Simcluster: clustering enumeration gene expression data on the simplex space

Abstract Background Transcript enumeration methods such as SAGE, MPSS, and sequencing-by-synthesis EST "digital northern", are important high-throughput techniques for digital gene expression measurement. As other counting or voting processes, these measurements constitute compositional data exhibiting properties particular to the simplex space where the summation of the components is constrained. These properties are not present on regular Euclidean spaces, on which hybridization-based microarray data is often modeled. Therefore, pattern recognition methods commonly used for microarray data analysis may be non-informative for the data generated by transcript enumeration techniques since they ignore certain fundamental properties of this space. Results Here we present a software tool, Simcluster, designed to perform clustering analysis for data on the simplex space. We present Simcluster as a stand-alone command-line C package and as a user-friendly on-line tool. Both versions are available at: http://xerad.systemsbiology.net/simcluster. Conclusion Simcluster is designed in accordance with a well-established mathematical framework for compositional data analysis, which provides principled procedures for dealing with the simplex space, and is thus applicable in a number of contexts, including enumeration-based gene expression data.

Estudo retrospectivo de ferimentos cardíacos ocorridos em Manaus/AM

OBJETIVO: Avaliar as formas de tratamento empregadas e os principais aspectos relacionados à morbidade e à mortalidade dos ferimentos cardíacos.. MÉTODOS: Estudo retrospectivo de 102 doentes com lesão cardíaca, atendidos nos dois prontos socorros de Manaus (Pronto Socorro Municipal 28 de Agosto e Hospital Pronto Socorro Dr. João Lúcio P. Machado) no período de janeiro de 1998 a junho de 2006. RESULTADOS: Dos 102 doentes, 95,1% eram homens; a média de idade foi 27 anos; ferimentos por arma branca representaram 81,4% dos casos, contra 18,6% por arma de fogo; cardiorrafia foi realizada em 98,1% dos casos. As câmaras cardíacas atingidas foram: VD: 43,9% (36,2% isoladamente e 7,7% associada a outras câmaras); VE: 37,2%; AD: 8,5% e AE: 10,4%, com mortalidades específicas de 21%, 23%, 22% e 45%, respectivamente. Lesões de duas câmaras associadas alcançaram mortalidade de 37,5%, sendo 20% para VD+AD, 100% para VD+VE e zero para VD+AE. O pulmão correspondeu a 33,7% de 89 lesões associadas. Os tempos médios de cirurgia e de internação foram de 121 minutos e 8,2 dias, respectivamente. Cerca de 22,5% complicaram representando 41 complicações. A mortalidade foi 28,4%. Lesões grau IV e V corresponderam a 55% e 41% dos casos, com mortalidade específica de 26% e 15%, respectivamente. Todos os doentes com lesão grau VI morreram. CONCLUSÃO: O ferimentos cardíacos por arma branca estiveram associados a menor mortalidade, as lesões cardíacas grau IV estiveram associadas à maior mortalidade e um menor tempo operatório esteve associado à maior gravidade e mortalidade.

Caracterização da circulação costeira na região sul do mar de Cananéia, litoral sul brasileiro, em apoio a revitalização de edificações marinhas: experimentos-piloto com observações de perfiladores acústicos de corrente

Na região sul do mar de Cananéia, litoral sul brasileiro, está situada na Ilha de Cananéia, desde 1950, a base de pesquisa Dr. João de Paiva Carvalho do Instituto Oceanográfico da Universidade de São Paulo - IOUSP. A região em estudo faz parte do complexo estuarino-lagunar Cananéia-Iguape e é caracterizada por regime de marés semidiurnas e correntes predominantemente longitudinais ao canal entre as ilhas de Cananéia e Comprida. Considerando que estudos de circulação costeira são de fundamental importância para a construção e revitalização de edificações marinhas, o presente trabalho consiste em fornecer um cenário oceanográfico de suporte à expansão e/ou revitalização do píer da base de pesquisa. A avaliação é baseada em observações de correntes e de marés registradas em experimentos-piloto realizados em agosto e setembro de 2012. A base de dados de correntes é composta por registros via Acoustic Doppler [Current] Profilers (ADPs), frequências de 500 e 1500 kHz, com visadas verticais e horizontais da coluna de água. Considerando a previsão de maré astronômica, os registros de agosto e setembro não mostraram significativas variações. As possíveis marés meteorológicas não tiveram forte influência sobre o ciclo de maré durante o período amostrado, evidenciando uma fraca ação de correntes geradas por forçantes meteorológicas. Durante a baixamar, os resultados indicaram velocidades longitudinais ao canal com até o dobro da magnitude, da ordem de 0,6 m s-1, em relação aos registros de preamar. A caracterização da circulação local possibilitou inferir que a expansão e/ou revitalização do píer não se mostram suscetíveis a possíveis danos significativos decorrentes da ação de correntes relativamente intensas. Adicionalmente, as velocidades de corrente mais intensas, 1,2 m s-1, características da região próxima ao centro do canal, tendem a conduzir a uma dispersão eficaz e adequada de poluentes ali lançados, beneficiando a preservação da comunidade local de organismos.

