Cell organisation, sulphur metabolism and ion transport-related genes are differentially expressed in Paracoccidioides brasiliensis mycelium and yeast cells

Abstract Background Mycelium-to-yeast transition in the human host is essential for pathogenicity by the fungus Paracoccidioides brasiliensis and both cell types are therefore critical to the establishment of paracoccidioidomycosis (PCM), a systemic mycosis endemic to Latin America. The infected population is of about 10 million individuals, 2% of whom will eventually develop the disease. Previously, transcriptome analysis of mycelium and yeast cells resulted in the assembly of 6,022 sequence groups. Gene expression analysis, using both in silico EST subtraction and cDNA microarray, revealed genes that were differential to yeast or mycelium, and we discussed those involved in sugar metabolism. To advance our understanding of molecular mechanisms of dimorphic transition, we performed an extended analysis of gene expression profiles using the methods mentioned above. Results In this work, continuous data mining revealed 66 new differentially expressed sequences that were MIPS(Munich Information Center for Protein Sequences)-categorised according to the cellular process in which they are presumably involved. Two well represented classes were chosen for further analysis: (i) control of cell organisation – cell wall, membrane and cytoskeleton, whose representatives were hex (encoding for a hexagonal peroxisome protein), bgl (encoding for a 1,3-β-glucosidase) in mycelium cells; and ags (an α-1,3-glucan synthase), cda (a chitin deacetylase) and vrp (a verprolin) in yeast cells; (ii) ion metabolism and transport – two genes putatively implicated in ion transport were confirmed to be highly expressed in mycelium cells – isc and ktp, respectively an iron-sulphur cluster-like protein and a cation transporter; and a putative P-type cation pump (pct) in yeast. Also, several enzymes from the cysteine de novo biosynthesis pathway were shown to be up regulated in the yeast form, including ATP sulphurylase, APS kinase and also PAPS reductase. Conclusion Taken together, these data show that several genes involved in cell organisation and ion metabolism/transport are expressed differentially along dimorphic transition. Hyper expression in yeast of the enzymes of sulphur metabolism reinforced that this metabolic pathway could be important for this process. Understanding these changes by functional analysis of such genes may lead to a better understanding of the infective process, thus providing new targets and strategies to control PCM.

Análise dos títulos de periódicos recebidos pela biblioteca do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo da Universidade de São Paulo em comparação com os registros cadastrados no catálogo bibliográfico dedalus da universidade de São Paulo

Este trabalho relata a experiência e os procedimentos adotados em um processo de análise e identificação dos títulos de periódicos recebidos pela Biblioteca do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo da Universidade de São Paulo, desde sua criação. Para a coleta de dados foram utilizadas as informações dos registros bibliográficos no Módulo de Catalogação no Banco de Dados Bibliográficos – DEDALUS Aleph 500 Versão 18.1 da Universidade de São Paulo, seguindo alguns critérios pré-estabelecidos. Conclui-se que, apesar dos problemas detectados serem pouco relevantes em relação ao acervo analisado, deve-se manter um estudo comparativo entre a necessidade do usuário e a coleção disponível na Biblioteca, para que os periódicos atendam às necessidades de informação de seus usuários.

Periódicos de Ciência da Informação nas bases de dados internacionais

PO artigo demonstra as interações entre algumas bases de dados internacionais na disponibilização de periódicos da área de Ciência da Informação. Para isso, foram investigadas seis bases de dados com acesso a texto completo dentro da área de Ciência da Informação. Foram elas: Web of Science, Scopus, Library, Information Science & Technology Abstracts, Information Science & Technology Abstracts, Library Literature Information Science – full text e Library Information Science Abstract. No desenvolvimento da pesquisa foram utilizados conceitos, princípios e equações da ‘teoria ingênua dos conjuntos’, o que permitiu observar as bases de dados como conjuntos compostos por elementos, aqui considerados os títulos de periódicos, bem como conferir consistência aos resultados. A análise dos dados foi dividida em três etapas, a saber: a) a primeira priorizou o cruzamento entre as duas maiores bases de dados utilizadas para levantamento bibliográfico (Web of Science e Scopus), seguido do cruzamento com a mais utilizada na Ciência da Informação, a Library and Information Science Abstracts; b) a segunda etapa tratou somente do cruzamento das bases especialistas da área; c) a terceira e última etapa tratou da interseção de todas as bases de dados do estudo. O resultado mostra que 10 títulos de periódicos constituem a interseção dos seis conjuntos de bases de dados. Foi possível identificar, também, o número de periódicos disponibilizados exclusivamente por uma base de dados, demonstrando que as necessidades de pesquisas bibliográficas exaustivas passam, obrigatoriamente, pelo levantamento em todas as bases de dados aqui elencadas.