Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

Infiltración del agua en un suelo de un establecimiento de producción animal intensiva : factibilidad de predicción de la misma empleando el modelo de Green y Ampt y funciones de pedotransferencia

El objetivo de este trabajo fue evaluar la eficiencia del modelo de Green-Ampt en la predicción de la infiltración del agua en el suelo haciendo uso de funciones de pedotransferencia (FPT) de Saxton y Rawls (SR), Wösten y Nemes (WN) y las del programa Rosetta (ROS) y analizar el efecto de la carga animal sobre este proceso, por medio de los modelos empíricos de Mezencev (Mez) y el de Swarzendruber (SW), en un establecimiento de producción animal. El estudio se llevó a cabo en un establecimiento sito en la localidad de Marcos Paz, Pcia. de Bs.As. Se eligieron dentro del predio, cuatro grupos de sectores de acuerdo a la intensidad de carga (Ic) : nula (testigo), media, alta y muy alta. El proceso de infiltración se relevó por medio de anillos de Muntz hasta alcanzar la tasa de infiltración básica (TIB). Se tomaron muestras para determinar la densidad aparente (DA), carbono total (CT), humedad gravimétrica (H), conductividad hidráulica saturada (Ks) y se midió la resistencia a la penetración (Rp). Se llevaron a cabo en total 70 ensayos de infiltración y los resultados permitieron concluir que: 1) La carga animal produjo solamente efectos notorios de disminución de la TIB para muy alta Ic. 2) El modelo de SW resultó describir el fenómeno desde el punto de vista físico mejor que el de Mez. 3) La predicción del modelo de GA resultó satisfactoria utilizando las FPT de WN, pero no con las de SR o ROS. 4) Los valores de Ks medidos resultaron entre 5 y 10 veces mayores que los correspondientes de TIB. 5) La TIB dependió sólo de las variables Ic, DA y CT en un modelo de regresión lineal

Propuestas para un proyecto de intervención territorial

Fundamentación ('Por qué') : la necesidad de desarrollar intervenciones en el área de influencia de la EEA Las Breñas que persigan el fin de un 'desarrollo rural territorial' donde parte de las inquietudes que manifiesta el sector porcino sean resueltas. Estas inquietudes o malestares se denotan en el momento en que los extensionistas intervienen en el territorio (a través de los diferentes programas del INTA), obteniendo resultados aislados y poco acordes a los cambios estructurales que atraviesa el S.A. donde la capacidad de innovación tecnológica y organizativa de los productores son elementos claves para alcanzar el desarrollo rural territorial. Delimitación del territorio ('dónde') : las acciones propuestas tiene como territorio al Departamento 2 de Abril cuya cabecera es la localidad de Hermoso Campo donde se encuentra la ODR (Oficina de Desarrollo Rural) - EEA INTA Las Breñas. Propuesta ('qué') : la explicitación de una serie de herramientas orientadas a efectuar un Diagnóstico Rural Participativo del sector porcino con el fin de conocer el proceso de toma de decisiones de los grupos de productores en relación a dicho sector e identificar los factores relevantes que atentan contra esta producción haciéndola poco sustentables. Población objetivo beneficiaria ('para quiénes') : los beneficiarios directos de la presente propuesta lo constituyen los pequeños y medianos productores de cerdos del Departamento 2 de Abril. Y los beneficiarios indirectos serían las organizaciones e instituciones locales vinculadas al sector y los actores intervinientes, es decir, los 'facilitadores' (técnicos, promotores y demás responsables de dicha propuesta). Principales acciones a desarrollar ('cómo lo haremos') : a través de las herramientas del DRP (Diagnóstico Rural Participativo), las cuales 'tienen como pretensión no tanto la mera recogida rápida de datos, sino estimular un proceso de empoderamiento de la población mediante su participación. En este caso, el agente externo hace funciones no de investigador sino de facilitador, y la información obtenida se analiza y gestiona por la propia población local, que determina con sus prioridades el 'diseño de los proyectos' (Diagnóstico Rural Rápido (DRR), Néstor Zabala). El "producto esperado" es la selección de una metodología que permita recabar la información relevante en relación a la problemática en cuestión. Es decir, una metodología que esgrima las causas y consecuencias reales de la baja sustentabilidad de los emprendimientos productivos del sector porcino. Y a partir de allí, diseñar estrategias de intervención orientadas a lograr un desarrollo territorial

Taninos condensados en leguminosas del género Lotus : estudio de sus funciones biológicas y evaluación de su utilidad en el mejoramiento de la calidad forrajera de especies de importancia agronómica