Conjunctival inflammation in patients under topical glaucoma treatment with indication to surgery

PURPOSE: To compare the frequency of conjunctival HLA-DR expression (a surrogate marker for inflammation) in eyes treated with topical prostaglandin analogues versus eyes treated with other topical antiglaucomatous drugs. METHODS: Patients diagnosed with primary open-angle glaucoma presenting indication for trabeculectomy were divided in groups according to the use or not of prostaglandin analogues. All subjects were treated with the maximum tolerated dose of antiglaucomatous drugs until the date of the surgery. At the beginning of the surgical procedure, a 5 x 5 mm biopsy of the bulbar conjunctiva was collected, incubated with monoclonal anti-HLA-DR antibody and processed for histological analysis. RESULTS: Of the 31 eyes included (31 patients), 25 were under topical prostaglandin analogues (Group 1) and six under other topical pharmacological agents (Group 2). Fourteen eyes of Group 1 (56%) and three of Group 2 (50 %) were positive for the inflammatory marker HLA-DR (P=1.0). The percentage of stained cells ranged from 15.49 to 48.09% (median: 27.61) in Group 1, and from 18.35 to 28 (median: 20.71) in Group 2, with no differences statistically significant (p=0.33). CONCLUSION: The use of prostaglandin analogues did not increase conjunctival expression of HLA-DR compared to other topical antiglaucomatous agents.

Efeito de diferentes gomas de mascar sobre o pH salivar de crianças

Objective: To evaluate the effect of different chewing gum brands on the salivary pH of children with primary dentition. Method: Forty children were selected and assigned to four groups: control (no chewing gum); sugarless chewing gum; chewing gum with casein phosphopeptide-amorphous calcium phosphate; and chewing gum with xylitol. The first saliva collection was made after supervised tooth brushing for stabilization of the oral pH. Next, all children were instructed to drink slowly 100 mL of a cola-based soft drink (Coca-Cola®) and a new saliva collection was made 10 min later. Then, each group chewed on the chewing gum for 5 min and discarded it after this time. Saliva was collected again at 5, 10 and 15 min intervals after start using the chewing gum. Measurement of salivary pH was made with colorimetric test papers and a digital pH-meter. Data were analyzed statistically by analysis of variance and Tukey’s test at a 5% significance level. Results: The use of chewing gums accelerated the increase of salivary pH to considerably alkaline levels after consumption of an acidic beverage, especially within the first minutes. The highest levels were obtained in the groups of children that used chewing gums containing xylitol and casein phosphopeptide-amorphous calcium phosphate. Conclusion: Children that used the chewing gums after ingestion of an acidic soft drink presented an increase in salivary pH, with the best results in the groups that used chewing gums containing casein phosphopeptide-amorphous calcium phosphate and xylitol.

A importância da observação do céu no cotidiano escolar: o ponto de vista do professor.

A observação do céu pode promover diversos desenvolvimentos em um sujeito, ligados a aspectos culturais, tecnológicos e/ou pessoais, e por isso, pode ter um forte potencial motivador. Está proposto nos documentos oficiais, que regem os currículos da educação básica brasileira, que o professor realize atividades de observação e reconhecimento do céu, visando a trabalhar com a capacidade de analisar e interpretar fenômenos naturais do ponto de vista da ciência. Visando, então, a formar um professor que possa levar essa parte da astronomia para sala de aula, indo além do encantamento, o Grupo de Astronomia Sputnik promoveu um curso de curta duração, que dentre diversas atividades, visitou um observatório astronômico, com a intenção de fazer uma observação do céu e capacitar o professor para tal. Esta pesquisa apresenta algumas das concepções desses professores sobre qual a importância da observação do céu tanto para o ensino de astronomia quanto para sua própria formação profissional. Os resultados apontam que, pelo fato dos próprios professores se sentirem bastante motivados com a atividade, eles reconhecem esse potencial para a sala de aula. Do ponto de vista de conteúdos que podem ser veiculados, aparecem alguns em algumas falas, mas ainda é forte a ideia de que para ocorrência desse tipo de atividade prática é preciso que ela esteja vinculada e complementando alguma teoria.