Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

Aguaymanto para la exportación de la región Cajamarca (Perú) : el caso de la Asociación Provincial de Productores Ecológicos de Cajamarca- APPEC

En los últimos años, los frutos exóticos peruanos han experimentado un gran crecimiento en la demanda internacional. Uno de estos es el aguaymanto, un berrie de origen peruano cultivado en las zonas altoandinas. Inicialmente se producía en forma silvestre, sin ningún tipo de coordinación llevando a acciones oportunistas por parte de los compradores. Sin embargo, el constante crecimiento de la demanda de aguaymanto y las exigencias del consumidor en el mercado nacional e internacional, hicieron que los productores de aguaymanto rompan el path dependency de cultivar el aguaymanto de manera individual y familiar, para organizarse y formalizar la producción de este fruto, mejorando las condiciones de producción, poscosecha y comercialización. Es así que nace la Asociación Provincial de Productores Ecológicos de Cajamarca - APPEC, que reúne a productores de la región Cajamarca dedicados a este cultivo, principalmente para el mercado internacional. La APPEC ha logrado con éxito su desarrollo y liderazgo en la producción de aguaymanto en el Perú. Es por ello que el objetivo de este trabajo es identificar y analizar las innovaciones que realizó la APPEC, para comprender su funcionamiento como modelo de negocio innovador y superador al tradicional. Para la ejecución de este trabajo se desarrolló la metodología del Análisis estructural discreto con énfasis en las innovaciones. Los resultados obtenidos muestran que se adaptaron innovando de producción convencional a orgánica para cumplir las exigencias del mercado, los productores cambiaron el path dependency de trabajar de forma individual para trabajar colectivamente y de esta forma poder mejorar las condiciones de cultivo y obtener mayores volúmenes de aguaymanto, las leyes de promoción hicieron que los productores de la APPEC obtengan un apalancamiento estructural y comercial en el negocio de aguaymanto. El éxito de APPEC ha sido producto de la adaptación organizacional, lo que ha generado integrar a los pequeños productores de la región de Cajamarca, fortalecer la cooperación en la producción de aguaymanto y coordinar con los demás actores involucrados en la exportación de aguaymanto para reducir la incertidumbre y los costos de transacción, esto generó un alto impacto social promoviendo la mejora y formalización de la producción de aguaymanto

Eficiencia transpiratoria como atributo de tolerancia al déficit hídrico en soja (Glycine max (L) Merril) : variabilidad intraespecífica y su asociación con la estabilidad del rendimiento

Las principales zonas sojeras en el mundo están expuestas a situaciones de déficit hídrico (DH) que ocasionan importantes pérdidas de rendimiento. La eficiencia transpiratoria (ET) ha sido propuesta como criterio de selección asociado con tolerancia al DH. Sin embargo, en soja no existen antecedentes donde se haya estudiado dicho atributo y su asociación con la estabilidad del rendimiento. El objetivo general de este trabajo fue generar las primeras bases fisiológicas que permitan conocer si la ET puede ser utilizada como criterio de selección secundario en programas de mejoramiento genético de soja enfocados en la identificación de genotipos (G) con tolerancia al DH. Se realizaron dos experimentos en macetas en condiciones de campo. Experimento 1, evaluó, durante la fase vegetativa, 36 G expuestos a dos regímenes hídricos (RH) : control sin limitantes hídricas (C) y déficit hídrico (DH; 30 por ciento del consumo de controles). Experimento 2, evaluó durante la fase reproductiva, 6 G seleccionados en función de su comportamiento contrastante en la transpiración y ET durante la fase vegetativa en el Experimento 1, exponiéndolos a dos RH contrastantes (C y DH) durante el período crítico de determinación del número de semillas (NS) en soja. En soja, la ET durante la fase vegetativa es un atributo de naturaleza constitutiva que tiene variabilidad intraespecífica y que aumenta ante DH independientemente del G. Si bien la conductancia estomática fue diferente entre G, estas diferencias no explicaron la variabilidad intraespecífica encontrada en la ET. Durante la fase reproductiva, existen diferencias entre G en la ET, encontrándose diferencias en la respuesta genotípica ante DH durante el período de determinación del NS. Es posible en soja, identificar G con mayor estabilidad de rendimiento ante DH durante el período de determinación del NS, utilizando la ET como carácter de selección. A partir del análisis de los cambios de la ET durante la ontogenie del cultivo, se demostró además que evaluando la ET durante la fase vegetativa en condiciones sin limitantes hídricas, es posible identificar G de mayor ET en términos de biomasa reproductiva, rendimiento y estabilidad de rendimiento antes condiciones hídricas limitantes durante el período de determinación del NS. Esta tesis representa el primer estudio en soja de la ET durante diferentes fases de crecimiento y su asociación con la estabilidad del rendimiento, demostrándose que es posible utilizar la ET como carácter de selección secundario para identificar G con tolerancia al DH.

