Sexage et phylogénie, à partir des gènes CHD (-Z et -W) et COX-1, des oiseaux de proie du Québec et de perroquets d’attrait vétérinaire

Connaître le sexe d’un oiseau est important pour divers domaines notamment pour les vétérinaires, les écologistes ainsi que pour les éleveurs d’oiseaux qui veulent former des couples qui serviront à la reproduction. Plusieurs espèces d’oiseaux, juvéniles et adultes, n’ont pas de dimorphisme sexuel. L’utilisation de l’ADN est une façon rapide de déterminer le sexe à partir d’un échantillon de sang, de muscle, de plumes ou de fèces. Par contre, la méthode devrait être validée pour chaque espèce et idéalement, standardisée. Le premier objectif de cette étude est de développer une méthode de sexage par séquençage des oiseaux à partir des séquences du gène CHD, en utilisant les oiseaux de proie et les perroquets vus en clinique au Québec. Un deuxième objectif est de faire l’identification de l’espèce à sexer, à partir du gène mitochondrial COX-1 et aussi à partir des séquences CHD-Z et CHD-W, utilisés pour le sexage. Un troisième objectif est d’évaluer les séquences sorties (CHD-Z, CHD-W et COX-1) en vue d’une étude phylogénique. Une extraction d’ADN a été effectuée chez 27 espèces de perroquets, 34 espèces d’oiseaux de proie, une corneille (Corvus brachyrhynchos) et un poulet (Gallus gallus). Une amplification par PCR a été exécutée pour les exons partiels 23 et 24 du gène CHD. Le séquençage de cet amplicon permettait de savoir s’il s’agissait d’un mâle (séquence simple CHD-Z) ou d’une femelle (séquences CHD-Z et CHD-W qui se chevauchent). Afin d’avoir des séquences CHD-W distinctes, un sous-clonage a été fait chez les femelles de chaque espèce. De cette manière, les séquences partielles du gène CHD, Z et W, ont été trouvées pour les espèces échantillonnées. Une étude phylogénique a été effectuée avec les séquences de COX-1, CHD-Z et CHD-W grâce au site « Clustal-Omega ». La méthode de sexage des oiseaux par séquençage du gène CHD est standard et efficace. Le gène COX-1 permet une meilleure identification des espèces parentes et le gène CHD-Z est le plus utile pour étudier la phylogénie profonde.

L’infrastructure de la science citoyenne : le cas eBird

Cette recherche explore comment l’infrastructure et les utilisations d’eBird, l’un des plus grands projets de science citoyenne dans le monde, se développent et évoluent dans le temps et l’espace. Nous nous concentrerons sur le travail d’eBird avec deux de ses partenaires latino-américains, le Mexique et le Pérou, chacun avec un portail Web géré par des organisations locales. eBird, qui est maintenant un grand réseau mondial de partenariats, donne occasion aux citoyens du monde entier la possibilité de contribuer à la science et à la conservation d’oiseaux à partir de ses observations téléchargées en ligne. Ces observations sont gérées et gardées dans une base de données qui est unifiée, globale et accessible pour tous ceux qui s’intéressent au sujet des oiseaux et sa conservation. De même, les utilisateurs profitent des fonctionnalités de la plateforme pour organiser et visualiser leurs données et celles d’autres. L’étude est basée sur une méthodologie qualitative à partir de l’observation des plateformes Web et des entrevues semi-structurées avec les membres du Laboratoire d’ornithologie de Cornell, l’équipe eBird et les membres des organisations partenaires locales responsables d’eBird Pérou et eBird Mexique. Nous analysons eBird comme une infrastructure qui prend en considération les aspects sociaux et techniques dans son ensemble, comme un tout. Nous explorons aussi à la variété de différents types d’utilisation de la plateforme et de ses données par ses divers utilisateurs. Trois grandes thématiques ressortent : l’importance de la collaboration comme une philosophie qui sous-tend le développement d’eBird, l’élargissement des relations et connexions d’eBird à travers ses partenariats, ainsi que l’augmentation de la participation et le volume des données. Finalement, au fil du temps on a vu une évolution des données et de ses différentes utilisations, et ce qu’eBird représente comme infrastructure.