Determination of software quality through a generic model

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Development of Imaging Mass Spectrometry Analysis of Lipids in Biological and Clinically Relevant Applications

La spectrométrie de masse mesure la masse des ions selon leur rapport masse sur charge. Cette technique est employée dans plusieurs domaines et peut analyser des mélanges complexes. L’imagerie par spectrométrie de masse (Imaging Mass Spectrometry en anglais, IMS), une branche de la spectrométrie de masse, permet l’analyse des ions sur une surface, tout en conservant l’organisation spatiale des ions détectés. Jusqu’à présent, les échantillons les plus étudiés en IMS sont des sections tissulaires végétales ou animales. Parmi les molécules couramment analysées par l’IMS, les lipides ont suscité beaucoup d'intérêt. Les lipides sont impliqués dans les maladies et le fonctionnement normal des cellules; ils forment la membrane cellulaire et ont plusieurs rôles, comme celui de réguler des événements cellulaires. Considérant l’implication des lipides dans la biologie et la capacité du MALDI IMS à les analyser, nous avons développé des stratégies analytiques pour la manipulation des échantillons et l’analyse de larges ensembles de données lipidiques. La dégradation des lipides est très importante dans l’industrie alimentaire. De la même façon, les lipides des sections tissulaires risquent de se dégrader. Leurs produits de dégradation peuvent donc introduire des artefacts dans l’analyse IMS ainsi que la perte d’espèces lipidiques pouvant nuire à la précision des mesures d’abondance. Puisque les lipides oxydés sont aussi des médiateurs importants dans le développement de plusieurs maladies, leur réelle préservation devient donc critique. Dans les études multi-institutionnelles où les échantillons sont souvent transportés d’un emplacement à l’autre, des protocoles adaptés et validés, et des mesures de dégradation sont nécessaires. Nos principaux résultats sont les suivants : un accroissement en fonction du temps des phospholipides oxydés et des lysophospholipides dans des conditions ambiantes, une diminution de la présence des lipides ayant des acides gras insaturés et un effet inhibitoire sur ses phénomènes de la conservation des sections au froid sous N2. A température et atmosphère ambiantes, les phospholipides sont oxydés sur une échelle de temps typique d’une préparation IMS normale (~30 minutes). Les phospholipides sont aussi décomposés en lysophospholipides sur une échelle de temps de plusieurs jours. La validation d’une méthode de manipulation d’échantillon est d’autant plus importante lorsqu’il s’agit d’analyser un plus grand nombre d’échantillons. L’athérosclérose est une maladie cardiovasculaire induite par l’accumulation de matériel cellulaire sur la paroi artérielle. Puisque l’athérosclérose est un phénomène en trois dimension (3D), l'IMS 3D en série devient donc utile, d'une part, car elle a la capacité à localiser les molécules sur la longueur totale d’une plaque athéromateuse et, d'autre part, car elle peut identifier des mécanismes moléculaires du développement ou de la rupture des plaques. l'IMS 3D en série fait face à certains défis spécifiques, dont beaucoup se rapportent simplement à la reconstruction en 3D et à l’interprétation de la reconstruction moléculaire en temps réel. En tenant compte de ces objectifs et en utilisant l’IMS des lipides pour l’étude des plaques d’athérosclérose d’une carotide humaine et d’un modèle murin d’athérosclérose, nous avons élaboré des méthodes «open-source» pour la reconstruction des données de l’IMS en 3D. Notre méthodologie fournit un moyen d’obtenir des visualisations de haute qualité et démontre une stratégie pour l’interprétation rapide des données de l’IMS 3D par la segmentation multivariée. L’analyse d’aortes d’un modèle murin a été le point de départ pour le développement des méthodes car ce sont des échantillons mieux contrôlés. En corrélant les données acquises en mode d’ionisation positive et négative, l’IMS en 3D a permis de démontrer une accumulation des phospholipides dans les sinus aortiques. De plus, l’IMS par AgLDI a mis en évidence une localisation différentielle des acides gras libres, du cholestérol, des esters du cholestérol et des triglycérides. La segmentation multivariée des signaux lipidiques suite à l’analyse par IMS d’une carotide humaine démontre une histologie moléculaire corrélée avec le degré de sténose de l’artère. Ces recherches aident à mieux comprendre la complexité biologique de l’athérosclérose et peuvent possiblement prédire le développement de certains cas cliniques. La métastase au foie du cancer colorectal (Colorectal cancer liver metastasis en anglais, CRCLM) est la maladie métastatique du cancer colorectal primaire, un des cancers le plus fréquent au monde. L’évaluation et le pronostic des tumeurs CRCLM sont effectués avec l’histopathologie avec une marge d’erreur. Nous avons utilisé l’IMS des lipides pour identifier les compartiments histologiques du CRCLM et extraire leurs signatures lipidiques. En exploitant ces signatures moléculaires, nous avons pu déterminer un score histopathologique quantitatif et objectif et qui corrèle avec le pronostic. De plus, par la dissection des signatures lipidiques, nous avons identifié des espèces lipidiques individuelles qui sont discriminants des différentes histologies du CRCLM et qui peuvent potentiellement être utilisées comme des biomarqueurs pour la détermination de la réponse à la thérapie. Plus spécifiquement, nous avons trouvé une série de plasmalogènes et sphingolipides qui permettent de distinguer deux différents types de nécrose (infarct-like necrosis et usual necrosis en anglais, ILN et UN, respectivement). L’ILN est associé avec la réponse aux traitements chimiothérapiques, alors que l’UN est associé au fonctionnement normal de la tumeur.

