Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

Bases moleculares de la interacción virus-planta : relación entre genes de defensa, ARNs pequeños y sintomatología

Los virus fitopatógenos producen alteraciones en el metabolismo y la fisiología de sus huéspedes provocadas principalmente por alteraciones en la expresión génica durante las infecciones. Numerosos cambios están asociados a respuestas de estrés y defensa y sus efectos secundarios son probablemente causantes de los síntomas. El uso de plantas transgénicas que expresan proteínas virales constituye un sistema útil para estudiar la complejidad de la interacción planta-virus. Con el fin de determinar patrones de expresión génica alterados, se emplearon líneas que expresan proteínas del TMV sin función supresora del silenciamiento: la proteína de cápside mutada (CPT42W), la proteína de movimiento (MP) y una línea co-expresante (MPxCPT42W) que mostró alteraciones morfológicas (semejantes a síntomas) y de acumulación de miARNs. Se realizó un microarreglo para detectar cambios transcripcionales asociados a la coexpresión de CPT42W y MP, utilizando como control una línea isogénica con ambos transgenes silenciados y fenotipo normal (mpxcpT42W*). Se estudiaron procesos biológicos cuyos genes mostraron alteraciones por la co-expresión de CPT42W y MP, focalizando en vías relacionadas a estrés oxidativo, inmunidad innata y vías degradación de ARN. Se demostró que CPT42W y MP modularon la defensa innata de un modo complejo: MP parecería actuar como inductor de defensa, alterando los niveles de ERO y SA mientras que CP jugaría un rol antagónico, inhibiendo la expresión de PR-1 y RDR1. Por otro lado, estudios funcionales en vías de degradación de ARN, demostraron que genes componentes del ARN exosoma, inducidos por la expresión de MP y CPT42W, estarían implicados en la alteración de miARNs y constituirían mecanismos alternativos subyacentes a la generación de síntomas en infecciones virales. Este trabajo constituye un importante aporte al entendimiento de los mecanismos de defensa antiviral y de producción de síntomas, proporcionando herramientas para diseñar nuevas estrategias biotecnológicas de control de virosis en cultivos de interés agronómico.

Mermeladas de frutas tropicales : caso de estudios CEPICAFE

En el Noreste Peruano existe una gama de frutas tropicales, que debido a su manejo agrícola y su ubicación dentro de zonas geográficas con certificación de comercio justo, presentan un alto potencial para la exportación. El pequeño productor encuentra grandes dificultades en la comercialización de sus productos en forma aislada, en medio de un escenario internacional de crecientes fusiones y adquisiciones de empresas. El incremento de la demanda global de productos y la coordinación de los sistemas de abastecimiento implican la necesidad de generar innovaciones, sobre todo a nivel organizacional y comercial. Un ejemplo es la conformación de organizaciones de productores con el fin de industrializar sus productos y acceder a mercados internacionales. En el caso de los productores de fruta tropical de la región de Piura optaron por eliminar el carácter temporal de estas, a través, de la producción de mermeladas, producto de interés para algunos comercializadores internacionales involucrados en el rubro de comercio justo. El objetivo de esta investigación es identificar y describir las fortalezas desde el punto de vista organizacional y las estrategias comerciales en las que se apalancó el crecimiento y la inserción del producto mermeladas de frutas tropicales del Perú, para ingresar en el comercio justo, y mejorar así, la inserción de pequeños productores en el mercado internacional. Se utilizó el tipo de investigación fenomenológica y como metodología de abordaje el estudio de caso simple, tomando el caso de la Central piurana de Cafetaleros (CEPICAFE). La unidad de análisis estudiada fue el negocio de mermeladas de frutas tropicales de esta organización. Se analizó desde la teoría de la moderna organización industrial a CEPICAFE, una organización de productores de mermeladas de frutas tropicales que se conformó por la iniciativa de un grupo interprofesional. Se identificaron como estrategias de apalancamiento las fortalezas organizacionales para conformar un subsistema estrictamente coordinado de mermeladas tropicales; se consolidó la identificación de los actores con la organización y la aplicación de la experiencia organizativa adquirida con otras cadenas productivas. Se identificaron como estrategias adoptadas el liderazgo en costos en el desarrollo del producto, y la diferenciación a través de la certificación de comercio justo. Estas estrategias permitieron el ingreso de mermeladas tropicales en el nicho de comercio justo.

Estudios biológicos preliminares sobre Halticus pygmaeus (Miridae : Hemiptera) : I. ciclo biológico y descendencia sobre Medicago sativa

p.111-115

Estudios sobre la infección de raíces de trigo (Triticum aestivum) por Azospirillum spp.

p.283-289

Estudios sobre Ipomoea batatas, L.V. : características físicas, composición química y calidad culinaria de los cultivares Bolivar, Criolla Amarilla y Morada INTA

p.17-27

Estudios preliminares para la elaboración de modelos de respuesta a la aplicación de fósforo en el sud este bonaerense, bajo condiciones de invernáculo

p.47-55

Estimación de la temperatura mínima mensual media para estudios agroclimáticos

p.77-83

Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.