Gametic phase disequilibrium between the syntenic multiallelic HTG4 and HMS3 markers widely used for parentage testing in Thoroughbred horses

Validation of parentage and horse breed registries through DNA typing relies on estimates of random match probabilities with DNA profiles generated from multiple polymorphic loci. Of the twenty-seven microsatellite loci recommended by the International Society for Animal Genetics for parentage testing in Thoroughbred horses, eleven are located on five chromosomes. An important aspect in determining combined exclusion probabilities is the ascertainment of the genetic linkage status of syntenic markers, which may affect reliable use of the product rule in estimating random match probabilities. In principle, linked markers can be in gametic phase disequilibrium (GD). We aimed at determining the extent, by frequency and strength, of GD between the HTG4 and HMS3 multiallelic loci, syntenic on chromosome 9. We typed the qualified offspring (n (1) = 27; n (2) = 14) of two Quarter Bred stallions (registered by the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders) and 121 unrelated horses from the same breed. In the 41 informative meioses analyzed, the frequency of recombination between the HTG4 and HMS3 loci was 0.27. Consistent with genetic map distances, this recombination rate does not fit to the theoretical distribution for independently segregated markers. We estimated sign-based D' coefficients as a measure of GD, and showed that the HTG4 and HMS3 loci are in significant, yet partial and weak, disequilibrium, with two allele pairs involved (HTG4*M/HMS3*P, D'(+) = 0.6274; and HTG4*K/HMS3*P, D'(-) = -0.6096). These results warn against the inadequate inclusion of genetically linked markers in the calculation of combined power of discrimination for Thoroughbred parentage validation.

Parâmetros genéticos para a produção de leite em caprinos das raças Saanen e Alpina

Objetivou-se com este trabalho estimar parâmetros genéticos para a produção de leite acumulada até os 305 dias (P305) de cabras das raças Saanen e Alpina. Foram utilizadas as duas primeiras parições de cabras pertencentes a rebanhos participantes do programa de controle produtivo e reprodutivo de caprinos (PROCAPRI) da UNESP-FCAV-Jaboticabal-SP. A P305 foi analisada por meio de modelos de repetibilidade e bicaracterísticas. Para verificar a influência dos efeitos fixos sobre a característica analisada foram realizadas análises preliminares, pelo método de quadrados mínimos. Os componentes de covariâncias foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML), utilizando o programa Wombat. A duração da lactação, a idade da cabra ao parto, o rebanho, o ano de parto e a estação de parto foram importantes fontes de variação para a P305. Não houve diferença significativa entre as raças estudadas. As estimativas de herdabilidade e repetibilidade para a P305, obtidas com o modelo de repetibilidade, foram de 0,29 e 0,36, respectivamente. As estimativas de herdabilidade, obtidas pelos modelos de repetibilidade e bicaracterísticas foram semelhantes. Sendo assim, um modelo de repetibilidade poderia ser indicado para avaliar a P305 pela sua simplicidade.