Algunas especies del género Lotus son utilizadas como forrajeras en ambientes de menor aptitud agrícola, las cuales presentan contenidos variables de taninos condensados (TC). La optimización del contenido de TC constituye un objetivo tecnológico de mejora en la calidad forrajera de las leguminosas. L. tenuis es considerada relativamente tolerante a diferentes estreses ambientales, pero no existen reportes relacionados a la optimización de sus niveles de TC. Debido a ello y utilizando el protocolo DMACA-HCl, se cuantificaron los niveles de TC en numerosas poblaciones de L. tenuis, observándose niveles inferiores a los recomendados para leguminosas forrajeras y quedando en evidencia simultáneamente, que no es posible su optimización por selección recurrente. Ello motivó el interés en evaluar la hibridización interespecífica entre L. tenuis y una población seleccionada de L. corniculatus como alternativa tecnológica de mejora. De esta manera, se obtuvo un material con mejores características forrajeras y mayor tolerancia al estrés salino. A su vez, estos materiales resultaron de interés para el estudio de la regulación transcripcional de los genes relacionados a la biosíntesis de TC, observándose que no dependen únicamente de los factores de transcripción y genes que presentan un papel central en otras especies. Por último, en ensayos de inoculación con rizobios, se determinó que los niveles de TC en raíces de Lotus no se encuentran relacionados a la especificidad de la simbiosis y que la formación de nódulos inefectivos determina un incremento en los niveles de estos metabolitos secundarios

Los contratistas de cosecha de plantaciones forestales : análisis de las funciones de producción y de la influencia de la innovación tecnológica como factor en las mismas

La cosecha de plantaciones forestales ha crecido sostenidamente en Sudamérica en los últimos años. Esta se desarrolla mayoritariamente con empresas contratistas, que abastecen plantas industriales. Esta Tesis tiene por objetivos analizar por medio de funciones de producción y de la innovación, las empresas contratistas de cosecha en Misiones y Corrientes (Argentina), Paraná, Santa Catarina y Rio Grande do Sul (Brasil), y Uruguay. Los datos fueron obtenidos por encuestas personalizadas: 22 en Argentina, 35 en Brasil, y 10 en Uruguay, entre 2008 y 2012. Se evaluaron modelos de costos y producción. El crecimiento de las empresas fue analizado con modelos lineales mixtos. La producción relevada fue de 17,7 millones de metros cúbicos, (58,3 por ciento del total regional). Los modelos de producción del tipo Cobb-Douglas, mostraron muy alta necesidad de capital al inicio, con un cambio a partir de las 50.000 t/mes, y fueron asintóticos desde las 100.000 t/mes. Los contratistas en Argentina produjeron en promedio 13.636 t/mes, con 30,7 empleados por empresa. En Brasil, produjeron 25.649t/mes, con 65,12 empleados. Los modelos de costo por tonelada resultaron en 5,82 US$/t para 18.000 t/mes para Argentina. En Brasil el costo mínimo fue de 11,23 US$/t para 25.000 t/mes. En Uruguay fue de 18,43 US$/t para 15.000 t/mes. En los tres países existió preponderancia de contratos con celulósicas. No se encontró ninguna contratista que desarrolle los indicadores de producción o de costo por tonelada que obtuvieron estas empresas mutualistas. En los análisis de producción de los últimos 10 años, fueron significativos el número de empleados, y la mecanización. Cuando se consideraron la capacidad de hacer negocios y la innovación, fue solo significativa esta última. La inclusión de las variables aleatorias, país y edad de la empresa, produjo mejores AIC (Akaike Information Criterion). En el análisis del crecimiento de las empresas en los últimos 10 años, resultaron significativos el capital y el número de empleados. En los últimos 5 años, ocurrió lo contrario, fueron significativas la innovación y la capacidad de hacer negocios. Se puede concluir que el capital es el principal factor para predecir la capacidad productiva de una contratista. Existen diferencias de escala entre las empresas de los tres países, así como en los sectores de cada país. A los largo de los últimos 10 años, las empresas han ido creciendo basándose en diferentes estrategias, al principio en capital y empleados, y últimamente en la capacidad de hacer negocios y en la innovación. Sudamérica, Cosecha forestal.

Efecto de la varianza genética aditiva generacional sobre las componentes de la respuesta a la selección en una población con generaciones superpuestas

p.221-230

Taninos condensados en leguminosas del género Lotus : estudio de sus funciones biológicas y evaluación de su utilidad en el mejoramiento de la calidad forrajera de especies de importancia agronómica

Algunas especies del género Lotus son utilizadas como forrajeras en ambientes de menor aptitud agrícola, las cuales presentan contenidos variables de taninos condensados (TC). La optimización del contenido de TC constituye un objetivo tecnológico de mejora en la calidad forrajera de las leguminosas. L. tenuis es considerada relativamente tolerante a diferentes estreses ambientales, pero no existen reportes relacionados a la optimización de sus niveles de TC. Debido a ello y utilizando el protocolo DMACA-HCl, se cuantificaron los niveles de TC en numerosas poblaciones de L. tenuis, observándose niveles inferiores a los recomendados para leguminosas forrajeras y quedando en evidencia simultáneamente, que no es posible su optimización por selección recurrente. Ello motivó el interés en evaluar la hibridización interespecífica entre L. tenuis y una población seleccionada de L. corniculatus como alternativa tecnológica de mejora. De esta manera, se obtuvo un material con mejores características forrajeras y mayor tolerancia al estrés salino. A su vez, estos materiales resultaron de interés para el estudio de la regulación transcripcional de los genes relacionados a la biosíntesis de TC, observándose que no dependen únicamente de los factores de transcripción y genes que presentan un papel central en otras especies. Por último, en ensayos de inoculación con rizobios, se determinó que los niveles de TC en raíces de Lotus no se encuentran relacionados a la especificidad de la simbiosis y que la formación de nódulos inefectivos determina un incremento en los niveles de estos metabolitos secundarios

Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.