Participación, empoderamiento y resolución de problemáticas : el caso de la Asociación de Pequeños Productores y Familias Rurales

La presente investigación 'Participación, resolución de problemáticas y empoderamiento: el caso de la Asociación de Pequeños Productores y Familias Rurales' indaga si el trabajo asociativo en A.Pe.P.Fa.R. facilita el empoderamiento de sus miembros. El estudio se desarrolló bajo un enfoque etnográfico. Se administraron encuestas semi estructuradas y entrevistas en profundidad a: miembros y ex socios de A.Pe.P.Fa.R., integrantes del equipo técnico y referentes políticos y sociales del territorio. La autora realizó -además- observación participante, consulta bibliográfica, análisis de información secundaria y triangulación de datos. Para comprender el contexto se describieron características fitogeográficas, socio-económicas y técnico-productivas y se relevaron las organizaciones campesinas del área rural del Departamento Rosario Vera Peñaloza, Chepes, La Rioja. Se detallaron, también, los rasgos distintivos de los pequeños productores asociados a A.Pe.P.Fa.R. tipificándolos como 'clase'. Se constató que la participación en la asociación se encuentra íntimamente relacionada a la satisfacción de objetivos personales y a la posibilidad de los integrantes de ser escuchados y valorados en sus opiniones. Se verificó el estrecho vínculo entre participación, información, comunicación, motivaciones, relaciones intra e interinstitucionales, conflictos y poder. Se demostró que entre las innumerables problemáticas presentes en el territorio se abordaron desde A.Pe.P.Fa.R. prioritariamente las económicas y/o materiales, sólo algunas sociales; pero ninguna de las ambientales. Finalmente se concluye que -según la visión de miembros de A.Pe.P.Fa.R. y del equipo técnico- existe un incipiente empoderamiento de los pequeños productores asociados atribuible al trabajo desarrollado en y desde la organización.

Incidencia del manejo agronómico convencional y orgánico sobre la biodiversidad en sistemas productivos de aguacate (Persea americana Mill.) en el estado de Michoacán, México

La pérdida de la biodiversidad que genera la disminución de interacciones bióticas y procesos ecosistémicos es uno de los principales problemas ecológicos en la actualidad. Esta situación se ha relacionado a la simplificación de los sistemas naturales y a la intensificación de los sistemas productivos agrícolas, prácticas que incluso pueden ir en detrimento del rendimiento de los campos de cultivo. Sin embargo, las huertas podrían ser reservorios de biodiversidad y recursos alimenticios que provean hábitats de alta calidad para muchos organismos. En este trabajo, se relaciona el tipo de manejo agronómico (convencional y orgánico) en huertas aguacateras con la riqueza y la composición de las comunidades de visitantes florales, acarreadores de polen y plantas herbáceas con el fin de estudiar la diversidad asociada a dichos sistemas y la incidencia del manejo agronómico sobre estas comunidades. El trabajo se compone de 3 capítulos. El primer capítulo plantea la relación entre el manejo agronómico y la diversidad de visitantes florales y plantas herbáceas a partir de la generación de Unidades Básicas de Clasificación (UBC). En el segundo capítulo, se aborda la ecología reproductiva del aguacatero, en donde se estimó la oferta floral, la diversidad de la comunidad de visitantes florales y acarreadores de polen, su eficiencia de estos en el acarreo de polen y su contribución a la producción de frutos bajo el manejo agronómico orgánico y convencional. En el tercer capítulo, se construyeron y analizaron seis redes de interacción de polen acarreado-acarreador en dos momentos del cultivo: i) durante la floración del aguacatero y ii) en ausencia de floración del aguacatero. El estudio se llevó a cabo durante dos años consecutivos en el pico de floración 2010/2011 y 2011/2012 en 6 huertas orgánicas y 4 convencionales (...) Los resultados de este trabajo mostraron como el manejo agronómico puede influir en la estructura de la comunidad de visitantes, acarreadores de polen y herbáceas. Considerando que el cultivo del aguacatero presenta la floración en una época específica del año, es importante que existan de forma continua otros recursos florales para los acarreadores como son las herbáceas. Los recursos provenientes de estas plantas pueden mantener durante el año la funcionalidad de la comunidad de visitantes y acarredores, proporcionando el servicio ecosistémico de la polinización de plantas silvestres y de las cultivadas. A su vez, la tesis contribuye al fortalecimiento del conocimiento de patrones que proponen que la disponibilidad de recursos florales en las huertas derivados de manejos agronómicos más integrales y menos intensivos que favorecen el incremento de la riqueza de visitantes de flores y acarreadores de polen nativos

