SmTRC1, a novel Schistosoma mansoni DNA transposon, discloses new families of animal and fungi transposons belonging to the CACTA superfamily

Abstract Background The CACTA (also called En/Spm) superfamily of DNA-only transposons contain the core sequence CACTA in their Terminal Inverted Repeats (TIRs) and so far have only been described in plants. Large transcriptome and genome sequence data have recently become publicly available for Schistosoma mansoni, a digenetic blood fluke that is a major causative agent of schistosomiasis in humans, and have provided a comprehensive repository for the discovery of novel genes and repetitive elements. Despite the extensive description of retroelements in S. mansoni, just a single DNA-only transposon belonging to the Merlin family has so far been reported in this organism. Results We describe a novel S. mansoni transposon named SmTRC1, for S. mansoni Transposon Related to CACTA 1, an element that shares several characteristics with plant CACTA transposons. Southern blotting indicates approximately 30–300 copies of SmTRC1 in the S. mansoni genome. Using genomic PCR followed by cloning and sequencing, we amplified and characterized a full-length and a truncated copy of this element. RT-PCR using S. mansoni mRNA followed by cloning and sequencing revealed several alternatively spliced transcripts of this transposon, resulting in distinct ORFs coding for different proteins. Interestingly, a survey of complete genomes from animals and fungi revealed several other novel TRC elements, indicating new families of DNA transposons belonging to the CACTA superfamily that have not previously been reported in these kingdoms. The first three bases in the S. mansoni TIR are CCC and they are identical to those in the TIRs of the insects Aedes aegypti and Tribolium castaneum, suggesting that animal TRCs may display a CCC core sequence. Conclusion The DNA-only transposable element SmTRC1 from S. mansoni exhibits various characteristics, such as generation of multiple alternatively-spliced transcripts, the presence of terminal inverted repeats at the extremities of the elements flanked by direct repeats and the presence of a Transposase_21 domain, that suggest a distant relationship to CACTA transposons from Magnoliophyta. Several sequences from other Metazoa and Fungi code for proteins similar to those encoded by SmTRC1, suggesting that such elements have a common ancestry, and indicating inheritance through vertical transmission before separation of the Eumetazoa, Fungi and Plants.

Redes acadêmicas para pesquisa e capacitação em meio ambiente e desenvolvimento sustentável: uma revisão crítica

Tornou-se lugar comum, sobretudo em correntes ligadas aos movimentos sociais mais amplos e às questões ambientais, a crítica ao reducionismo da ciência clássica, à dinâmica de trabalho individualizado, à desconexão e à falta de integração com os problemas reais. Como resultado, cresce o número de formadores de opinião em favor de uma ciência mais integrada aos problemas reais e de um conhecimento como processo coletivo. O Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) desenvolveu um Diretório dos Grupos de Pesquisa existentes no Brasil, alguns destes grupos possuem modelo de rede. Com o cenário apresentado, a reflexão sobre a importância de avaliar o potencial destes grupos foi incentivada para influenciar a formulação e a implantação de políticas públicas ambientais. Foi possível identificar fatores chave para o fortalecimento da influência nas políticas públicas, destacando-se dentre estes, avanços em abordagens interdisciplinares. Porém, os grupos possuem dificuldades na utilização de ferramentas de comunicação mais eficientes para o trabalho em rede e para atingir os tomadores de decisões; no acesso a fundos e nos critérios para integrar os grupos estudados.