Les réseaux de corruption à Laval et Montréal : un essai d'interprétation de la corruption municipale québécoise

Dans les dernières années, la corruption municipale a constitué un enjeu d’importance au Québec, posant des questions majeures sur la qualité de la gouvernance municipale. Ce mémoire vise à comprendre comment fonctionnait le système de corruption découvert au niveau des municipalités. En premier lieu, l’aspect historique de la corruption municipale sera examiné pour identifier l’héritage ayant influencé les pratiques actuelles. Surtout, ce phénomène sera abordé pour décrire la structure de gouvernance informelle qui s’est développée au sein des institutions municipales, plus spécifiquement dans les cas de Laval et Montréal. Le modèle théorique de Della Porta et Vannucci (2012) permettra d’illustrer la façon dont les acteurs internalisent les normes de la corruption, comment ils développent des relations de confiance entre eux et, enfin, comment l’action de régulateurs vient cimenter l’institutionnalisation de réseaux de corruption. Enfin, le mémoire vise à déceler quels aspects inhérents aux institutions municipales québécoises les ont rendues vulnérables à la corruption. La faiblesse et la capacité limitée des institutions formelles à structurer avec succès les incitatifs sera mise de l’avant. On examinera les limites des institutions visant à établir une surveillance externe des municipalités, pour ensuite se pencher sur les institutions internes pouvant prévenir la corruption, soit la bureaucratie et la démocratie municipale. En bref, le mémoire vise à identifier les structures de gouvernance des réseaux de corruption à Laval et Montréal, puis à en expliquer la provenance par la faiblesse d’institutions qui auraient pu l’endiguer.

Réussite et sélection au premier cycle universitaire au Québec : une analyse multiniveau

L’objectif de ce mémoire est d’étudier les formes de sélectivité scolaire et les facteurs de la réussite dans les programmes de premier cycle universitaire au Québec. En s’appuyant sur les différents écrits sur le sujet, cette recherche présente les différents déterminants de la réussite scolaire ainsi que la sélectivité dans les programmes universitaires québécois. D’un point de vue méthodologique, ce mémoire utilise une base administrative de données longitudinales de l’Université de Montréal constituée de deux générations de cohortes d’étudiants de premier cycle. Sur le plan empirique, nous analysons d’abord la différenciation des programmes de premier cycle en matière de sélectivité pour en dériver un indicateur agrégé de sélectivité. Ensuite, nous étudions les facteurs individuels de réussite en contrôlant l’effet de la cote R dans un modèle multiniveau. L’analyse explicative fait apparaitre deux principaux constats originaux sur les facteurs de réussite, l’un relatif à la cote R et l’autre à l’appartenance de sexe. La cote R influence les chances de réussite des étudiants, mais en raison inverse du niveau de sélectivité à l’entrée. Dans les programmes où la sélection à l’entrée est la plus forte, les taux de diplomation sont les plus élevés et le lien entre la cote R et la note finale est très faible. En outre, le fait d’être un garçon tend à réduire les chances de réussite, mais cet effet négatif disparait quand on tient compte de la cote R ainsi que du programme d’appartenance dans un modèle multiniveau. Si les étudiantes réussissent mieux au niveau du premier cycle universitaire c’est donc surtout parce qu’elles ont eu de meilleures performances scolaires antérieurement et qu’elles ne sont pas dans les mêmes programmes que leurs homologues masculins.