Eficiencia transpiratoria como atributo de tolerancia al déficit hídrico en soja (Glycine max (L)Merril): variabilidad intraespecífica y su asociación con la estabilidad del rendimiento

Las principales zonas sojeras en el mundo están expuestas a situaciones de déficit hídrico (DH)que ocasionan importantes pérdidas de rendimiento. La eficiencia transpiratoria (ET)ha sido propuesta como criterio de selección asociado con tolerancia al DH. Sin embargo, en soja no existen antecedentes donde se haya estudiado dicho atributo y su asociación con la estabilidad del rendimiento. El objetivo general de este trabajo fue generar las primeras bases fisiológicas que permitan conocer si la ET puede ser utilizada como criterio de selección secundario en programas de mejoramiento genético de soja enfocados en la identificación de genotipos (G)con tolerancia al DH. Se realizaron dos experimentos en macetas en condiciones de campo. Experimento 1, evaluó, durante la fase vegetativa, 36 G expuestos a dos regímenes hídricos (RH): control sin limitantes hídricas (C)y déficit hídrico (DH; 30 por ciento del consumo de controles). Experimento 2, evaluó durante la fase reproductiva, 6 G seleccionados en función de su comportamiento contrastante en la transpiración y ET durante la fase vegetativa en el Experimento 1, exponiéndolos a dos RH contrastantes (C y DH)durante el período crítico de determinación del número de semillas (NS)en soja. En soja, la ET durante la fase vegetativa es un atributo de naturaleza constitutiva que tiene variabilidad intraespecífica y que aumenta ante DH independientemente del G. Si bien la conductancia estomática fue diferente entre G, estas diferencias no explicaron la variabilidad intraespecífica encontrada en la ET. Durante la fase reproductiva, existen diferencias entre G en la ET, encontrándose diferencias en la respuesta genotípica ante DH durante el período de determinación del NS. Es posible en soja, identificar G con mayor estabilidad de rendimiento ante DH durante el período de determinación del NS, utilizando la ET como carácter de selección. A partir del análisis de los cambios de la ET durante la ontogenie del cultivo, se demostró además que evaluando la ET durante la fase vegetativa en condiciones sin limitantes hídricas, es posible identificar G de mayor ET en términos de biomasa reproductiva, rendimiento y estabilidad de rendimiento antes condiciones hídricas limitantes durante el período de determinación del NS. Esta tesis representa el primer estudio en soja de la ET durante diferentes fases de crecimiento y su asociación con la estabilidad del rendimiento, demostrándose que es posible utilizar la ET como carácter de selección secundario para identificar G con tolerancia al DH.

Participación, empoderamiento y resolución de problemáticas : el caso de la Asociación de Pequeños Productores y Familias Rurales

La presente investigación 'Participación, resolución de problemáticas y empoderamiento: el caso de la Asociación de Pequeños Productores y Familias Rurales' indaga si el trabajo asociativo en A.Pe.P.Fa.R. facilita el empoderamiento de sus miembros. El estudio se desarrolló bajo un enfoque etnográfico. Se administraron encuestas semi estructuradas y entrevistas en profundidad a: miembros y ex socios de A.Pe.P.Fa.R., integrantes del equipo técnico y referentes políticos y sociales del territorio. La autora realizó -además- observación participante, consulta bibliográfica, análisis de información secundaria y triangulación de datos. Para comprender el contexto se describieron características fitogeográficas, socio-económicas y técnico-productivas y se relevaron las organizaciones campesinas del área rural del Departamento Rosario Vera Peñaloza, Chepes, La Rioja. Se detallaron, también, los rasgos distintivos de los pequeños productores asociados a A.Pe.P.Fa.R. tipificándolos como 'clase'. Se constató que la participación en la asociación se encuentra íntimamente relacionada a la satisfacción de objetivos personales y a la posibilidad de los integrantes de ser escuchados y valorados en sus opiniones. Se verificó el estrecho vínculo entre participación, información, comunicación, motivaciones, relaciones intra e interinstitucionales, conflictos y poder. Se demostró que entre las innumerables problemáticas presentes en el territorio se abordaron desde A.Pe.P.Fa.R. prioritariamente las económicas y/o materiales, sólo algunas sociales; pero ninguna de las ambientales. Finalmente se concluye que -según la visión de miembros de A.Pe.P.Fa.R. y del equipo técnico- existe un incipiente empoderamiento de los pequeños productores asociados atribuible al trabajo desarrollado en y desde la organización.

Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.