad de superficie agrícola y abundante mano de obra), pero no ha desarrollado los avanzados y especializados (poca inversión en I+D, reducida producción científica, productores agrícolas sin capacitación y asistencia técnica), lo cual no asegura su sustentabilidad a largo plazo. Asimismo, la rivalidad interna de las empresas exportadoras peruanos no viene aportando ventajas al sector ante la ausencia de presión interna para la innovación. El sector florícola peruano cuenta con oportunidades para apalancar su crecimiento, tales como los acuerdos comerciales y excelentes condiciones agroclimáticas. Sus fortalezas son mínimas, destacándose la disponibilidad de mano de obra semicalificada. Además, no es lo suficientemente fuerte para escapar de las amenazas, como la aparición de nuevos competidores. Y sus principales debilidades son la falta de innovación y adaptación a las perturbaciones.

Aspectos de las negociaciones agrícolas, reformas y su impacto interno en los agroalimentos en Japón y región Asia

En general, tanto a nivel empresarial y por parte del Ministerio de Relaciones Exteriores de Japón, existe la tendencia de avanzar con los Acuerdos de Asociación Económica2 (AAEs) en particular en la región Asia-Pacífico; pero ciertos sectores agrícolas y del Ministerio de Agricultura, Forestación y Pesca (MAFF) son más resistentes en hacer avances significativos, para evitar cualquier impacto significativo sobre su agricultura doméstica. Por más de cincuenta años las cooperativas agrícolas han usado su influencia política, apoyada por las comunidades rurales, para bloquear cualquier cambio de reforma. La agricultura japonesa ha disminuido mucho en los últimos 20 años. Las tierras abandonadas3 totalizan actualmente las 400 mil hectáreas. El promedio de edad de los agricultores es de 66 años; el número de productores ha caído a la mitad con 2,6 millones. Existe la predicción de que 1 millón de agricultores dejarán el sector en los próximos 10 años, y el deterioro de las comunidades rurales sigue creciendo. Incluso si Japón adhiere a algunos Acuerdos, la industria agrícola seguirá declinando. En la próxima década se pronostica que la población en Asia se incrementará en 400 millones, por lo que el gobierno japonés no quiere perder más tiempo en trazar sus nuevas estrategias sobre la región. Nunca Japón hizo un planeamiento tan profundo sobre los nuevos lineamientos de la agricultura, que se adoptó como primera prioridad estratégica a nivel nacional, basada sobre todo en la importancia y responsabilidad nacional en tener un suministro seguro de alimentos (incluso los importados) para sus ciudadanos y para la región.

Rol de los fitocromo B1 Y B2 en los rasgos arquitecturales y en la habilidad competitiva de las plantas de maíz (Zea mays l) ante cambios en la densidad de siembra

Las plantas de maíz (Zea mays L.) perciben la presencia de individuos a través de cambios en la calidad de luz del ambiente (cambios del R/RL) en el que crecen y desencadenan respuestas foto-morfogénicas a fin de reducir el sombreo mutuo. Los fitocromos B1 y B2 estarían involucrados en estas respuestas. Por otro lado los sistemas de producción del cultivo de maíz en alta densidad de siembra promueven desde etapas tempranas cambios en el crecimiento de las plantas (i.e. distinta habilidad competitiva de los individuos), que podrían estar relacionados con su mayor o menor reactividad en percibir vecinos. Se realizaron dos experimentos a campo con una línea de maíz con fitocromos activos (WT) y sus iso-líneas con mutaciones en los fitocromos B1 y B2, en dos densidades de siembra (9 y 30pl m-2, i.e. variación en R/RL). Los objetivos fueron evaluar i) los determinantes del crecimiento de las plantas y del cultivo, ii) el rol de los fitocromos B en las variables medidas, iii) la variabilidad poblacional del crecimiento y iv) la habilidad competitiva de cada línea en poli-culturas (WT/phyB1, WT/phyB2, phyB1/phyB2 y WT/phyB1/phyB2). La línea phyB1 presentó menor altura y diámetro de tallos, menor área foliar y distribución aleatoria de hojas que la WT. La línea phyB2 sólo presentó menor área foliar. El crecimiento de los cultivos, la producción de biomasa y el rendimiento de grano, sin embargo, se vió afectado por ambas mutaciones de fitocromo B, con una penalidad mayor en phyB1 y con un mayor rendimiento de phyB2 en alta densidad de siembra por una mayor fertilidad de las espigas. Por último, ambas mutaciones redujeron la variabilidad poblacional del cultivo y confirieron a las plantas una menor habilidad competitiva en poli-culturas aunque esto no representó una penalidad en el rendimiento del lote por una mayor fijación de granos en la WT.

El capital social como factor de producción en los sistemas de agronegocios en Argentina : un análisis comparado de los sistemas aviar, vitivinícola y vacuno

El sector agroalimentario se ha convertido en el de mayor importancia durante los 90 para la economía argentina junto a los sectores del petróleo y acero. Sin embargo, el gran empuje proveniente del 'campo' no se traslada al resto de redes de abatecimiento de alimentos. El desarrollo veloz de las interrelaciones comerciales que conducen al establecimiento de distintas formas de relaciones para el abastecimiento de alimentos es un fenómeno clave en las economías agroalimentarias modernas. Los principales actores de las cadenas agroindustriales deben diseñar las mejores opciones respecto del diseño de sus relaciones comerciales. El objetivo principal del siguiente trabajo es identificar al capital social como un factor de producción para el desarrolo de los sistemas de agronegocios argentinos. Los objetivos específicos serán identificar el nivel de capital social del sistema de ganados y carnes vacuna, del sistema avícola y del sistema vitivinícola de la Argentina. El trabajo determina que el desarrollo global de los agronegocios en Argentina depende del grado de enforcement de la ley y los contratos y del nivel de acción colectiva. Dentro de las variables estudiadas 'confianza', 'acción colectiva' y 'cooperación y ética' presenta altos niveles en las tres variables, el sistema vitivinícola medios y el sistema de ganados y carnes vacuno los presenta bajos. El sistema de negocios avícola es la que marca un mayor desarrollo de capital social a lo largo de la muestra. El nivel de confianza expresado por sus miembros demuestra su capacidad para resolver los dilemas que presenta la acción colectiva en el negocio real, contrariamente al sistema vacuno, mientras que el sistema vitivinícola se coloca en una posición media. El sistema avícola presenta mayor cantidad de contratos formales y como vimos un mayor respeto por su cumplimiento más allá de la incompltitud de los mismos. La falta de contratos formales y la falta de control por parte del Estado, en mayor medida en el subsector vacuno por sobre el vitivinícola, favorece el doble estándar impositivo, comercial y sanitario (no en el caso del vino). En tal sentido, el no respeto por el conjunto de reglas de conducta formales (leyes, tradiciones, costumbres, sistema de valores, religiones, tendencias sociológicas, etc.), es decir las instituciones, que facilitan la coordinación o rigen las relaciones entre individuos o grupos, le agrega mayor incertidumbre a la interacción humana

Aumento de las temperaturas mínimas inverno - primaverales en el Alto Valle del Río Negro en los últimos 90 años

p.127-131

Incidencia de Metopolophium dirhodum Walk. en los factores de rendimiento de Triticum aestivum

p.49-53

Bases ecofisiológicas de la ganancia genética en el rendimiento del maíz en la Argentina en los últimos 30 años

p.177

Distribución de nematodes en suelos de cultivo de papas en los valles andinos de la Argentina

p.141-148